~ubuntu-branches/ubuntu/precise/ncbi-tools6/precise

« back to all changes in this revision

Viewing changes to make/makeall.unx

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2005-03-27 12:00:15 UTC
  • mfrom: (2.1.2 hoary)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20050327120015-embhesp32nj73p9r
Tags: 6.1.20041020-3
* Fix FTBFS under GCC 4.0 caused by inconsistent use of "static" on
  functions.  (Closes: #295110.)
* Add a watch file, now that we can.  (Upstream's layout needs version=3.)

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
1
1
#       -*- makefile -*- for asntool and ncbi core routines,
2
2
#
3
 
#       $Id: makeall.unx,v 6.190 2001/11/30 19:24:58 beloslyu Exp $
 
3
#       $Id: makeall.unx,v 6.247 2004/10/06 19:05:10 dondosha Exp $
4
4
#
5
5
#       cdromlib data access functions, vibrant, and entrez
6
6
#       SunOS with unbundled ANSI compiler [ make LCL=acc RAN=ranlib CC=acc ]
15
15
#       NeXt [ make LCL=nxt CFLAGS1="-c -ansi" RAN=ranlib ]
16
16
#       DEC Alpha under OSF/1 version 4.x [ make LCL=alf CC=cc RAN=ranlib ]
17
17
#       DEC Alpha under OSF/1 version 3.x [ make LCL=alf CC="cc -DNCBI_NOTHREADS_AVAIL" RAN=ranlib OTHERLIBS="-lc_r -lm"]
 
18
#   BeOS [  make OTHERLIBS="" ]
18
19
#
19
20
#       see README for other supported systems
20
21
#       
118
119
ULIB39 = libideochr.a
119
120
LIB39= $(ULIB39)
120
121
LIB39 =
 
122
LIB50 = libregexp.a
 
123
LIB60 = libblast.a
 
124
LIB61 = libblastapi.a
121
125
#
122
126
# Pseudo-dummy targets when Vibrant is not used
123
127
#
160
164
 
161
165
# sources needed for versions of asntool and entrez
162
166
THR_SRC = ncbithr.c
163
 
# NCBI_LBSM_SRC = ncbi_service_lbsmd_stub.c
 
167
# NCBI_LBSM_SRC = ncbi_lbsmd_stub.c
164
168
 
165
169
SRC1 =  ncbibs.c wwwutils.c ncbierr.c ncbienv.c ncbifile.c \
166
170
        ncbiprop.c ncbimain.c ncbimath.c ncbimem.c ncbimisc.c \
168
172
        asnbufo.c asndebin.c asnenbin.c asngen.c asnio.c asnlex.c \
169
173
        asnlext.c asnout.c asnprint.c asntypes.c asngenob.c \
170
174
        gifgen.c togif.c ncbithr.c regex.c tsprintf.c ncbiargs.c tree.c \
171
 
        ncbisock.c ncbi_socket_.c ncbi_socket.c matrix.c ncbibuf.c \
172
 
        ncbi_buffer.c ncbi_core.c ncbi_util.c ncbi_priv.c \
 
175
        ncbisock.c ncbi_socket.c ncbi_socket.c matrix.c ncbibuf.c \
 
176
        ncbi_buffer.c ncbi_core.c ncbi_core_c.c ncbi_util.c ncbi_priv.c \
173
177
        ncbi_ansi_ext.c ncbi_connection.c ncbi_connector.c ncbi_connutil.c \
174
178
        ncbi_file_connector.c ncbi_heapmgr.c ncbi_http_connector.c \
175
 
        $(NCBI_LBSM_SRC) ncbi_server_info.c ncbi_service.c \
176
 
        ncbi_service_connector.c ncbi_service_dispd.c \
177
 
        ncbi_socket_connector.c urlquery.c lbapi.c binary.c \
178
 
        ncbi_sendmail_.c ncbi_sendmail.c asn_connection.c
 
179
        ncbi_memory_connector.c $(NCBI_LBSM_SRC) \
 
180
        ncbi_host_info.c ncbi_server_info.c ncbi_service.c \
 
181
        ncbi_service_connector.c ncbi_dispd.c \
 
182
        ncbi_socket_connector.c urlquery.c binary.c \
 
183
        ncbi_sendmail.c asn_connection.c raw_scoremat.c \
 
184
        drwnflpt.c drwnfspc.c drwnmfls.c
179
185
 
180
186
SRC2 =  objacces.c objalign.c objall.c objbibli.c \
181
187
        objfeat.c objgen.c objloc.c objmedli.c objpub.c \
182
188
        objres.c objseq.c objblock.c objcode.c objsset.c \
183
189
        objsub.c objprt.c objfdef.c objalignloc.c \
184
 
        objpubme.c objmdrs.c objproj.c objent2.c ent2api.c pmfapi.c \
185
 
        strucapi.c qblastapi.c vecscnapi.c objmim.c mimapi.c seqport.c \
 
190
        objpubme.c objmdrs.c objproj.c objgbseq.c objtseq.c \
 
191
        objinsdseq.c objent2.c ent2api.c pmfapi.c objtax3.c tax3api.c \
 
192
        qblastapi.c vecscnapi.c objmim.c mimapi.c cddapi.c seqport.c \
186
193
        sequtil.c prtutil.c simple.c tofasta.c tofile.c tomedlin.c \
187
194
        valid.c alignmgr.c aliparse.c aliread.c alignval.c sqnutil1.c sqnutil2.c sqnutil3.c \
188
195
        subutil.c edutil.c asn2ff1.c asn2ff2.c asn2ff3.c asn2ff4.c \
189
 
        asn2ff5.c asn2ff6.c asn2gnbk.c ftusrstr.c gbfeat.c gbftglob.c \
 
196
        asn2ff5.c asn2ff6.c asn2gnb1.c asn2gnb2.c asn2gnb3.c asn2gnb4.c \
 
197
        asn2gnb5.c asn2gnb6.c ftusrstr.c gbfeat.c gbftglob.c \
190
198
        gbparint.c utilpars.c utilpub.c ffprint.c wprint.c satutil.c \
191
199
        seqmgr.c objmgr.c gather.c accmmdbs.c acccn3ds.c lsqfetch.c findrepl.c \
192
200
        codon.c jzcoll.c jzmisc.c maputil.c mconsist.c \
193
201
        salpedit.c salpstat.c salpacc.c salprop.c salsap.c salstruc.c salutil.c \
194
202
        udvseq.c blocks.c pgppop.c samutil.c ddvcolor.c viewmgr.c ddvcreate.c \
195
 
        jsavlt.c needleman.c txalign.c fdlobj.c alignmgr2.c
 
203
        jsavlt.c needleman.c txalign.c fdlobj.c alignmgr2.c alnread.c
196
204
 
197
205
SRC3 =  cdentrez.c cdromlib.c cdnewlib.c casn.c cdconfig.c objentr.c
198
206
 
223
231
        seqpcc.c seqanal.c aacomp.c seqscrl.c \
224
232
        vsm.c vsmfile.c vsmutil.c udvgraph.c udvopen.c udvpanel.c dotvibrant.c \
225
233
        dlgutil1.c dlgutil2.c e2trmlst.c e2docsum.c asn2graphic.c \
226
 
        medview.c bspview.c gbfview.c gphview.c \
227
 
        gphdraw.c gxydraw.c gtrdraw.c ingengraph.c ingenext.c ingenwin.c \
 
234
        medview.c bspview.c gbfview.c gphview.c gphdraw.c gxydraw.c gtrdraw.c \
 
235
        seqpanel.c ingengraph.c ingenext.c ingenwin.c \
228
236
        biosrc.c cdrgn.c import.c pubdesc.c seqsub.c mapgene.c prtgene.c
229
237
 
230
238
SRC45 = ddvclick.c ddvgraph.c ddvopen.c ddvpanel.c
232
240
SRC22 = corematx.c dvncode.c objmmdb1.c objmmdb2.c objmmdb3.c objcn3d.c \
233
241
        mmdbapi.c mmdbapi1.c mmdbapi2.c mmdbapi3.c mmdbapi4.c mmdbentr.c \
234
242
        vastsubs.c prunebsc.c objcdd.c cddutil.c cddposutil.c objmime.c \
235
 
        thrdalgs.c thrdatd.c  thrdbwfi.c thrdcpal.c \
 
243
        strucapi.c thrdalgs.c thrdatd.c  thrdbwfi.c thrdcpal.c \
236
244
        thrdcpll.c thrdcprl.c thrdcxei.c thrddgri.c thrdrsmp.c \
237
245
        thrdsal0.c thrdsalr.c thrdsalu.c thrdsgoi.c thrdslo0.c \
238
246
        thrdslor.c thrdslou.c thrdspci.c thrdspea.c thrdspel.c \
241
249
SRC23 = csim.c db_slist.c dust.c falign.c g_any.c sim2.c sim3.c sim4.c \
242
250
        simutil.c slist.c sec.c tfuns.c toasn3.c toporg.c \
243
251
        pobutil.c stsutil.c suggadj.c suggest.c suggslp.c \
244
 
        blast.c blastutl.c blastool.c splutil.c gapxdrop.c bandalg0.c bandalg1.c \
 
252
        blast.c blastutl.c blastool.c blastconcat.c splutil.c gapxdrop.c bandalg0.c bandalg1.c \
245
253
        bandalg2.c bandalg3.c bandalg4.c bandalg5.c bandalgn.c blastkar.c \
246
254
        actutils.c posit.c lookup.c readdb.c ncbisam.c ncbisort.c \
247
255
        salign.c salptool.c urkutil.c urkpcc.c urkptpf.c urkepi.c \
248
256
        urkfltr.c urkdust.c urksigu.c seg.c urkbias.c urkcnsrt.c urktree.c \
249
 
        pseed3.c pattern1.c impatool.c posit2.c newkar.c mbalign.c \
250
 
        vecscrn.c mblast.c rpsutil.c kappa.c xmlblast.c bxmlobj.c fdlobj.c \
251
 
        dotseq.c spidey.c motif.c
 
257
        pseed3.c pattern1.c impatool.c posit2.c mbalign.c \
 
258
        vecscrn.c mblast.c rpsutil.c kappa.c xmlblast.c bxmlobj.c objscoremat.c \
 
259
        dotseq.c spidey.c motif.c blfmtutl.c
252
260
 
253
261
SRC28 = gdfontg.c gdfontmb.c gdfontt.c pictogif.c \
254
262
        gdfontl.c gdfonts.c ncbidrwg.c drawing.c mapping.c picture.c ncbimain.c
259
267
        cn3dstyl.c seqcons.c
260
268
 
261
269
SRC34 = block.c entry.c indx_blk.c utilfun.c em_index.c gb_index.c sp_index.c \
262
 
        pir_index.c
 
270
        pir_index.c prf_index.c
263
271
 
264
272
SRC37 = add.c asci_blk.c em_ascii.c em_unorg.c ftamain.c gb_ascii.c \
265
 
        genref.c hash.c ind.c loadfeat.c nucprot.c ref.c sp_ascii.c sp_ref.c \
266
 
        utilfeat.c utilref.c fta_qscore.c pir_ascii.c
 
273
        genref.c ind.c loadfeat.c nucprot.c ref.c sp_ascii.c sp_ref.c \
 
274
        utilfeat.c utilref.c fta_qscore.c pir_ascii.c fta_clup.c fta_src.c prf_ascii.c
267
275
 
268
276
SRC38 =  deflate.c inflate.c trees.c bits.c util.c dcompr.c streamprocs.c
269
277
 
270
278
SRC39 = ideochrow.c humchrom_dat.c mschrom_dat.c ideochrom.c ideoorgs.c \
271
279
        bands_abc.c
272
280
 
 
281
SRC50 = chartables.c get.c maketables.c pcre.c pcreposix.c study.c
 
282
 
 
283
SRC60 = aa_ungapped.c blast_diagnostics.c blast_dust.c blast_engine.c \
 
284
    blast_extend.c blast_filter.c blast_gapalign.c blast_hits.c blast_lookup.c \
 
285
    blast_message.c blast_options.c blast_seg.c blast_seqsrc.c \
 
286
    blast_setup.c blast_stat.c blast_traceback.c blast_util.c \
 
287
    gapinfo.c greedy_align.c hspstream_collector.c link_hsps.c lookup_wrap.c \
 
288
    mb_lookup.c ncbi_math.c ncbi_std.c pattern.c phi_extend.c phi_lookup.c \
 
289
    lookup_util.c blast_encoding.c blast_psi.c blast_psi_priv.c blast_kappa.c \
 
290
    matrix_freq_ratios.c blast_hspstream.c
 
291
 
 
292
SRC61 = blast_format.c blast_input.c blast_mtlock.c blast_prelim.c \
 
293
        blast_returns.c blast_seq.c blast_seqalign.c blast_tabular.c \
 
294
        blast_tback.c hspstream_queue.c seqsrc_multiseq.c seqsrc_readdb.c twoseq_api.c
273
295
 
274
296
# objects needed for versions of asntool and entrez
275
297
 
276
298
THR_OBJ = ncbithr.o
277
 
# NCBI_LBSM_OBJ = ncbi_service_lbsmd_stub.o
 
299
# NCBI_LBSM_OBJ = ncbi_lbsmd_stub.o
278
300
 
279
301
OBJ1 =  ncbibs.o wwwutils.o ncbierr.o ncbienv.o ncbifile.o \
280
302
        ncbimain.o ncbiprop.o ncbimath.o ncbimem.o ncbimisc.o \
282
304
        asnbufo.o asndebin.o asnenbin.o asngen.o asnio.o asnlex.o \
283
305
        asnlext.o asnout.o asnprint.o asntypes.o asngenob.o \
284
306
        gifgen.o togif.o ncbithrs.o regex.o tsprintf.o ncbiargs.o tree.o \
285
 
        ncbisock.o ncbi_socket_.o matrix.o ncbibuf.o ncbi_buffer.o \
286
 
        ncbi_core.o ncbi_util.o ncbi_priv.o \
 
307
        ncbisock.o ncbi_socket.o matrix.o ncbibuf.o ncbi_buffer.o \
 
308
        ncbi_core.o ncbi_core_c.o ncbi_util.o ncbi_priv.o \
287
309
        ncbi_ansi_ext.o ncbi_connection.o ncbi_connector.o ncbi_connutil.o \
288
310
        ncbi_file_connector.o ncbi_heapmgr.o ncbi_http_connector.o \
289
 
        $(NCBI_LBSM_OBJ) ncbi_server_info.o ncbi_service.o \
290
 
        ncbi_service_connector.o ncbi_service_dispd.o \
291
 
        ncbi_socket_connector.o urlquery.o lbapi.o binary.o \
292
 
        ncbi_sendmail_.o asn_connection.o
 
311
        ncbi_memory_connector.o $(NCBI_LBSM_OBJ) \
 
312
        ncbi_host_info.o ncbi_server_info.o ncbi_service.o \
 
313
        ncbi_service_connector.o ncbi_dispd.o \
 
314
        ncbi_socket_connector.o urlquery.o binary.o \
 
315
        ncbi_sendmail.o asn_connection.o raw_scoremat.o \
 
316
        drwnflpt.o drwnfspc.o drwnmfls.o
293
317
 
294
318
OBJ2 =  objacces.o objalign.o objall.o objbibli.o \
295
319
        objfeat.o objgen.o objloc.o objmedli.o objpub.o \
296
320
        objres.o objseq.o objblock.o objcode.o objsset.o \
297
321
        objsub.o objprt.o objfdef.o objalignloc.o \
298
 
        objpubme.o objmdrs.o objproj.o objent2.o ent2api.o pmfapi.o \
299
 
        strucapi.o qblastapi.o vecscnapi.o objmim.o mimapi.o seqport.o \
 
322
        objpubme.o objmdrs.o objproj.o objgbseq.o objtseq.o \
 
323
        objinsdseq.o objent2.o ent2api.o pmfapi.o objtax3.o tax3api.o \
 
324
        qblastapi.o vecscnapi.o objmim.o mimapi.o cddapi.o seqport.o \
300
325
        sequtil.o prtutil.o simple.o tofasta.o tofile.o tomedlin.o \
301
326
        valid.o alignmgr.o aliparse.o aliread.o alignval.o sqnutil1.o sqnutil2.o sqnutil3.o \
302
327
        subutil.o edutil.o asn2ff1.o asn2ff2.o asn2ff3.o asn2ff4.o \
303
 
        asn2ff5.o asn2ff6.o asn2gnbk.o ftusrstr.o gbfeat.o gbftglob.o \
 
328
        asn2ff5.o asn2ff6.o asn2gnb1.o asn2gnb2.o asn2gnb3.o asn2gnb4.o \
 
329
        asn2gnb5.o asn2gnb6.o ftusrstr.o gbfeat.o gbftglob.o \
304
330
        gbparint.o utilpars.o utilpub.o ffprint.o wprint.o satutil.o \
305
331
        seqmgr.o objmgr.o gather.o accmmdbs.o acccn3ds.o lsqfetch.o findrepl.o \
306
332
        codon.o jzcoll.o jzmisc.o maputil.o mconsist.o \
307
333
        salpedit.o salpstat.o salpacc.o salprop.o salsap.o salstruc.o salutil.o \
308
334
        udvseq.o blocks.o pgppop.o samutil.o ddvcolor.o viewmgr.o ddvcreate.o \
309
 
        jsavlt.o needleman.o txalign.o fdlobj.o alignmgr2.o
 
335
        jsavlt.o needleman.o txalign.o fdlobj.o alignmgr2.o alnread.o
310
336
 
311
337
OBJ3 =  cdentrez.o cdromlib.o cdnewlib.o casn.o cdconfig.o objentr.o
312
338
 
347
373
        seqpcc.o seqanal.o aacomp.o seqscrl.o \
348
374
        vsm.o vsmfile.o vsmutil.o udvgraph.o udvopen.o udvpanel.o dotvibrant.o \
349
375
        dlgutil1.o dlgutil2.o e2trmlst.o e2docsum.o asn2graphic.o \
350
 
        medview.o bspview.o gbfview.o gphview.o \
351
 
        gphdraw.o gxydraw.o gtrdraw.o ingengraph.o ingenext.o ingenwin.o \
 
376
        medview.o bspview.o gbfview.o gphview.o gphdraw.o gxydraw.o gtrdraw.o \
 
377
        seqpanel.o ingengraph.o ingenext.o ingenwin.o \
352
378
        biosrc.o cdrgn.o import.o pubdesc.o seqsub.o mapgene.o prtgene.o
353
379
 
354
380
OBJ45 = ddvclick.o ddvgraph.o ddvopen.o ddvpanel.o
356
382
OBJ22 = corematx.o dvncode.o objmmdb1.o objmmdb2.o objmmdb3.o objcn3d.o \
357
383
        mmdbapi.o mmdbapi1.o mmdbapi2.o mmdbapi3.o mmdbapi4.o mmdbentr.o \
358
384
        vastsubs.o prunebsc.o objcdd.o cddutil.o cddposutil.o objmime.o \
359
 
        thrdalgs.o thrdatd.o  thrdbwfi.o thrdcpal.o \
 
385
        strucapi.o thrdalgs.o thrdatd.o  thrdbwfi.o thrdcpal.o \
360
386
        thrdcpll.o thrdcprl.o thrdcxei.o thrddgri.o thrdrsmp.o \
361
387
        thrdsal0.o thrdsalr.o thrdsalu.o thrdsgoi.o thrdslo0.o \
362
388
        thrdslor.o thrdslou.o thrdspci.o thrdspea.o thrdspel.o \
366
392
OBJ23 = csim.o db_slist.o dust.o falign.o g_any.o sim2.o sim3.o sim4.o \
367
393
        simutil.o slist.o sec.o tfuns.o toasn3.o toporg.o \
368
394
        pobutil.o stsutil.o suggadj.o suggest.o suggslp.o \
369
 
        blast.o blastutl.o blastool.o splutil.o gapxdrop.o bandalg0.o bandalg1.o \
 
395
        blast.o blastutl.o blastool.o blastconcat.o splutil.o \
 
396
        gapxdrop.o bandalg0.o bandalg1.o \
370
397
        bandalg2.o bandalg3.o bandalg4.o bandalg5.o bandalgn.o blastkar.o \
371
398
        actutils.o posit.o lookup.o readdb.o ncbisam.o ncbisort.o \
372
399
        salign.o salptool.o urkutil.o urkpcc.o urkptpf.o urkepi.o \
373
400
        urkfltr.o urkdust.o urksigu.o seg.o urkbias.o urkcnsrt.o urktree.o \
374
 
        pseed3.o pattern1.o impatool.o posit2.o newkar.o mbalign.o \
375
 
        vecscrn.o mblast.o rpsutil.o kappa.o xmlblast.o bxmlobj.o \
376
 
        dotseq.o spidey.o motif.o
 
401
        pseed3.o pattern1.o impatool.o posit2.o mbalign.o \
 
402
        vecscrn.o mblast.o rpsutil.o kappa.o xmlblast.o bxmlobj.o objscoremat.o \
 
403
        dotseq.o spidey.o motif.o blfmtutl.o
377
404
 
378
405
OBJ28 = gdfontg.o gdfontmb.o gdfontt.o pictogif.o \
379
406
        gdfontl.o gdfonts.o ncbidrwg.o drawing.o mapping.o picture.o ncbimain.o
389
416
        cn3dstyl.glo seqcons.glo
390
417
 
391
418
OBJ34 = block.o entry.o indx_blk.o utilfun.o em_index.o gb_index.o sp_index.o \
392
 
        pir_index.o
 
419
        pir_index.o prf_index.o
393
420
 
394
421
OBJ37 = add.o asci_blk.o em_ascii.o em_unorg.o ftamain.o gb_ascii.o \
395
 
        genref.o hash.o ind.o loadfeat.o nucprot.o ref.o sp_ascii.o sp_ref.o \
396
 
        utilfeat.o utilref.o fta_qscore.o pir_ascii.o
 
422
        genref.o ind.o loadfeat.o nucprot.o ref.o sp_ascii.o sp_ref.o \
 
423
        utilfeat.o utilref.o fta_qscore.o pir_ascii.o fta_clup.o fta_src.o prf_ascii.o
397
424
 
398
425
OBJ38 =  deflate.o inflate.o trees.o bits.o util.o dcompr.o streamprocs.o
399
426
 
400
427
OBJ39 = ideochrow.o humchrom_dat.o mschrom_dat.o ideochrom.o ideoorgs.o \
401
428
        bands_abc.o
402
429
 
 
430
OBJ50 = chartables.o get.o maketables.o pcre.o pcreposix.o study.o
 
431
 
 
432
OBJ60 = aa_ungapped.o blast_diagnostics.o blast_dust.o blast_engine.o blast_extend.o \
 
433
    blast_filter.o blast_gapalign.o blast_hits.o blast_lookup.o \
 
434
    blast_message.o blast_options.o blast_seg.o blast_seqsrc.o \
 
435
    blast_setup.o blast_stat.o blast_traceback.o blast_util.o \
 
436
    gapinfo.o greedy_align.o hspstream_collector.o link_hsps.o lookup_wrap.o \
 
437
    mb_lookup.o ncbi_math.o ncbi_std.o pattern.o phi_extend.o phi_lookup.o \
 
438
    lookup_util.o blast_encoding.o blast_psi.o blast_psi_priv.o blast_kappa.o \
 
439
    matrix_freq_ratios.o blast_hspstream.o
 
440
 
 
441
OBJ61 = blast_input.o blast_format.o blast_mtlock.o blast_prelim.o \
 
442
        blast_returns.o blast_seq.o blast_seqalign.o blast_tabular.o \
 
443
        blast_tback.o hspstream_queue.o seqsrc_multiseq.o seqsrc_readdb.o twoseq_api.o
 
444
 
 
445
 
403
446
# NOTE: if you enter an object file to an OBJxx greater than 30, you have to explicitly
404
447
# enter the make actions below (e.g. ddvclick.o).  This is because the
405
448
# implicit make rule for opengl objects (.glo) somehow causes the default make rule for .o
417
460
 
418
461
nocopy : sources $(THR_OBJ) $(LIB1) $(LIB2) $(LIB3) $(DLIB4) $(DLIB400) \
419
462
        $(LIB5) $(DLIB20) $(DLIB45) $(LIB22) $(LIB23) $(DLIB28) $(DLIB30) $(DLIB3000) \
420
 
        $(DLIB34) $(DLIB37) $(DLIB38) $(NCBI_SHLIBS)
 
463
        $(DLIB34) $(DLIB37) $(DLIB38) $(LIB60) $(LIB61) $(NCBI_SHLIBS)
421
464
 
422
 
sources : $(THR_SRC) $(SRC1) $(SRC2) $(SRC3) $(SRC4) $(SRC5) $(SRC20) $(SRC22) $(SRC23) $(SRC28) $(SRC30) 
 
465
sources : $(THR_SRC) $(SRC1) $(SRC2) $(SRC3) $(SRC4) $(SRC5) $(SRC20) $(SRC22) \
 
466
    $(SRC23) $(SRC28) $(SRC30) $(SRC50) $(SRC60) $(SRC61)
423
467
 
424
468
## To clean out the directory without removing make
425
469
##
426
470
clean :
427
471
        -rm -f *.[acho] *.glo
428
472
 
429
 
.NO_PARALLEL:   copy $(ULIB4)
 
473
.NO_PARALLEL:   copy $(ULIB4) $(ULIB30)
430
474
 
431
475
.WAIT:
432
476
        echo Waiting...go
448
492
## Special case
449
493
##
450
494
 
451
 
ncbi_socket_.o : ncbi_socket.c ncbi_socket_.c
452
 
        $(CC) $(CFLAGS) ncbi_socket_.c
453
 
ncbi_sendmail_.o : ncbi_sendmail.c ncbi_sendmail_.c
454
 
        $(CC) $(CFLAGS) ncbi_sendmail_.c
455
 
lbapi.o : lbapi.c
456
 
        $(CC) $(CFLAGS) $(IN_HOUSE_CFLAGS) lbapi.c
457
495
ncbithrs.o: ncbithrs.c
458
496
        $(CC) -DNCBI_NOTHREADS_AVAIL $(CFLAGS) ncbithrs.c
459
497
ncbidrwg.o: ncbidrwg.c
476
514
        $(CC) $(CFLAGS) $<
477
515
pir_index.o: pir_index.c
478
516
        $(CC) $(CFLAGS) $<
 
517
prf_index.o: prf_index.c
 
518
        $(CC) $(CFLAGS) $<
479
519
add.o: add.c
480
520
        $(CC) $(CFLAGS) $<
481
521
asci_blk.o: asci_blk.c
486
526
        $(CC) $(CFLAGS) $<
487
527
ftamain.o: ftamain.c
488
528
        $(CC) $(CFLAGS) $<
 
529
prf_ascii.o: prf_ascii.c
 
530
        $(CC) $(CFLAGS) $<
489
531
gb_ascii.o: gb_ascii.c
490
532
        $(CC) $(CFLAGS) $<
491
533
genref.o: genref.c
492
534
        $(CC) $(CFLAGS) $<
493
 
hash.o: hash.c
494
 
        $(CC) $(CFLAGS) $<
495
535
ind.o: ind.c
496
536
        $(CC) $(CFLAGS) $<
497
537
loadfeat.o: loadfeat.c
512
552
        $(CC) $(CFLAGS) $<
513
553
pir_ascii.o: pir_ascii.c
514
554
        $(CC) $(CFLAGS) $<
 
555
fta_clup.o: fta_clup.c
 
556
        $(CC) $(CFLAGS) $<
 
557
fta_src.o: fta_src.c
 
558
        $(CC) $(CFLAGS) $<
515
559
 
516
560
deflate.o: deflate.c
517
561
        $(CC) $(CFLAGS) $<
559
603
        - mv -f humchrom_dat.h ../include
560
604
 
561
605
ideo_gen_obj: ideo_gen_obj.o ideochrom.o ideoorgs.o
562
 
        $(CC) $(LDFLAGS) -o ideo_gen_obj ideo_gen_obj.o ideochrom.o ideoorgs.o $(LIB1) $(OTHERLIBS)
 
606
        $(CC) $(LDFLAGS) -o ideo_gen_obj ideo_gen_obj.o ideochrom.o ideoorgs.o $(NCBI_LIBDIR)/$(LIB1) $(OTHERLIBS)
563
607
 
564
608
## use subordinate makefile for building shared libraries
565
609
##
611
655
        $(SRCCOPY) ../corelib/regex.h ../include
612
656
        $(SRCCOPY) ../corelib/matrix.h ../include
613
657
        $(SRCCOPY) ../corelib/binary.h ../include
 
658
        $(SRCCOPY) ../corelib/morefile/*.h ../include
 
659
        $(SRCCOPY) ../corelib/morefile/*.c .
 
660
        $(SRCCOPY) ../link/macmet/MoreCarbonAccessors.h ../include
614
661
        $(SRCCOPY) ../corelib/ncbilcl.$(SUFFIXLCL) ../include/ncbilcl.h
615
662
        $(SRCCOPY) ../corelib/*.c .
616
663
        $(SRCCOPY) ../corelib/core*.h .
618
665
        mv asn.h ../include
619
666
        $(SRCCOPY) ../asnlib/*.c .
620
667
        $(SRCCOPY) ../connect/*.c .
 
668
        $(SRCCOPY) ../connect/ncbi_ansi_ext.h .
621
669
        $(SRCCOPY) ../connect/ncbi_priv.h .
622
670
        $(SRCCOPY) ../connect/ncbi_comm.h .
 
671
        $(SRCCOPY) ../connect/ncbi_config.h .
623
672
        -$(SRCCOPY) ../connect/ncbi_lbsm.h .
624
673
        -$(SRCCOPY) ../connect/ncbi_lbsm_ipc.h .
 
674
        $(SRCCOPY) ../connect/ncbi_host_infop.h .
625
675
        $(SRCCOPY) ../connect/ncbi_server_infop.h .
626
676
        $(SRCCOPY) ../connect/ncbi_servicep.h .
627
 
        $(SRCCOPY) ../connect/ncbi_servicep_dispd.h .
628
 
        $(SRCCOPY) ../connect/ncbi_servicep_lbsmd.h .
 
677
        $(SRCCOPY) ../connect/ncbi_dispd.h .
 
678
        $(SRCCOPY) ../connect/ncbi_lbsmd.h .
629
679
        $(SRCCOPY) ../connect/*.h ../include
630
680
        -mkdir ../include/connect
631
681
        -chmod ug+rw,o+r ../include/connect
632
 
        -rm ../include/ncbi_*.h
633
 
        cp -fp ../connect/ncbi_*.h ../include/connect
 
682
        -rm ../include/ncbi_*.h ../include/connect_export.h
 
683
        cp -fp ../connect/ncbi_*.h ../connect/connect_export.h ../include/connect
 
684
        $(SRCCOPY) ../util/tables/*.c .
 
685
        -mkdir -p ../include/util/tables
 
686
        cp -fp ../util/tables/*.h ../include/util/tables
 
687
        $(SRCCOPY) ../util/creaders/*.c .
 
688
        -mkdir -p ../include/util/creaders
 
689
        cp -fp ../util/creaders/*.h ../include/util/creaders
634
690
        $(SRCCOPY) ../ctools/*.c .
635
691
        -mkdir ../include/ctools
636
692
        -chmod ug+rw,o+r ../include/ctools
637
693
        cp -fp ../ctools/*.h ../include/ctools
638
 
        $(SRCCOPY) ../connect/lbapi/*.c .
639
 
        $(SRCCOPY) ../connect/lbapi/*.h ../include
640
694
        $(SRCCOPY) ../object/*.c .
641
695
        $(SRCCOPY) ../object/*.h ../include
642
696
        $(SRCCOPY) ../access/*.c .
664
718
        $(SRCCOPY) ../gif/*.h ../include
665
719
        $(SRCCOPY) ../ddv/*.h ../include
666
720
        $(SRCCOPY) ../ddv/*.c .
 
721
        $(SRCCOPY) ../regexp/*.c .
 
722
        $(SRCCOPY) ../regexp/*.h ../include
667
723
        - $(SRCCOPY) ../internal/compr/*.c .
668
724
        - $(SRCCOPY) ../internal/compr/*.h ../include
669
725
        - $(SRCCOPY) ../internal/libindx/*.c .
682
738
        $(SRCCOPY) ../network/nsclilib/*.h ../include
683
739
        $(SRCCOPY) ../network/blast3/client/*.h ../include
684
740
        $(SRCCOPY) ../network/id1arch/*.h ../include
 
741
        -$(SRCCOPY) ../network/id2arch/*.h ../include
 
742
        - mkdir -p ../include/algo/blast/core
 
743
        $(SRCCOPY) ../algo/blast/core/*.c .
 
744
        $(SRCCOPY) ../algo/blast/core/*.h .
 
745
        cp -fp ../algo/blast/core/*.h ../include/algo/blast/core
 
746
        - mkdir -p ../include/algo/blast/api
 
747
        $(SRCCOPY) ../algo/blast/api/*.c .
 
748
        cp -fp ../algo/blast/api/*.h ../include/algo/blast/api
685
749
        - chmod -R ug+rw,o+r .
686
750
 
687
751
 
840
904
        $(LIBCOPY) $(LIB23) $(NCBI_LIBDIR)
841
905
        $(RAN) $(NCBI_LIBDIR)/$(LIB23)
842
906
 
 
907
$(LIB50) : $(OBJ50)
 
908
        - $(RM_LIB) $(LIB50)
 
909
        $(AR) cru $(LIB50) $(OBJ50)
 
910
        $(LIBCOPY) $(LIB50) $(NCBI_LIBDIR)
 
911
        $(RAN) $(NCBI_LIBDIR)/$(LIB50)
 
912
 
 
913
$(LIB60) : $(OBJ60)
 
914
        - $(RM_LIB) $(LIB60)
 
915
        $(AR) cru $(LIB60) $(OBJ60)
 
916
        $(LIBCOPY) $(LIB60) $(NCBI_LIBDIR)
 
917
        $(RAN) $(NCBI_LIBDIR)/$(LIB60)
 
918
 
 
919
$(LIB61) : $(OBJ61)
 
920
        - $(RM_LIB) $(LIB61)
 
921
        $(AR) cru $(LIB61) $(OBJ61)
 
922
        $(LIBCOPY) $(LIB61) $(NCBI_LIBDIR)
 
923
        $(RAN) $(NCBI_LIBDIR)/$(LIB61)
 
924
 
843
925
## make asntool application
844
926
##  This is ALWAYS the command line version
845
927