← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/jessie/arb/jessie

« back to all changes in this revision

Viewing changes to ARBDB/ad_config.h

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Elmar Pruesse, Andreas Tille, Elmar Pruesse
  • Date: 2014-09-02 15:15:06 UTC
  • mfrom: (1.1.6)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20140902151506-jihq58b3iz342wif
Tags: 6.0.2-1
http://bugs.debian.org/741890
http://bugs.debian.org/757497
[ Andreas Tille ]
* New upstream version
  Closes: #741890
* debian/upstream -> debian/upstream/metadata
* debian/control:
   - Build-Depends: added libglib2.0-dev
   - Depends: added mafft, mrbayes
* debian/rules
   - Add explicite --remove-section=.comment option to manual strip call
* cme fix dpkg-control
* arb-common.dirs: Do not create unneeded lintian dir
* Add turkish debconf translation (thanks for the patch to Mert Dirik
  <mertdirik@gmail.com>)
  Closes: #757497

[ Elmar Pruesse ]
* patches removed:
   - 10_config.makefiles.patch,
     80_no_GL.patch
       removed in favor of creating file from config.makefile.template via 
       sed in debian/control
   - 20_Makefile_main.patch
       merged upstream
   - 21_Makefiles.patch
       no longer needed
   - 30_tmpfile_CVE-2008-5378.patch: 
       merged upstream
   - 50_fix_gcc-4.8.patch:
       merged upstream
   - 40_add_libGLU.patch:
       libGLU not needed for arb_ntree)
   - 60_use_debian_packaged_raxml.patch:
       merged upstream
   - 70_hardening.patch
       merged upstream
   - 72_add_math_lib_to_linker.patch
       does not appear to be needed
* patches added:
   - 10_upstream_r12793__show_db_load_progress:
       backported patch showing progress while ARB is loading a database
       (needed as indicator/splash screen while ARB is launching)
   - 20_upstream_r12794__socket_permissions:
       backported security fix
   - 30_upstream_r12814__desktop_keywords:
       backported add keywords to desktop (fixes lintian warning)
   - 40_upstream_r12815__lintian_spelling:
       backported fix for lintian reported spelling errors
   - 50_private_nameservers
       change configuration to put nameservers into users home dirs
       (avoids need for shared writeable directory)
   - 60_use_debian_phyml
       use phyml from debian package for both interfaces in ARB
* debian/rules:
   - create config.makefile from override_dh_configure target
   - use "make tarfile" in override_dh_install
   - remove extra cleaning not needed for ARB 6
   - use "dh_install --list-missing" to avoid missing files
   - added override_dh_fixperms target
* debian/control:
   - added libarb-dev package
   - Depends: added phyml, xdg-utils
   - Suggests: removed phyml
   - fix lintian duplicate-short-description (new descriptions)
* debian/*.install:
   - "unrolled" confusing globbing to select files
   - pick files from debian/tmp
   - moved all config files to /etc/arb
* debian/arb-common.templates: updated
* scripts:
   - removed arb-add-pt-server
   - launch-wrapper: 
     - only add demo.arb to newly created $ARBUSERDATA
     - pass commandline arguments through bin/arb wrapper
   - preinst: removing old PT server index files on upgrade from 5.5*
   - postinst: set setgid on shared PT dir
* rewrote arb.1 manfile
* added file icon for ARB databases
* using upstream arb_tcp.dat

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
ARBDB/ad_config.h
14
14
#ifndef AD_CONFIG_H
15
15
#define AD_CONFIG_H
16
16
 
17
 
#ifdef __cplusplus
18
 
extern "C" {
 
17
#ifndef ARBDB_BASE_H
 
18
#include "arbdb_base.h"
19
19
#endif
20
20
 
21
 
#define AWAR_CONFIG_DATA "configuration_data"
22
 
#define AWAR_CONFIG      "configuration"
23
 
 
24
 
    GBDATA *GBT_find_configuration(GBDATA *gb_main,const char *name);
25
 
    GBDATA *GBT_create_configuration(GBDATA *gb_main, const char *name);
26
 
 
27
 
    char **GBT_get_configuration_names(GBDATA *gb_main);
28
 
    char **GBT_get_configuration_names_and_count(GBDATA *gb_main, int *countPtr);
29
 
 
30
 
 
31
 
    typedef struct s_gbt_config {
32
 
        char *top_area;
33
 
        char *middle_area;
34
 
    } GBT_config;
35
 
 
36
 
    GBT_config *GBT_load_configuration_data(GBDATA *gb_main, const char *name, GB_ERROR *error);
37
 
 
38
 
    GB_ERROR GBT_save_configuration_data(GBT_config *data, GBDATA *gb_main, const char *name);
39
 
    void     GBT_free_configuration_data(GBT_config *data);
40
 
 
41
 
 
42
 
    typedef enum {
43
 
        CI_UNKNOWN       = 1,
44
 
        CI_GROUP         = 2,
45
 
        CI_FOLDED_GROUP  = 4,
46
 
        CI_SPECIES       = 8,
47
 
        CI_SAI           = 16,
48
 
        CI_CLOSE_GROUP   = 32,
49
 
        CI_END_OF_CONFIG = 64,
50
 
    } gbt_config_item_type;
51
 
 
52
 
    typedef struct s_gbt_config_item {
53
 
        gbt_config_item_type  type;
54
 
        char                 *name;
55
 
    } GBT_config_item;
56
 
 
57
 
    typedef struct s_gbt_config_parser {
58
 
        char *config_string;
59
 
        int   parse_pos;
60
 
    } GBT_config_parser;
61
 
 
62
 
    GBT_config_parser *GBT_start_config_parser(const char *config_string);
63
 
    void               GBT_free_config_parser(GBT_config_parser *parser);
64
 
 
65
 
    GB_ERROR         GBT_parse_next_config_item(GBT_config_parser *parser, GBT_config_item *item);
66
 
    void             GBT_append_to_config_string(const GBT_config_item *item, void *strstruct);
67
 
 
68
 
    GBT_config_item *GBT_create_config_item();
69
 
    void             GBT_free_config_item(GBT_config_item *item);
 
21
#define CONFIG_DATA_PATH "configuration_data"
 
22
#define CONFIG_ITEM      "configuration"
 
23
 
 
24
GBDATA *GBT_find_configuration(GBDATA *gb_main, const char *name);
 
25
GBDATA *GBT_create_configuration(GBDATA *gb_main, const char *name);
 
26
 
 
27
void GBT_get_configuration_names(struct ConstStrArray& configNames, GBDATA *gb_main);
 
28
 
 
29
struct GBT_config {
 
30
    char *top_area;
 
31
    char *middle_area;
 
32
};
 
33
 
 
34
GBT_config *GBT_load_configuration_data(GBDATA *gb_main, const char *name, GB_ERROR *error);
 
35
void        GBT_free_configuration_data(GBT_config *data);
 
36
GB_ERROR    GBT_save_configuration_data(GBT_config *data, GBDATA *gb_main, const char *name);
 
37
 
 
38
enum GBT_CONFIG_ITEM_TYPE {
 
39
    CI_UNKNOWN       = 1,
 
40
    CI_GROUP         = 2,
 
41
    CI_FOLDED_GROUP  = 4,
 
42
    CI_SPECIES       = 8,
 
43
    CI_SAI           = 16,
 
44
    CI_CLOSE_GROUP   = 32,
 
45
    CI_END_OF_CONFIG = 64,
 
46
};
 
47
 
 
48
struct GBT_config_item {
 
49
    GBT_CONFIG_ITEM_TYPE  type;
 
50
    char                 *name;
 
51
};
 
52
 
 
53
struct GBT_config_parser {
 
54
    char *config_string;
 
55
    int   parse_pos;
 
56
};
 
57
 
 
58
GBT_config_parser *GBT_start_config_parser(const char *config_string);
 
59
void               GBT_free_config_parser(GBT_config_parser *parser);
 
60
 
 
61
GB_ERROR         GBT_parse_next_config_item(GBT_config_parser *parser, GBT_config_item *item);
 
62
void             GBT_append_to_config_string(const GBT_config_item *item, struct GBS_strstruct *strstruct);
 
63
 
 
64
GBT_config_item *GBT_create_config_item();
 
65
void             GBT_free_config_item(GBT_config_item *item);
70
66
 
71
67
#if defined(DEBUG)
72
 
        void GBT_test_config_parser(GBDATA *gb_main);
 
68
void GBT_test_config_parser(GBDATA *gb_main);
73
69
#endif // DEBUG
74
70
 
75
 
#ifdef __cplusplus
76
 
}
77
 
#endif
78
 
 
79
71
#else
80
72
#error ad_config.h included twice
81
73
#endif // AD_CONFIG_H