← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to examples/USER/atc/molecule/water.screen

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2013-11-20 22:41:36 UTC
  • mfrom: (1.2.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131120224136-tzx7leh606fqnckm
Tags: 0~20131119.git7162cf0-1
* [e65b919] Imported Upstream version 0~20131119.git7162cf0
* [f7bddd4] Fix some problems, introduced by upstream recently.
* [3616dfc] Use wrap-and-sort script.
* [7e92030] Ignore quilt dir

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
examples/USER/atc/molecule/water.screen
 
1
LAMMPS (30 Aug 2013)
 
2
Scanning data file ...
 
3
  2 = max bonds/atom
 
4
  1 = max angles/atom
 
5
Reading data file ...
 
6
  orthogonal box = (-15 -15 -15) to (15 15 15)
 
7
  1 by 2 by 2 MPI processor grid
 
8
  2709 atoms
 
9
  2709 velocities
 
10
  1806 bonds
 
11
  903 angles
 
12
Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
 
13
  2 = max # of 1-2 neighbors
 
14
  1 = max # of 1-3 neighbors
 
15
  1 = max # of 1-4 neighbors
 
16
  2 = max # of special neighbors
 
17
Lattice spacing in x,y,z = 0.05 0.05 0.05
 
18
2709 atoms in group water
 
19
1806 atoms in group hyd
 
20
903 atoms in group oxy
 
21
Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
 
22
  2 = max # of 1-2 neighbors
 
23
  1 = max # of 1-3 neighbors
 
24
  1 = max # of 1-4 neighbors
 
25
  2 = max # of special neighbors
 
26
ATC: constructing electrostatic species coupling with parameter file water.mat
 
27
 ATC: version 2.0
 
28
 ATC: peratom PE compute created with ID: 3
 
29
 ATC: 1 materials defined from water.mat
 
30
 ATC: creating fem_efield extrinsic model
 
31
 ATC: 1 materials defined from water.mat
 
32
 ATC: created uniform mesh with 8 nodes, 1 unique nodes, and 1 elements
 
33
Finding SHAKE clusters ...
 
34
  0 = # of size 2 clusters
 
35
  0 = # of size 3 clusters
 
36
  0 = # of size 4 clusters
 
37
  903 = # of frozen angles
 
38
 ATC: Warning : text output can create _LARGE_ files
 
39
 ATC: output custom names:
 
40
NodalAtomicSpeciesConcentration : NodalAtomicSpeciesConcentrationHyd
 
41
NodalAtomicSpeciesConcentration : NodalAtomicSpeciesConcentrationOxy
 
42
species_concentration : species_concentrationHyd
 
43
species_concentration : species_concentrationOxy
 
44
 
 
45
PPPM initialization ...
 
46
  G vector (1/distance) = 0.297171
 
47
  grid = 18 18 18
 
48
  stencil order = 5
 
49
  estimated absolute RMS force accuracy = 0.00115732
 
50
  estimated relative force accuracy = 8.03715e-05
 
51
  using double precision FFTs
 
52
  3d grid and FFT values/proc = 6400 1620
 
53
Setting up run ...
 
54
 ATC: WARNING: material: [water] cannot find mass_density
 
55
 ATC: WARNING: physics model: [species], material: [water] does not provide all interfaces for <mass_density> physics and will be treated as null 
 
56
 ATC: WARNING: all initial conditions for mass_density have not been defined and the undefined are assumed zero
 
57
 ATC: WARNING: all initial conditions for charge_density have not been defined and the undefined are assumed zero
 
58
 ATC: WARNING: all initial conditions for species_concentration have not been defined and the undefined are assumed zero
 
59
 ATC: WARNING: material: [water] cannot find mass_density
 
60
 ATC: WARNING: physics model: [species electrostatic], material: [water] does not provide all interfaces for <mass_density> physics and will be treated as null 
 
61
Memory usage per processor = 110.158 Mbytes
 
62
Step Temp E_pair E_mol TotEng Press 
 
63
       0     295.5587   -442.89515            0     -373.937   -131998.23 
 
64
     100    290.87863   -434.43358            0   -366.56736   -44230.026 
 
65
     200    291.92834   -434.76926            0   -366.65812    -44008.69 
 
66
     300    300.25145   -435.04826            0   -364.99523   -44050.489 
 
67
     400    295.94333   -436.37626            0   -367.32837   -44134.004 
 
68
     500    291.82014   -433.60004            0   -365.51415   -43960.556 
 
69
     600    297.07921   -434.96259            0   -365.64968   -44403.145 
 
70
     700    290.21983   -434.02012            0   -366.30761   -44175.149 
 
71
     800    291.85669   -434.29732            0    -366.2029   -44436.275 
 
72
     900    301.54816   -436.20597            0   -365.85039   -44253.686 
 
73
    1000    295.98791   -434.24829            0      -365.19   -43743.988 
 
74
Loop time of 59.4778 on 4 procs for 1000 steps with 2709 atoms
 
75
 
 
76
Pair  time (%) = 50.9628 (85.6837)
 
77
Bond  time (%) = 0.00689393 (0.0115908)
 
78
Kspce time (%) = 4.90648 (8.24926)
 
79
Neigh time (%) = 1.00524 (1.69011)
 
80
Comm  time (%) = 0.578538 (0.972696)
 
81
Outpt time (%) = 0.019442 (0.0326879)
 
82
Other time (%) = 1.99843 (3.35996)
 
83
 
 
84
FFT time (% of Kspce) = 0.683713 (13.9349)
 
85
FFT Gflps 3d (1d only) = 1.47928 3.47903
 
86
 
 
87
Nlocal:    677.25 ave 699 max 659 min
 
88
Histogram: 1 0 1 0 0 1 0 0 0 1
 
89
Nghost:    11513.2 ave 11625 max 11415 min
 
90
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 1 1
 
91
Neighs:    820083 ave 844320 max 799220 min
 
92
Histogram: 1 0 1 0 0 1 0 0 0 1
 
93
FullNghs:  963001 ave 994085 max 936561 min
 
94
Histogram: 1 0 1 0 0 1 0 0 0 1
 
95
 
 
96
Total # of neighbors = 3852004
 
97
Ave neighs/atom = 1421.93
 
98
Ave special neighs/atom = 2
 
99
Neighbor list builds = 15
 
100
Dangerous builds = 0