~ubuntu-branches/debian/jessie/arb/jessie

« back to all changes in this revision

Viewing changes to ARBDB/ad_t_lpro.h

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Elmar Pruesse, Andreas Tille, Elmar Pruesse
  • Date: 2014-09-02 15:15:06 UTC
  • mfrom: (1.1.6)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20140902151506-jihq58b3iz342wif
Tags: 6.0.2-1
[ Andreas Tille ]
* New upstream version
  Closes: #741890
* debian/upstream -> debian/upstream/metadata
* debian/control:
   - Build-Depends: added libglib2.0-dev
   - Depends: added mafft, mrbayes
* debian/rules
   - Add explicite --remove-section=.comment option to manual strip call
* cme fix dpkg-control
* arb-common.dirs: Do not create unneeded lintian dir
* Add turkish debconf translation (thanks for the patch to Mert Dirik
  <mertdirik@gmail.com>)
  Closes: #757497

[ Elmar Pruesse ]
* patches removed:
   - 10_config.makefiles.patch,
     80_no_GL.patch
       removed in favor of creating file from config.makefile.template via 
       sed in debian/control
   - 20_Makefile_main.patch
       merged upstream
   - 21_Makefiles.patch
       no longer needed
   - 30_tmpfile_CVE-2008-5378.patch: 
       merged upstream
   - 50_fix_gcc-4.8.patch:
       merged upstream
   - 40_add_libGLU.patch:
       libGLU not needed for arb_ntree)
   - 60_use_debian_packaged_raxml.patch:
       merged upstream
   - 70_hardening.patch
       merged upstream
   - 72_add_math_lib_to_linker.patch
       does not appear to be needed
* patches added:
   - 10_upstream_r12793__show_db_load_progress:
       backported patch showing progress while ARB is loading a database
       (needed as indicator/splash screen while ARB is launching)
   - 20_upstream_r12794__socket_permissions:
       backported security fix
   - 30_upstream_r12814__desktop_keywords:
       backported add keywords to desktop (fixes lintian warning)
   - 40_upstream_r12815__lintian_spelling:
       backported fix for lintian reported spelling errors
   - 50_private_nameservers
       change configuration to put nameservers into users home dirs
       (avoids need for shared writeable directory)
   - 60_use_debian_phyml
       use phyml from debian package for both interfaces in ARB
* debian/rules:
   - create config.makefile from override_dh_configure target
   - use "make tarfile" in override_dh_install
   - remove extra cleaning not needed for ARB 6
   - use "dh_install --list-missing" to avoid missing files
   - added override_dh_fixperms target
* debian/control:
   - added libarb-dev package
   - Depends: added phyml, xdg-utils
   - Suggests: removed phyml
   - fix lintian duplicate-short-description (new descriptions)
* debian/*.install:
   - "unrolled" confusing globbing to select files
   - pick files from debian/tmp
   - moved all config files to /etc/arb
* debian/arb-common.templates: updated
* scripts:
   - removed arb-add-pt-server
   - launch-wrapper: 
     - only add demo.arb to newly created $ARBUSERDATA
     - pass commandline arguments through bin/arb wrapper
   - preinst: removing old PT server index files on upgrade from 5.5*
   - postinst: set setgid on shared PT dir
* rewrote arb.1 manfile
* added file icon for ARB databases
* using upstream arb_tcp.dat

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
1
 
/*
2
 
 * Internal toolkit.
3
 
 *
4
 
 * This file is generated by aisc_mkpt.
5
 
 * Any changes you make here will be overwritten later!
6
 
 *
7
 
 */
8
 
 
9
 
#ifndef AD_T_LPRO_H
10
 
#define AD_T_LPRO_H
11
 
 
12
 
#ifndef P_
13
 
# error P_ is not defined
14
 
#endif
15
 
 
16
 
/* define ARB attributes: */
17
 
#ifndef ATTRIBUTES_H
18
 
# include <attributes.h>
19
 
#endif
20
 
 
21
 
#ifdef __cplusplus
22
 
extern "C" {
23
 
#endif
24
 
 
25
 
 
26
 
/* adseqcompr.c */
27
 
char *gb_compress_seq_by_master P_((const char *master, int master_len, int master_index, GBQUARK q, const char *seq, long seq_len, long *memsize, int old_flag));
28
 
char *gb_compress_sequence_by_master P_((GBDATA *gbd, const char *master, int master_len, int master_index, GBQUARK q, const char *seq, int seq_len, long *memsize));
29
 
char *gb_uncompress_by_sequence P_((GBDATA *gbd, const char *ss, long size, GB_ERROR *error, long *new_size));
30
 
 
31
 
/* adtables.c */
32
 
GBDATA *gbt_table_link_follower P_((GBDATA *gb_main, GBDATA *gb_link, const char *link));
33
 
 
34
 
/* adChangeKey.c */
35
 
GB_ERROR gbt_set_type_of_changekey P_((GBDATA *gb_main, const char *field_name, GB_TYPES type, const char *change_key_path));
36
 
 
37
 
/* adtree.c */
38
 
GBT_TREE *gbt_read_tree_rek P_((char **data, long *startid, GBDATA **gb_tree_nodes, long structure_size, int size_of_tree, GB_ERROR *error));
39
 
int gbt_sum_leafs P_((GBT_TREE *tree));
40
 
GB_CSTR *gbt_fill_species_names P_((GB_CSTR *des, GBT_TREE *tree));
41
 
 
42
 
/* adname.c */
43
 
GB_ERROR gbt_rename_tree_rek P_((GBT_TREE *tree, int tree_index));
44
 
 
45
 
#ifdef __cplusplus
46
 
}
47
 
#endif
48
 
 
49
 
#else
50
 
#error ad_t_lpro.h included twice
51
 
#endif /* AD_T_LPRO_H */