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Viewing changes to network/wwwblast/docs/oof_notation.html

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2005-03-27 12:00:15 UTC
  • mfrom: (2.1.2 hoary)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20050327120015-embhesp32nj73p9r
Tags: 6.1.20041020-3
http://bugs.debian.org/295110
* Fix FTBFS under GCC 4.0 caused by inconsistent use of "static" on
  functions.  (Closes: #295110.)
* Add a watch file, now that we can.  (Upstream's layout needs version=3.)

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Lines of Context:
network/wwwblast/docs/oof_notation.html
 
1
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//IETF//DTD HTML//EN">
 
2
<HTML>
 
3
  <HEAD>
 
4
    <title>Out-of-frame notation</title>
 
5
  </HEAD>
 
6
 
 
7
<BODY bgcolor="FFFFFF" link="0000FF" vlink="ff0000" text="000000" >
 
8
<HR>
 
9
<H1><CENTER>Out-Of-Frame BLAST notation</CENTER></H1>
 
10
<HR>
 
11
When protein aligned to the nucleotide there are 6 possibilities of
 
12
match at any point. In OOF alignment - upper sequence is DNAP - 3-frame 
 
13
translated DNA. Lower sequence is protein. At any position next protein 
 
14
base may be aligned to 6 possible bases in DNAP:
 
15
<P>
 
16
(TBO - traditional blast output)
 
17
<P>
 
18
0:  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3 nucleotides missing - gap (TBO notation "-")
 
19
<PRE>
 
20
 
 
21
OOF alignment with DNAP:
 
22
 
 
23
      DTRGGDTPQKSVFSRAQNTLWGERGDTQKRGGAQRGDIFSLWGG-GVLCV
 
24
      |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |   |  |
 
25
      D  G  T  K  F  A  T  G  G  Q  G  Q  D  S  G K V  V
 
26
 
 
27
TBO:
 
28
 
 
29
      DGTKFATGGQGQDSG-VV
 
30
      DGTKFATGGQGQDSG VV
 
31
      DGTKFATGGQGQDSGKVV
 
32
 
 
33
</PRE>
 
34
1: &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2 nucleotides missing - "frameshift -2" (TBO notation "\\")
 
35
<PRE>
 
36
 
 
37
OOF alignment with DNAP:
 
38
 
 
39
      DTRGGDTPQKSVFSRAQNTLWGERGDTQKRGGAQRGDIFSLWGGGGVLCV
 
40
      |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |/  |  |
 
41
      D  G  T  K  F  A  T  G  G  Q  G  Q  D  S  GK  V  V
 
42
 
 
43
TBO:
 
44
 
 
45
      DGTKFATGGQGQDSG\\GVV
 
46
      DGTKFATGGQGQDSG   VV
 
47
      DGTKFATGGQGQDSG  KVV
 
48
 
 
49
</PRE>
 
50
2:  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 nucletide missing - "frameshift -1" (TBO notation "\")
 
51
<PRE>
 
52
 
 
53
OOF alignment with DNAP:
 
54
 
 
55
      DTRGGDTPQKSVFSRAQNTLWGERGDTQKRGGAQRGDIFSLWGGERGV
 
56
      |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | /  |  |  
 
57
      D  G  T  K  F  A  T  G  G  Q  G  Q  D  S G  K  V  
 
58
TBO:
 
59
 
 
60
      DGTKFATGGQGQDS\GEV
 
61
      DGTKFATGGQGQDS G V
 
62
      DGTKFATGGQGQDS GKV  
 
63
 
 
64
</PRE>
 
65
3:  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Complete match
 
66
<PRE>
 
67
 
 
68
OOF alignment with DNAP:
 
69
 
 
70
      DTRGGDTPQKSVFSRAQNTLWGERGDTQKRGGAQRGDIFSLWGGEKRGV
 
71
      |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | 
 
72
      D  G  T  K  F  A  T  G  G  Q  G  Q  D  S  G  K  V 
 
73
 
 
74
TBO:
 
75
 
 
76
      DGTKFATGGQGQDSGKV
 
77
      DGTKFATGGQGQDSGKV 
 
78
      DGTKFATGGQGQDSGKV 
 
79
 
 
80
</PRE>
 
81
4:  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 nucleotide insertion - "frameshift +1" (TBO notation "/")
 
82
<PRE>
 
83
 
 
84
OOF alignment with DNAP:
 
85
 
 
86
      DTRGGDTPQKSVFSRAQNTLWGERGDTQKRGGAQRGDIFSLWGGVEKRGV
 
87
      |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |   \
 
88
      D  G  T  K  F  A  T  G  G  Q  G  Q  D  S  G   K  V
 
89
 
 
90
TBO:
 
91
 
 
92
      DGTKFATGGQGQDSG/KV
 
93
      DGTKFATGGQGQDSG KV
 
94
      DGTKFATGGQGQDSG KV
 
95
 
 
96
</PRE>
 
97
5:  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2 nucleotides insertion - "frameshift +2" (TBP notation "//")
 
98
<PRE>
 
99
 
 
100
OOF alignment with DNAP:
 
101
 
 
102
      DTRGGDTPQKSVFSRAQNTLWGERGDTQKRGGAQRGDIFSLFLWGGEKRGV
 
103
      |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |    \  |  |
 
104
      D  G  T  K  F  A  T  G  G  Q  G  Q  D  S    G  K  V
 
105
 
 
106
TBO:
 
107
 
 
108
      DGTKFATGGQGQDS//GKV
 
109
      DGTKFATGGQGQDS  GKV
 
110
      DGTKFATGGQGQDS  GKV
 
111
 
 
112
</PRE>
 
113
 
 
114
<HR>
 
115
    <address><a href="mailto:shavirin@ncbi.nlm.nih.gov">Sergei Shavirin</a></address>
 
116
<!-- Created: Tue Oct 17 10:07:24 EDT 2000 -->
 
117
<!-- hhmts start -->
 
118
Last modified: Tue Oct 17 10:56:56 EDT 2000
 
119
<!-- hhmts end -->
 
120
  </BODY>
 
121
</HTML>