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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/convert_LAMMPS_to_LT_examples/cnad-cnt/README_visualize.txt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2013-11-20 22:41:36 UTC
  • mfrom: (1.2.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131120224136-tzx7leh606fqnckm
Tags: 0~20131119.git7162cf0-1
* [e65b919] Imported Upstream version 0~20131119.git7162cf0
* [f7bddd4] Fix some problems, introduced by upstream recently.
* [3616dfc] Use wrap-and-sort script.
* [7e92030] Ignore quilt dir

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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/convert_LAMMPS_to_LT_examples/cnad-cnt/README_visualize.txt
 
1
 
 
2
 ------- To view the trajectory in VMD --------
 
3
 
 
4
 
 
5
1) Build a PSF file for use in viewing with VMD.
 
6
 
 
7
This step works with VMD 1.9 and topotools 1.2.  
 
8
(Older versions, like VMD 1.8.6, don't support this.)
 
9
 
 
10
 
 
11
a) Start VMD
 
12
b) Menu  Extensions->Tk Console
 
13
c) Enter:
 
14
 
 
15
(I assume that the the DATA file is called "system.data")
 
16
 
 
17
   topo readlammpsdata system.data full
 
18
   animate write psf system.psf
 
19
 
 
20
 
 
21
Later, to Load a trajectory in VMD:
 
22
  Start VMD
 
23
  Select menu: File->New Molecule
 
24
 -Browse to select the PSF file you created above, and load it.
 
25
  (Don't close the window yet.)
 
26
 -Browse to select the trajectory file.
 
27
  If necessary, for "file type" select: "LAMMPS Trajectory"
 
28
  Load it
 
29
 
 
30
-----  Wrap the coordinates to the unit cell
 
31
 
 
32
a) Start VMD
 
33
b) Load the trajectory in VMD (see above)
 
34
c) Menu  Extensions->Tk Console
 
35
d) Enter:
 
36
 
 
37
    DISCLAIMER: I'M NOT SURE THESE COMMANDS ARE CORRECT.
 
38
                LOOKUP "pbctools" FOR DETAILS.
 
39
 
 
40
    pbc wrap -compound res -all
 
41
    pbc box
 
42
 
 
43
3) Optional: If you like, change the atom types in the PSF file so 
 
44
   that VMD recognizes the atom types, use something like:
 
45
 
 
46
sed -e 's/   1    1      /   C    C      /g' < system.psf > temp1.psf
 
47
sed -e 's/   2    2      /   H    H      /g' < temp1.psf  > temp2.psf
 
48
sed -e 's/   3    3      /   P    P      /g' < temp2.psf  > system.psf
 
49
 
 
50
(If you do this, it might effect step 2 above.)