← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/precise/ncbi-tools6/precise

« back to all changes in this revision

Viewing changes to network/wwwblast/data/PAM70

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2005-03-27 12:00:15 UTC
  • mfrom: (2.1.2 hoary)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20050327120015-embhesp32nj73p9r
Tags: 6.1.20041020-3
http://bugs.debian.org/295110
* Fix FTBFS under GCC 4.0 caused by inconsistent use of "static" on
  functions.  (Closes: #295110.)
* Add a watch file, now that we can.  (Upstream's layout needs version=3.)

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
network/wwwblast/data/PAM70
 
1
#
 
2
# This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93]
 
3
#
 
4
# PAM 70 substitution matrix, scale = ln(2)/2 = 0.346574
 
5
#
 
6
# Expected score = -2.77, Entropy = 1.60 bits
 
7
#
 
8
# Lowest score = -11, Highest score = 13
 
9
#
 
10
    A   R   N   D   C   Q   E   G   H   I   L   K   M   F   P   S   T   W   Y   V   B   Z   X   *
 
11
A   5  -4  -2  -1  -4  -2  -1   0  -4  -2  -4  -4  -3  -6   0   1   1  -9  -5  -1  -1  -1  -2 -11
 
12
R  -4   8  -3  -6  -5   0  -5  -6   0  -3  -6   2  -2  -7  -2  -1  -4   0  -7  -5  -4  -2  -3 -11
 
13
N  -2  -3   6   3  -7  -1   0  -1   1  -3  -5   0  -5  -6  -3   1   0  -6  -3  -5   5  -1  -2 -11
 
14
D  -1  -6   3   6  -9   0   3  -1  -1  -5  -8  -2  -7 -10  -4  -1  -2 -10  -7  -5   5   2  -3 -11
 
15
C  -4  -5  -7  -9   9  -9  -9  -6  -5  -4 -10  -9  -9  -8  -5  -1  -5 -11  -2  -4  -8  -9  -6 -11
 
16
Q  -2   0  -1   0  -9   7   2  -4   2  -5  -3  -1  -2  -9  -1  -3  -3  -8  -8  -4  -1   5  -2 -11
 
17
E  -1  -5   0   3  -9   2   6  -2  -2  -4  -6  -2  -4  -9  -3  -2  -3 -11  -6  -4   2   5  -3 -11
 
18
G   0  -6  -1  -1  -6  -4  -2   6  -6  -6  -7  -5  -6  -7  -3   0  -3 -10  -9  -3  -1  -3  -3 -11
 
19
H  -4   0   1  -1  -5   2  -2  -6   8  -6  -4  -3  -6  -4  -2  -3  -4  -5  -1  -4   0   1  -3 -11
 
20
I  -2  -3  -3  -5  -4  -5  -4  -6  -6   7   1  -4   1   0  -5  -4  -1  -9  -4   3  -4  -4  -3 -11
 
21
L  -4  -6  -5  -8 -10  -3  -6  -7  -4   1   6  -5   2  -1  -5  -6  -4  -4  -4   0  -6  -4  -4 -11
 
22
K  -4   2   0  -2  -9  -1  -2  -5  -3  -4  -5   6   0  -9  -4  -2  -1  -7  -7  -6  -1  -2  -3 -11
 
23
M  -3  -2  -5  -7  -9  -2  -4  -6  -6   1   2   0  10  -2  -5  -3  -2  -8  -7   0  -6  -3  -3 -11
 
24
F  -6  -7  -6 -10  -8  -9  -9  -7  -4   0  -1  -9  -2   8  -7  -4  -6  -2   4  -5  -7  -9  -5 -11
 
25
P   0  -2  -3  -4  -5  -1  -3  -3  -2  -5  -5  -4  -5  -7   7   0  -2  -9  -9  -3  -4  -2  -3 -11
 
26
S   1  -1   1  -1  -1  -3  -2   0  -3  -4  -6  -2  -3  -4   0   5   2  -3  -5  -3   0  -2  -1 -11
 
27
T   1  -4   0  -2  -5  -3  -3  -3  -4  -1  -4  -1  -2  -6  -2   2   6  -8  -4  -1  -1  -3  -2 -11
 
28
W  -9   0  -6 -10 -11  -8 -11 -10  -5  -9  -4  -7  -8  -2  -9  -3  -8  13  -3 -10  -7 -10  -7 -11
 
29
Y  -5  -7  -3  -7  -2  -8  -6  -9  -1  -4  -4  -7  -7   4  -9  -5  -4  -3   9  -5  -4  -7  -5 -11
 
30
V  -1  -5  -5  -5  -4  -4  -4  -3  -4   3   0  -6   0  -5  -3  -3  -1 -10  -5   6  -5  -4  -2 -11
 
31
B  -1  -4   5   5  -8  -1   2  -1   0  -4  -6  -1  -6  -7  -4   0  -1  -7  -4  -5   5   1  -2 -11
 
32
Z  -1  -2  -1   2  -9   5   5  -3   1  -4  -4  -2  -3  -9  -2  -2  -3 -10  -7  -4   1   5  -3 -11
 
33
X  -2  -3  -2  -3  -6  -2  -3  -3  -3  -3  -4  -3  -3  -5  -3  -1  -2  -7  -5  -2  -2  -3  -3 -11
 
34
* -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11 -11   1