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Viewing changes to doc/man/asn2ff.1

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2005-03-27 12:00:15 UTC
  • mfrom: (2.1.2 hoary)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20050327120015-embhesp32nj73p9r
Tags: 6.1.20041020-3
http://bugs.debian.org/295110
* Fix FTBFS under GCC 4.0 caused by inconsistent use of "static" on
  functions.  (Closes: #295110.)
* Add a watch file, now that we can.  (Upstream's layout needs version=3.)

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removed removed

Lines of Context:
doc/man/asn2ff.1
 
1
.TH ASN2FF 1 2002-08-30 NCBI "NCBI Tools User's Manual"
 
2
.SH NAME
 
3
asn2ff \- convert ASN.1 biological data to a flat format (old version)
 
4
.SH SYNOPSIS
 
5
.B asn2ff
 
6
[\|\fB\-\fP\|]
 
7
[\|\fB\-A\fP\ \fIX\fP\|]
 
8
[\|\fB\-B\fP\ \fIX\fP\|]
 
9
[\|\fB\-C\fP\|]
 
10
[\|\fB\-G\fP\|]
 
11
[\|\fB\-L\ F\fP\|]
 
12
[\|\fB\-M\fP\|]
 
13
[\|\fB\-R\fP\|]
 
14
[\|\fB\-V\ F\fP\|]
 
15
[\|\fB\-a\fP\ \fIfilename\fP\|]
 
16
[\|\fB\-b\fP\|]
 
17
[\|\fB\-d\fP\|]
 
18
[\|\fB\-e\fP\|]
 
19
[\|\fB\-f\fP\ \fIb/p/e/s/x/z\fP\|]
 
20
[\|\fB\-g\fP\|]
 
21
[\|\fB\-h\ F\fP\|]
 
22
[\|\fB\-k\ F\fP\|]
 
23
[\|\fB\-l\fP\ \fIfilename\fP\|]
 
24
[\|\fB\-m\fP\ \fIr/d/s/c/k/l/e/p\fP\|]
 
25
[\|\fB\-n\ F\fP\|]
 
26
[\|\fB\-o\fP\ \fIfilename\fP\|]
 
27
[\|\fB\-p\ F\fP\|]
 
28
[\|\fB\-q\fP\|]
 
29
[\|\fB\-r\fP\ \fIfilename\fP\|]
 
30
[\|\fB\-s\fP\|]
 
31
[\|\fB\-t\fP\|]
 
32
[\|\fB\-v\ F\fP\|]
 
33
[\|\fB\-w\fP\|]
 
34
[\|\fB\-y\fP\|]
 
35
[\|\fB\-z\fP\|]
 
36
.SH DESCRIPTION
 
37
\fBasn2ff\fP converts descriptions of biological sequences from NCBI's
 
38
ASN.1 format to one of several flat-file formats.  This program is
 
39
built around a deprecated interface; please use \fBasn2gb\FP(1) instead.
 
40
.SH OPTIONS
 
41
A summary of options is included below.
 
42
.TP
 
43
\fB\-\fP
 
44
Print usage message
 
45
.TP
 
46
\fB\-A\fP\ \fIX\fP
 
47
Show region starting at \fIX\fP (default is 0)
 
48
.TP
 
49
\fB\-B\fP\ \fIX\fP
 
50
Show region ending at \fIX\fP (default is last position)
 
51
.TP
 
52
\fB\-C\fP
 
53
Show Bankit comments
 
54
.TP
 
55
\fB\-G\fP
 
56
Output is one top bioseq only in genome view
 
57
.TP
 
58
\fB\-L F\fP
 
59
Use old (pre-Genbank 127.0) LOCUS line format
 
60
.TP
 
61
\fB\-M\fP
 
62
Output is map bioseqs only
 
63
.TP
 
64
\fB\-R\fP
 
65
For GenBank Release
 
66
.TP
 
67
\fB\-V\ F\fP
 
68
Don't use VERSION
 
69
.TP
 
70
\fB\-a\fP\ \fIfilename\fP
 
71
Filename for ASN.1 input (default is stdin)
 
72
.TP
 
73
\fB\-b\fP
 
74
Input asnfile in binary mode
 
75
.TP
 
76
\fB\-d\fP
 
77
Use SeqMgr indexing
 
78
.TP
 
79
\fB\-e\fP
 
80
Input is a Seq-entry
 
81
.TP
 
82
\fB\-f\fP\ \fIb/p/e/s/x/z\fP
 
83
Output Format:
 
84
.RS
 
85
.PD 0
 
86
.IP b
 
87
GenBank (default)
 
88
.IP p
 
89
GenPept
 
90
.IP e
 
91
EMBL
 
92
.IP s
 
93
PseudoEMBL
 
94
.IP x
 
95
GenBankSelect
 
96
.IP z
 
97
EMBLPEPT
 
98
.PD
 
99
.RE
 
100
.TP
 
101
\fB\-g\fP
 
102
Show gi numbers
 
103
.TP
 
104
\fB\-h\ F\fP
 
105
Hide sequence
 
106
.TP
 
107
\fB\-k\ F\fP
 
108
Don't use complex sets (phy-set,mut-set, pop-set)
 
109
.TP
 
110
\fB\-l\fP\ \fIfilename\fP
 
111
Log errors to \fIfilename\fP
 
112
.TP
 
113
\fB\-m\fP\ \fIr/d/s/c/k/l/e/p\fP
 
114
Output mode:
 
115
.RS
 
116
.PD 0
 
117
.IP r
 
118
release (default)
 
119
.IP d
 
120
dump
 
121
.IP s
 
122
Sequin
 
123
.IP c
 
124
Chromoscope
 
125
.IP k
 
126
dir-sub-debug
 
127
.IP l
 
128
dir-sub
 
129
.IP e
 
130
revise
 
131
.IP p
 
132
partial report
 
133
.PD
 
134
.RE
 
135
.TP
 
136
\fB\-n\ F\fP
 
137
Strict gene_binding
 
138
.TP
 
139
\fB\-o\fP\ \fIfilename\fP
 
140
Output Filename (default is stdout)
 
141
.TP
 
142
\fB\-p\ F\fP
 
143
Omit new gene features
 
144
.TP
 
145
\fB\-q\fP
 
146
Output is one top bioseq only
 
147
.TP
 
148
\fB\-r\fP\ \fIfilename\fP
 
149
Output error logfile (default is stderr)
 
150
.TP
 
151
\fB\-s\fP
 
152
Input is a Seq-submit
 
153
.TP
 
154
\fB\-t\fP
 
155
Show verbose message text
 
156
.TP
 
157
\fB\-v\ F\fP
 
158
Suppress error messages
 
159
.TP
 
160
\fB\-w\fP
 
161
Use HTML output format
 
162
.TP
 
163
\fB\-y\fP
 
164
Print help format only
 
165
.TP
 
166
\fB\-z\fP
 
167
New algorithm for orgnames
 
168
.SH AUTHOR
 
169
The National Center for Biotechnology Information.
 
170
.SH SEE ALSO
 
171
.BR asn2asn (1),
 
172
.BR asn2gb (1),
 
173
.BR asn2xml (1),
 
174
.BR asndhuff (1)