← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/precise/ncbi-tools6/precise

« back to all changes in this revision

Viewing changes to biostruc/mmdbapi1.c

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2005-03-27 12:00:15 UTC
  • mfrom: (2.1.2 hoary)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20050327120015-embhesp32nj73p9r
Tags: 6.1.20041020-3
http://bugs.debian.org/295110
* Fix FTBFS under GCC 4.0 caused by inconsistent use of "static" on
  functions.  (Closes: #295110.)
* Add a watch file, now that we can.  (Upstream's layout needs version=3.)

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
biostruc/mmdbapi1.c
29
29
*
30
30
* Version Creation Date:   03/14/95
31
31
*
32
 
* $Revision: 6.42 $
 
32
* $Revision: 6.45 $
33
33
*
34
34
* File Description: 
35
35
*
44
44
* 95/08/30 C. Hogue    Minor changes.
45
45
*
46
46
* $Log: mmdbapi1.c,v $
47
 
* Revision 6.42  2001/11/19 16:31:14  kans
48
 
* force load cdd object loader
 
47
* Revision 6.45  2004/05/06 19:31:09  chenj
 
48
* fixed the bug in fnPBSFtoPSA() to use 2 chars for domain id
 
49
*
 
50
* Revision 6.44  2003/12/03 02:11:28  kans
 
51
* added defines missing from Mac OS 10.3 headers
 
52
*
 
53
* Revision 6.43  2002/05/10 16:33:18  chenj
 
54
* fix bugs in fnPBSFtoPSA
49
55
*
50
56
* Revision 6.41  2001/01/26 15:06:39  lewisg
51
57
* use entrez2 to retrieve structures
286
292
  /* this should be #include <utilpub.h> but this conflicts with mmdbdata.h. fix this. lyg */
287
293
#include <mmdbapi.h>
288
294
#include <mmdbapi1.h>
289
 
#include <objcdd.h>
290
295
#include <matrix.h>
291
296
#include "prunebsc.h"  
292
297
 
 
298
/* Missing from /usr/include/gcc/darwin/3.3/machine/limits.h */
 
299
#ifdef __MWERKS__
 
300
#ifdef OS_UNIX_DARWIN
 
301
#ifndef __SCHAR_MAX__
 
302
#define __SCHAR_MAX__ 127
 
303
#endif
 
304
#endif
 
305
#endif
 
306
/* End missing from /usr/include/gcc/darwin/3.3/machine/limits.h */
 
307
 
293
308
PMBD LIBCALL NewMBD(void)
294
309
{
295
310
    PMBD pmbdNew = NULL;
1232
1247
printf("MaxModels=%d ModelLevel=%d\n",(int) maxModels,(int) mdlLvl);
1233
1248
#endif
1234
1249
        /* load the parse trees */
1235
 
        if (! (objmmdb1AsnLoad() && objmmdb2AsnLoad() && objmmdb3AsnLoad() && objcddAsnLoad() ))
 
1250
        if (! (objmmdb1AsnLoad() && objmmdb2AsnLoad() && objmmdb3AsnLoad() ))
1236
1251
          {
1237
1252
                ErrPostEx(SEV_FATAL,0,0, "Internal - objmmdbNAsnLoad() Failure");
1238
1253
                return NULL;
2692
2707
  FloatLoPtr pflvData = NULL;
2693
2708
  FloatLoPtrPtr ppflmData = NULL;
2694
2709
  FloatLoPtrPtr ppflm = NULL;  
2695
 
  FloatLo flX,  flY,  flZ;
 
2710
  /* FloatLo flX,  flY,  flZ; */
2696
2711
  Int2 i,  j;
2697
2712
  
2698
2713
  if (IsAtomNode(pfbThis))
3192
3207
  MemFree (pcPDB);
3193
3208
  
3194
3209
  /* get the embedded PDB code of the hit */
 
3210
 if (iDomain < 10) {
3195
3211
  pcPDB = StringSave (PDBNAME_DEFAULT);
3196
3212
  iDomain = 0;
3197
3213
  cChain = '-';
3198
3214
  
3199
 
  
3200
3215
  pcPDB[0] = pbsfSelected->name[7];
3201
3216
  pcPDB[1] = pbsfSelected->name[8];
3202
3217
  pcPDB[2] = pbsfSelected->name[9];
3203
3218
  pcPDB[3] = pbsfSelected->name[10];
3204
3219
  cChain = pbsfSelected->name[11];
3205
3220
  iDomain = atoi ((char *) &pbsfSelected->name[12]);
 
3221
 }
 
3222
 else {         /* have at least 10 domains in 1 str., added by J. Chen */
 
3223
  pcPDB = StringSave (PDBNAME_DEFAULT);
 
3224
  iDomain = 0;
 
3225
  cChain = '-';
 
3226
 
 
3227
  pcPDB[0] = pbsfSelected->name[8];
 
3228
  pcPDB[1] = pbsfSelected->name[9];
 
3229
  pcPDB[2] = pbsfSelected->name[10];
 
3230
  pcPDB[3] = pbsfSelected->name[11];
 
3231
  cChain = pbsfSelected->name[12];
 
3232
  iDomain = atoi ((char *) &pbsfSelected->name[13]);
 
3233
 }
 
3234
 
3206
3235
/*slavesip = MakePDBSeqId2 (pcPDB, cChain, iDomain, TRUE);  */
3207
3236
  slavesip = MakePDBSeqId2 (pcPDB, cChain, iDomain, FALSE);
3208
3237
  
3226
3255
    nextslavestart = slaveseg->to + 1;
3227
3256
  } 
3228
3257
  
3229
 
  
3230
3258
  salp = SeqAlignNew ();
3231
3259
  if (sap == NULL) {
3232
3260
    sap = SeqAnnotNew ();
3280
3308
  dsp->dim = 2;
3281
3309
  dsp->numseg = count;
3282
3310
  dsp->ids = SeqIdDup (mastersip);
3283
 
  dsp->ids->next = slavesip;
 
3311
 /* dsp->ids->next = slavesip;  could be a bug, J. Chen */
 
3312
  dsp->ids->next = SeqIdDup(slavesip);
3284
3313
  dsp->starts = (Int4Ptr) MemNew (count * sizeof (Int4) * 2);
3285
3314
  dsp->lens = (Int4Ptr) MemNew (count * sizeof (Int4));
3286
3315
  
3309
3338
 }
3310
3339
 else {
3311
3340
 DenseDiagPtr ddp, ddp_tmp;
 
3341
 
3312
3342
  salp->segs = NULL;
3313
3343
  salp->type = 3;
3314
 
  salp->segtype = 1 /* densediag */ ;
 
3344
  salp->segtype = 1  /* densediag */ ;
 
3345
 
3315
3346
  for(count = 0, masterseg = master, slaveseg = slave; masterseg != NULL && slaveseg != NULL; masterseg = masterseg->next, slaveseg = slaveseg->next) {
3316
3347
     ddp = DenseDiagNew();
3317
3348
     ddp->dim = 2;
3318
 
     ddp->id = SeqIdDup (mastersip);
3319
 
     ddp->id->next = slavesip;
 
3349
 
 
3350
     ddp->id = SeqIdDup (mastersip); 
 
3351
/*     ddp->id->next = slavesip;    bug! fixed by J.Chen */
 
3352
     ddp->id->next = SeqIdDup(slavesip);
 
3353
 
3320
3354
     ddp->starts = (Int4Ptr) MemNew ((size_t) 4 * sizeof (Int4));
3321
3355
     ddp->starts[0] = masterseg->from-1;
3322
3356
     ddp->starts[1] = slaveseg->from -1 ;
3324
3358
     count++;
3325
3359
     if(salp->segs == NULL) salp->segs = (Pointer) ddp;
3326
3360
     else {
3327
 
        ddp_tmp = salp->segs;
 
3361
        ddp_tmp = (DenseDiagPtr) salp->segs;
3328
3362
        while(ddp_tmp->next) ddp_tmp = ddp_tmp->next;
3329
3363
        ddp_tmp->next = ddp;
3330
3364
     }
3331
3365
  }
 
3366
 
3332
3367
 }
3333
3368
 
3334
3369
  
3384
3419
  while(pbsfs)
3385
3420
  {
3386
3421
     feature=pbsfs->features;
3387
 
     strcpy(pcMaster, pbsfs->descr->data.ptrvalue);
 
3422
     strcpy(pcMaster, (char *)pbsfs->descr->data.ptrvalue);
3388
3423
     /*if master name matched*/
3389
3424
    if(strcmp(pcMaster, pdbname_master) == 0) /* I had this commented out */
3390
3425
    {
4160
4195
/*psfsThis->pvnDescr = (ValNodePtr) pbsfsThis->descr; */ /* link stub for descr */
4161
4196
/*pbsfsThis->descr = NULL; */ /* detach and save from free-ing descr  */
4162
4197
               /* yanli comment the above two line out, instead do the following */
4163
 
  psfsThis->pvnDescr = AsnIoMemCopy((ValNodePtr) pbsfsThis->descr, (AsnReadFunc)BiostrucFeatureSetDescrAsnRead, (AsnWriteFunc)BiostrucFeatureSetDescrAsnWrite); 
 
4198
  psfsThis->pvnDescr = (ValNodePtr)AsnIoMemCopy((ValNodePtr) pbsfsThis->descr, (AsnReadFunc)BiostrucFeatureSetDescrAsnRead, (AsnWriteFunc)BiostrucFeatureSetDescrAsnWrite); 
4164
4199
 
4165
4200
  pvnThis = NULL;
4166
4201
  pvnThis = ValNodeFindNext(psfsThis->pvnDescr, NULL,  BiostrucFeatureSetDescr_name);