~ubuntu-branches/ubuntu/precise/ncbi-tools6/precise

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*                            PUBLIC DOMAIN NOTICE

*               National Center for Biotechnology Information

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*  This software/database is a "United States Government Work" under the

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* File Name:  pdbeast.h

*

* Author:  Yanli Wang

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* Initial Version Creation Date: 03/09/1997

*

* File Description:

*         Header file for an interactive tool for taxonomy assignment to structure sequence

*

*

* Modifications:

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* $Log: pdbeast.h,v $

* Revision 1.1  2002/12/17 15:13:43  ywang

* pdbeast related tools updated

*

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*/

 

#define seq_num 1

#define seq_set_num 2

#define org_choice_num 6

#define biosource_choice_num 23

#define pdbsource_choice_num 21

 

#define RawBioseqDir_text  "/net/keystone/usr/people/ywang/work/taxonomy/RawBioseq/"

#define RawBioseqDir_binary  "/net/clobber/usr/people8/bryant/MMDB.Bioseq/"

#define BioseqDir_text   "/net/keystone/usr/people/ywang/work/taxonomy/Bioseq_text/"

#define BioseqDir_binary   "/net/keystone/usr/people/ywang/work/taxonomy/Bioseq_binary/"

 

#define http_arg1 "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi?QUERY_BELIEVE_DEFLINE=yes&QUERY="

 

#define http_arg2  "&DATABASE=nr&HITLIST_SIZE=10&FILTER=L&EXPECT=10&FORMAT_TYPE=HTML&PROGRAM=blastp&CLIENT=web&SERVICE=plain&NCBI_GI=on&PAGE=Proteins&CMD=Put&AUTO_FORMAT=Semiauto&FORMAT_OBJECT=Alignment&ALIGNMENT_VIEW=Pairwise&SHOW_OVERVIEW=on"

 

#define http_arg3 "&DATABASE=nr&HITLIST_SIZE=10&FILTER=L&EXPECT=10&FORMAT_TYPE=HTML&PROGRAM=blastn&CLIENT=web&SERVICE=plain&NCBI_GI=on&PAGE=Nucleotides&CMD=Web&AUTO_FORMAT=Semiauto&FORMAT_OBJECT=Alignment&ALIGNMENT_VIEW=Pairwise&SET_DEFAULTS.x=34&SET_DEFAULTS.y=8&SHOW_OVERVIEW=on&END_OF_HTTPGET=Yes"

 

Char RawSeqEntryName[120], SeqEntryName[120];

Char EntryCode[120];

 

AsnIoPtr aip1, aip2;

Char pdbsource_str[10240];

 

Boolean IsBioseq, IsBioseqSet, Pdbsource, Biosource, Biosource_chain[MaxChainNum], BioOrg, BioOrg_chain[MaxChainNum];

Boolean Bio_source, ReplaceSource;

Boolean OrgFound;

Boolean AllAssign, PartAssign;

Boolean SingleChain;

Boolean TextInEntry, TextOutEntry;

Boolean TaxAssign, EntryOpen;

Boolean chain_assign[MaxChainNum];

Boolean SingleEntry, EntryFromList;

 

Char chain_orgName[MaxChainNum][120];

 

FILE *IndexList;

 

SeqEntryPtr root_sep;

OrgRefPtr my_org;

OrgRefPtr my_org_chain[MaxChainNum];

 

Int4 nchain;

Char chain[MaxChainNum];

Char selected_chain, last_click_chain;

Int2 selected_chain_num, current_chain_num;

Char CurrentOrgName[120];