← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/precise/ncbi-tools6/precise

« back to all changes in this revision

Viewing changes to api/valid.h

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2005-03-27 12:00:15 UTC
  • mfrom: (2.1.2 hoary)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20050327120015-embhesp32nj73p9r
Tags: 6.1.20041020-3
http://bugs.debian.org/295110
* Fix FTBFS under GCC 4.0 caused by inconsistent use of "static" on
  functions.  (Closes: #295110.)
* Add a watch file, now that we can.  (Upstream's layout needs version=3.)

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
api/valid.h
29
29
*   
30
30
* Version Creation Date: 1/1/94
31
31
*
32
 
* $Revision: 6.5 $
 
32
* $Revision: 6.16 $
33
33
*
34
34
* File Description:  Sequence editing utilities
35
35
*
39
39
* -------  ----------  -----------------------------------------------------
40
40
*
41
41
* $Log: valid.h,v $
 
42
* Revision 6.16  2004/10/04 15:50:22  kans
 
43
* added vsp->justShowAccession for extremely terse output
 
44
*
 
45
* Revision 6.15  2004/09/10 17:52:05  kans
 
46
* changed ValidateLimit enum to Int2 defines
 
47
*
 
48
* Revision 6.14  2004/09/10 15:31:43  kans
 
49
* added farFetchMRNAproducts, locusTagGeneralMatch, validationLimit flags to vsp
 
50
*
 
51
* Revision 6.13  2004/05/06 19:42:22  kans
 
52
* new function GetValidCountryList for access to country code list, which is now NULL terminated
 
53
*
 
54
* Revision 6.12  2003/12/02 15:37:37  kans
 
55
* added vsp->seqSubmitParent for use by tbl2asn, which usually has a Seq-submit wrapper that is added on-the-fly and not indexed
 
56
*
 
57
* Revision 6.11  2003/11/14 18:07:17  kans
 
58
* alignment parameters to find remote bsp, do seqhist assembly
 
59
*
 
60
* Revision 6.10  2003/03/05 18:47:45  ford
 
61
* Added prototype for IsNuclAcc().
 
62
*
 
63
* Revision 6.9  2003/02/18 20:19:29  kans
 
64
* added vsp->validateIDSet, initial work on validating update against ID set in database
 
65
*
 
66
* Revision 6.8  2002/10/28 19:30:34  kans
 
67
* added farFetchCDSproducts to vsp
 
68
*
 
69
* Revision 6.7  2002/07/16 17:13:09  kans
 
70
* added sourceQualTags to vsp, ERR_SEQ_DESCR_StructuredSourceNote by finite state machine text search
 
71
*
 
72
* Revision 6.6  2002/03/12 22:27:00  kans
 
73
* added alwaysRequireIsoJTA
 
74
*
42
75
* Revision 6.5  2000/02/14 15:00:19  kans
43
76
* added vsp->farIDsInAlignments for use by alignment validator
44
77
*
102
135
#include <gather.h>
103
136
#endif
104
137
 
 
138
#ifndef _SQNUTILS_
 
139
#include <sqnutils.h>
 
140
#endif
 
141
 
105
142
#undef NLM_EXTERN
106
143
#ifdef NLM_IMPORT
107
144
#define NLM_EXTERN NLM_IMPORT
119
156
 
120
157
#define SET_DEPTH 20
121
158
 
 
159
#define VALIDATE_ALL 0
 
160
#define VALIDATE_INST 1
 
161
#define VALIDATE_HIST 2
 
162
#define VALIDATE_CONTEXT 3
 
163
#define VALIDATE_GRAPH 4
 
164
#define VALIDATE_SET 5
 
165
#define VALIDATE_FEAT 6
 
166
#define VALIDATE_DESC 7
 
167
 
122
168
typedef struct validstruct {
123
169
        Int2 cutoff;                   /* lowest errmsg to show 0=default */
124
170
        Int2 errors[6];
132
178
        CharPtr errbuf;
133
179
        Boolean patch_seq;             /* repair invalid sequence residues? */
134
180
        Boolean non_ascii_chars;       /* non ascii chars found in read? */
135
 
        Boolean suppress_no_pubs;
136
 
        Boolean suppress_no_biosrc;
 
181
        Boolean suppress_no_pubs;      /* internal use for no pub anywhere message */
 
182
        Boolean suppress_no_biosrc;    /* internal use for no biosource anywhere message */
137
183
        SpellCheckFunc spellfunc;
138
184
        SpellCallBackFunc spellcallback;
139
185
        GatherContextPtr gcp;          /* used for reporting the errors */
145
191
        Boolean suppressContext;       /* suppress context part of message */
146
192
        Boolean validateAlignments;    /* call alignval test suite */
147
193
        Boolean farIDsInAlignments;    /* fetch to get far IDs in alignments */
 
194
        Boolean alignFindRemoteBsp;    /* do remote fetching in alignment validation */
 
195
        Boolean doSeqHistAssembly;     /* do alignment validation in Seq-hist.assembly */
 
196
        Boolean alwaysRequireIsoJTA;   /* force check for iso_jta */
 
197
        Boolean farFetchCDSproducts;   /* lock CDS->products for CdTransCheck, if necessary */
 
198
        Boolean farFetchMRNAproducts;  /* lock MRNA->products for MrnaTransCheck, if necessary */
 
199
        Boolean locusTagGeneralMatch;  /* expect locus_tag to match Seq-id.general of CDS and mRNA product */
 
200
        Boolean validateIDSet;         /* look for gain or loss of general IDs on sequence update */
 
201
        Boolean seqSubmitParent;       /* flag from tbl2asn to suppress no pub message */
 
202
        Boolean justShowAccession;     /* extremely terse output with accession and error type */
 
203
        Int2 validationLimit;          /* limit validation to major classes in Valid1GatherProc */
 
204
        TextFsaPtr sourceQualTags;     /* for detecting structured qual tags in notes */
148
205
} ValidStruct, PNTR ValidStructPtr;
149
206
 
150
207
NLM_EXTERN Boolean ValidateSeqEntry PROTO((SeqEntryPtr sep, ValidStructPtr vsp));
151
208
NLM_EXTERN void ValidStructClear (ValidStructPtr vsp);  /* 0 out a ValidStruct */
152
209
NLM_EXTERN ValidStructPtr ValidStructNew (void);
153
210
NLM_EXTERN ValidStructPtr ValidStructFree (ValidStructPtr vsp);
154
 
NLM_EXTERN void ReportNonAscii PROTO((ValidStructPtr vsp, SeqEntryPtr sep));
155
211
NLM_EXTERN void SpellCallBack (char * str);
 
212
NLM_EXTERN Boolean IsNuclAcc (CharPtr name);
 
213
 
 
214
NLM_EXTERN CharPtr PNTR GetValidCountryList (void);
156
215
 
157
216
#ifdef __cplusplus
158
217
}