← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/precise/ncbi-tools6/precise

« back to all changes in this revision

Viewing changes to network/wwwblast/docs/full_options.html

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2005-03-27 12:00:15 UTC
  • mfrom: (2.1.2 hoary)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20050327120015-embhesp32nj73p9r
Tags: 6.1.20041020-3
http://bugs.debian.org/295110
* Fix FTBFS under GCC 4.0 caused by inconsistent use of "static" on
  functions.  (Closes: #295110.)
* Add a watch file, now that we can.  (Upstream's layout needs version=3.)

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
network/wwwblast/docs/full_options.html
 
1
<html>
 
2
  <head>
 
3
    <title>NCBI BLAST Advanced Options</title>
 
4
  </head>
 
5
 
 
6
  <body bgcolor = "white">
 
7
      <h1>Full list of the BLAST Advanced options</h1>
 
8
    <UL>
 
9
      <LI> <a href = "#blastn">blastn</a> 
 
10
      <LI> <a href = "#blastp">blastp</a> 
 
11
      <LI> <a href = "#blastx">blastx</a> 
 
12
      <LI> <a href = "#tblastn">tblastn</a> 
 
13
    </UL>
 
14
<HR>
 
15
    <h3><a name = blastn><FONT color="green">
 
16
        BLASTN Program Advanced Options</FONT></a></h3>
 
17
<PRE>
 
18
  -G  Cost to open a gap [Integer]
 
19
    default = 5
 
20
  -E  Cost to extend a gap [Integer]
 
21
    default = 2
 
22
  -q  Penalty for a mismatch in the blast portion of run [Integer]
 
23
    default = -3
 
24
  -r  Reward for a match in the blast portion of run [Integer]
 
25
    default = 1
 
26
  -e  Expectation value (E) [Real]
 
27
    default = 10.0
 
28
  -W  Word size, default is 11 for blastn, 3 for other programs.
 
29
  -v  Number of one-line descriptions (V) [Integer]
 
30
    default = 100
 
31
  -b  Number of alignments to show (B) [Integer]
 
32
    default = 100
 
33
 
 
34
 
 
35
</PRE>
 
36
<HR>
 
37
    <h3><a name = blastp><FONT color="green">
 
38
         BLASTP Program Advanced Options</FONT></a></h3>
 
39
    <h3><a name = blastx><FONT color="green">
 
40
        BLASTX Program Advanced Options</FONT></a></h3>
 
41
    <h3><a name = tblastn><FONT color="green">
 
42
        TBLASTN Program Advanced Options</FONT></a></h3>
 
43
<PRE>
 
44
  -G  Cost to open a gap [Integer]
 
45
    default = 11
 
46
  -E  Cost to extend a gap [Integer]
 
47
    default = 1
 
48
  -e  Expectation value (E) [Real]
 
49
    default = 10.0
 
50
  -W  Word size, default is 11 for blastn, 3 for other programs.
 
51
  -v  Number of one-line descriptions (V) [Integer]
 
52
    default = 100
 
53
  -b  Number of alignments to show (B) [Integer]
 
54
    default = 100
 
55
 
 
56
 
 
57
  Limited values for gap existence and extension are supported for these three programs.  
 
58
  Some supported and suggested values are:
 
59
 
 
60
  Existence     Extension
 
61
 
 
62
     10             1
 
63
     10             2
 
64
     11             1
 
65
      8             2
 
66
      9             2
 
67
     
 
68
</PRE>
 
69
<HR>
 
70
 
 
71
    <!-- Created: Mon Jun 16 12:38:19 EDT 1997 -->
 
72
<!-- hhmts start -->
 
73
Last modified: Mon July 31, 1997
 
74
<!-- hhmts end -->
 
75
<BR><BR><BR><BR><BR><BR><BR><BR><BR><BR><BR><BR><BR><BR><BR><BR>
 
76
<BR><BR><BR><BR><BR><BR><BR><BR><BR><BR><BR><BR><BR><BR><BR><BR>
 
77
 
 
78
  </body>
 
79
</html>