← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/jessie/arb/jessie

« back to all changes in this revision

Viewing changes to debian/upstream/metadata

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Elmar Pruesse, Andreas Tille, Elmar Pruesse
  • Date: 2014-09-02 15:15:06 UTC
  • mfrom: (1.1.6)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20140902151506-jihq58b3iz342wif
Tags: 6.0.2-1
http://bugs.debian.org/741890
http://bugs.debian.org/757497
[ Andreas Tille ]
* New upstream version
  Closes: #741890
* debian/upstream -> debian/upstream/metadata
* debian/control:
   - Build-Depends: added libglib2.0-dev
   - Depends: added mafft, mrbayes
* debian/rules
   - Add explicite --remove-section=.comment option to manual strip call
* cme fix dpkg-control
* arb-common.dirs: Do not create unneeded lintian dir
* Add turkish debconf translation (thanks for the patch to Mert Dirik
  <mertdirik@gmail.com>)
  Closes: #757497

[ Elmar Pruesse ]
* patches removed:
   - 10_config.makefiles.patch,
     80_no_GL.patch
       removed in favor of creating file from config.makefile.template via 
       sed in debian/control
   - 20_Makefile_main.patch
       merged upstream
   - 21_Makefiles.patch
       no longer needed
   - 30_tmpfile_CVE-2008-5378.patch: 
       merged upstream
   - 50_fix_gcc-4.8.patch:
       merged upstream
   - 40_add_libGLU.patch:
       libGLU not needed for arb_ntree)
   - 60_use_debian_packaged_raxml.patch:
       merged upstream
   - 70_hardening.patch
       merged upstream
   - 72_add_math_lib_to_linker.patch
       does not appear to be needed
* patches added:
   - 10_upstream_r12793__show_db_load_progress:
       backported patch showing progress while ARB is loading a database
       (needed as indicator/splash screen while ARB is launching)
   - 20_upstream_r12794__socket_permissions:
       backported security fix
   - 30_upstream_r12814__desktop_keywords:
       backported add keywords to desktop (fixes lintian warning)
   - 40_upstream_r12815__lintian_spelling:
       backported fix for lintian reported spelling errors
   - 50_private_nameservers
       change configuration to put nameservers into users home dirs
       (avoids need for shared writeable directory)
   - 60_use_debian_phyml
       use phyml from debian package for both interfaces in ARB
* debian/rules:
   - create config.makefile from override_dh_configure target
   - use "make tarfile" in override_dh_install
   - remove extra cleaning not needed for ARB 6
   - use "dh_install --list-missing" to avoid missing files
   - added override_dh_fixperms target
* debian/control:
   - added libarb-dev package
   - Depends: added phyml, xdg-utils
   - Suggests: removed phyml
   - fix lintian duplicate-short-description (new descriptions)
* debian/*.install:
   - "unrolled" confusing globbing to select files
   - pick files from debian/tmp
   - moved all config files to /etc/arb
* debian/arb-common.templates: updated
* scripts:
   - removed arb-add-pt-server
   - launch-wrapper: 
     - only add demo.arb to newly created $ARBUSERDATA
     - pass commandline arguments through bin/arb wrapper
   - preinst: removing old PT server index files on upgrade from 5.5*
   - postinst: set setgid on shared PT dir
* rewrote arb.1 manfile
* added file icon for ARB databases
* using upstream arb_tcp.dat

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
debian/upstream/metadata
 
1
Reference:
 
2
 - Author: Wolfgang Ludwig and Oliver Strunk and Ralf Westram and Lothar Richter and Harald Meier and Arno Buchner and Tina Lai and Susanne Steppi and Gangolf Jobb and Wolfram Forster and Igor Brettske and Stefan Gerber and Anton W Ginhart and Oliver Gross and Silke Grumann and Stefan Hermann and Ralf Jost and Andreas Konig and Thomas Liss and Ralph Lussmann and Michael May and Bjorn Nonhoff and Boris Reichel and Robert Strehlow and Alexandros Stamatakis and Norbert Stuckmann and Alexander Vilbig and Michael Lenke and Thomas Ludwig and Arndt Bode and Karl-Heinz Schleifer
 
3
   Title: "ARB: a software environment for sequence data"
 
4
   Journal: Nucl. Acids Res.
 
5
   Year: 2004
 
6
   Volume: 32
 
7
   Number: 4
 
8
   Pages: 1363-1371
 
9
   DOI: 10.1093/nar/gkh293
 
10
   PMID: 14985472
 
11
   URL: http://nar.oxfordjournals.org/content/32/4/1363.abstract
 
12
   eprint: http://nar.oxfordjournals.org/content/32/4/1363.full.pdf+html
 
13
 - Author: Yadhu Kumar and Ralf Westram and Sebastian Behrens and Bernhard Fuchs and Frank Oliver Glockner and Rudolf Amann and Harald Meier and Wolfgang Ludwig
 
14
   Title: Graphical representation of ribosomal RNA probe accessibility data using ARB software package
 
15
   Journal: BMC Bioinformatics
 
16
   Year: 2005
 
17
   Volume: 21
 
18
   Number: 6
 
19
   Pages: 61
 
20
   DOI: 10.1186/1471-2105-6-61
 
21
   PMID: 15777482
 
22
   URL: http://www.biomedcentral.com/1471-2105/6/61
 
23
   eprint: http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2105-6-61.pdf
 
24
 - Author: Yadhu Kumar and Ralf Westram and Peter Kipfer and Harald Meier and Wolfgang Ludwig
 
25
   Title: Evaluation of sequence alignments and oligonucleotide probes with respect to three-dimensional structure of ribosomal RNA using ARB software package
 
26
   Journal: BMC Bioinformatics
 
27
   Year: 2006
 
28
   Volume: 4
 
29
   Number: 7
 
30
   Pages: 240
 
31
   DOI: 10.1186/1471-2105-7-240
 
32
   PMID: 16672074
 
33
   URL: http://www.biomedcentral.com/1471-2105/7/240/abstract
 
34
   eprint: http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2105-7-240.pdf