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Viewing changes to doc/man/gbseqget.1

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2005-03-27 12:00:15 UTC
  • mfrom: (2.1.2 hoary)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20050327120015-embhesp32nj73p9r
Tags: 6.1.20041020-3
http://bugs.debian.org/295110
* Fix FTBFS under GCC 4.0 caused by inconsistent use of "static" on
  functions.  (Closes: #295110.)
* Add a watch file, now that we can.  (Upstream's layout needs version=3.)

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Lines of Context:
doc/man/gbseqget.1
 
1
.TH GBSEQGET 1 2003-04-27 NCBI "NCBI Tools User's Manual"
 
2
.SH NAME
 
3
gbseqget \- format sequences from GenBank as an XML GBSet
 
4
.SH SYNOPSIS
 
5
.B gbseqget
 
6
[\|\fB\-\fP\|]
 
7
[\|\fB\-d\fP\ \fIfilename\fP\|]
 
8
[\|\fB\-i\fP\ \fIfilename\fP\|]
 
9
[\|\fB\-m\fP\ \fIn/p/b\fP\|]
 
10
[\|\fB\-n\fP\|]
 
11
[\|\fB\-o\fP\ \fIfilename\fP\|]
 
12
[\|\fB\-v\fP\|]
 
13
.SH DESCRIPTION
 
14
\fBgbseqget\fP retrieves biological sequence data from GenBank
 
15
(according to an input list of GI accession numbers) and prints it out
 
16
as an XML GBSet document.
 
17
.SH OPTIONS
 
18
A summary of options is included below.
 
19
.TP
 
20
\fB\-\fP
 
21
Print usage message
 
22
.TP
 
23
\fB\-d\fP\ \fIfilename\fP
 
24
Input file name for date list (desired accessions, one per line,
 
25
followed by a blank line and a list of allowed dates, also one per line)
 
26
.TP
 
27
\fB\-i\fP\ \fIfilename\fP
 
28
Input file name for GI list (default = stdin)
 
29
.TP
 
30
\fB\-m\fP\ \fIn/p/b\fP
 
31
Molecule type:
 
32
.RS
 
33
.PD 0
 
34
.IP n
 
35
Nucleotide (default)
 
36
.IP p
 
37
Protein
 
38
.IP b
 
39
Both
 
40
.PD
 
41
.RE
 
42
.TP
 
43
\fB\-n\fP
 
44
Return only new records (for which the given GI refers to an old version)
 
45
.TP
 
46
\fB\-o\fP\ \fIfilename\fP
 
47
Output file name for the XML GBSet (default = stdout)
 
48
.TP
 
49
\fB\-v\fP
 
50
Fetch SNP Variations
 
51
.SH AUTHOR
 
52
The National Center for Biotechnology Information.