← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/jessie/arb/jessie

« back to all changes in this revision

Viewing changes to UNIT_TESTER/run/xsub/ap2x.out.expected

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Elmar Pruesse, Andreas Tille, Elmar Pruesse
  • Date: 2014-09-02 15:15:06 UTC
  • mfrom: (1.1.6)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20140902151506-jihq58b3iz342wif
Tags: 6.0.2-1
http://bugs.debian.org/741890
http://bugs.debian.org/757497
[ Andreas Tille ]
* New upstream version
  Closes: #741890
* debian/upstream -> debian/upstream/metadata
* debian/control:
   - Build-Depends: added libglib2.0-dev
   - Depends: added mafft, mrbayes
* debian/rules
   - Add explicite --remove-section=.comment option to manual strip call
* cme fix dpkg-control
* arb-common.dirs: Do not create unneeded lintian dir
* Add turkish debconf translation (thanks for the patch to Mert Dirik
  <mertdirik@gmail.com>)
  Closes: #757497

[ Elmar Pruesse ]
* patches removed:
   - 10_config.makefiles.patch,
     80_no_GL.patch
       removed in favor of creating file from config.makefile.template via 
       sed in debian/control
   - 20_Makefile_main.patch
       merged upstream
   - 21_Makefiles.patch
       no longer needed
   - 30_tmpfile_CVE-2008-5378.patch: 
       merged upstream
   - 50_fix_gcc-4.8.patch:
       merged upstream
   - 40_add_libGLU.patch:
       libGLU not needed for arb_ntree)
   - 60_use_debian_packaged_raxml.patch:
       merged upstream
   - 70_hardening.patch
       merged upstream
   - 72_add_math_lib_to_linker.patch
       does not appear to be needed
* patches added:
   - 10_upstream_r12793__show_db_load_progress:
       backported patch showing progress while ARB is loading a database
       (needed as indicator/splash screen while ARB is launching)
   - 20_upstream_r12794__socket_permissions:
       backported security fix
   - 30_upstream_r12814__desktop_keywords:
       backported add keywords to desktop (fixes lintian warning)
   - 40_upstream_r12815__lintian_spelling:
       backported fix for lintian reported spelling errors
   - 50_private_nameservers
       change configuration to put nameservers into users home dirs
       (avoids need for shared writeable directory)
   - 60_use_debian_phyml
       use phyml from debian package for both interfaces in ARB
* debian/rules:
   - create config.makefile from override_dh_configure target
   - use "make tarfile" in override_dh_install
   - remove extra cleaning not needed for ARB 6
   - use "dh_install --list-missing" to avoid missing files
   - added override_dh_fixperms target
* debian/control:
   - added libarb-dev package
   - Depends: added phyml, xdg-utils
   - Suggests: removed phyml
   - fix lintian duplicate-short-description (new descriptions)
* debian/*.install:
   - "unrolled" confusing globbing to select files
   - pick files from debian/tmp
   - moved all config files to /etc/arb
* debian/arb-common.templates: updated
* scripts:
   - removed arb-add-pt-server
   - launch-wrapper: 
     - only add demo.arb to newly created $ARBUSERDATA
     - pass commandline arguments through bin/arb wrapper
   - preinst: removing old PT server index files on upgrade from 5.5*
   - postinst: set setgid on shared PT dir
* rewrote arb.1 manfile
* added file icon for ARB databases
* using upstream arb_tcp.dat

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
UNIT_TESTER/run/xsub/ap2x.out.expected
 
1
/* This file has been generated from
 
2
 *    default.xs and
 
3
 *    ptype.header
 
4
 */
 
5
 
 
6
/* --------------------------------------------------------------------------------
 
7
 *  File      : default.xs
 
8
 *  Purpose   : some input for arb_proto_2_xsub unit-test
 
9
 * -------------------------------------------------------------------------------- */
 
10
 
 
11
#ifndef __cplusplus
 
12
#error please compile as C++
 
13
#endif
 
14
 
 
15
#include "XSUB.h"
 
16
 
 
17
static GB_shell4perl perl_shell;
 
18
 
 
19
/* --------------------------------------------------------------------------------
 
20
 * the following functions are hand-coded in ARB.default.xs:
 
21
 */
 
22
 
 
23
MODULE = FAKE PACKAGE = ARB PREFIX = P2A_
 
24
PROTOTYPES: ENABLE
 
25
 
 
26
 
 
27
MODULE = FAKE PACKAGE = BIO PREFIX = P2AT_
 
28
 
 
29
 
 
30
# --------------------------------------------------------------------------------
 
31
# functions below are auto-generated by ../../../PERLTOOLS/arb_proto_2_xsub.cxx
 
32
# using prototypes from ptype.header
 
33
# --------------------------------------------------------------------------------
 
34
 
 
35
# --------------------------------------------------------------------------------
 
36
MODULE = ARB  PACKAGE = ARB  PREFIX = P2A_
 
37
 
 
38
char *
 
39
P2A_get_type_name(gbd)
 
40
    GBDATA *gbd
 
41
 
 
42
  CODE:
 
43
    RETVAL = const_cast<char *>(GB_get_type_name(gbd));
 
44
 
 
45
  OUTPUT:
 
46
    RETVAL
 
47
 
 
48
 
 
49
void
 
50
P2A_dump_db_path(gbd)
 
51
    GBDATA *gbd
 
52
 
 
53
  PPCODE:
 
54
    GB_dump_db_path(gbd);
 
55
 
 
56
 
 
57
char *
 
58
P2A_fix_database(gb_main)
 
59
    GBDATA *gb_main
 
60
 
 
61
  CODE:
 
62
    RETVAL = const_cast<char *>(GB_fix_database(gb_main));
 
63
 
 
64
  OUTPUT:
 
65
    RETVAL
 
66
 
 
67
 
 
68
void
 
69
P2A_set_verbose()
 
70
 
 
71
  PPCODE:
 
72
    GB_set_verbose();
 
73
 
 
74
 
 
75
void
 
76
P2A_set_next_main_idx(idx)
 
77
    long idx
 
78
 
 
79
  PPCODE:
 
80
    GB_set_next_main_idx(idx);
 
81
 
 
82
 
 
83
GBDATA *
 
84
P2A_open(path, opent)
 
85
    char *path
 
86
    char *opent
 
87
 
 
88
  CODE:
 
89
    RETVAL = GB_open(const_cast<const char *>(path), const_cast<const char *>(opent));
 
90
 
 
91
  OUTPUT:
 
92
    RETVAL
 
93
 
 
94
 
 
95
char *
 
96
P2A_delete_database(filename)
 
97
    char *filename
 
98
 
 
99
  CODE:
 
100
    RETVAL = const_cast<char *>(GB_delete_database(const_cast<const char *>(filename)));
 
101
 
 
102
  OUTPUT:
 
103
    RETVAL
 
104
 
 
105
 
 
106
char *
 
107
P2A_set_cache_size(gbd, size)
 
108
    GBDATA *gbd
 
109
    size_t size
 
110
 
 
111
  CODE:
 
112
    freeset(static_pntr, GB_set_cache_size(gbd, size));
 
113
    RETVAL = static_pntr;
 
114
 
 
115
  OUTPUT:
 
116
    RETVAL
 
117
 
 
118
 
 
119
char *
 
120
P2A_create_index(gbd, key, case_sens, estimated_size)
 
121
    GBDATA *gbd
 
122
    char *key
 
123
    char *case_sens
 
124
    long estimated_size
 
125
 
 
126
  CODE:
 
127
    RETVAL = const_cast<char *>(GB_create_index(gbd, const_cast<const char *>(key), GBP_charPtr_2_GB_CASE(const_cast<const char *>(case_sens)), estimated_size));
 
128
 
 
129
  OUTPUT:
 
130
    RETVAL
 
131
 
 
132
 
 
133
char *
 
134
P2A_request_undo_type(gb_main, type)
 
135
    GBDATA *gb_main
 
136
    char *type
 
137
 
 
138
  CODE:
 
139
    RETVAL = const_cast<char *>(GB_request_undo_type(gb_main, GBP_charPtr_2_GB_UNDO_TYPE(const_cast<const char *>(type))));
 
140
 
 
141
  OUTPUT:
 
142
    RETVAL
 
143
 
 
144
 
 
145
char *
 
146
P2A_get_requested_undo_type(gb_main)
 
147
    GBDATA *gb_main
 
148
 
 
149
  CODE:
 
150
    RETVAL = const_cast<char *>(GBP_GB_UNDO_TYPE_2_charPtr(GB_get_requested_undo_type(gb_main)));
 
151
 
 
152
  OUTPUT:
 
153
    RETVAL
 
154
 
 
155
 
 
156
char *
 
157
P2A_undo(gb_main, type)
 
158
    GBDATA *gb_main
 
159
    char *type
 
160
 
 
161
  CODE:
 
162
    RETVAL = const_cast<char *>(GB_undo(gb_main, GBP_charPtr_2_GB_UNDO_TYPE(const_cast<const char *>(type))));
 
163
 
 
164
  OUTPUT:
 
165
    RETVAL
 
166
 
 
167
 
 
168
GBDATA *
 
169
P2A_find(gbd, key, gbs)
 
170
    GBDATA *gbd
 
171
    char *key
 
172
    char *gbs
 
173
 
 
174
  CODE:
 
175
    RETVAL = GB_find(gbd, const_cast<const char *>(key), GBP_charPtr_2_GB_SEARCH_TYPE(const_cast<const char *>(gbs)));
 
176
 
 
177
  OUTPUT:
 
178
    RETVAL
 
179
 
 
180
 
 
181
GBDATA *
 
182
P2A_find_string(gbd, key, str, case_sens, gbs)
 
183
    GBDATA *gbd
 
184
    char *key
 
185
    char *str
 
186
    char *case_sens
 
187
    char *gbs
 
188
 
 
189
  CODE:
 
190
    RETVAL = GB_find_string(gbd, const_cast<const char *>(key), const_cast<const char *>(str), GBP_charPtr_2_GB_CASE(const_cast<const char *>(case_sens)), GBP_charPtr_2_GB_SEARCH_TYPE(const_cast<const char *>(gbs)));
 
191
 
 
192
  OUTPUT:
 
193
    RETVAL
 
194
 
 
195
 
 
196
char *
 
197
P2A_command_interpreter(gb_main, str, commands, gbd, default_tree_name)
 
198
    GBDATA *gb_main
 
199
    char *str
 
200
    char *commands
 
201
    GBDATA *gbd
 
202
    char *default_tree_name
 
203
 
 
204
  CODE:
 
205
    freeset(static_pntr, GB_command_interpreter(gb_main, const_cast<const char *>(str), const_cast<const char *>(commands), gbd, const_cast<const char *>(default_tree_name)));
 
206
    RETVAL = static_pntr;
 
207
 
 
208
  OUTPUT:
 
209
    RETVAL
 
210
 
 
211
 
 
212
GB_ULONG
 
213
P2A_time_of_day()
 
214
 
 
215
  CODE:
 
216
    RETVAL = GB_time_of_day();
 
217
 
 
218
  OUTPUT:
 
219
    RETVAL
 
220
 
 
221
 
 
222
double
 
223
P2A_atof(str)
 
224
    char *str
 
225
 
 
226
  CODE:
 
227
    RETVAL = GB_atof(const_cast<const char *>(str));
 
228
 
 
229
  OUTPUT:
 
230
    RETVAL
 
231
 
 
232
 
 
233
char *
 
234
P2A_read_type(gbd)
 
235
    GBDATA *gbd
 
236
 
 
237
  CODE:
 
238
    RETVAL = const_cast<char *>(GBP_GB_TYPES_2_charPtr(GB_read_type(gbd)));
 
239
 
 
240
  OUTPUT:
 
241
    RETVAL
 
242
 
 
243
 
 
244
GBDATA *
 
245
P2A_create(father, key, type)
 
246
    GBDATA *father
 
247
    char *key
 
248
    char *type
 
249
 
 
250
  CODE:
 
251
    RETVAL = GB_create(father, const_cast<const char *>(key), GBP_charPtr_2_GB_TYPES(const_cast<const char *>(type)));
 
252
 
 
253
  OUTPUT:
 
254
    RETVAL
 
255
 
 
256
 
 
257
# --------------------------------------------------------------------------------
 
258
MODULE = ARB  PACKAGE = BIO  PREFIX = P2AT_
 
259
 
 
260
bool
 
261
P2AT_is_genome_db(gb_main, default_value)
 
262
    GBDATA *gb_main
 
263
    int default_value
 
264
 
 
265
  CODE:
 
266
    RETVAL = GEN_is_genome_db(gb_main, default_value);
 
267
 
 
268
  OUTPUT:
 
269
    RETVAL
 
270
 
 
271
 
 
272
char *
 
273
P2AT_origin_organism(gb_pseudo)
 
274
    GBDATA *gb_pseudo
 
275
 
 
276
  CODE:
 
277
    RETVAL = const_cast<char *>(GEN_origin_organism(gb_pseudo));
 
278
 
 
279
  OUTPUT:
 
280
    RETVAL
 
281
 
 
282
 
 
283
long
 
284
P2AT_get_organism_count(gb_main)
 
285
    GBDATA *gb_main
 
286
 
 
287
  CODE:
 
288
    RETVAL = GEN_get_organism_count(gb_main);
 
289
 
 
290
  OUTPUT:
 
291
    RETVAL
 
292
 
 
293
 
 
294
char *
 
295
P2AT_global_gene_identifier(gb_gene, gb_organism)
 
296
    GBDATA *gb_gene
 
297
    GBDATA *gb_organism
 
298
 
 
299
  CODE:
 
300
    freeset(static_pntr, GEN_global_gene_identifier(gb_gene, gb_organism));
 
301
    RETVAL = static_pntr;
 
302
 
 
303
  OUTPUT:
 
304
    RETVAL
 
305
 
 
306
 
 
307
char *
 
308
P2AT_check_arb_file(name)
 
309
    char *name
 
310
 
 
311
  CODE:
 
312
    RETVAL = const_cast<char *>(GBT_check_arb_file(const_cast<const char *>(name)));
 
313
 
 
314
  OUTPUT:
 
315
    RETVAL
 
316
 
 
317
 
 
318
char *
 
319
P2AT_get_type_of_changekey(gb_main, field_name, change_key_path)
 
320
    GBDATA *gb_main
 
321
    char *field_name
 
322
    char *change_key_path
 
323
 
 
324
  CODE:
 
325
    RETVAL = const_cast<char *>(GBP_GB_TYPES_2_charPtr(GBT_get_type_of_changekey(gb_main, const_cast<const char *>(field_name), const_cast<const char *>(change_key_path))));
 
326
 
 
327
  OUTPUT:
 
328
    RETVAL
 
329
 
 
330
 
 
331
char *
 
332
P2AT_write_sequence(gb_data, ali_name, ali_len, sequence)
 
333
    GBDATA *gb_data
 
334
    char *ali_name
 
335
    long ali_len
 
336
    char *sequence
 
337
 
 
338
  CODE:
 
339
    RETVAL = const_cast<char *>(GBT_write_sequence(gb_data, const_cast<const char *>(ali_name), ali_len, const_cast<const char *>(sequence)));
 
340
 
 
341
  OUTPUT:
 
342
    RETVAL
 
343
 
 
344