← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to examples/USER/atc/drift_diffusion/no_atoms_ddm.screen

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2013-11-20 22:41:36 UTC
  • mfrom: (1.2.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131120224136-tzx7leh606fqnckm
Tags: 0~20131119.git7162cf0-1
* [e65b919] Imported Upstream version 0~20131119.git7162cf0
* [f7bddd4] Fix some problems, introduced by upstream recently.
* [3616dfc] Use wrap-and-sort script.
* [7e92030] Ignore quilt dir

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
examples/USER/atc/drift_diffusion/no_atoms_ddm.screen
 
1
LAMMPS (30 Aug 2013)
 
2
units    metal
 
3
 
 
4
variable E equal  10.0
 
5
variable n0 equal 0.0001
 
6
variable dn equal 2.0*${n0}
 
7
variable dn equal 2.0*0.00010000000000000000479
 
8
variable dt equal 0.0000001
 
9
 
 
10
timestep  ${dt}
 
11
timestep  9.9999999999999995475e-08
 
12
 
 
13
atom_style  atomic
 
14
lattice         fcc 1.0
 
15
Lattice spacing in x,y,z = 1 1 1
 
16
region    simRegion block -50 50  0 1 0 1
 
17
boundary  f p p
 
18
create_box  1 simRegion
 
19
Created orthogonal box = (-50 0 0) to (50 1 1)
 
20
  4 by 1 by 1 MPI processor grid
 
21
mass    1 1.0 # need to keep this
 
22
atom_modify     sort 0 1
 
23
 
 
24
#          ID  group atc PhysicsType ParameterFile
 
25
fix        AtC all   atc drift_diffusion  Si_ddm.mat
 
26
ATC: constructing drift_diffusion coupling with parameter file Si_ddm.mat
 
27
 ATC: version 2.0
 
28
 ATC: peratom PE compute created with ID: 3
 
29
 ATC: 1 materials defined from Si_ddm.mat
 
30
 ATC: creating drift_diffusion extrinsic model
 
31
 ATC: 1 materials defined from Si_ddm.mat
 
32
 ATC: 1 materials defined from Si_ddm.mat
 
33
 
 
34
#          ID  part keywords    nx ny nz region
 
35
fix_modify AtC mesh  create 100 1  1  simRegion f p p
 
36
 ATC: created uniform mesh with 404 nodes, 101 unique nodes, and 100 elements
 
37
 
 
38
fix_modify AtC mesh create_nodeset lbc -50.1 -49.9 -INF  INF -INF  INF
 
39
 ATC: created nodeset lbc with 1 nodes
 
40
fix_modify AtC mesh create_nodeset rbc  49.9  50.1 -INF  INF -INF  INF
 
41
 ATC: created nodeset rbc with 1 nodes
 
42
 
 
43
# fix a temperature
 
44
fix_modify AtC  initial temperature          all 300.0
 
45
fix_modify AtC  initial electron_temperature all 300.0
 
46
fix_modify AtC  initial electron_density all gaussian 0 0 0 1 0 0 5.0 ${dn} ${n0}
 
47
fix_modify AtC  initial electron_density all gaussian 0 0 0 1 0 0 5.0 0.00020000000000000000958 ${n0}
 
48
fix_modify AtC  initial electron_density all gaussian 0 0 0 1 0 0 5.0 0.00020000000000000000958 0.00010000000000000000479
 
49
# isolate system:
 
50
# diffusion: dn/dx = 0
 
51
# drift    : n = 0
 
52
fix_modify AtC  fix electron_density lbc ${n0}
 
53
fix_modify AtC  fix electron_density lbc 0.00010000000000000000479
 
54
fix_modify AtC  fix electron_density rbc ${n0}
 
55
fix_modify AtC  fix electron_density rbc 0.00010000000000000000479
 
56
fix_modify AtC  fix electric_potential all linear 0 0 0 $E 0 0 1
 
57
fix_modify AtC  fix electric_potential all linear 0 0 0 10 0 0 1
 
58
 ATC: created function : 1 + 10(x-0)+0(y-0)+0(z-0)
 
59
variable perm equal 0.06
 
60
variable nD equal  1.0e-4
 
61
fix_modify AtC  source electric_potential all ${nD}
 
62
fix_modify AtC  source electric_potential all 0.00010000000000000000479
 
63
 
 
64
variable s equal 10
 
65
thermo  $s
 
66
thermo  10
 
67
# f_AtC:1 thermal energy, 2 avg T, 3 electron energy, 4 avg Te, 5 total n
 
68
thermo_style custom step cpu f_AtC[1] f_AtC[2] f_AtC[3] f_AtC[4] f_AtC[5]
 
69
thermo_modify  format 1 %5i format 2 %7.2g
 
70
fix_modify      AtC  output   no_atoms_ddmFE $s text
 
71
fix_modify      AtC  output   no_atoms_ddmFE 10 text
 
72
 ATC: Warning : text output can create _LARGE_ files
 
73
 ATC: output custom names:
 
74
 
 
75
fix_modify AtC extrinsic electron_integration implicit
 
76
run     40
 
77
Setting up run ...
 
78
Memory usage per processor = 0.432198 Mbytes
 
79
Step CPU AtC[1] AtC[2] AtC[3] AtC[4] AtC[5] 
 
80
    0       0   0.38734836          300 1.0987928e-07          300  0.011872454 
 
81
   10     1.2    0.3873484    300.00003   0.42381602 1.1554067e+09  0.011872454 
 
82
   20     2.3   0.38734851    300.00011   0.84762424 2.3107922e+09  0.011872453 
 
83
   30     3.5   0.38734869    300.00025    1.2714314 3.4661766e+09  0.011872354 
 
84
   40     4.7   0.38734894    300.00045    1.6952106 4.6215141e+09  0.011870471 
 
85
Loop time of 4.71853 on 4 procs for 40 steps with 0 atoms
 
86
 
 
87
Pair  time (%) = 0 (0)
 
88
Neigh time (%) = 0 (0)
 
89
Comm  time (%) = 7.64728e-05 (0.00162069)
 
90
Outpt time (%) = 0.0349189 (0.740038)
 
91
Other time (%) = 4.68354 (99.2583)
 
92
 
 
93
Nlocal:    0 ave 0 max 0 min
 
94
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
 
95
Nghost:    0 ave 0 max 0 min
 
96
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
 
97
Neighs:    0 ave 0 max 0 min
 
98
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
 
99
FullNghs:  0 ave 0 max 0 min
 
100
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
 
101
 
 
102
Total # of neighbors = 0
 
103
Neighbor list builds = 0
 
104
Dangerous builds = 0
 
105
 
 
106
# free electric field and allow shielding
 
107
fix_modify AtC  unfix electric_potential all
 
108
fix_modify AtC  fix electric_potential  lbc linear 0 0 0 $E 0 0 1
 
109
fix_modify AtC  fix electric_potential  lbc linear 0 0 0 10 0 0 1
 
110
 ATC: created function : 1 + 10(x-0)+0(y-0)+0(z-0)
 
111
fix_modify AtC  fix electric_potential  rbc linear 0 0 0 $E 0 0 1
 
112
fix_modify AtC  fix electric_potential  rbc linear 0 0 0 10 0 0 1
 
113
 ATC: created function : 1 + 10(x-0)+0(y-0)+0(z-0)
 
114
fix_modify AtC extrinsic electron_integration implicit 10
 
115
run     40
 
116
Setting up run ...
 
117
Memory usage per processor = 0.432198 Mbytes
 
118
Step CPU AtC[1] AtC[2] AtC[3] AtC[4] AtC[5] 
 
119
   40       0   0.38734894    300.00045    1.6952106 4.6215141e+09  0.011870471 
 
120
   50       6   0.38734927     300.0007     2.127197 5.798188e+09  0.012062369 
 
121
   60      12   0.38734967    300.00101    2.5636712 6.9867833e+09   0.01226417 
 
122
   70      18   0.38735014    300.00137    3.0038699 8.1852725e+09   0.01246759 
 
123
   80      24   0.38735069     300.0018    3.4468819 9.3912166e+09  0.012666742 
 
124
Loop time of 24.0846 on 4 procs for 40 steps with 0 atoms
 
125
 
 
126
Pair  time (%) = 0 (0)
 
127
Neigh time (%) = 0 (0)
 
128
Comm  time (%) = 9.39369e-05 (0.000390029)
 
129
Outpt time (%) = 0.0351821 (0.146077)
 
130
Other time (%) = 24.0493 (99.8535)
 
131
 
 
132
Nlocal:    0 ave 0 max 0 min
 
133
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
 
134
Nghost:    0 ave 0 max 0 min
 
135
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
 
136
Neighs:    0 ave 0 max 0 min
 
137
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
 
138
FullNghs:  0 ave 0 max 0 min
 
139
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
 
140
 
 
141
Total # of neighbors = 0
 
142
Neighbor list builds = 0
 
143
Dangerous builds = 0