← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/jessie/arb/jessie

« back to all changes in this revision

Viewing changes to GDE/PHYML20130708/phyml/src/lk.h

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Elmar Pruesse, Andreas Tille, Elmar Pruesse
  • Date: 2014-09-02 15:15:06 UTC
  • mfrom: (1.1.6)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20140902151506-jihq58b3iz342wif
Tags: 6.0.2-1
http://bugs.debian.org/741890
http://bugs.debian.org/757497
[ Andreas Tille ]
* New upstream version
  Closes: #741890
* debian/upstream -> debian/upstream/metadata
* debian/control:
   - Build-Depends: added libglib2.0-dev
   - Depends: added mafft, mrbayes
* debian/rules
   - Add explicite --remove-section=.comment option to manual strip call
* cme fix dpkg-control
* arb-common.dirs: Do not create unneeded lintian dir
* Add turkish debconf translation (thanks for the patch to Mert Dirik
  <mertdirik@gmail.com>)
  Closes: #757497

[ Elmar Pruesse ]
* patches removed:
   - 10_config.makefiles.patch,
     80_no_GL.patch
       removed in favor of creating file from config.makefile.template via 
       sed in debian/control
   - 20_Makefile_main.patch
       merged upstream
   - 21_Makefiles.patch
       no longer needed
   - 30_tmpfile_CVE-2008-5378.patch: 
       merged upstream
   - 50_fix_gcc-4.8.patch:
       merged upstream
   - 40_add_libGLU.patch:
       libGLU not needed for arb_ntree)
   - 60_use_debian_packaged_raxml.patch:
       merged upstream
   - 70_hardening.patch
       merged upstream
   - 72_add_math_lib_to_linker.patch
       does not appear to be needed
* patches added:
   - 10_upstream_r12793__show_db_load_progress:
       backported patch showing progress while ARB is loading a database
       (needed as indicator/splash screen while ARB is launching)
   - 20_upstream_r12794__socket_permissions:
       backported security fix
   - 30_upstream_r12814__desktop_keywords:
       backported add keywords to desktop (fixes lintian warning)
   - 40_upstream_r12815__lintian_spelling:
       backported fix for lintian reported spelling errors
   - 50_private_nameservers
       change configuration to put nameservers into users home dirs
       (avoids need for shared writeable directory)
   - 60_use_debian_phyml
       use phyml from debian package for both interfaces in ARB
* debian/rules:
   - create config.makefile from override_dh_configure target
   - use "make tarfile" in override_dh_install
   - remove extra cleaning not needed for ARB 6
   - use "dh_install --list-missing" to avoid missing files
   - added override_dh_fixperms target
* debian/control:
   - added libarb-dev package
   - Depends: added phyml, xdg-utils
   - Suggests: removed phyml
   - fix lintian duplicate-short-description (new descriptions)
* debian/*.install:
   - "unrolled" confusing globbing to select files
   - pick files from debian/tmp
   - moved all config files to /etc/arb
* debian/arb-common.templates: updated
* scripts:
   - removed arb-add-pt-server
   - launch-wrapper: 
     - only add demo.arb to newly created $ARBUSERDATA
     - pass commandline arguments through bin/arb wrapper
   - preinst: removing old PT server index files on upgrade from 5.5*
   - postinst: set setgid on shared PT dir
* rewrote arb.1 manfile
* added file icon for ARB databases
* using upstream arb_tcp.dat

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
GDE/PHYML20130708/phyml/src/lk.h
 
1
/*
 
2
 
 
3
PHYML :  a program that  computes maximum likelihood  phylogenies from
 
4
DNA or AA homologous sequences 
 
5
 
 
6
Copyright (C) Stephane Guindon. Oct 2003 onward
 
7
 
 
8
All parts of  the source except where indicated  are distributed under
 
9
the GNU public licence.  See http://www.opensource.org for details.
 
10
 
 
11
*/
 
12
 
 
13
#include <config.h>
 
14
 
 
15
#ifndef LK_H
 
16
#define LK_H
 
17
 
 
18
#include "utilities.h"
 
19
#include "optimiz.h"
 
20
#include "models.h"
 
21
#include "free.h"
 
22
#include "times.h"
 
23
#include "mixt.h"
 
24
 
 
25
void Init_Tips_At_One_Site_Nucleotides_Float(char state, int pos, phydbl *p_lk);
 
26
void Init_Tips_At_One_Site_AA_Float(char aa, int pos, phydbl *p_lk);
 
27
void Get_All_Partial_Lk(t_tree *tree,t_edge *b_fcus,t_node *a,t_node *d);
 
28
void Get_All_Partial_Lk_Scale(t_tree *tree,t_edge *b_fcus,t_node *a,t_node *d);
 
29
void Post_Order_Lk(t_node *pere, t_node *fils, t_tree *tree);
 
30
void Pre_Order_Lk(t_node *pere, t_node *fils, t_tree *tree);
 
31
phydbl Lk(t_edge *b, t_tree *tree);
 
32
void Site_Lk(t_tree *tree);
 
33
/* phydbl Lk_At_Given_Edge(t_edge *b_fcus,t_tree *tree); */
 
34
phydbl Return_Abs_Lk(t_tree *tree);
 
35
matrix *ML_Dist(calign *data, t_mod *mod);
 
36
phydbl Lk_Given_Two_Seq(calign *data, int numseq1, int numseq2, phydbl dist, t_mod *mod, phydbl *loglk);
 
37
void Unconstraint_Lk(t_tree *tree);
 
38
void Update_P_Lk(t_tree *tree,t_edge *b_fcus,t_node *n);
 
39
void Update_P_Lk_Generic(t_tree *tree,t_edge *b_fcus,t_node *n);
 
40
void Update_P_Lk_AA(t_tree *tree,t_edge *b_fcus,t_node *n);
 
41
void Update_P_Lk_Nucl(t_tree *tree,t_edge *b_fcus,t_node *n);
 
42
void Init_P_Lk_Tips_Double(t_tree *tree);
 
43
void Init_P_Lk_Tips_Int(t_tree *tree);
 
44
void Init_P_Lk_At_One_Node(t_node *a, t_tree *tree);
 
45
void Update_PMat_At_Given_Edge(t_edge *b_fcus, t_tree *tree);
 
46
void Sort_Sites_Based_On_Lk(t_tree *tree);
 
47
void Get_Partial_Lk_Scale(t_tree *tree, t_edge *b_fcus, t_node *a, t_node *d);
 
48
void Get_Partial_Lk(t_tree *tree, t_edge *b_fcus, t_node *a, t_node *d);
 
49
void Init_Tips_At_One_Site_Nucleotides_Int(char state, int pos, short int *p_pars);
 
50
void Init_Tips_At_One_Site_AA_Int(char aa, int pos, short int *p_pars);
 
51
void Update_P_Lk_Along_A_Path(t_node **path, int path_length, t_tree *tree);
 
52
phydbl Lk_Dist(phydbl *F, phydbl dist, t_mod *mod);
 
53
phydbl Update_Lk_At_Given_Edge(t_edge *b_fcus, t_tree *tree);
 
54
void Update_P_Lk_Greedy(t_tree *tree, t_edge *b_fcus, t_node *n);
 
55
void Get_All_Partial_Lk_Scale_Greedy(t_tree *tree, t_edge *b_fcus, t_node *a, t_node *d);
 
56
phydbl Lk_Core(int state, int ambiguity_check, t_edge *b, t_tree *tree);
 
57
phydbl Lk_Triplet(t_node *a, t_node *d, t_tree *tree);
 
58
void Print_Lk_Given_Edge_Recurr(t_node *a, t_node *d, t_edge *b, t_tree *tree);
 
59
phydbl *Post_Prob_Rates_At_Given_Edge(t_edge *b, phydbl *post_prob, t_tree *tree);
 
60
phydbl Lk_With_MAP_Branch_Rates(t_tree *tree);
 
61
void Init_Tips_At_One_Site_Generic_Int(char *state, int ns, int state_len, int pos, short int *p_pars);
 
62
void Init_Tips_At_One_Site_Generic_Float(char *state, int ns, int state_len, int pos, phydbl *p_lk);
 
63
void Alias_Subpatt(t_tree *tree);
 
64
void Alias_One_Subpatt(t_node *a, t_node *d, t_tree *tree);
 
65
void Alias_Subpatt_Post(t_node *a, t_node *d, t_tree *tree);
 
66
void Alias_Subpatt_Pre(t_node *a, t_node *d, t_tree *tree);
 
67
void Copy_P_Lk(phydbl *p_lk, int site_from, int site_to, t_tree *tree);
 
68
void Copy_Scale(int *scale, int site_from, int site_to, t_tree *tree);
 
69
void Init_P_Lk_Loc(t_tree *tree);
 
70
phydbl Lk_Normal_Approx(t_tree *tree);
 
71
phydbl Wrap_Lk(t_edge *b, t_tree *tree, supert_tree *stree);
 
72
phydbl Wrap_Lk_At_Given_Edge(t_edge *b, t_tree *tree, supert_tree *stree);
 
73
phydbl Wrap_Part_Lk_At_Given_Edge(t_edge *b, t_tree *tree, supert_tree *stree);
 
74
phydbl Wrap_Part_Lk(t_edge *b, t_tree *tree, supert_tree *stree);
 
75
phydbl Wrap_Geo_Lk(t_edge *b, t_tree *tree, supert_tree *stree);
 
76
phydbl Wrap_Diff_Lk_Norm_At_Given_Edge(t_edge *b, t_tree *tree, supert_tree *stree);
 
77
phydbl Wrap_Lk_Rates(t_edge *b, t_tree *tree, supert_tree *stree);
 
78
phydbl Wrap_Lk_Linreg(t_edge *b, t_tree *tree, supert_tree *stree);
 
79
void Sample_Ancestral_Seq(int mutmap, int fromprior, t_tree *tree);
 
80
void Map_Mutations(t_node *a, t_node *d, int sa, int sd, t_edge *b, int site, int rate_cat, int *muttype, phydbl *muttime, int *n_mut, t_tree *tree);
 
81
void Sample_Ancestral_Seq_Pre(t_node *a, t_node *d, t_edge *b, 
 
82
                              int site, int rate_cat, 
 
83
                              int *muttype, phydbl *muttime, int *n_mut, 
 
84
                              int mutmap, int fromprior, t_tree *tree);
 
85
phydbl Wrap_Lk_Times(t_edge *b, t_tree *tree, supert_tree *stree);
 
86
phydbl Lk_LastFirst(t_tree *tree);
 
87
phydbl Invariant_Lk(int *fact_sum_scale, int site, int *num_prec_issue, t_tree *tree);
 
88
void Rate_Correction(int exponent, phydbl *site_lk_cat, t_tree *tree);
 
89
int Check_Lk_At_Given_Edge(int verbose, t_tree *tree);
 
90
void ML_Ancestral_Sequences_One_Node(t_node *mixt_d, t_tree *mixt_tree);
 
91
void ML_Ancestral_Sequences(t_tree *tree);
 
92
 
 
93
#endif
 
94
 
 
95
 
 
96
 
 
97
 
 
98
 
 
99