← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/jessie/arb/jessie

« back to all changes in this revision

Viewing changes to GDE/PROBCONS/probcons/Makefile

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Elmar Pruesse, Andreas Tille, Elmar Pruesse
  • Date: 2014-09-02 15:15:06 UTC
  • mfrom: (1.1.6)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20140902151506-jihq58b3iz342wif
Tags: 6.0.2-1
http://bugs.debian.org/741890
http://bugs.debian.org/757497
[ Andreas Tille ]
* New upstream version
  Closes: #741890
* debian/upstream -> debian/upstream/metadata
* debian/control:
   - Build-Depends: added libglib2.0-dev
   - Depends: added mafft, mrbayes
* debian/rules
   - Add explicite --remove-section=.comment option to manual strip call
* cme fix dpkg-control
* arb-common.dirs: Do not create unneeded lintian dir
* Add turkish debconf translation (thanks for the patch to Mert Dirik
  <mertdirik@gmail.com>)
  Closes: #757497

[ Elmar Pruesse ]
* patches removed:
   - 10_config.makefiles.patch,
     80_no_GL.patch
       removed in favor of creating file from config.makefile.template via 
       sed in debian/control
   - 20_Makefile_main.patch
       merged upstream
   - 21_Makefiles.patch
       no longer needed
   - 30_tmpfile_CVE-2008-5378.patch: 
       merged upstream
   - 50_fix_gcc-4.8.patch:
       merged upstream
   - 40_add_libGLU.patch:
       libGLU not needed for arb_ntree)
   - 60_use_debian_packaged_raxml.patch:
       merged upstream
   - 70_hardening.patch
       merged upstream
   - 72_add_math_lib_to_linker.patch
       does not appear to be needed
* patches added:
   - 10_upstream_r12793__show_db_load_progress:
       backported patch showing progress while ARB is loading a database
       (needed as indicator/splash screen while ARB is launching)
   - 20_upstream_r12794__socket_permissions:
       backported security fix
   - 30_upstream_r12814__desktop_keywords:
       backported add keywords to desktop (fixes lintian warning)
   - 40_upstream_r12815__lintian_spelling:
       backported fix for lintian reported spelling errors
   - 50_private_nameservers
       change configuration to put nameservers into users home dirs
       (avoids need for shared writeable directory)
   - 60_use_debian_phyml
       use phyml from debian package for both interfaces in ARB
* debian/rules:
   - create config.makefile from override_dh_configure target
   - use "make tarfile" in override_dh_install
   - remove extra cleaning not needed for ARB 6
   - use "dh_install --list-missing" to avoid missing files
   - added override_dh_fixperms target
* debian/control:
   - added libarb-dev package
   - Depends: added phyml, xdg-utils
   - Suggests: removed phyml
   - fix lintian duplicate-short-description (new descriptions)
* debian/*.install:
   - "unrolled" confusing globbing to select files
   - pick files from debian/tmp
   - moved all config files to /etc/arb
* debian/arb-common.templates: updated
* scripts:
   - removed arb-add-pt-server
   - launch-wrapper: 
     - only add demo.arb to newly created $ARBUSERDATA
     - pass commandline arguments through bin/arb wrapper
   - preinst: removing old PT server index files on upgrade from 5.5*
   - postinst: set setgid on shared PT dir
* rewrote arb.1 manfile
* added file icon for ARB databases
* using upstream arb_tcp.dat

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
GDE/PROBCONS/probcons/Makefile
 
1
################################################################################
 
2
# Makefile for probcons
 
3
# Modified for ARB by Arne Boeckmann (aboeckma@mpi-bremen.de)
 
4
################################################################################
 
5
 
 
6
################################################################################
 
7
# 1) Choose C++ compiler.
 
8
################################################################################
 
9
 
 
10
CXX = $(A_CXX)
 
11
 
 
12
################################################################################
 
13
# 2) Set C++ flags.
 
14
#    a) DEBUG mode -- no optimizations, enable SafeVector checking, no inlining
 
15
#    b) PROFILE mode -- for gprof
 
16
#    c) RELEASE mode
 
17
################################################################################
 
18
 
 
19
OTHERFLAGS = -DNumInsertStates=2 -DVERSION="1.12"
 
20
 
 
21
# debug mode    
 
22
#CXXFLAGS = -g -W -Wall -pedantic -DENABLE_CHECKS -fno-inline $(OTHERFLAGS)
 
23
 
 
24
# profile mode
 
25
#CXXFLAGS = -pg -W -Wall -pedantic $(OTHERFLAGS)
 
26
 
 
27
# release mode
 
28
#CXXFLAGS = -O3 -W -Wall -pedantic -DNDEBUG $(OTHERFLAGS) -mmmx -msse -msse2 -mfpmath=sse -march=pentium4 -mcpu=pentium4 -funroll-loops -fomit-frame-pointer 
 
29
#CXXFLAGS = -O3 -W -Wall -pedantic -DNDEBUG $(OTHERFLAGS) -funroll-loops
 
30
CXXFLAGS = -O3 -w -pedantic -DNDEBUG $(OTHERFLAGS) -funroll-loops
 
31
 
 
32
################################################################################
 
33
# 3) Dependencies
 
34
################################################################################
 
35
 
 
36
TARGETS = probcons compare project makegnuplot
 
37
 
 
38
.PHONY : all
 
39
all : $(TARGETS)
 
40
 
 
41
probcons : MultiSequence.h ProbabilisticModel.h ScoreType.h Sequence.h FileBuffer.h SparseMatrix.h EvolutionaryTree.h Defaults.h SafeVector.h Main.cc
 
42
        $(CXX) $(CXXFLAGS) -lm -o probcons Main.cc 
 
43
 
 
44
compare : MultiSequence.h Sequence.h FileBuffer.h SafeVector.h CompareToRef.cc
 
45
        $(CXX) $(CXXFLAGS) -o compare CompareToRef.cc
 
46
 
 
47
fixref : MultiSequence.h ProbabilisticModel.h ScoreType.h Sequence.h FileBuffer.h SparseMatrix.h EvolutionaryTree.h Defaults.h SafeVector.h FixRef.cc
 
48
        $(CXX) $(CXXFLAGS) -o fixref FixRef.cc
 
49
 
 
50
project : MultiSequence.h Sequence.h SafeVector.h ProjectPairwise.cc
 
51
        $(CXX) $(CXXFLAGS) -o project ProjectPairwise.cc
 
52
 
 
53
makegnuplot : MakeGnuPlot.cc
 
54
        $(CXX) $(CXXFLAGS) -o makegnuplot MakeGnuPlot.cc
 
55
 
 
56
.PHONY : clean
 
57
clean:
 
58
        rm -f $(TARGETS)