← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/jessie/arb/jessie

« back to all changes in this revision

Viewing changes to GDE/MrBAYES/mrbayes_3.2.1/utils.h

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Elmar Pruesse, Andreas Tille, Elmar Pruesse
  • Date: 2014-09-02 15:15:06 UTC
  • mfrom: (1.1.6)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20140902151506-jihq58b3iz342wif
Tags: 6.0.2-1
http://bugs.debian.org/741890
http://bugs.debian.org/757497
[ Andreas Tille ]
* New upstream version
  Closes: #741890
* debian/upstream -> debian/upstream/metadata
* debian/control:
   - Build-Depends: added libglib2.0-dev
   - Depends: added mafft, mrbayes
* debian/rules
   - Add explicite --remove-section=.comment option to manual strip call
* cme fix dpkg-control
* arb-common.dirs: Do not create unneeded lintian dir
* Add turkish debconf translation (thanks for the patch to Mert Dirik
  <mertdirik@gmail.com>)
  Closes: #757497

[ Elmar Pruesse ]
* patches removed:
   - 10_config.makefiles.patch,
     80_no_GL.patch
       removed in favor of creating file from config.makefile.template via 
       sed in debian/control
   - 20_Makefile_main.patch
       merged upstream
   - 21_Makefiles.patch
       no longer needed
   - 30_tmpfile_CVE-2008-5378.patch: 
       merged upstream
   - 50_fix_gcc-4.8.patch:
       merged upstream
   - 40_add_libGLU.patch:
       libGLU not needed for arb_ntree)
   - 60_use_debian_packaged_raxml.patch:
       merged upstream
   - 70_hardening.patch
       merged upstream
   - 72_add_math_lib_to_linker.patch
       does not appear to be needed
* patches added:
   - 10_upstream_r12793__show_db_load_progress:
       backported patch showing progress while ARB is loading a database
       (needed as indicator/splash screen while ARB is launching)
   - 20_upstream_r12794__socket_permissions:
       backported security fix
   - 30_upstream_r12814__desktop_keywords:
       backported add keywords to desktop (fixes lintian warning)
   - 40_upstream_r12815__lintian_spelling:
       backported fix for lintian reported spelling errors
   - 50_private_nameservers
       change configuration to put nameservers into users home dirs
       (avoids need for shared writeable directory)
   - 60_use_debian_phyml
       use phyml from debian package for both interfaces in ARB
* debian/rules:
   - create config.makefile from override_dh_configure target
   - use "make tarfile" in override_dh_install
   - remove extra cleaning not needed for ARB 6
   - use "dh_install --list-missing" to avoid missing files
   - added override_dh_fixperms target
* debian/control:
   - added libarb-dev package
   - Depends: added phyml, xdg-utils
   - Suggests: removed phyml
   - fix lintian duplicate-short-description (new descriptions)
* debian/*.install:
   - "unrolled" confusing globbing to select files
   - pick files from debian/tmp
   - moved all config files to /etc/arb
* debian/arb-common.templates: updated
* scripts:
   - removed arb-add-pt-server
   - launch-wrapper: 
     - only add demo.arb to newly created $ARBUSERDATA
     - pass commandline arguments through bin/arb wrapper
   - preinst: removing old PT server index files on upgrade from 5.5*
   - postinst: set setgid on shared PT dir
* rewrote arb.1 manfile
* added file icon for ARB databases
* using upstream arb_tcp.dat

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
GDE/MrBAYES/mrbayes_3.2.1/utils.h
 
1
#include <stdarg.h>
 
2
#include <stdio.h>
 
3
#include <string.h>
 
4
#include <assert.h>
 
5
 
 
6
 
 
7
typedef struct
 
8
        {
 
9
    MrBFlt          mean;
 
10
    MrBFlt          median;
 
11
    MrBFlt          lower;
 
12
    MrBFlt          upper;
 
13
    MrBFlt          var;
 
14
    MrBFlt          PSRF;
 
15
    MrBFlt          avrESS;
 
16
    MrBFlt          minESS;
 
17
        }
 
18
        Stat;
 
19
 
 
20
 
 
21
int      AddBitfield (SafeLong ***list, int listLen, int *set, int setLen);
 
22
#if defined (SSE_ENABLED)
 
23
void     AlignedSafeFree(void **ptr);
 
24
#endif
 
25
void     ClearBit (int i, SafeLong *bits);
 
26
void     ClearBits (SafeLong *bits, int nLongs);
 
27
int      CopyResults (FILE *toFile, char *fromFileName, int lastGen);
 
28
int      CopyProcessSsFile (FILE *toFile, char *fromFileName, int lastStep, MrBFlt *marginalLnLSS, MrBFlt *splitfreqSS);
 
29
int      CopyTreeResults (FILE *toFile, char *fromFileName, int lastGen, int *treeNum);
 
30
int      FirstTaxonInPartition (SafeLong *partition, int length);
 
31
SafeLong FirstTree (FILE *fp, char *lineBuf, int longestLine);
 
32
int      Flip01 (int x);
 
33
void     FlipBits (SafeLong *partition, int length, SafeLong *mask);
 
34
void     FlipOneBit (int n, SafeLong *p);
 
35
int      FromGrowthFxnToIndex(int *growthFxn);
 
36
void     FromIndexToGrowthFxn(int index, int *growthFxn);
 
37
void     GetIntSummary (int **vals, int nRows, int *rowCount, Stat *theStats, int HPD);
 
38
int      GetKFromGrowthFxn(int *growthFxn);
 
39
void     GetSummary (MrBFlt **vals, int nRows, int *rowCount, Stat *theStats, int HPD);
 
40
int      HarmonicArithmeticMeanOnLogs (MrBFlt *vals, int nVals, MrBFlt *mean, MrBFlt *harm_mean);
 
41
int      IsBitSet (int i, SafeLong *bits);
 
42
int      IsConsistentWith (const char *token, const char *expected);
 
43
int      IsPartNested (SafeLong *smaller, SafeLong *larger, int length);
 
44
int      IsPartCompatible (SafeLong *smaller, SafeLong *larger, int length);
 
45
int      IsSectionEmpty (SafeLong *bitField1, SafeLong *bitField2, int length);
 
46
int      IsUnionEqThird (SafeLong *bitField1, SafeLong *bitField2, SafeLong *bitField3, int length);
 
47
SafeLong LastBlock (FILE *fp, char *lineBuf, int longestLine);
 
48
int              LineTermType (FILE *fp);
 
49
int      LongestLine (FILE *fp);
 
50
void     LowerUpperMedian (MrBFlt *vals, int nVals, MrBFlt *lower, MrBFlt *upper, MrBFlt *median);
 
51
void     LowerUpperMedianHPD (MrBFlt *vals, int nVals, MrBFlt *lower, MrBFlt *upper, MrBFlt *median);
 
52
void     MeanVariance (MrBFlt *vals, int nVals, MrBFlt *mean, MrBFlt *var);
 
53
void MeanVarianceLog (MrBFlt *vals, int nVals, MrBFlt *mean, MrBFlt *var, MrBFlt *varEst );
 
54
int      NextTaxonInPartition (int currentTaxon, SafeLong *partition, int length);
 
55
int      NumBits (SafeLong *x, int len);
 
56
char    *MbPrintNum (MrBFlt num);
 
57
void     MrBayesPrint (char *format, ...);
 
58
void     MrBayesPrintf (FILE *f, char *format, ...);
 
59
FILE    *OpenBinaryFileR (char *name);
 
60
FILE    *OpenTextFileA (char *name);
 
61
FILE    *OpenTextFileR (char *name);
 
62
FILE    *OpenTextFileRQuait (char *name);
 
63
FILE    *OpenTextFileW (char *name);
 
64
MrBFlt   PotentialScaleReduction (MrBFlt **vals, int nRows, int *count);
 
65
void     EstimatedSampleSize (MrBFlt **vals, int nRuns, int *count, MrBFlt *returnESS);
 
66
void    *SafeCalloc(size_t n, size_t s);
 
67
int      SafeFclose(FILE **fp);
 
68
void     SafeFree(void **ptr);
 
69
void    *SafeMalloc(size_t s);
 
70
void    *SafeRealloc(void *ptr, size_t s);
 
71
char    *SafeStrcat(char **target, const char *source);
 
72
char    *SafeStrcpy (char **target, const char *source);
 
73
void     SetBit (int i, SafeLong *bits);
 
74
void     SortInts(int *item, int *assoc, int count, int descendingOrder);
 
75
void     SortInts2(int *item, int *assoc, int left, int right, int descendingOrder);
 
76
void     SortMrBFlt (MrBFlt *item, int left, int right);
 
77
int      StrCmpCaseInsensitive (char *s, char *t);
 
78
void     StripComments (char *s);
 
79
FILE    *TestOpenTextFileR (char *name);
 
80
void     UpdateGrowthFxn(int *growthFxn);
 
81
int      UpperTriangIndex(int i, int j, int size);
 
82
int      WantTo (const char *msg);