← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/precise/ncbi-tools6/precise

« back to all changes in this revision

Viewing changes to doc/man/copymat.1

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2005-03-27 12:00:15 UTC
  • mfrom: (2.1.2 hoary)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20050327120015-embhesp32nj73p9r
Tags: 6.1.20041020-3
http://bugs.debian.org/295110
* Fix FTBFS under GCC 4.0 caused by inconsistent use of "static" on
  functions.  (Closes: #295110.)
* Add a watch file, now that we can.  (Upstream's layout needs version=3.)

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
doc/man/copymat.1
 
1
.TH COPYMAT 1 2004-06-25 NCBI "NCBI Tools User's Manual"
 
2
.SH NAME
 
3
copymat \- convert ASCII matrices into a database suitable for quick reading
 
4
.SH SYNOPSIS
 
5
.B copymat
 
6
[\|\fB\-\fP\|]
 
7
[\|\fB\-H\fP\|]
 
8
[\|\fB\-P\fP\ \fIfilename\fP\|]
 
9
[\|\fB\-W\fP\ \fIN\fP\|]
 
10
[\|\fB\-f\fP\ \fIX\fP\|]
 
11
[\|\fB\-r\ F\fP\|]
 
12
.SH DESCRIPTION
 
13
\fBcopymat\fP converts ASCII matrices produced by \fBmakemat\fP(1)
 
14
into a database that can be read into memory quickly.
 
15
.SH OPTIONS
 
16
A summary of options is included below.
 
17
.TP
 
18
\fB\-\fP
 
19
Print usage message
 
20
.TP
 
21
\fB\-H\fP
 
22
Print help; overrides all other arguments
 
23
.TP
 
24
\fB\-P\fP\ \fIfilename\fP
 
25
Database for matrix profiles (default = stdin)
 
26
.TP
 
27
\fB\-W\fP\ \fIN\fP
 
28
Word size for RPS database (default = 3)
 
29
.TP
 
30
\fB\-f\fP\ \fIX\fP
 
31
Threshold for extending hits for RPS database (default = 11.0)
 
32
.TP
 
33
\fB\-r\ F\fP
 
34
Do not create RPS mem map file(s)
 
35
.SH AUTHOR
 
36
The National Center for Biotechnology Information.
 
37
.SH SEE ALSO
 
38
.BR impala (1),
 
39
.BR makemat (1),
 
40
impala.html