← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to doc/compute_basal_atom.html

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2013-11-20 22:41:36 UTC
  • mfrom: (1.2.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131120224136-tzx7leh606fqnckm
Tags: 0~20131119.git7162cf0-1
* [e65b919] Imported Upstream version 0~20131119.git7162cf0
* [f7bddd4] Fix some problems, introduced by upstream recently.
* [3616dfc] Use wrap-and-sort script.
* [7e92030] Ignore quilt dir

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
doc/compute_basal_atom.html
 
1
<HTML>
 
2
<CENTER><A HREF = "http://lammps.sandia.gov">LAMMPS WWW Site</A> - <A HREF = "Manual.html">LAMMPS Documentation</A> - <A HREF = "Section_commands.html#comm">LAMMPS Commands</A> 
 
3
</CENTER>
 
4
 
 
5
 
 
6
 
 
7
 
 
8
 
 
9
 
 
10
<HR>
 
11
 
 
12
<H3>compute basal/atom command 
 
13
</H3>
 
14
<P><B>Syntax:</B>
 
15
</P>
 
16
<PRE>compute ID group-ID basal/atom 
 
17
</PRE>
 
18
<UL><LI>ID, group-ID are documented in <A HREF = "compute.html">compute</A> command
 
19
<LI>basal/atom = style name of this compute command 
 
20
</UL>
 
21
<P><B>Examples:</B>
 
22
</P>
 
23
<PRE>compute 1 all basal/atom 
 
24
</PRE>
 
25
<P><B>Description:</B>
 
26
</P>
 
27
<P>Defines a computation that calculates the hexagonal close-packed "c"
 
28
lattice vector for each atom in the group.  It does this by
 
29
calculating the normal unit vector to the basal plane for each atom.
 
30
The results enable efficient identification and characterization of
 
31
twins and grains in hexagonal close-packed structures.
 
32
</P>
 
33
<P>The output of the compute is thus the 3 components of a unit vector
 
34
associdate with each atom.  The components are set to 0.0 for
 
35
atoms not in the group.
 
36
</P>
 
37
<P>Details of the calculation are given in <A HREF = "#Barrett">(Barrett)</A>.
 
38
</P>
 
39
<P>The neighbor list needed to compute this quantity is constructed each
 
40
time the calculation is performed (i.e. each time a snapshot of atoms
 
41
is dumped).  Thus it can be inefficient to compute/dump this quantity
 
42
too frequently or to have multiple compute/dump commands, each of
 
43
which computes this quantity.
 
44
</P>
 
45
<P>An example input script that uses this compute is provided
 
46
in examples/USER/misc/basal.
 
47
</P>
 
48
<P><B>Output info:</B>
 
49
</P>
 
50
<P>This compute calculates a per-atom array with 3 columns, which can be
 
51
accessed by indices 1-3 by any command that uses per-atom values from
 
52
a compute as input.  See <A HREF = "Section_howto.html#howto_15">Section_howto
 
53
15</A> for an overview of LAMMPS output
 
54
options.
 
55
</P>
 
56
<P>The per-atom vector values are unitless since the 3 columns represent
 
57
components of a unit vector.
 
58
</P>
 
59
<P><B>Restrictions:</B>
 
60
</P>
 
61
<P>This compute is part of the USER-MISC package.  It is only enabled if
 
62
LAMMPS was built with that package.  See the <A HREF = "Section_start.html#start_3">Making
 
63
LAMMPS</A> section for more info.
 
64
</P>
 
65
<P>The output of this compute will be meaningless unless the atoms are on
 
66
(or near) hcp lattice sites, since the calculation assumes a
 
67
well-defined basal plane.
 
68
</P>
 
69
<P><B>Related commands:</B>
 
70
</P>
 
71
<P><A HREF = "compute_centro_atom.html">compute centro/atom</A>, <A HREF = "compute_ackland_atom.html">compute
 
72
ackland/atom</A>
 
73
</P>
 
74
<P><B>Default:</B> none
 
75
</P>
 
76
<HR>
 
77
 
 
78
<A NAME = "Barrett"></A>
 
79
 
 
80
<P><B>(Barrett)</B> Barrett, Tschopp, El Kadiri, Scripta Mat. 66, p.666 (2012).
 
81
</P>
 
82
</HTML>