← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/precise/ncbi-tools6/precise

« back to all changes in this revision

Viewing changes to doc/man/asn2xml.1

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2005-03-27 12:00:15 UTC
  • mfrom: (2.1.2 hoary)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20050327120015-embhesp32nj73p9r
Tags: 6.1.20041020-3
http://bugs.debian.org/295110
* Fix FTBFS under GCC 4.0 caused by inconsistent use of "static" on
  functions.  (Closes: #295110.)
* Add a watch file, now that we can.  (Upstream's layout needs version=3.)

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
doc/man/asn2xml.1
 
1
.TH ASN2XML 1 2003-07-12 NCBI "NCBI Tools User's Manual"
 
2
.SH NAME
 
3
asn2xml \- translate biological data from ASN.1 to XML
 
4
.SH SYNOPSIS
 
5
.B asn2xml
 
6
[\|\fB\-\fP\|]
 
7
[\|\fB\-b\ F\fP\|]
 
8
[\|\fB\-e\fP\|]
 
9
[\|\fB\-i\fP\ \fIfilename\fP\|]
 
10
[\|\fB\-l\fP\ \fIfilename\fP\|]
 
11
[\|\fB\-o\fP\ \fIfilename\fP\|]
 
12
[\|\fB\-s\fP\|]
 
13
.SH DESCRIPTION
 
14
\fBasn2xml\fP converts an NCBI Seq-entry or Bioseq-set from ASN.1
 
15
format to an isomorphic XML representation.  It differs from
 
16
\fBasn2asn \-x\fP in that it converts packed sequence data back into
 
17
human-readable ASCII text.
 
18
.SH OPTIONS
 
19
A summary of options is included below.
 
20
.TP
 
21
\fB\-\fP
 
22
Print usage message
 
23
.TP
 
24
\fB\-b\ F\fP
 
25
Input asnfile in text mode
 
26
.TP
 
27
\fB\-e\fP
 
28
Input is a Seq-entry
 
29
.TP
 
30
\fB\-i\fP\ \fIfilename\fP
 
31
Read ASN.1 from \fIfilename\fP (default is stdin)
 
32
.TP
 
33
\fB\-l\fP\ \fIfilename\fP
 
34
Log errors to \fIfilename\fP (default is stderr)
 
35
.TP
 
36
\fB\-o\fP\ \fIfilename\fP
 
37
Write XML to \fIfilename\fP (default is stdout)
 
38
.TP
 
39
\fB\-s\fP
 
40
Input is a Seq-submit
 
41
.SH AUTHOR
 
42
The National Center for Biotechnology Information.
 
43
.SH SEE ALSO
 
44
.ad l
 
45
.BR asn2asn (1),
 
46
.BR asn2ff (1),
 
47
.BR asn2gb (1),
 
48
.BR asndhuff (1),
 
49
README.asn2xml,
 
50
ncbixml.txt