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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/CG_protein_folding_examples/1bead+chaperone/frustrated+minichaperone/moltemplate_files/system.lt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2013-11-20 22:41:36 UTC
  • mfrom: (1.2.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131120224136-tzx7leh606fqnckm
Tags: 0~20131119.git7162cf0-1
* [e65b919] Imported Upstream version 0~20131119.git7162cf0
* [f7bddd4] Fix some problems, introduced by upstream recently.
* [3616dfc] Use wrap-and-sort script.
* [7e92030] Ignore quilt dir

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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/CG_protein_folding_examples/1bead+chaperone/frustrated+minichaperone/moltemplate_files/system.lt
1
 
write_once("Data Boundary") {
2
 
  0.0  80.0  xlo xhi
3
 
  0.0  80.0  ylo yhi
4
 
  0.0  80.0  zlo zhi
5
 
}
6
 
 
7
 
 
8
 
import "1beadFrustrated_variants.lt"
9
 
import "minichaperone.lt"
10
 
 
11
 
 
12
 
# Create 8 proteins and 8 chaperones (2x2x2 array):
13
 
# NOTE: Below I create multiple proteins and multiple chaperones
14
 
#       to see what would happen. (I suspect nothing good.  In the
15
 
#       2006 paper, only 1 protein and 1 chaperone were present.)
16
 
 
17
 
 
18
 
proteins   = new 1beadUnfolded [2].move(40,0,0)
19
 
                               [2].move(0,40,0)
20
 
                               [2].move(0,0,40)
21
 
 
22
 
chaperones = new Minichaperone [2].move(40,0,0)
23
 
                               [2].move(0,40,0)
24
 
                               [2].move(0,0,40)
25
 
 
26
 
proteins[*][*][*].move(20,20,20)  # to avoid overlap with the chaperones
27
 
 
28
 
 
29
 
 
30
 
#    If you only want 1 protein and 1 chaperone
31
 
#    then replace the lines above with:
32
 
#
33
 
# protein   = new 1beadMisfolded
34
 
# chaperone = new Minichaperone
35
 
 
36
 
 
37
 
 
38
 
 
39
 
 
40
 
# ---- Now define interactions between the atoms in the protein ----
41
 
# ---- (named "B", "L", "N") and the atom which represents the  ----
42
 
# ---- chaperone ("c").  These interactions are tabulated.      ----
43
 
 
44
 
write_once("In Settings") {
45
 
  pair_coeff @atom:Minichaperone/C @atom:1beadFrustrated/B  table  table_minichaperone_h=0.6.dat CH_H0.6
46
 
  pair_coeff @atom:Minichaperone/C @atom:1beadFrustrated/L  table  table_minichaperone_h=0.dat   CH_H0
47
 
  pair_coeff @atom:Minichaperone/C @atom:1beadFrustrated/N  table  table_minichaperone_h=0.dat   CH_H0
48
 
}
49
 
 
50
 
# Note: If you want purely repulsive spheres (crowding, h=0.0)
51
 
#       instead of an attractive "hydrophobic" chaperone (h=0.6)
52
 
#       then replace "table_minichaperone_h=0_6.dat CH_H0_6"
53
 
#       with "table_minichaperone_h=0.dat CH_H0"
54
 
#       (... or just use an ordinary Lennard-Jones interaction
55
 
#            with sigma = 6.0 and epsilon near 0.0)
56
 
 
57
 
 
58
 
# LAMMPS has many available force field styles (and atom styles).  Here we
59
 
# select the ones which work well for the full combine system.  (This should 
60
 
# override any settings made in "1beadFrustrated.lt" or "minichaperone.lt")
61
 
 
62
 
 
63
 
write_once("In Init") {
64
 
  units           lj
65
 
  atom_style      full
66
 
  bond_style      hybrid harmonic
67
 
  angle_style     hybrid harmonic
68
 
  dihedral_style  hybrid table spline 360
69
 
  pair_style      hybrid lj/charmm/coul/charmm/inter es4k4l maxmax 3.5 4.0 table spline 981
70
 
  pair_modify     mix arithmetic
71
 
  special_bonds   lj 0.0 0.0 1.0   #(turn on "1-4" interactions)
72
 
}