← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/precise/ncbi-tools6/precise

« back to all changes in this revision

Viewing changes to doc/README.asn2xml

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2005-03-27 12:00:15 UTC
  • mfrom: (2.1.2 hoary)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20050327120015-embhesp32nj73p9r
Tags: 6.1.20041020-3
http://bugs.debian.org/295110
* Fix FTBFS under GCC 4.0 caused by inconsistent use of "static" on
  functions.  (Closes: #295110.)
* Add a watch file, now that we can.  (Upstream's layout needs version=3.)

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
doc/README.asn2xml
1
 
README.asn2xml : This file
 
1
Last updated: Fri, March 16, 2001
 
2
File Locator: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/toolbox/xml/asn2xml/README.asn2xml
 
3
 
 
4
asn2xml
 
5
 
 
6
Program Description: asn2xml is a utility program designed to read 
 
7
sequence data in ASN.1 and output the sequence data as "full XML". For
 
8
further description on "full XML", refer to the NCBI Data in XML Doc.
 
9
 
2
10
Binary: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/toolbox/xml/asn2xml/
3
 
Source: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/toolbox/ncbi_tools/ncbi.tar.Z
 
11
Source: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/toolbox/ncbi_tools/ncbi.tar.Z   
4
12
NCBI XML DTDs: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/toolbox/xml/xmlspecs/
5
 
 
6
 
Program Description: asn2xml converts the sequence data in ASN.1 to
7
 
sequence encoding in IUPAC for XML through an internal object loader.
 
13
NCBI Data in XML Doc: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/toolbox/xml/ncbixml.txt
8
14
 
9
15
BASIC INSTRUCTIONS:
10
16
1. Obtain GenBank ASN.1 data file at
22
28
 
23
29
2. Download the appropriate asn2xml binary for your platform
24
30
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/toolbox/xml/asn2xml/
25
 
         asn2xml.ibmaix.tar.Z         AIX  4.3.3
26
31
     asn2xml.alphaOSF1.tar.Z      OSF1 V5.1
27
32
     asn2xml.linux.tar.Z          Intel x86/Linux
28
33
     asn2xml.sgi.tar.Z            IRIX 6.4/IRIX 6.5 
66
71
Notes:
67
72
 
68
73
1. The uncompressed XML file is about 10 times the size of the compressed
69
 
binary ASN.1 file. The uncompressed XML can be extremely big, you
70
 
have been warned. Note, the ASN.1 contains more than the GenBank files;
71
 
it includes other databases like PDB and RefSeq, gaps of HTG records, and
72
 
shows the quality scores of HTG records. For further, read
 
74
binary ASN.1 file. The uncompressed XML can be extremely big. Note, the
 
75
ASN.1 contains more than the GenBank files; it includes other databases
 
76
like PDB and RefSeq, gaps of HTG records, and shows the quality scores of
 
77
HTG records. For further information, read 
73
78
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/ncbi-asn1/README.asn1
74
79
 
 
80
 
 
81
Email any questions not answered in this documentation to:
 
82
info@ncbi.nih.gov