← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/precise/ncbi-tools6/precise

« back to all changes in this revision

Viewing changes to network/wwwblast/Src/Makefile

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2005-03-27 12:00:15 UTC
  • mfrom: (2.1.2 hoary)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20050327120015-embhesp32nj73p9r
Tags: 6.1.20041020-3
http://bugs.debian.org/295110
* Fix FTBFS under GCC 4.0 caused by inconsistent use of "static" on
  functions.  (Closes: #295110.)
* Add a watch file, now that we can.  (Upstream's layout needs version=3.)

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
network/wwwblast/Src/Makefile
 
1
# Set the NCBI variable to your local path to the NCBI toolkit!
 
2
#NCBI = 
 
3
 
 
4
NCBI_INCDIR = $(NCBI)/include
 
5
NCBI_ALTLIB = $(NCBI)/altlib
 
6
NCBI_LIBDIR = $(NCBI)/lib
 
7
 
 
8
NCBI_OTHERLIBS = -lm
 
9
THREAD_LIBS = -lpthread
 
10
 
 
11
# Uncomment the line(s) relevant to your platform below:
 
12
 
 
13
# Solaris Intel 
 
14
#NCBI_OTHERLIBS += -lposix4 -lresolv -lsocket -lrpcsvc -lnsl -lgen
 
15
# Solaris Sparc
 
16
#NCBI_OTHERLIBS += -lposix4 -lresolv -lsocket -lrpcsvc -lnsl
 
17
# MacOS
 
18
#NCBI_OTHERLIBS = -lc
 
19
#THREAD_LIBS =
 
20
 
 
21
#
 
22
CC=cc 
 
23
 
 
24
BLAST_LIBS = -lncbitool -lncbiobj -lncbi $(NCBI_OTHERLIBS)
 
25
# For standalone model
 
26
ALL_LIBS = -lncbidesk -lvibgif $(BLAST_LIBS) $(THREAD_LIBS)
 
27
# For NCBI Client-server model
 
28
ALL_LIBS_CS = -lncbitxc2 -lncbiid1 -lnetblast -lnetcli $(ALL_LIBS)
 
29
BL2_LIBS = $(BLAST_LIBS)
 
30
# For Blast 2 sequences client/server
 
31
BL2_LIBS_CS = -lncbiid1 -lnetcli $(BLAST_LIBS)
 
32
 
 
33
BL2_DEFINE = -DBL2SEQ_STANDALONE
 
34
 
 
35
# For NCBI compilation with signal handling
 
36
# The following 2 lines are for internal NCBI BLAST 2 sequences only.
 
37
# Comment out for standalone.
 
38
#BL2_OBJ = qblastnet.o objBlobj.o $(LIBS)/ncbithr.o
 
39
#BL2_LIBS_CS = -lncbiid1 -lnetblast -lnetcli $(BLAST_LIBS) $(THREAD_LIBS)
 
40
 
 
41
#DEBUG compilation
 
42
LIBS = $(NCBI_ALTLIB)
 
43
DEBUG_FLAG = -g
 
44
 
 
45
#OPTIMIZED compilation
 
46
LIBS = $(NCBI_LIBDIR)
 
47
DEBUG_FLAG = -O
 
48
# For MacOS, use the following line:
 
49
#DEBUG_FLAG = -O2 -g
 
50
 
 
51
OBJ_FILES = wwwbutl.c $(LIBS)/ncbithr.o
 
52
 
 
53
#  Defines: 
 
54
#  NCBI_CLIENT_SERVER - full NCBI Client/server including BLAST search
 
55
#  NCBI_ENTREZ_CLIENT - Client server for gi/accession lookups
 
56
 
 
57
INCDIR = -I. -I$(NCBI_INCDIR)
 
58
 
 
59
# Additional include path for internal NCBI BLAST 2 sequences only.
 
60
# Comment out for standalone
 
61
#BLASTQUE = /home/dondosha/BlastQueue
 
62
#INCDIR = -I$(BLASTQUE)/Client -I$(BLASTQUE)/ASN.1 -I. -I$(NCBI_INCDIR)
 
63
 
 
64
CFLAGS = -c $(DEBUG_FLAG) $(INCDIR)
 
65
#For MacOS, add the following line:
 
66
#CFLAGS += -no-cpp-precomp -Wno-long-double
 
67
 
 
68
# For standalone model
 
69
LDFLAGS = $(DEBUG_FLAG) $(INCDIR)
 
70
#For MacOS, add the following line:
 
71
#LDFLAGS += -framework CoreServices
 
72
 
 
73
# Use client/server for gi/accession lookups
 
74
LDFLAGS_CS = $(DEBUG_FLAG) $(INCDIR) -DNCBI_ENTREZ_CLIENT
 
75
#For MacOS, add the following line:
 
76
#LDFLAGS_CS += -framework CoreServices 
 
77
 
 
78
# For full NCBI Client-server model
 
79
#CFLAGS += -DNCBI_CLIENT_SERVER
 
80
#LDFLAGS_CS += -DNCBI_CLIENT_SERVER
 
81
 
 
82
.c.o:   Makefile
 
83
        $(CC) $(CFLAGS) $<
 
84
 
 
85
all: psiblast.REAL psiblast_cs.REAL  blast.REAL blast_cs.REAL nph-viewgif.cgi wblast2.REAL wblast2_cs.REAL bl2bag.cgi 
 
86
 
 
87
blast.REAL: wwwblast.c $(OBJ_FILES) Makefile
 
88
        $(CC) $(LDFLAGS) wwwblast.c $(OBJ_FILES) \
 
89
        -L$(LIBS) $(ALL_LIBS) -o ./blast.REAL
 
90
        mv ./blast.REAL ..
 
91
blast_cs.REAL: wwwblast.c $(OBJ_FILES) Makefile
 
92
        $(CC) $(LDFLAGS_CS) wwwblast.c $(OBJ_FILES) \
 
93
        -L$(LIBS) $(ALL_LIBS_CS) -o ./blast_cs.REAL
 
94
        mv ./blast_cs.REAL ..
 
95
psiblast.REAL: psiblast.o $(OBJ_FILES) Makefile
 
96
        $(CC) $(LDFLAGS) psiblast.o $(OBJ_FILES) \
 
97
        -L$(LIBS) $(ALL_LIBS) -o ./psiblast.REAL
 
98
        mv ./psiblast.REAL ../psiblast.REAL
 
99
psiblast_cs.REAL: psiblast.o $(OBJ_FILES) Makefile
 
100
        $(CC) $(LDFLAGS_CS) psiblast.o $(OBJ_FILES) \
 
101
        -L$(LIBS) $(ALL_LIBS_CS) -o ./psiblast_cs.REAL
 
102
        mv ./psiblast_cs.REAL ../psiblast_cs.REAL
 
103
nph-viewgif.cgi: viewgif.o
 
104
        $(CC) viewgif.o -o nph-viewgif.cgi
 
105
        mv nph-viewgif.cgi ..
 
106
wblast2.REAL : wblast2.c 
 
107
        $(CC) $(LDFLAGS) $(BL2_DEFINE) wblast2.c \
 
108
        -L$(LIBS) $(BL2_LIBS) -o ./wblast2.REAL
 
109
        mv wblast2.REAL ..
 
110
wblast2_cs.REAL : wblast2.c $(BL2_OBJ)
 
111
        $(CC) $(LDFLAGS_CS) $(BL2_DEFINE) wblast2.c $(BL2_OBJ) \
 
112
        -L$(LIBS) $(BL2_LIBS_CS) -o ./wblast2_cs.REAL
 
113
        mv wblast2_cs.REAL ..
 
114
bl2bag.cgi : bl2bag.o
 
115
        $(CC) $(LDFLAGS) bl2bag.o -L$(LIBS) -lncbi -lm -o bl2bag.cgi
 
116
        mv bl2bag.cgi ..
 
117
 
 
118
xml:
 
119
        cd XML && make
 
120
 
 
121
clean: 
 
122
        rm *.o
 
123
 
 
124