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~ubuntu-branches/ubuntu/precise/ncbi-tools6/precise

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Viewing changes to network/id1arch/id1.asn

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2005-03-27 12:00:15 UTC
  • mfrom: (2.1.2 hoary)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20050327120015-embhesp32nj73p9r
Tags: 6.1.20041020-3
http://bugs.debian.org/295110
* Fix FTBFS under GCC 4.0 caused by inconsistent use of "static" on
  functions.  (Closes: #295110.)
* Add a watch file, now that we can.  (Upstream's layout needs version=3.)

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removed removed

Lines of Context:
network/id1arch/id1.asn
1
 
--$Revision: 1.4 $
 
1
--$Revision: 1.12 $
2
2
--********************************************************************
3
3
--
4
4
--  Network Id server network access
32
32
                getseqidsfromgi INTEGER, --get all Seq-ids of given gi
33
33
                getgihist       INTEGER, --get an historical list of gis 
34
34
                getgirev        INTEGER, --get a revision history of gi
35
 
                getgistate      INTEGER  --get a state of gi
36
 
 }
 
35
                getgistate      INTEGER,  --get a state of gi
 
36
                getsewithinfo   ID1server-maxcomplex,
 
37
                getblobinfo     ID1server-maxcomplex
 
38
}
37
39
 
38
40
--  Complexity stuff will be for ID1
39
41
 
45
47
}
46
48
 
47
49
Entry-complexities ::= INTEGER {
48
 
                entry (0) ,             -- the "natural" entry for this (nuc-prot) 
49
 
                bioseq (1) ,            -- only the bioseq identified
50
 
                bioseq-set (2) ,        -- any seg-set it may be part of
51
 
                nuc-prot (3) ,            -- any nuc-prot it may be part of
 
50
                entry (0) ,              -- the "natural" entry for this (nuc-prot) 
 
51
                bioseq (1) ,             -- only the bioseq identified
 
52
                bioseq-set (2) ,         -- any seg-set it may be part of
 
53
                nuc-prot (3) ,           -- any nuc-prot it may be part of
52
54
                pub-set (4) 
53
55
}
54
56
 
68
70
                ids     SET OF Seq-id,
69
71
                gihist  SET OF ID1Seq-hist,  -- because hand crafted Seq-hist does not follow 
70
72
                                             -- same conventions 
71
 
                girevhist SET OF ID1Seq-hist
72
 
 }
 
73
                girevhist SET OF ID1Seq-hist,
 
74
                gotsewithinfo   ID1SeqEntry-info,
 
75
                gotblobinfo     ID1blob-info    
 
76
}
73
77
 
74
78
ID1server-debug ::= SET OF ID1server-back
 
79
 
 
80
 
 
81
ID1blob-info ::= SEQUENCE {
 
82
                gi INTEGER ,
 
83
                sat INTEGER,
 
84
                sat-key INTEGER,
 
85
                satname VisibleString,
 
86
                suppress        INTEGER,
 
87
                withdrawn       INTEGER,
 
88
                confidential    INTEGER,
 
89
                -- blob-state now contains blob version info.
 
90
                -- it's actually minutes from 01/01/1970
 
91
                -- and it's negative if blob is dead.
 
92
                blob-state      INTEGER,
 
93
                comment         VisibleString OPTIONAL, -- public comment for withdrawn record 
 
94
                extfeatmask     INTEGER       OPTIONAL  -- mask for external features (SNP,...)
 
95
}
 
96
 
 
97
ID1SeqEntry-info ::= SEQUENCE {
 
98
                blob-info       ID1blob-info,
 
99
                blob            Seq-entry OPTIONAL
 
100
}
75
101
END