← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/precise/ncbi-tools6/precise

« back to all changes in this revision

Viewing changes to tools/xmlblast.h

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2005-03-27 12:00:15 UTC
  • mfrom: (2.1.2 hoary)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20050327120015-embhesp32nj73p9r
Tags: 6.1.20041020-3
http://bugs.debian.org/295110
* Fix FTBFS under GCC 4.0 caused by inconsistent use of "static" on
  functions.  (Closes: #295110.)
* Add a watch file, now that we can.  (Upstream's layout needs version=3.)

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
tools/xmlblast.h
1
 
/* $Id: xmlblast.h,v 6.9 2000/11/28 20:51:58 shavirin Exp $ */
 
1
/* $Id: xmlblast.h,v 6.14 2004/04/29 19:55:35 dondosha Exp $ */
2
2
/**************************************************************************
3
3
*                                                                         *
4
4
*                             COPYRIGHT NOTICE                            *
30
30
*   
31
31
* Version Creation Date: 05/17/2000
32
32
*
33
 
* $Revision: 6.9 $
 
33
* $Revision: 6.14 $
34
34
*
35
35
* File Description:  Functions to print simplified BLAST output (XML)
36
36
*
37
37
* 
38
38
* $Log: xmlblast.h,v $
 
39
* Revision 6.14  2004/04/29 19:55:35  dondosha
 
40
* Mask filtered locations in query sequence lines
 
41
*
 
42
* Revision 6.13  2004/03/31 17:58:23  dondosha
 
43
* Added PSIXmlReset function to allow keeping the AsnIoPtr between outputs for multiple queries in blastpgp
 
44
*
 
45
* Revision 6.12  2003/01/06 23:01:40  dondosha
 
46
* Added function to create a multi-query XML output for web megablast
 
47
*
 
48
* Revision 6.11  2002/11/14 15:37:18  dondosha
 
49
* Added functions to extract all hit information from seqalign that can be extracted without loading sequences
 
50
*
 
51
* Revision 6.10  2002/07/17 22:28:13  dondosha
 
52
* Added support for megablast XML output
 
53
*
39
54
* Revision 6.9  2000/11/28 20:51:58  shavirin
40
55
* Adopted for usage with mani-iterational XML definition.
41
56
*
88
103
    AsnTypePtr atp;
89
104
    AsnTypePtr BlastOutput;
90
105
    AsnTypePtr BlastOutput_iterations;
91
 
} PSIXml, PNTR PSIXmlPtr;
 
106
   AsnTypePtr BlastOutput_mbstat;
 
107
} PSIXml, MBXml, PNTR PSIXmlPtr, PNTR MBXmlPtr;
92
108
 
93
109
#define BXML_INCLUDE_QUERY 0x1
94
110
 
103
119
                        BLAST_OptionsBlkPtr options, CharPtr program,
104
120
                        CharPtr database, BioseqPtr query, 
105
121
                        ValNodePtr other_returns, Int4 option, 
106
 
                        CharPtr message);
107
 
 
 
122
                        CharPtr message, ValNodePtr mask_loc);
 
123
 
 
124
Boolean BXMLPrintMultiQueryOutput(AsnIoPtr aip, SeqAlignPtr seqalign, 
 
125
           BLAST_OptionsBlkPtr options, CharPtr program, CharPtr database, 
 
126
           BioseqSetPtr query_set, ValNodePtr other_returns, Int4 flags,
 
127
           CharPtr message, ValNodePtr mask_loc);
 
128
 
 
129
StatisticsPtr BXMLBuildStatistics(ValNodePtr other_returns, Boolean ungapped);
108
130
BlastOutputPtr BXMLCreateBlastOutputHead(CharPtr program, CharPtr database, 
109
131
                                         BLAST_OptionsBlkPtr options, 
110
132
                                         BioseqPtr query, Int4 flags);
112
134
IterationPtr BXMLBuildOneIteration(SeqAlignPtr seqalign, 
113
135
                                   ValNodePtr other_returns,
114
136
                                   Boolean is_ooframe, Boolean ungapped,
115
 
                                   Int4 iter_num, CharPtr message);
 
137
                                   Int4 iter_num, CharPtr message, 
 
138
                                   ValNodePtr mask_loc);
 
139
 
 
140
IterationPtr BXMLBuildOneQueryIteration(SeqAlignPtr seqalign, 
 
141
                                   ValNodePtr other_returns,
 
142
                                   Boolean is_ooframe, Boolean ungapped,
 
143
                                   Int4 iter_num, CharPtr message, 
 
144
                                   BioseqPtr query, ValNodePtr mask_loc);
116
145
 
117
146
HspPtr BXMLGetHspFromSeqAlign(SeqAlignPtr sap, Boolean is_aa, Int4 chain,
118
 
                              Boolean is_ooframe);
 
147
                              Boolean is_ooframe, ValNodePtr mask_loc);
119
148
 
120
149
HitPtr BXMLSeqAlignToHits(SeqAlignPtr seqalign, Boolean ungapped, 
121
 
                          Boolean is_ooframe);
 
150
                          Boolean is_ooframe, ValNodePtr mask_loc);
122
151
 
123
152
PSIXmlPtr PSIXmlInit(AsnIoPtr aip, CharPtr program, CharPtr database, 
124
 
                     BLAST_OptionsBlkPtr options, 
125
 
                     BioseqPtr query, Int4 flags);
 
153
                     BLAST_OptionsBlkPtr options, BioseqPtr query, Int4 flags);
126
154
    
 
155
/* Close printing of this XML output, but only reset the ASN.1 output stream,
 
156
   so it is ready for the next output. */
 
157
void PSIXmlReset(PSIXmlPtr psixp);
 
158
/* Finish printing XML output and close the output stream */
127
159
void PSIXmlClose(PSIXmlPtr psixp);
 
160
void MBXmlClose(PSIXmlPtr mbxp, ValNodePtr other_returns, Boolean ungapped);
128
161
 
 
162
HitPtr SeqAlignToHits PROTO((SeqAlignPtr seqalign, Boolean ungapped));
129
163
 
130
164
#ifdef __cplusplus
131
165
/* { */ }