← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/precise/ncbi-tools6/precise

« back to all changes in this revision

Viewing changes to debian/man/Psequin.1

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2005-03-27 12:00:15 UTC
  • mfrom: (2.1.2 hoary)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20050327120015-embhesp32nj73p9r
Tags: 6.1.20041020-3
http://bugs.debian.org/295110
* Fix FTBFS under GCC 4.0 caused by inconsistent use of "static" on
  functions.  (Closes: #295110.)
* Add a watch file, now that we can.  (Upstream's layout needs version=3.)

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
debian/man/Psequin.1
1
 
.TH PSEQUIN 1 2001-10-05 NCBI "NCBI Tools User's Manual"
2
 
.SH NAME
3
 
Psequin \- submit sequences to Genbank, EMBL, and DDBJ
4
 
.SH SYNOPSIS
5
 
.B Psequin
6
 
.SH DESCRIPTION
7
 
This manual page documents briefly the \fBPsequin\fP command.
8
 
This manual page was written for the Debian GNU/Linux distribution
9
 
because the original program does not have a manual page.
10
 
.PP
11
 
\fBPsequin\fP is a program designed to aid in the submission of
12
 
sequences to the GenBank, EMBL, and DDBJ sequence databases. It was
13
 
written at the National Center for Biotechnology Information, part of
14
 
the National Library of Medicine at the National Institutes of Health.
15
 
.PP
16
 
\fBPsequin\fP can assemble the essential elements of a GenBank record
17
 
from simple FASTA-format text files. For example, the program obtains
18
 
the proper genetic code from an organism name, and automatically
19
 
determines coding region intervals by back-translation from the
20
 
protein sequence. An on-line help window scrolls to the appropriate
21
 
place as the user moves between and within data entry forms, giving
22
 
relevant details on what information is expected.
23
 
.PP
24
 
\fBPsequin\fP also contains a number of built-in validation functions
25
 
for quality assurance. Features such as splice sites and coding region
26
 
translations are checked for accuracy or internal
27
 
consistency. Double-clicking on an error message launches an
28
 
appropriate editor by which the user can correct any problems.
29
 
.PP
30
 
\fBPsequin\fP provides live, clickable views of the data in a variety
31
 
of formats, including a report form, GenBank flatfile, EMBL flatfile,
32
 
and a graphical view. Double clicking on an item in any of these
33
 
formats launches an editor for that item. The editor is capable of
34
 
maintaining correct feature table positions as the underlying sequence
35
 
is edited. It can display features on the sequence during editing, and
36
 
allows feature intervals to be adjusted by direct manipulation.
37
 
.SH OPTIONS
38
 
None.
39
 
.SH AUTHOR
40
 
This manual page was written by Aaron M. Ucko <ucko@debian.org>,
41
 
for the Debian GNU/Linux system (but may be used by others).
42
 
.SH SEE ALSO
43
 
.ad l
44
 
.BR tbl2asn (1),
45
 
/usr/share/doc/ncbi-tools-x11/sequin.htm,
46
 
<http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/>