~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to tools/msi2lmp/frc_files/compass_published.frc

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2013-11-20 22:41:36 UTC
  • mfrom: (1.2.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131120224136-tzx7leh606fqnckm
Tags: 0~20131119.git7162cf0-1
* [e65b919] Imported Upstream version 0~20131119.git7162cf0
* [f7bddd4] Fix some problems, introduced by upstream recently.
* [3616dfc] Use wrap-and-sort script.
* [7e92030] Ignore quilt dir

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
 
1
!BIOSYM forcefield          1
 
2
 
 
3
#version compass_published.frc     1.1     30-Jun-09
 
4
#version compass_published.frc     1.0     01-Jun-09
 
5
 
 
6
#define compass
 
7
 
 
8
!Ver  Ref               Function                Label
 
9
!---- ---   ---------------------------------   ------
 
10
 1.0   1    atom_types                          compass
 
11
 1.0   1    equivalence                         compass
 
12
 1.0   1    quartic_bond                        compass
 
13
 1.0   1    quartic_angle                       compass
 
14
 1.0   1    bond-bond                           compass
 
15
 1.0   1    bond-bond_1_3                       compass
 
16
 1.0   1    bond-angle                          compass
 
17
 1.0   1    torsion_3                           compass
 
18
 1.0   1    end_bond-torsion_3                  compass
 
19
 1.0   1    middle_bond-torsion_3               compass
 
20
 1.0   1    angle-torsion_3                     compass
 
21
 1.0   1    wilson_out_of_plane                 compass
 
22
 1.0   1    angle-angle                         compass
 
23
 1.0   1    angle-angle-torsion_1               compass
 
24
 1.0   1    nonbond(9-6)                        compass
 
25
 1.0   1    bond_increments                     compass
 
26
 1.0   1    templates                           compass
 
27
 
 
28
#atom_types     compass
 
29
 
 
30
> Atom type definitions for any variant of compass
 
31
> Masses from CRC 1973/74 pages B-250.
 
32
 
 
33
!Ver  Ref  Type    Mass      Element  Comment
 
34
!---- ---  ----  ----------  -------  -----------------------------------------
 
35
 1.0   5    ar   39.94400     Ar         argon 
 
36
 1.0   1    c3a  12.01115     C          aromatic carbon
 
37
 1.0   5    c1o  12.01115     C          carbon in CO
 
38
 1.0   5    c2=  12.01115     C          carbon in CO2 and CS2
 
39
 1.0   7    c3'  12.01115     C          carbonyl carbon [one polar substituent]
 
40
 1.0   1    c4   12.01115     C          generic sp3 carbon
 
41
 1.0   8    c41o 12.01115     C          carbon, sp3, in methanol
 
42
 1.0   8    c43o 12.01115     C          carbon, sp3 in secondary alcohols
 
43
 1.0   1    c43  12.01115     C          sp3 carbon with three heavy atoms attached
 
44
 1.0   1    c44  12.01115     C          sp3 carbon with four heavy atoms attached
 
45
 1.0   3    c4o  12.01115     C          alpha carbon
 
46
 1.0   9    c4z  12.01115     C          carbon, sp3, bonded to -N3
 
47
 1.0   1    h1    1.00797     H          nonpolar hydrogen
 
48
 1.0   5    h1h   1.00797     H          hydrogen in H2
 
49
 1.0   3    h1o   1.00797     H          strongly polar hydrogen, bonded to O,F
 
50
 1.0   5    he    4.00300     He         helium
 
51
 1.0   5    kr   83.80000     Kr         krypton
 
52
 1.0   5    n1n  14.00670     N          nitrogen in N2
 
53
 1.0   5    n1o  14.00670     N          nitrogen in NO
 
54
 1.0   5    n1z  14.00670     N          nitrogen, terminal atom in -N3
 
55
 1.0   4    n2=  14.00670     N          nitrogen
 
56
 1.0   5    n2o  14.00670     N          nitrogen in NO2
 
57
 1.0   9    n2t  14.00670     N          nitrogen, central atom in -N3
 
58
 1.0   9    n2z  14.00670     N          nitrogen, first atom in -N3
 
59
 1.0   7    n3m  14.00670     N          sp3 nitrogen in amides without hydrogen
 
60
 1.0   6    n3o  14.00670     N          nitrogen in nitro group
 
61
 1.0   5    ne   20.18300     Ne         neon
 
62
 1.0   5    o1=  15.99940     O          oxygen in NO2 and SO2 [and carbonyl]
 
63
 1.0   5    o1=* 15.99940     O          oxygen in CO2
 
64
 1.0   6    o12  15.99940     O          oxygen in nitro group (-NO2)
 
65
 1.0   5    o1c  15.99940     O          oxygen in CO
 
66
 1.0   5    o1n  15.99940     O          oxygen in NO
 
67
 1.0   5    o1o  15.99940     O          oxygen in O2
 
68
 1.0   2    o2   15.99940     O          generic oxygen with two bonds attached
 
69
 1.0   3    o2e  15.99940     O          ether oxygen
 
70
 1.0   3    o2h  15.99940     O          hydroxyl oxygen
 
71
 1.0   6    o2n  15.99940     O          oxygen in nitrates
 
72
 1.0   7    o2s  15.99940     O          ester oxygen
 
73
 1.0   2    o2z  15.99940     O          oxygen, in siloxanes and zeolites
 
74
 1.0   4    p4=  30.97380     P          phosphorous 
 
75
 1.0   5    s1=  32.06400     S          sulfur in CS2
 
76
 1.0   5    s2=  32.06400     S          sulfur in SO2
 
77
 1.0   2    si4  28.08600     Si         generic silicon with four bonds attached
 
78
 1.0   2    si4c 28.08600     Si         a subset of si4, non-hydrogen atom attached [siloxanes]
 
79
 1.0   5    xe  131.30000     Xe         xenon
 
80
 
 
81
 
 
82
#equivalence     compass
 
83
 
 
84
!                          Equivalences
 
85
!                 -----------------------------------------
 
86
!Ver  Ref   Type  NonB     Bond    Angle    Torsion    OOP
 
87
!---- ---   ----  ----     ----    -----    -------    ----
 
88
 1.0   5    ar    ar       ar       ar       ar        ar  
 
89
 1.0   5    c1o   c1o      c1o      c1o      c1o       c1o
 
90
 1.0   5    c2=   c2=      c2=      c2=      c2=       c2=
 
91
 1.0   1    c3a   c3a      c3a      c3a      c3a       c3a 
 
92
 1.0   7    c3'   c3'      c3'      c3'      c3'       c3' 
 
93
 1.0   1    c4    c4       c4       c4       c4        c4 
 
94
 1.0   8    c41o  c41o     c4       c4       c4        c4 
 
95
 1.0   8    c43o  c43o     c4       c4       c4        c4 
 
96
 1.0   1    c43   c43      c4       c4       c4        c4 
 
97
 1.0   1    c44   c44      c4       c4       c4        c4 
 
98
 1.0   3    c4o   c4o      c4       c4       c4        c4 
 
99
 1.0   9    c4z   c4z      c4       c4       c4        c4 
 
100
 1.0   1    h1    h1       h1       h1       h1        h1 
 
101
 1.0   5    h1h   h1h      h1h      h1       h1        h1 
 
102
 1.0   3    h1o   h1o      h1       h1       h1        h1 
 
103
 1.0   5    he    he       he       he       he        he 
 
104
 1.0   5    kr    kr       kr       kr       kr        kr 
 
105
 1.0   5    n1n   n1n      n1n      n1n      n1n       n1n
 
106
 1.0   5    n1o   n1o      n1o      n1o      n1o       n1o
 
107
 1.0   9    n1z   n1z      n1t      n1t      n1t       n1t
 
108
 1.0   4    n2=   n2=      n2=      n2=      n2=       n2=
 
109
 1.0   5    n2o   n2o      n2o      n2o      n2o       n2o
 
110
 1.0   9    n2t   n2t      n2t      n2t      n2t       n2t
 
111
 1.0   9    n2z   n2z      n2z      n2z      n2z       n2z
 
112
 1.0   7    n3m   n3m      n3m      n3m      n3m       n3m
 
113
 1.0   6    n3o   n3o      n3o      n3o      n3o       n3o
 
114
 1.0   5    ne    ne       ne       ne       ne        ne 
 
115
 1.0   5    o1=   o1=      o1=      o1=      o1=       o1=
 
116
 1.0   5    o1=*  o1=*     o1=      o1=      o1=       o1= 
 
117
 1.0   6    o12   o12      o1=      o1=      o1=       o1=
 
118
 1.0   5    o1c   o1c      o1c      o1c      o1c       o1c
 
119
 1.0   5    o1n   o1n      o1n      o1n      o1n       o1n
 
120
 1.0   5    o1o   o1o      o1o      o1o      o1o       o1o
 
121
 1.0   2    o2    o2       o2       o2       o2        o2 
 
122
 1.0   3    o2h   o2h      o2h      o2       o2        o2 
 
123
 1.0   3    o2e   o2e      o2e      o2       o2        o2 
 
124
 1.0   6    o2n   o2n      o2n      o2n      o2        o2 
 
125
 1.0   7    o2s   o2s      o2e      o2       o2        o2 
 
126
 1.0   2    o2z   o2z      o2z      o2z      o2z       o2z
 
127
 1.0   4    p4=   p4=      p4=      p4=      p4=       p4=
 
128
 1.0   5    s1=   s1=      s1=      s1=      s1=       s1=
 
129
 1.0   5    s2=   s2=      s2=      s2=      s2=       s2=
 
130
 1.0   2    si4   si4      si4      si4      si4       si4
 
131
 1.0   2    si4c  si4c     si4      si4      si4       si4
 
132
 1.0   5    xe    xe       xe       xe       xe        xe 
 
133
 
 
134
 
 
135
#quartic_bond     compass
 
136
 
 
137
> E = K2 * (R - R0)^2  +  K3 * (R - R0)^3  +  K4 * (R - R0)^4
 
138
 
 
139
!Ver  Ref     I     J          R0         K2          K3          K4
 
140
!---- ---    ----  ----     -------    --------   ---------    --------
 
141
 1.0   1     c3a   c3a       1.4170    470.8361   -627.6179   1327.6345
 
142
 1.0   1     c3a   c4        1.5010    321.9021   -521.8208    572.1628
 
143
 1.0   1     c3a   h1        1.0982    372.8251   -803.4526    894.3173
 
144
 1.0   1     c4    c4        1.5300    299.6700   -501.7700    679.8100
 
145
 1.0   1     c4    h1        1.1010    345.0000   -691.8900    844.6000
 
146
 1.0   2     o2z   si4       1.6400    350.1232   -517.3424    673.7067
 
147
 1.0   3     c3a   o2        1.3768    428.8798   -738.2350   1114.9655
 
148
 1.0   3     c3a   o2e       1.3768    428.8798   -738.2351   1114.9655
 
149
 1.0   3     c3a   o2h       1.3768    428.8798   -738.2351   1114.9655
 
150
 1.0   3     c4    o2e       1.4200    400.3954   -835.1951   1313.0142
 
151
 1.0   3     c4    o2h       1.4200    400.3954   -835.1951   1313.0142
 
152
 1.0   3     h1    o2h       0.9494    540.3633  -1311.8663   2132.4446
 
153
 1.0   4     c3a   n2=       1.4000    350.0000      0.0000      0.0000
 
154
 1.0   4     c3a   p4=       1.7890    197.7020   -332.2510    325.7160
 
155
 1.0   4     c4    n2=       1.4740    337.0600   -147.3700    213.6330
 
156
 1.0   4     c4    p4=       1.8000    218.1400   -329.5110    290.3490
 
157
 1.0   4     cl1p  p4=       2.0000    158.7770   -239.1290    210.0840
 
158
 1.0   4     f1p   p4=       1.5650    340.0000   -882.3840   1197.9190
 
159
 1.0   4     h1    n2=       1.0310    540.1120  -1500.2952   2431.0080
 
160
 1.0   4     h1    p4=       1.4300    285.2040   -575.6850    677.8460
 
161
 1.0   4     n2=   p4=       1.5980    393.0060   -751.4050    767.4310
 
162
 1.0   4     n3    p4=       1.6780    329.0000   -713.7950    902.9190
 
163
 1.0   4     o2    p4=       1.6000    333.0980   -726.6230    924.6200
 
164
 1.0   5     h1h   h1h       0.7412    414.2185   -805.6549    914.1296
 
165
 1.0   5     n1n   n1n       1.0977   1651.3730  -4069.3178   5984.9629
 
166
 1.0   5     o1o   o1o       1.2074    846.7150  -2247.1760   3478.9900
 
167
 1.0   5     c1o   o1c       1.1283   1368.7676  -3157.0007   4247.5298
 
168
 1.0   5     n1o   o1n       1.1506   1147.8362  -3167.7349   5099.5811
 
169
 1.0   5     o1=   s2=       1.4308    730.8387  -1531.7910   1859.7753
 
170
 1.0   5     c2=   o1=       1.1600   1161.3421  -2564.5706   3932.8735
 
171
 1.0   5     n2o   o1=       1.1930    620.0000  -1808.6018   3077.5918
 
172
 1.0   5     c2=   s1=       1.5540    559.0065  -1348.6633   1248.8604
 
173
 1.0   6     c3a   n3o       1.4300    313.8329   -568.6087    600.9597
 
174
 1.0   6     c4    n3o       1.4740    301.6051   -535.7028    555.0420
 
175
 1.0   6     c4    o2n       1.4350    400.3954   -835.1951   1313.0142
 
176
 1.0   6     h1    n3o       1.0400    439.9346   -943.7307   1180.9318
 
177
 1.0   6     n3o   o1=       1.2100    765.0664  -2070.2830   2793.3218
 
178
 1.0   6     n3o   o2n       1.4020    300.0000  -1000.0000   2000.0000
 
179
 1.0   7     c3'   o2e       1.3750    368.7309   -832.4784   1274.0231
 
180
 1.0   7     c3'   c4        1.5140    312.3719   -465.8290    473.8300
 
181
 1.0   7     c3'   o1=       1.2160    823.7948  -1878.7939   2303.5310
 
182
 1.0   7     c3'   c3a       1.4890    339.3574   -655.7236    670.2362
 
183
 1.0   7     c3'   n3m       1.3850    359.1591   -558.4730   1146.3810
 
184
 1.0   7     c3a   n3m       1.3950    344.0452   -652.1208   1022.2242
 
185
 1.0   9     n1t   n1t       1.1354   1337.7450  -2675.4900   3121.4049
 
186
 1.0   9     n2z   n2t       1.2343    720.3345  -1542.6689   1799.7804
 
187
 1.0   9     n2t   n1t       1.1354   1198.7450  -2675.4900   3121.4049
 
188
 1.0   9     n2z   c4        1.4814    324.4578   -648.9156    757.0681
 
189
 1.0   9     n2z   h1        1.0221    440.1623   -960.3246   1120.3787
 
190
 1.0   10    c3a   si4       1.8634    233.2433   -276.8692    161.6659
 
191
 1.0   10    c4    si4       1.8995    189.6536   -279.4210    307.5135
 
192
 1.0   10    h1    si4       1.4783    202.7798   -305.3603    280.2685
 
193
 1.0   10    si4   si4       2.3384    114.2164   -140.4212     80.7084
 
194
 1.0   10    c4    n3m       1.4000    350.0000      0.0000      0.0000
 
195
 
 
196
 
 
197
#quartic_angle     compass
 
198
 
 
199
> Delta = Theta - Theta0
 
200
> E = K2 * Delta^2  +  K3 * Delta^3  +  K4 * Delta^4
 
201
 
 
202
!Ver  Ref     I     J     K       Theta0         K2         K3          K4
 
203
!---- ---    ----  ----  ----    --------     -------    --------    --------
 
204
 1.0   1     c3a   c3a   c3a     118.9000     61.0226    -34.9931      0.0000
 
205
 1.0   1     c3a   c3a   c4      120.0500     44.7148    -22.7352      0.0000
 
206
 1.0   1     c3a   c3a   h1      117.9400     35.1558    -12.4682      0.0000
 
207
 1.0   1     c3a   c4    c3a     111.0000     44.3234     -9.4454      0.0000
 
208
 1.0   1     c3a   c4    c4      108.4000     43.9594     -8.3924     -9.3379
 
209
 1.0   1     c3a   c4    h1      111.0000     44.3234     -9.4454      0.0000
 
210
 1.0   1     c4    c4    c4      112.6700     39.5160     -7.4430     -9.5583
 
211
 1.0   1     c4    c4    h1      110.7700     41.4530    -10.6040      5.1290
 
212
 1.0   1     h1    c4    h1      107.6600     39.6410    -12.9210     -2.4318
 
213
 1.0   2     h1    o2z   si4     122.8000     23.7764    -19.8152      9.6331
 
214
 1.0   2     si4   o2z   si4     159.0000      8.5000    -13.4188     -4.1785
 
215
 1.0   2     c3a   si4   o2z     114.9060     23.0218    -31.3993     24.9814
 
216
 1.0   2     c4    si4   o2z     114.9060     23.0218    -31.3993     24.9814
 
217
 1.0   2     h1    si4   o2z     107.4000     57.6643    -10.6506      4.6274
 
218
 1.0   2     o2z   si4   o2z     110.7000     70.3069     -6.9375      0.0000
 
219
 1.0   3     c3a   c3a   o2      123.4200     73.6781    -21.6787      0.0000
 
220
 1.0   3     c4    c4    o2      111.2700     54.5381     -8.3642    -13.0838
 
221
 1.0   3     h1    c4    o2      108.7280     58.5446    -10.8088    -12.4006
 
222
 1.0   3     c3a   o2    c4      102.9695     38.9739     -6.2595     -8.1710
 
223
 1.0   3     c3a   o2    h1      108.1900     53.1250     -8.5016      0.0000
 
224
 1.0   3     c4    o2    c4      104.5000     35.7454    -10.0067     -6.2729
 
225
 1.0   3     c4    o2    h1      105.8000     52.7061    -12.1090     -9.8681
 
226
 1.0   4     c3a   c3a   n2=     120.0000     60.0000      0.0000      0.0000
 
227
 1.0   4     c3a   c3a   p4=     120.0010     47.8410    -15.2290    -10.9070
 
228
 1.0   4     c4    c4    n2=     117.3170     55.2420      0.0000      0.0000
 
229
 1.0   4     h1    c4    n2=     107.4990     62.7310      0.0000      0.0000
 
230
 1.0   4     h1    c4    p4=     110.8860     33.8300     -7.0430     -7.2460
 
231
 1.0   4     c4    n2=   h1      117.2000     37.2620      0.0000      0.0000
 
232
 1.0   4     h1    n2=   h1      110.9100     31.0910      0.0000      0.0000
 
233
 1.0   4     h1    n2=   p4=     120.0000     26.0680     -8.2980     -5.9430
 
234
 1.0   4     p4=   n2=   p4=     135.0000     23.8680     -8.7360      0.0000
 
235
 1.0   4     c4    n3    p4=     120.0830     25.0010     -6.1170     -5.4570
 
236
 1.0   4     h1    n3    p4=     120.0830     25.0010     -6.1170     -5.4570
 
237
 1.0   4     c4    o2    p4=     118.2830     35.0010    -10.3600     -7.8700
 
238
 1.0   4     h1    o2    p4=     117.0000     26.0310     -5.8280     -5.6200
 
239
 1.0   4     c3a   p4=   c3a     110.2310     56.1850    -17.3160    -12.7280
 
240
 1.0   4     c3a   p4=   h1      108.2310     36.1850     -6.4880     -7.6460
 
241
 1.0   4     c3a   p4=   n2=     109.6000     63.0620    -19.7400    -14.3290
 
242
 1.0   4     c3a   p4=   n3      108.1650     70.9770    -11.5480    -15.1090
 
243
 1.0   4     c3a   p4=   o2      107.3650     71.9770    -10.9430    -15.2900
 
244
 1.0   4     c4    p4=   c4      102.5000     48.2320     -5.7980     -9.9660
 
245
 1.0   4     c4    p4=   h1      102.9000     52.0710     -6.4680    -10.7730
 
246
 1.0   4     c4    p4=   n2=     119.3000     47.3660    -14.6410    -10.7360
 
247
 1.0   4     h1    p4=   h1      101.4080     39.6950     -5.1340     -8.2270
 
248
 1.0   4     h1    p4=   n2=     110.0330     45.9780    -14.0520    -10.3990
 
249
 1.0   4     h1    p4=   n3      103.9780     68.2570     -9.2210    -14.1740
 
250
 1.0   4     h1    p4=   o2      103.9780     73.2570     -9.8970    -15.2120
 
251
 1.0   4     n2=   p4=   n2=     125.0000     90.5230    -20.8010    -19.6020
 
252
 1.0   4     n2=   p4=   n3      123.2150     89.9230    -32.6120    -21.0960
 
253
 1.0   4     n2=   p4=   o2      112.2150     99.9230    -32.0930    -22.8210
 
254
 1.0   4     n3    p4=   n3      107.1000     85.7690     -5.7790    -17.4890
 
255
 1.0   4     n3    p4=   o2      108.3000     86.7690     -5.1750    -17.6710
 
256
 1.0   4     o2    p4=   o2      107.5000     86.7690     -4.5700    -17.8520
 
257
 1.0   5     o1=   c2=   o1=     180.0000     57.1000      0.0000      0.0000
 
258
 1.0   5     s1=   c2=   s1=     180.0000     48.0000      0.0000      0.0000
 
259
 1.0   5     o1=   n2o   o1=     134.1000    150.0000    -82.1013    -40.0005
 
260
 1.0   5     o1=   s2=   o1=     119.3000    115.2627    -35.6278    -26.1261
 
261
 1.0   6     c3a   c3a   n3o     118.8000     29.2436     -8.8495     -6.6020
 
262
 1.0   6     h1    c4    n3o     107.0000     54.9318     -9.1333    -11.5434
 
263
 1.0   6     h1    c4    o2n     108.7280     58.5446    -10.8088    -12.4006
 
264
 1.0   6     c3a   n3o   o1=     117.7000     63.9404    -18.4524    -14.3129
 
265
 1.0   6     c4    n3o   o1=     117.5000     64.5228    -18.4582    -14.4215
 
266
 1.0   6     h1    n3o   o1=     115.7000     53.8034    -14.1991    -11.8708
 
267
 1.0   6     o1=   n3o   o1=     128.0000     95.1035    -47.4240    -27.9164
 
268
 1.0   6     c4    o2n   n3o     108.5000     55.7454    -10.0067     -6.2729
 
269
 1.0   6     c4    c4    o2n     105.0000     54.5381     -8.3642    -13.0838
 
270
 1.0   6     o2n   n3o   o1=     112.8000     85.5228    -18.4582    -14.4215
 
271
 1.0   7     c3'   o2    c4      109.0000     38.9739     -6.2595     -8.1710
 
272
 1.0   7     c3'   c4    h1      107.8594     38.0833    -17.5074      0.0000
 
273
 1.0   7     c3'   n3m   c3'     121.9556     76.3105    -26.3166    -17.6944
 
274
 1.0   7     c3a   c3a   c3'     116.0640     71.2598    -15.8273      2.0506
 
275
 1.0   7     c3a   c3'   n3m     108.4400     84.8377    -19.9640      2.7405
 
276
 1.0   7     c3a   c3'   o1=     125.5320     72.3167    -16.0650      2.0818
 
277
 1.0   7     c3a   c3a   n3m     120.7640     73.2738    -27.4033     13.3920
 
278
 1.0   7     c3a   n3m   c3'     120.0700     47.1131    -32.5592     13.1257
 
279
 1.0   7     o1=   c3'   o2      118.9855     98.6813    -22.2485     10.3673
 
280
 1.0   7     o1=   c3'   c4      119.3000     65.1016    -17.9766      0.0000
 
281
 1.0   7     o2    c3'   c4      100.3182     88.8631     -3.8323     -7.9802
 
282
 1.0   7     n3m   c3'   o1=     121.5420     92.5720    -34.4800    -11.1871
 
283
 1.0   9     n2z   n2t   n1t     171.6211     47.7899      0.0000      0.0000
 
284
 1.0   9     n2t   n2z   h1      110.0345     55.7635      0.6618      0.0022
 
285
 1.0   9     n2t   n2z   c4      113.5017     82.6294      0.9845      0.0033
 
286
 1.0   9     n2z   c4    h1      107.9744     52.7803      0.6615      0.0023
 
287
 1.0   9     n2z   c4    c4      110.9900     77.9387      0.9499      0.0033
 
288
 1.0   10    c3a   c3a   si4     120.0000     30.4689    -23.5439      0.0000
 
289
 1.0   10    c4    c4    si4     112.6700     39.5160     -7.4430      0.0000
 
290
 1.0   10    h1    c4    si4     112.0355     28.7721    -13.9523      0.0000
 
291
 1.0   10    c3a   si4   h1      109.5932     41.9497    -42.3639     48.1442
 
292
 1.0   10    c4    si4   c4      113.1855     36.2069    -20.3939     20.0172
 
293
 1.0   10    c4    si4   h1      112.0977     36.4832    -12.8094      0.0000
 
294
 1.0   10    h1    si4   h1      108.6051     32.5415     -8.3164      0.0000
 
295
 1.0   10    c4    si4   si4     113.0000     19.4692    -34.3471      0.0000
 
296
 1.0   10    h1    si4   si4     112.0893     22.5062    -11.5926      0.0000
 
297
 1.0   10    si4   si4   si4     114.2676     24.9501    -19.5949      0.0000
 
298
 
 
299
#bond-bond     compass
 
300
 
 
301
> E = K(b,b') * (R - R0) * (R' - R0')
 
302
 
 
303
!Ver  Ref     I     J     K       K(b,b')
 
304
!---- ---    ----  ----  ----     -------
 
305
 1.0   1     c3a   c3a   c3a      68.2856
 
306
 1.0   1     c3a   c3a   c4       12.0676
 
307
 1.0   1     c3a   c3a   h1        1.0795
 
308
 1.0   1     c3a   c4    h1        2.9168
 
309
 1.0   1     c4    c4    h1        3.3872
 
310
 1.0   1     h1    c4    h1        5.3316
 
311
 1.1   2     h1    c4    si4       6.3820
 
312
 1.0   2     h1    o2z   si4       6.3820
 
313
 1.0   2     si4   o2z   si4      41.1143
 
314
 1.0   2     c4    si4   o2z       5.4896
 
315
 1.0   2     h1    si4   o2z      11.6183
 
316
 1.0   2     o2z   si4   o2z      41.1143
 
317
 1.0   3     c3a   c3a   o2       48.4754
 
318
 1.0   3     h1    c3a   o2        4.5800
 
319
 1.0   3     c4    c4    o2       11.4318
 
320
 1.0   3     h1    c4    o2       23.1979
 
321
 1.0   3     o2    c4    o2        8.2983
 
322
 1.0   3     c3a   o2    h1       20.6577
 
323
 1.0   3     c4    o2    c4       -7.1131
 
324
 1.0   3     c4    o2    h1       -9.6879
 
325
 1.0   4     c4    c4    n2=      22.7100
 
326
 1.0   4     h1    c4    n2=       5.6640
 
327
 1.0   4     h1    c4    p4=       1.0500
 
328
 1.0   4     c4    n2=   h1       12.5630
 
329
 1.0   4     h1    n2=   h1        1.4570
 
330
 1.0   4     h1    n2=   p4=     -18.2870
 
331
 1.0   4     p4=   n2=   p4=      20.0000
 
332
 1.0   4     c4    p4=   c4        6.2460
 
333
 1.0   4     c4    p4=   h1        3.8820
 
334
 1.0   4     c4    p4=   n2=       1.0720
 
335
 1.0   4     h1    p4=   h1       20.0000
 
336
 1.0   4     h1    p4=   n2=      12.5700
 
337
 1.0   4     n2=   p4=   n2=      20.0000
 
338
 1.0   5     o1=   c2=   o1=     275.4350
 
339
 1.0   5     s1=   c2=   s1=     100.7369
 
340
 1.0   5     o1=   n2o   o1=      20.0000
 
341
 1.0   5     o1=   s2=   o1=      20.0000
 
342
 1.0   6     c3a   c3a   n3o      21.0495
 
343
 1.0   6     c4    c4    o2n      11.4318
 
344
 1.0   6     h1    c4    n3o       3.3770
 
345
 1.0   6     h1    c4    o2n      23.1979
 
346
 1.0   6     c3a   n3o   o1=      93.7948
 
347
 1.0   6     o2n   n3o   o1=      80.0000
 
348
 1.0   6     c4    n3o   o1=      48.1403
 
349
 1.0   6     h1    n3o   o1=      14.8226
 
350
 1.0   6     o1=   n3o   o1=     265.7106
 
351
 1.0   7     c3'   o2    c3a      69.5999
 
352
 1.0   7     c3'   c4    h1        2.2522
 
353
 1.0   7     c3'   n3m   c3'      25.9530
 
354
 1.0   7     c3a   c4    o2        0.0000
 
355
 1.0   7     c3a   o2    c3a       0.0000
 
356
 1.0   7     c3'   c3a   c3a      37.8749
 
357
 1.0   7     c3a   c3'   n3m       0.0000
 
358
 1.0   7     c3a   c3'   o1=     116.9445
 
359
 1.0   7     c3a   c3a   n3m      37.8749
 
360
 1.0   7     c3a   n3m   c3'       0.0000
 
361
 1.0   7     o1=   c3'   o2      210.1813
 
362
 1.0   7     c4    c3'   o1=      77.5201
 
363
 1.0   7     c4    c3'   o2       19.1069
 
364
 1.0   7     n3m   c3'   o1=     138.4954
 
365
 1.0   9     h1    n2z   n2t      14.9026
 
366
 1.0   9     n2z   n2t   n1t     204.9909
 
367
 1.0   9     n2t   n2z   c4       84.2075
 
368
 1.0   9     n2z   c4    h1       18.4621
 
369
 1.0   9     n2z   c4    c4       36.9309
 
370
 1.0   10    h1    c4    si4       1.6561
 
371
 1.0   10    c3a   c3a   si4      21.3938
 
372
 1.0   10    c3a   si4   h1        3.9264
 
373
 1.0   10    c4    si4   c4        3.7419
 
374
 1.0   10    c4    si4   h1        3.9340
 
375
 1.0   10    c4    si4   si4       2.3030
 
376
 1.0   10    h1    si4   h1        4.6408
 
377
 1.0   10    h1    si4   si4       3.5172
 
378
 1.0   10    si4   si4   si4       6.0704
 
379
 
 
380
 
 
381
#bond-bond_1_3        compass
 
382
 
 
383
> E = K(b,b') * (R - R0) * (R' - R0')
 
384
 
 
385
!Ver Ref    I     J     K     L      K(b,b')
 
386
!--- ---  ----- ----- ----- -----   --------
 
387
 1.0  1   c3a   c3a   c3a   c3a      53.0000
 
388
 1.0  1   c3a   c3a   c3a   c4        2.5085
 
389
 1.0  1   c3a   c3a   c3a   h1       -6.2741
 
390
 1.0  1   c4    c3a   c3a   h1        0.8743
 
391
 1.0  1   h1    c3a   c3a   h1       -1.7077
 
392
 1.0  1   c3a   c3a   c4    h1       -3.4826
 
393
 1.0  3   c3a   c3a   c3a   o2       -2.2436
 
394
 1.0  3   h1    c3a   c3a   o2       -2.0517
 
395
 1.0  3   c3a   c3a   o2    h1        1.1590
 
396
 
 
397
 
 
398
#bond-angle     compass
 
399
 
 
400
> E = K * (R - R0) * (Theta - Theta0)
 
401
 
 
402
!Ver  Ref     I     J     K       K(b,theta) K(b',theta)
 
403
!---- ---    ----  ----  ----     ---------- -----------
 
404
 1.0   1     c3a   c3a   c3a      28.8708
 
405
 1.0   1     c3a   c3a   c4       31.0771     47.0579
 
406
 1.0   1     c3a   c3a   h1       20.0033     24.2183
 
407
 1.0   1     c3a   c4    h1       26.4608     11.7717
 
408
 1.0   1     c4    c4    c4        8.0160
 
409
 1.0   1     c4    c4    h1       20.7540     11.4210
 
410
 1.0   1     h1    c4    h1       18.1030
 
411
 1.0   2     h1    o2z   si4      18.0902     31.0726
 
412
 1.0   2     si4   o2z   si4      28.6686
 
413
 1.0   2     c4    si4   o2z       6.4278     20.5669
 
414
 1.0   2     h1    si4   o2z       6.4278     20.5669
 
415
 1.0   2     o2z   si4   o2z      23.4380
 
416
 1.0   3     c3a   c3a   o2       58.4790    107.6806
 
417
 1.0   3     c4    c4    o2        2.6868     20.4033
 
418
 1.0   3     h1    c4    o2        4.6189     55.3270
 
419
 1.0   3     c3a   o2    h1       53.8614     23.9224
 
420
 1.0   3     c4    o2    c4       -2.8112
 
421
 1.0   3     c4    o2    h1       28.5800     18.9277
 
422
 1.0   4     c4    c4    n2=      19.2440     59.4220
 
423
 1.0   4     h1    c4    n2=       6.4070     46.3730
 
424
 1.0   4     h1    c4    p4=      19.8120     16.9400
 
425
 1.0   4     c4    n2=   h1       18.4860      7.8370
 
426
 1.0   4     h1    n2=   h1        8.4900
 
427
 1.0   4     h1    n2=   p4=      40.0630     90.7910
 
428
 1.0   4     c4    p4=   c4       12.8050
 
429
 1.0   4     c4    p4=   h1       11.1260    -19.4700
 
430
 1.0   4     c4    p4=   n2=      -7.1280     26.3530
 
431
 1.0   4     h1    p4=   n2=     -24.3830     72.9250
 
432
 1.0   5     o1=   n2o   o1=     -50.0000
 
433
 1.0   5     o1=   s2=   o1=      45.0585
 
434
 1.0   6     c3a   c3a   n3o      30.5211     59.8025
 
435
 1.0   6     c4    c4    o2n       2.6868     20.4033
 
436
 1.0   6     h1    c4    n3o      12.2491     30.5314
 
437
 1.0   6     h1    c4    o2n       4.6189     55.3270
 
438
 1.0   6     c3a   n3o   o1=      40.3757     92.1955
 
439
 1.0   6     c4    n3o   o1=      27.2141     93.9927
 
440
 1.0   6     h1    n3o   o1=      -8.6275     58.6036
 
441
 1.0   6     o1=   n3o   o1=      95.6936
 
442
 1.0   7     c3'   o2    c4       21.5366    -16.6748
 
443
 1.0   7     c3'   c4    h1       15.5988     14.6287
 
444
 1.0   7     c3'   n3m   c3'      20.0533
 
445
 1.0   7     c3'   c3a   c3a      23.6977     45.8865
 
446
 1.0   7     c3a   c3a   n3m      35.8865     53.6977
 
447
 1.0   7     c3a   c3'   o1=      72.8758     76.1093
 
448
 1.0   7     o1=   c3'   o2       79.4497     57.0987
 
449
 1.0   7     c4    c3'   o1=      31.8455     46.6613
 
450
 1.0   7     c4    c3'   o2        1.3435      4.6978
 
451
 1.0   7     n3m   c3'   o1=      62.7124     52.4045
 
452
 1.0   9     h1    n2z   n2t      37.4419    141.1218
 
453
 1.0   9     n2z   n2t   n1t      25.5611      1.2222
 
454
 1.0   9     n2t   n2z   c4      195.9722     88.2679
 
455
 1.0   9     n2z   c4    h1       61.9652      3.3182
 
456
 1.0   9     n2z   c4    c4       67.8888     34.8803
 
457
 1.0   10    c3a   c3a   si4      14.5831     23.7679
 
458
 1.0   10    h1    c4    si4      16.6908     18.2764
 
459
 1.0   10    c3a   si4   h1       22.5947      8.7811
 
460
 1.0   10    c4    si4   c4       18.5805
 
461
 1.0   10    c4    si4   h1       13.3961      7.4104
 
462
 1.0   10    c4    si4   si4      16.9455     11.4377
 
463
 1.0   10    h1    si4   h1        9.3467
 
464
 1.0   10    h1    si4   si4       5.6630      2.0706
 
465
 1.0   10    si4   si4   si4       8.9899
 
466
 
 
467
 
 
468
#torsion_3     compass
 
469
 
 
470
> E = SUM(n=1,3) { V(n) * [ 1 - cos(n*Phi - Phi0(n)) ] }
 
471
 
 
472
!Ver  Ref     I     J     K     L           V1     Phi0        V2     Phi0        V3     Phi0
 
473
!---- ---    ----  ----  ----  ----      -------  ------    -------  ------    -------  ------
 
474
 1.0   1     c3a   c3a   c3a   c3a        8.3667    0.0      1.2000    0.0      0.0000    0.0
 
475
 1.0   1     c3a   c3a   c3a   c4         0.0000    0.0      4.4072    0.0      0.0000    0.0
 
476
 1.0   1     c3a   c3a   c3a   h1         0.0000    0.0      3.9661    0.0      0.0000    0.0
 
477
 1.0   1     c4    c3a   c3a   h1         0.0000    0.0      1.5590    0.0      0.0000    0.0
 
478
 1.0   1     h1    c3a   c3a   h1         0.0000    0.0      2.3500    0.0      0.0000    0.0
 
479
 1.0   1     c3a   c3a   c4    c3a       -0.2802    0.0     -0.0678    0.0     -0.0122    0.0
 
480
 1.0   1     c3a   c3a   c4    c4        -0.2802    0.0     -0.0678    0.0     -0.0122    0.0
 
481
 1.0   1     c3a   c3a   c4    h1        -0.2802    0.0     -0.0678    0.0     -0.0122    0.0
 
482
 1.0   1     c3a   c4    c4    h1        -0.0228    0.0      0.0280    0.0     -0.1863    0.0
 
483
 1.0   1     c4    c4    c4    c4         0.0000    0.0      0.0514    0.0     -0.1430    0.0
 
484
 1.0   1     c4    c4    c4    h1         0.0000    0.0      0.0316    0.0     -0.1681    0.0
 
485
 1.0   1     h1    c4    c4    h1        -0.1432    0.0      0.0617    0.0     -0.1530    0.0
 
486
 1.0   1     *     c3a   c3a   *          0.0000    0.0      4.5000    0.0      0.0000    0.0
 
487
 1.0   1     *     c4    c4    *          0.0000    0.0      0.0000    0.0     -0.1530    0.0
 
488
 1.0   2     h1    o2z   si4   c4         0.0000    0.0      0.0000    0.0     -0.0500    0.0
 
489
 1.0   2     h1    o2z   si4   h1         0.0000    0.0      0.0000    0.0     -0.0500    0.0
 
490
 1.0   2     h1    o2z   si4   o2z        0.0000    0.0      0.0000    0.0     -0.0500    0.0
 
491
 1.0   2     si4   o2z   si4   c4         0.0000    0.0      0.0000    0.0     -0.0100    0.0
 
492
 1.0   2     si4   o2z   si4   h1         0.0000    0.0      0.0000    0.0     -0.0100    0.0
 
493
 1.0   2     si4   o2z   si4   o2z       -0.2250    0.0      0.0000    0.0     -0.0100    0.0
 
494
 1.0   2     *     o2z   si4   *          0.0000    0.0      0.0000    0.0     -0.0100    0.0
 
495
 1.0   3     c3a   c3a   c3a   o2         0.0000    0.0      4.8498    0.0      0.0000    0.0
 
496
 1.0   3     h1    c3a   c3a   o2         0.0000    0.0      1.7234    0.0      0.0000    0.0
 
497
 1.0   3     c3a   c3a   o2    c4         0.0000    0.0      1.5000    0.0      0.0000    0.0
 
498
 1.0   3     c3a   c3a   o2    h1        -0.6900    0.0      0.5097    0.0      0.0095    0.0
 
499
 1.0   3     c4    c4    c4    o2         0.7137    0.0      0.2660    0.0     -0.2545    0.0
 
500
 1.0   3     h1    c4    c4    o2        -0.1435    0.0      0.2530    0.0     -0.0905    0.0
 
501
 1.0   3     o2    c4    c4    o2         1.1000    0.0     -0.0500    0.0     -0.1441    0.0
 
502
 1.0   3     c4    c4    o2    c4        -0.4000    0.0     -0.4028    0.0     -0.2450    0.0
 
503
 1.0   3     c4    c4    o2    h1        -0.6732    0.0     -0.4778    0.0     -0.1670    0.0
 
504
 1.0   3     h1    c4    o2    c3a        0.9513    0.0      0.1155    0.0      0.0720    0.0
 
505
 1.0   3     h1    c4    o2    c4         0.5302    0.0      0.0000    0.0     -0.3966    0.0
 
506
 1.0   3     h1    c4    o2    h1         0.1863    0.0     -0.4338    0.0     -0.2121    0.0
 
507
 1.0   4     c3a   c3a   c3a   p4=        0.0000    0.0      5.4770    0.0      0.0000    0.0
 
508
 1.0   4     h1    c3a   c3a   p4=        0.0000    0.0      2.2700    0.0      0.0000    0.0
 
509
 1.0   4     c3a   c3a   p4=   h1        -0.2720    0.0      1.1900    0.0      0.0000    0.0
 
510
 1.0   4     c3a   c3a   p4=   n2=       -0.2720    0.0      1.1900    0.0      0.0000    0.0
 
511
 1.0   4     c4    c4    c4    n2=        0.0970    0.0      0.0720    0.0     -0.2580    0.0
 
512
 1.0   4     h1    c4    c4    n2=       -0.1510    0.0      0.0100    0.0     -0.1860    0.0
 
513
 1.0   4     c4    c4    n2=   h1        -5.0720    0.0     -0.4980    0.0     -0.4380    0.0
 
514
 1.0   4     h1    c4    n2=   h1         1.2660    0.0     -0.7740    0.0      0.0380    0.0
 
515
 1.0   4     h1    c4    p4=   c4         0.0000    0.0      0.0000    0.0     -0.0680    0.0
 
516
 1.0   4     h1    c4    p4=   h1         0.0000    0.0      0.0000    0.0     -0.0680    0.0
 
517
 1.0   4     h1    c4    p4=   n2=        0.0000    0.0      0.0000    0.0     -0.0680    0.0
 
518
 1.0   4     h1    n2=   p4=   c3a        0.0000    0.0      0.0000    0.0     -0.3500    0.0
 
519
 1.0   4     h1    n2=   p4=   c4         0.0000    0.0      0.0000    0.0     -0.3690    0.0
 
520
 1.0   4     h1    n2=   p4=   h1         0.0000    0.0      0.0000    0.0     -0.3500    0.0
 
521
 1.0   4     h1    n2=   p4=   o2         0.0000    0.0      0.0000    0.0     -0.3500    0.0
 
522
 1.0   4     p4=   n2=   p4=   h1         0.0000    0.0      0.0000    0.0      0.0000    0.0
 
523
 1.0   4     p4=   n2=   p4=   n2=        1.8000    0.0      0.5000    0.0      2.0000    0.0
 
524
 1.0   4     h1    n3    p4=   h1         0.0000    0.0      0.0000    0.0      0.0000    0.0
 
525
 1.0   4     h1    n3    p4=   n2=        0.0000    0.0      0.0000    0.0      0.0000    0.0
 
526
 1.0   4     h1    n3    p4=   o2         0.0000    0.0      0.0000    0.0      0.0000    0.0
 
527
 1.0   4     h1    o2    p4=   h1         5.7080    0.0      2.1180    0.0      0.0000    0.0
 
528
 1.0   4     h1    o2    p4=   n2=        5.7080    0.0      2.1180    0.0      0.0000    0.0
 
529
 1.0   4     h1    o2    p4=   o2         5.7080    0.0      2.1180    0.0      0.0000    0.0
 
530
 1.0   4     *     o2    p4=   *          5.7080    0.0      2.1180    0.0      0.0000    0.0
 
531
 1.0   4     *     c3a   n2=   *          0.0000    0.0      1.0000    0.0      0.0000    0.0
 
532
 1.0   4     *     c3a   p4=   *         -0.2720    0.0      1.1900    0.0      0.0000    0.0
 
533
 1.0   4     *     c4    n2=   *          0.0000    0.0      0.0000    0.0     -0.0200    0.0
 
534
 1.0   4     *     c4    p4=   *          0.0000    0.0      0.0000    0.0     -0.0680    0.0
 
535
 1.0   4     *     n2=   p4=   *          0.0000    0.0      0.0000    0.0     -0.3500    0.0
 
536
 1.0   4     *     n3    p4=   *          0.0000    0.0      0.0000    0.0      0.0000    0.0
 
537
 1.0   6     c3a   c3a   c3a   n3o        0.0000    0.0      7.2124    0.0      0.0000    0.0
 
538
 1.0   6     h1    c3a   c3a   n3o        0.0000    0.0      2.9126    0.0      0.0000    0.0
 
539
 1.0   6     c3a   c3a   n3o   o1=        0.0000    0.0      1.1600    0.0      0.0000    0.0
 
540
 1.0   6     c4    c4    n3o   o1=        0.0000    0.0      0.0000    0.0     -0.3500    0.0
 
541
 1.0   6     h1    c4    n3o   o1=        0.0000    0.0      0.0000    0.0     -0.3500    0.0
 
542
 1.0   6     c4    c4    o2    n3o        0.0000    0.0     -0.4000    0.0     -0.2000    0.0
 
543
 1.0   6     o1=   n3o   o2    c4         0.0000    0.0      2.0000    0.0      0.0000    0.0
 
544
 1.0   7     c3'   c3a   c3a   c3a        0.0000    0.0      4.6282    0.0      0.0000    0.0
 
545
 1.0   7     c3'   c3a   c3a   h1         0.0000    0.0      2.1670    0.0      0.0000    0.0
 
546
 1.0   7     c3'   n3m   c3a   c3a        0.0000    0.0      0.6500    0.0      0.0000    0.0
 
547
 1.0   7     c3'   n3m   c3'   o1        -0.4066    0.0      1.2513    0.0     -0.7507    0.0
 
548
 1.0   7     c3'   o2    c4    c4         0.1302    0.0     -0.3250    0.0      0.1134    0.0
 
549
 1.0   7     c3'   o2    c4    h1         0.9513    0.0      0.1155    0.0      0.0000    0.0
 
550
 1.0   7     c3a   c3a   c3'   o1=        0.0000    0.0      0.7800    0.0      0.0000    0.0
 
551
 1.0   7     c3a   c3a   c3a   n3m        0.0000    0.0      3.4040    0.0      0.0000    0.0
 
552
 1.0   7     c3a   n3m   c3'   o1=        0.0000    0.0      2.0521    0.0      0.0000    0.0
 
553
 1.0   7     c4    o2    c3'   c4        -2.5594    0.0      2.2013    0.0      0.0325    0.0
 
554
 1.0   7     c4    o2    c3'   o1=        0.8905    0.0      3.2644    0.0      0.2646    0.0
 
555
 1.0   7     o1=   c3'   c4    h1         0.0000    0.0      0.0000    0.0      0.0000    0.0
 
556
 1.0   7     o2    c3'   c4    h1         0.0000    0.0      0.0000    0.0      0.0000    0.0
 
557
 1.0   7     n3m   c3a   c3a   h1         0.0000    0.0      3.4040    0.0      0.0000    0.0
 
558
 1.0   9     h1    n2z   n2t   n1t        0.0000    0.0      0.0000    0.0     -0.2637    0.0
 
559
 1.0   9     c4    n2z   n2t   n1t        0.0000    0.0      0.0000    0.0     -0.1823    0.0
 
560
 1.0   9     n2t   n2z   c4    h1         0.0000    0.0      0.0000    0.0     -0.2181    0.0
 
561
 1.0   9     n2t   n2z   c4    c4         0.0000    0.0      0.0000    0.0     -0.2021    0.0
 
562
 1.0   9     n2z   c4    c4    h1         0.0000    0.0      0.0000    0.0     -0.2259    0.0
 
563
 1.0   10    c3a   c3a   c3a   si4        0.0000    0.0      4.3270    0.0      0.0000    0.0
 
564
 1.0   10    h1    c3a   c3a   si4        0.0000    0.0      1.5093    0.0      0.0000    0.0
 
565
 1.0   10    c3a   c3a   si4   *          0.0000    0.0      0.0000    0.0     -0.0231    0.0
 
566
 1.0   10    c4    c4    si4   si4       -0.3500    0.0      0.0000    0.0     -0.0657    0.0
 
567
 1.0   10    *     c4    si4   *          0.0000    0.0      0.0000    0.0     -0.0657    0.0
 
568
 1.0   10    *     si4   si4   *          0.0000    0.0      0.0000    0.0     -0.0657    0.0
 
569
 
 
570
 
 
571
#end_bond-torsion_3     compass
 
572
 
 
573
> E = (R - R0) * 
 
574
>      { F(1) * cos(phi)  +  F(2) * cos(2 * phi)  +  F(3) * cos(3 * phi) }
 
575
 
 
576
!                                                      LEFT                                   RIGHT
 
577
!                                        -------------------------------         -------------------------------
 
578
!Ver  Ref     I     J     K     L          F(1)        F(2)        F(3)            F(1)        F(2)        F(3)
 
579
!---- ---    ----  ----  ----  ----      -------     -------     -------         -------     -------     -------
 
580
 1.0   1     c3a   c3a   c3a   c3a       -0.1185      6.3204      0.0000
 
581
 1.0   1     c3a   c3a   c3a   c4         0.0000     -0.6918      0.0000          0.0000      0.2421      0.0000 
 
582
 1.0   1     c3a   c3a   c3a   h1         0.0000     -6.8958      0.0000          0.0000     -0.4669      0.0000 
 
583
 1.0   1     c4    c3a   c3a   h1         0.0000     -1.7970      0.0000          0.0000     -0.4879      0.0000 
 
584
 1.0   1     h1    c3a   c3a   h1         0.0000     -0.6890      0.0000
 
585
 1.0   1     c3a   c3a   c4    c4         0.0000      0.0000      0.0000          0.0000      0.0000      0.0000 
 
586
 1.0   1     c3a   c3a   c4    h1        -0.5835      1.1220      0.3978          1.3997      0.7756      0.0000 
 
587
 1.0   1     c3a   c4    c4    h1         0.0000      0.0000      0.0000          0.0000      0.0000      0.0000 
 
588
 1.0   1     c4    c4    c4    c4        -0.0732      0.0000      0.0000
 
589
 1.0   1     c4    c4    c4    h1         0.2486      0.2422     -0.0925          0.0814      0.0591      0.2219 
 
590
 1.0   1     h1    c4    c4    h1         0.2130      0.3120      0.0777
 
591
 1.0   3     c3a   c3a   c3a   o2         0.0000      0.2655      0.0000          0.0000      4.8905      0.0000 
 
592
 1.0   3     h1    c3a   c3a   o2         0.0000     -1.5867      0.0000          0.0000      4.2641      0.0000 
 
593
 1.0   3     c3a   c3a   o2    h1         0.9000     -1.3456      1.1900          3.4132      0.5873     -0.1323 
 
594
 1.0   3     c4    c4    c4    o2        -0.3190      0.4411     -0.7174          1.1538      0.8409     -0.9138 
 
595
 1.0   3     h1    c4    c4    o2         0.9681      0.9551      0.0436          0.5903      0.6669      0.8584 
 
596
 1.0   3     o2    c4    c4    o2         1.0165      0.7553     -0.4609
 
597
 1.0   3     c4    c4    o2    c4        -0.2456      1.0517     -0.7795          0.4741      1.2635      0.5576 
 
598
 1.0   3     c4    c4    o2    h1        -0.5800      0.9004      0.0000          0.0000      0.5343      0.9025 
 
599
 1.0   3     h1    c4    o2    c4        -0.6054      1.3339      0.9648         -0.1620      0.1564     -1.1408 
 
600
 1.0   3     h1    c4    o2    h1        -1.7554      1.3145      0.2263          0.2493      0.6803      0.0000 
 
601
 1.0   7     o1=   c3'   n3m   c3'       -0.7019      0.8305     -0.6874          0.1726     -0.4823      0.2666 
 
602
 1.0   7     c4    c4    o2    c3'       -1.2164     -0.1715     -0.0964          0.2560      0.8133     -0.0728 
 
603
 1.0   7     h1    c4    o2    c3'        0.9589      0.9190     -0.6015          0.2282      2.2998     -0.4473 
 
604
 1.0   7     c4    c3'   o2    c4         0.1928      1.3187      0.8599          0.0004     -1.0975      0.4831 
 
605
 1.0   7     o1=   c3'   o2    c4        -4.2421     10.1102      1.6824          0.0882     -2.4309     -0.7426 
 
606
 1.0   7     o1=   c3'   c4    h1         0.0536      0.0354      0.3853          2.9036      0.5307      0.1439 
 
607
 1.0   7     o2    c3'   c4    h1         0.4160     -0.1140      0.7099          0.7800      1.3339      0.3268 
 
608
 
 
609
 
 
610
#middle_bond-torsion_3     compass
 
611
 
 
612
> E = (R - R0) * 
 
613
>      { F(1) * cos(phi)  +  F(2) * cos(2 * phi)  +  F(3) * cos(3 * phi) }
 
614
 
 
615
!Ver  Ref     I     J     K     L          F(1)        F(2)        F(3)
 
616
!---- ---    ----  ----  ----  ----     --------     -------     -------
 
617
 1.0   1     c3a   c3a   c3a   c3a       27.5989     -2.3120      0.0000
 
618
 1.0   1     c3a   c3a   c3a   c4         0.0000      9.1792      0.0000
 
619
 1.0   1     c3a   c3a   c3a   h1         0.0000     -1.1521      0.0000
 
620
 1.0   1     c4    c3a   c3a   h1         0.0000      3.9421      0.0000
 
621
 1.0   1     h1    c3a   c3a   h1         0.0000      4.8228      0.0000
 
622
 1.0   1     c3a   c3a   c4    c4         0.0000      0.0000      0.0000
 
623
 1.0   1     c3a   c3a   c4    h1        -5.5679      1.4083      0.3010
 
624
 1.0   1     c3a   c4    c4    h1         0.0000      0.0000      0.0000
 
625
 1.0   1     c4    c4    c4    c4       -17.7870     -7.1877      0.0000
 
626
 1.0   1     c4    c4    c4    h1       -14.8790     -3.6581     -0.3138
 
627
 1.0   1     h1    c4    c4    h1       -14.2610     -0.5322     -0.4864
 
628
 1.0   3     c3a   c3a   c3a   o2         0.0000      4.8255      0.0000
 
629
 1.0   3     h1    c3a   c3a   o2         0.0000      5.5432      0.0000
 
630
 1.0   3     c3a   c3a   o2    h1         1.1580      3.2697      3.5132
 
631
 1.0   3     c4    c4    c4    o2       -21.8842     -7.6764     -0.6868
 
632
 1.0   3     h1    c4    c4    o2       -16.7975     -1.2296     -0.2750
 
633
 1.0   3     o2    c4    c4    o2       -17.2585     -3.6157     -0.8364
 
634
 1.0   3     c4    c4    o2    c4        -5.9288     -2.7007     -0.3175
 
635
 1.0   3     c4    c4    o2    h1         1.2472      0.0000      0.7485
 
636
 1.0   3     h1    c4    o2    c4        -6.8007     -4.6546     -1.4101
 
637
 1.0   3     h1    c4    o2    h1         0.0000      0.9241     -0.5889
 
638
 1.0   4     c4    c4    c4    n2=        0.0000      0.0000      0.0000
 
639
 1.0   4     h1    c4    c4    n2=       -3.5150     -2.2980     -1.2770
 
640
 1.0   4     c4    c4    n2=   h1        -2.3800      2.5290     -0.7300
 
641
 1.0   4     h1    c4    n2=   h1        -0.4140     -2.8620      0.0070
 
642
 1.0   4     p4=   n2=   p4=   n2=        0.0000      0.0000      0.0000
 
643
 1.0   7     c3'   c3a   c3a   c3a        0.0000      3.8762      0.0000
 
644
 1.0   7     o1=   c3'   n3m   c3'       -0.1118     -1.1990      0.6784
 
645
 1.0   7     c4    c4    o2    c3'        9.9416      2.6421      2.2333
 
646
 1.0   7     h1    c4    o2    c3'        7.7147      4.2557     -1.0118
 
647
 1.0   7     o1=   c3'   c3a   c3a        0.0000      2.4002      0.0000
 
648
 1.0   7     c3a   c3a   c3a   n3m        0.0000      5.2012      0.0000
 
649
 1.0   7     c4    c3'   o2    c4         1.3445      3.5515     -4.9202
 
650
 1.0   7     o1=   c3'   o2    c4         0.4552      7.3091      0.2842
 
651
 1.0   7     o1=   c3'   c4    h1         0.0000      0.0000     -1.0000
 
652
 1.0   7     o2    c3'   c4    h1       -13.7686     -2.5959      1.1934
 
653
 1.0   7     h1    c3a   c3a   n3m        0.0000      5.2012      0.0000
 
654
 1.0   10    c3a   c3a   c3a   si4        0.0000     11.1576      0.0000
 
655
 1.0   10    h1    c3a   c3a   si4        0.0000      6.2168      0.0000
 
656
 1.0   10    c3a   c3a   si4   h1         0.0000      0.0000     -0.3146
 
657
 1.0   10    h1    c4    si4   h1         0.0000      0.0000     -0.5906
 
658
 1.0   10    h1    c4    si4   si4        0.0000      0.0000     -0.1909
 
659
 1.0   10    c4    si4   si4   h1         0.0000      0.0000     -0.6941
 
660
 1.0   10    h1    si4   si4   h1         0.0000      0.0000     -0.6302
 
661
 
 
662
 
 
663
#angle-torsion_3     compass
 
664
 
 
665
> E = (Theta - Theta0) * 
 
666
>      { F(1) * cos(phi)  +  F(2) * cos(2 * phi)  +  F(3) * cos(3 * phi) }
 
667
 
 
668
!                                                      LEFT                                   RIGHT
 
669
!                                        -------------------------------         -------------------------------
 
670
!Ver  Ref     I     J     K     L          F(1)        F(2)        F(3)            F(1)        F(2)        F(3)
 
671
!---- ---    ----  ----  ----  ----      -------     -------     -------         -------     -------     -------
 
672
 1.0   1     c3a   c3a   c3a   c3a        1.9767      1.0239      0.0000
 
673
 1.0   1     c3a   c3a   c3a   c4         0.0000      3.8987      0.0000          0.0000     -4.4683      0.0000 
 
674
 1.0   1     c3a   c3a   c3a   h1         0.0000      2.5014      0.0000          0.0000      2.7147      0.0000 
 
675
 1.0   1     c4    c3a   c3a   h1         0.0000     -0.1242      0.0000          0.0000      3.4601      0.0000 
 
676
 1.0   1     h1    c3a   c3a   h1         0.0000      2.4501      0.0000
 
677
 1.0   1     c3a   c3a   c4    c4         0.0000      0.0000      0.0000          0.0000      0.0000      0.0000 
 
678
 1.0   1     c3a   c3a   c4    h1         0.2251      0.6548      0.1237          4.6266      0.1632      0.0461 
 
679
 1.0   1     c3a   c4    c4    h1         0.0000      0.0000      0.0000          0.0000      0.0000      0.0000 
 
680
 1.0   1     c4    c4    c4    c4         0.3886     -0.3139      0.1389
 
681
 1.0   1     c4    c4    c4    h1        -0.2454      0.0000     -0.1136          0.3113      0.4516     -0.1988 
 
682
 1.0   1     h1    c4    c4    h1        -0.8085      0.5569     -0.2466
 
683
 1.0   3     c3a   c3a   c3a   o2         0.0000     10.0155      0.0000          0.0000      1.7404      0.0000 
 
684
 1.0   3     h1    c3a   c3a   o2         0.0000      1.8729      0.0000          0.0000      2.5706      0.0000 
 
685
 1.0   3     c3a   c3a   o2    h1        -5.1360     -1.0122      0.0000          4.6852      0.0230     -0.5980 
 
686
 1.0   3     c4    c4    c4    o2         0.5623     -0.3041     -0.4015          0.9672     -0.7566     -1.2331 
 
687
 1.0   3     h1    c4    c4    o2         2.3668      2.4920     -1.0122         -0.1892      0.4918      0.7273 
 
688
 1.0   3     o2    c4    c4    o2         0.5511      0.9737     -0.6673
 
689
 1.0   3     c4    c4    o2    c4        -2.7466      1.4877     -0.8955          0.5676      0.9450      0.0703 
 
690
 1.0   3     c4    c4    o2    h1        -3.5903      2.5225      0.4888          0.8726     -0.3577      0.3888 
 
691
 1.0   3     h1    c4    o2    c4        -1.8234      1.6393      0.5144         -0.7777      0.4340     -0.6653 
 
692
 1.0   3     h1    c4    o2    h1        -3.4060      1.6396      0.0737          0.0000     -0.2810     -0.5944 
 
693
 1.0   4     c4    c4    c4    n2=       -2.0980      1.8610     -1.6890         -0.1220      1.8930     -0.5670 
 
694
 1.0   4     h1    c4    c4    n2=       -2.0980      1.8610     -1.6890         -0.1220      1.8930     -0.5670 
 
695
 1.0   4     c4    c4    n2=   h1        -2.5230      2.8480      2.0590         -3.6920      4.0610     -1.5440 
 
696
 1.0   4     h1    c4    n2=   h1        -1.8950      1.2210     -0.7460          0.1100      0.0650      0.1090 
 
697
 1.0   6     c3a   c3a   c3a   n3o        0.0000      7.7594      0.0000          0.0000      0.0000      0.0000 
 
698
 1.0   6     h1    c3a   c3a   n3o        0.0000     -8.0369      0.0000          0.0000      0.0000      0.0000 
 
699
 1.0   6     c3a   c3a   n3o   o1=        0.0000      0.0000      0.0000          0.0000     -3.4207      0.0000 
 
700
 1.0   6     h1    c4    n3o   o1=        0.0000     -0.3086      0.0000          0.0000      1.0352      0.0000 
 
701
 1.0   6     o1=   n3o   o2    c4        -3.0000      0.0000      0.0000          0.0000      0.0000      0.0000 
 
702
 1.0   7     o1=   c3'   n3m   c3'       -1.5747      2.3997     -0.2851         -0.3038     -0.0548     -0.3188 
 
703
 1.0   7     c4    c4    o2    c3'       -0.4620      1.4492     -0.6765         -0.0890     -0.9159      0.7229 
 
704
 1.0   7     h1    c4    o2    c3'       -0.4990      2.8061     -0.0401         -0.3142     -0.8699      0.0971 
 
705
 1.0   7     c4    c3'   o2    c4         0.9701     -2.5169      1.7195          0.8831     -0.8203      0.2405 
 
706
 1.0   7     o1=   c3'   o2    c4         5.9732      2.7261      1.9052          2.3573      1.0059     -0.0327 
 
707
 1.0   7     o1=   c3'   c4    h1        -2.0667      0.7308     -0.2083         14.4728      0.3339      0.0800 
 
708
 1.0   7     o2    c3'   c4    h1        -0.0241      1.4427      0.1212         13.2959      0.8005     -0.0071 
 
709
 1.0   10    c3a   c3a   c3a   si4        0.0000     -5.5448      0.0000          0.0000      4.3281      0.0000 
 
710
 1.0   10    h1    c3a   c3a   si4        0.0000      4.5914      0.0000          0.0000      1.1079      0.0000 
 
711
 1.0   10    c3a   c3a   si4   h1         0.0000      0.0000     -0.2779          0.0000      0.0000     -0.1932 
 
712
 1.0   10    h1    c4    si4   c4         0.0000      0.0000      0.3382          0.0000      0.0000      0.4272 
 
713
 
 
714
 
 
715
#wilson_out_of_plane     compass
 
716
 
 
717
> E = K * (Chi - Chi0)^2
 
718
 
 
719
!Ver  Ref     I     J     K     L           K      Chi0
 
720
!---- ---    ----  ----  ----  ----      -------   ----
 
721
 1.0   1     c3a   c3a   c3a   c3a        7.1794    0.0
 
722
 1.0   1     c3a   c3a   c3a   c4         7.8153    0.0
 
723
 1.0   1     c3a   c3a   c3a   h1         4.8912    0.0
 
724
 1.0   3     c3a   c3a   c3a   o2        13.0421    0.0
 
725
 1.0   4     c3a   c3a   c3a   n2=        8.0000    0.0
 
726
 1.0   4     c3a   c3a   c3a   p4=        6.7090    0.0
 
727
 1.0   6     c3a   c3a   c3a   n3o        0.9194    0.0
 
728
 1.0   6     c3a   n3o   o1=   o1=       36.2612    0.0
 
729
 1.0   6     c4    n3o   o1=   o1=       44.3062    0.0
 
730
 1.0   6     h1    n3o   o1=   o1=       38.5581    0.0
 
731
 1.0   6     o1=   n3o   o1=   o2        45.0000    0.0
 
732
 1.0   7     c3'   c3'   n3m   c3a        0.0000    0.0
 
733
 1.0   7     c3'   c3a   c3a   c3a       17.0526    0.0
 
734
 1.0   7     c3'   n3m   c3'   c3a        0.0000    0.0
 
735
 1.0   7     c3a   c3a   n3m   c3a       17.0526    0.0
 
736
!1.0   7     c3a   c3a   c3a   n3m       17.0526    0.0
 
737
 1.0   7     c3a   c3'   n3m   o1=       30.0000    0.0
 
738
!1.0   7     c3a   c3a   c3'   c3a       17.0526    0.0
 
739
!1.0   7     c3a   c3'   o1=   n3m       30.0000    0.0
 
740
 1.0   7     c3a   o1=   c3'   n3m       30.0000    0.0
 
741
 1.0   7     c4    c3'   o2    o1=       46.9264    0.0
 
742
 1.0   10    c3a   c3a   si4   c3a        5.3654    0.0
 
743
 
 
744
 
 
745
#angle-angle     compass
 
746
 
 
747
> E = K * (Theta - Theta0) * (Theta' - Theta0')
 
748
 
 
749
!                   J'    I'    K'
 
750
!Ver  Ref     I     J     K                 K
 
751
!---- ---    ----  ----  ----  ----      -------
 
752
 1.0   1     c3a   c3a   c3a   c3a        0.0000
 
753
 1.0   1     c3a   c3a   c3a   h1         0.0000
 
754
 1.0   1     c3a   c3a   h1    c3a        0.0000
 
755
 1.0   1     c4    c4    c3a   h1         2.0403
 
756
 1.0   1     h1    c4    c3a   h1         3.0118
 
757
 1.0   1     c3a   c4    c4    h1        -1.8202
 
758
 1.0   1     c4    c4    c4    c4        -0.1729
 
759
 1.0   1     c4    c4    c4    h1        -1.3199
 
760
 1.0   1     h1    c4    c4    h1        -0.4825
 
761
 1.0   1     c3a   c4    h1    c4         1.0827
 
762
 1.0   1     c3a   c4    h1    h1         2.3794
 
763
 1.0   1     c4    c4    h1    c4         0.1184
 
764
 1.0   1     c4    c4    h1    h1         0.2738
 
765
 1.0   1     h1    c4    h1    h1        -0.3157
 
766
 1.0   3     c3a   c3a   c3a   o2         0.0000
 
767
 1.0   3     c3a   c3a   o2    c3a        0.0000
 
768
 1.0   3     c4    c4    c4    o2        -0.8330
 
769
 1.0   3     h1    c4    c4    o2         2.5926
 
770
 1.0   3     c4    c4    h1    o2         3.9177
 
771
 1.0   3     h1    c4    h1    o2         2.4259
 
772
 1.0   3     c4    c4    o2    c4        -3.5744
 
773
 1.0   3     c4    c4    o2    h1         0.1689
 
774
 1.0   3     h1    c4    o2    h1         2.1283
 
775
 1.0   4     h1    c4    c4    n2=        1.0910
 
776
 1.0   4     c4    c4    h1    n2=        2.7530
 
777
 1.0   4     h1    c4    h1    n2=        1.7680
 
778
 1.0   4     c4    c4    n2=   h1        -1.3060
 
779
 1.0   4     h1    c4    n2=   h1        -2.9470
 
780
 1.0   7     h1    c4    c3'   o2         4.7955
 
781
 1.0   7     c3'   c4    h1    h1        -1.7653
 
782
 1.0   11    h1    c4    c3'   h1         0.0
 
783
 1.0   10    h1    c4    h1    si4        0.0000
 
784
 1.0   10    h1    c4    si4   h1         2.2050
 
785
 1.0   10    c4    si4   c4    h1         3.3827
 
786
 1.0   10    c4    si4   c4    si4        1.3465
 
787
 1.0   10    h1    si4   c4    h1         4.6809
 
788
 1.0   10    si4   si4   c4    si4       -5.6849
 
789
 1.0   10    c4    si4   h1    c4         2.7963
 
790
 1.0   10    c4    si4   h1    h1         4.4559
 
791
 1.0   10    c4    si4   h1    si4        3.4758
 
792
 1.0   10    h1    si4   h1    h1         2.0665
 
793
 1.0   10    si4   si4   h1    si4        3.4924
 
794
 1.0   10    c4    si4   si4   c4         2.0805
 
795
 1.0   10    c4    si4   si4   h1        -2.9623
 
796
 1.0   10    c4    si4   si4   si4        4.5272
 
797
 1.0   10    h1    si4   si4   h1         1.6082
 
798
 1.0   10    si4   si4   si4   h1         4.1996
 
799
 
 
800
 
 
801
#angle-angle-torsion_1     compass
 
802
 
 
803
>  E = K * (Theta - Theta0) * (Theta' - Theta0') * cos(Phi)
 
804
 
 
805
!Ver  Ref     I     J     K     L      K(Ang,Ang,Tor)
 
806
!---- ---    ----  ----  ----  ----    --------------
 
807
 1.0   1     c3a   c3a   c3a   c3a        0.0000
 
808
 1.0   1     c3a   c3a   c3a   c4       -14.4097
 
809
 1.0   1     c3a   c3a   c3a   h1        -4.8141
 
810
 1.0   1     c4    c3a   c3a   h1         4.4444
 
811
 1.0   1     h1    c3a   c3a   h1         0.3598
 
812
 1.0   1     c3a   c3a   c4    h1        -5.8888
 
813
 1.0   1     c4    c4    c4    c4       -22.0450
 
814
 1.0   1     c4    c4    c4    h1       -16.1640
 
815
 1.0   1     h1    c4    c4    h1       -12.5640
 
816
 1.0   3     c3a   c3a   c3a   o2       -21.0247
 
817
 1.0   3     h1    c3a   c3a   o2         4.2296
 
818
 1.0   3     c3a   c3a   o2    h1        -4.6072
 
819
 1.0   3     c4    c4    c4    o2       -29.0420
 
820
 1.0   3     h1    c4    c4    o2       -20.2006
 
821
 1.0   3     o2    c4    c4    o2       -14.0484
 
822
 1.0   3     c4    c4    o2    c4       -19.0059
 
823
 1.0   3     c4    c4    o2    h1       -12.1038
 
824
 1.0   3     h1    c4    o2    c4       -16.4438
 
825
 1.0   3     h1    c4    o2    h1       -10.5093
 
826
 1.0   4     c4    c4    c4    n2=        0.0000
 
827
 1.0   4     h1    c4    c4    n2=      -27.5060
 
828
 1.0   4     c4    c4    n2=   h1        -8.8980
 
829
 1.0   4     h1    c4    n2=   h1        -9.6280
 
830
 1.0   4     h1    c4    p4=   c4       -25.5460
 
831
 1.0   4     h1    c4    p4=   h1       -16.0180
 
832
 1.0   4     h1    c4    p4=   n2=      -19.9340
 
833
 1.0   4     h1    n2=   p4=   c4       -11.1020
 
834
 1.0   4     h1    n2=   p4=   h1        -3.7880
 
835
 1.0   6     c3a   c3a   c3a   n3o      -34.9681
 
836
 1.0   6     h1    c3a   c3a   n3o        2.1508
 
837
 1.0   6     c3a   c3a   n3o   o1=      -18.0436
 
838
 1.0   6     h1    c4    n3o   o1=      -16.2615
 
839
 1.0   7     o1=   c3'   n3m   c3'       -3.3556
 
840
 1.0   7     c4    c4    o2    c3'      -15.7082
 
841
 1.0   7     h1    c4    o2    c3'      -13.1500
 
842
 1.0   7     c4    c3'   o2    c4       -12.2070
 
843
 1.0   7     o1=   c3'   o2    c4       -32.9368
 
844
 1.0   7     o1=   c3'   c4    h1       -23.1923
 
845
 1.0   7     o2    c3'   c4    h1       -13.9734
 
846
 1.0   10    c4    si4   c4    h1       -17.5802
 
847
 1.0   10    h1    si4   c4    h1       -12.9341
 
848
 1.0   10    h1    c4    si4   si4      -13.3679
 
849
 1.0   10    c4    si4   si4   h1       -16.9141
 
850
 1.0   10    h1    si4   si4   h1       -10.8232
 
851
 1.0   10    h1    si4   si4   si4      -12.2900
 
852
 
 
853
 
 
854
#nonbond(9-6)     compass
 
855
 
 
856
> E = eps(ij) [2(r(ij)*/r(ij))**9 - 3(r(ij)*/r(ij))**6]
 
857
> where    r(ij) = [(r(i)**6 + r(j)**6))/2]**(1/6)
 
858
>
 
859
>        eps(ij) = 2 sqrt(eps(i) * eps(j)) * 
 
860
>                   r(i)^3 * r(j)^3/[r(i)^6 + r(j)^6]
 
861
 
 
862
@combination sixth-power
 
863
@type r-eps
 
864
 
 
865
!Ver  Ref     I          r          eps 
 
866
!---- ---    ----    ---------   ---------
 
867
 1.0   1     c3a        3.9150      0.0680
 
868
 1.0   1     c4         3.8540      0.0620
 
869
 1.0   1     c43        3.8540      0.0400
 
870
 1.0   1     c44        3.8540      0.0200
 
871
 1.0   1     h1         2.8780      0.0230
 
872
 1.0   2     o2z        3.3000      0.0800
 
873
 1.0   2     si4        4.4050      0.1980
 
874
 1.0   2     si4c       4.2900      0.1310
 
875
 1.0   3     c4o        3.8150      0.0680
 
876
 1.0   3     h1o        1.0870      0.0080
 
877
 1.0   3     o2         3.3000      0.0800
 
878
 1.0   3     o2e        3.3000      0.1200
 
879
 1.0   3     o2h        3.5800      0.0960
 
880
 1.0   4     n2=        3.8300      0.0960
 
881
 1.0   4     p4=        4.2950      0.0650
 
882
 1.0   5     he         2.9000      0.0050
 
883
 1.0   5     ne         3.2000      0.0550
 
884
 1.0   5     ar         3.8800      0.2000
 
885
 1.0   5     kr         4.3000      0.2800
 
886
 1.0   5     xe         4.2600      0.3900
 
887
 1.0   5     h1h        1.4210      0.0216
 
888
 1.0   5     n1n        3.8008      0.0598
 
889
 1.0   5     c1o        4.0120      0.0530
 
890
 1.0   5     o1o        3.4758      0.0780
 
891
 1.0   5     o1c        3.6020      0.0850
 
892
 1.0   5     n1o        3.4600      0.1280
 
893
 1.0   5     o1n        3.3000      0.1560
 
894
 1.0   5     c2=        3.9150      0.0680
 
895
 1.0   5     s2=        4.0470      0.1250
 
896
 1.0   5     n2o        3.5290      0.3330
 
897
 1.0   5     o1=        3.4300      0.1920
 
898
 1.0   5     o1=*       3.3600      0.0670
 
899
 1.0   5     s1=        4.0070      0.3130
 
900
 1.0   6     n3o        3.7600      0.0480
 
901
 1.0   6     o12        3.4000      0.0480
 
902
 1.0   6     o2n        3.6500      0.2000
 
903
 1.0   7     c3'        3.9000      0.0640
 
904
 1.0   7     n3m        3.7200      0.1500
 
905
 1.0   7     o2s        3.3000      0.0960
 
906
 1.1   8     c4o        3.8700      0.0748
 
907
 1.1   8     c41o       3.8700      0.1080
 
908
 1.1   8     c43o       3.6700      0.0498
 
909
 1.0   9     c4z        3.6500      0.0800
 
910
 1.0   9     n1z        3.5200      0.0850
 
911
 1.0   9     n2t        3.3000      0.0500
 
912
 1.0   9     n2z        3.4000      0.1200
 
913
 
 
914
 
 
915
#bond_increments     compass
 
916
 
 
917
!Ver  Ref     I     J       DeltaIJ     DeltaJI
 
918
!---- ---    ----  ----     -------     -------
 
919
 1.0   1     c3a   c3a       0.0000      0.0000
 
920
 1.0   1     c3a   c4        0.0000      0.0000
 
921
 1.0   1     c3a   h1       -0.1268      0.1268
 
922
 1.0   1     c4    c4        0.0000      0.0000
 
923
 1.0   1     c4    h1       -0.0530      0.0530
 
924
 1.0   2     o2z   si4      -0.2225      0.2225
 
925
 1.0   3     c3a   o2e       0.0420     -0.0420
 
926
 1.0   3     c3a   o2h       0.0420     -0.0420
 
927
 1.0   3     c4    o2e       0.1600     -0.1600
 
928
 1.0   3     c4    o2h       0.1600     -0.1600
 
929
 1.0   3     h1    o2        0.4200     -0.4200
 
930
 1.0   3     h1    o2h       0.4200     -0.4200
 
931
 1.0   4     c3a   n2=       0.1990     -0.1990
 
932
 1.0   4     c3a   p4=      -0.0600      0.0600
 
933
 1.0   4     c4    n2=       0.3450     -0.3450
 
934
 1.0   4     c4    p4=      -0.0500      0.0500
 
935
 1.0   4     cl1p  p4=      -0.1200      0.1200
 
936
 1.0   4     f1p   p4=      -0.1800      0.1800
 
937
 1.0   4     h1    n2=       0.3280     -0.3280
 
938
 1.0   4     h1    p4=      -0.0500      0.0500
 
939
 1.0   4     n2=   n2=       0.0000      0.0000
 
940
 1.0   4     n2=   n3        0.0250     -0.0250
 
941
 1.0   4     n2=   o2       -0.0430      0.0430
 
942
 1.0   4     n2=   p4=      -0.3500      0.3500
 
943
 1.0   4     n3    p4=      -0.1200      0.1200
 
944
 1.0   4     o2    p4=      -0.1400      0.1400
 
945
 1.0   5     c1o   o1c      -0.0203      0.0203
 
946
 1.0   5     c2=   o1=       0.4000     -0.4000
 
947
 1.0   5     c2=   s1=       0.0258     -0.0258
 
948
 1.0   5     n2o   o1=       0.0730     -0.0730
 
949
 1.0   5     h1h   h1h       0.0000      0.0000
 
950
 1.0   5     n1n   n1n       0.0000      0.0000
 
951
 1.0   5     n1o   o1n       0.0288     -0.0288
 
952
 1.0   5     o1=   s2=      -0.2351      0.2351
 
953
 1.0   5     o1o   o1o       0.0000      0.0000
 
954
 1.0   6     c3a   n3o       0.2390     -0.2390
 
955
 1.0   6     c4    n3o       0.2100     -0.2100
 
956
 1.0   6     c4    o2n       0.3170     -0.3170
 
957
 1.0   6     h1    n3o       0.1880     -0.1880
 
958
 1.0   6     n3o   o1=       0.4280     -0.4280
 
959
 1.0   6     n3o   o2n       0.0010     -0.0010
 
960
 1.0   7     c3'   o2e       0.1120     -0.1120
 
961
 1.0   7     c3'   c4        0.0000      0.0000
 
962
 1.0   7     c3'   o1=       0.4500     -0.4500
 
963
 1.0   7     c3'   c3a       0.0350     -0.0350
 
964
 1.0   7     c3'   n3m       0.0000      0.0000
 
965
 1.0   7     c3a   n3m       0.0950     -0.0950
 
966
 1.1   8     h1    o2h       0.4100     -0.4100
 
967
 1.0   9     n2z   c4       -0.3110      0.3110
 
968
 1.0   9     n2z   h1       -0.3350      0.3350
 
969
 1.0   9     n2t   n1t       0.3860     -0.3860
 
970
 1.0   9     n2t   n2z       0.2470     -0.2470
 
971
 1.0   10    c3a   si4      -0.1170      0.1170
 
972
 1.0   10    c4    si4      -0.1350      0.1350
 
973
 1.0   10    h1    si4      -0.1260      0.1260
 
974
 
 
975
#templates compass
 
976
 
 
977
type: ?
 
978
  ! anything    
 
979
  template: (>*)
 
980
end_type
 
981
 
 
982
type: ar
 
983
  ! Argon atom
 
984
  template: (>Ar)
 
985
end_type
 
986
 
 
987
type:c1o
 
988
  ! Carbon in CO
 
989
  template: [>C[~O]]
 
990
end_type
 
991
 
 
992
type:c2=
 
993
  ! Carbon in =C= (e.g. CO2, CS2)
 
994
  template: [>C[~*][~*]]
 
995
end_type
 
996
 
 
997
type:c3'
 
998
    ! Carbonyl carbon [one polar substituent such as O,N]
 
999
    ! e.g. amide, acid and ester
 
1000
    template: (>C (~O) (~*) (~*))
 
1001
    atom_test:1
 
1002
        hybridization:sp2
 
1003
    end_test
 
1004
    atom_test:3
 
1005
        allowed_elements: C, H
 
1006
    end_test
 
1007
    atom_test:4
 
1008
        allowed_elements: O, N
 
1009
    end_test
 
1010
end_type
 
1011
 
 
1012
type:c3a
 
1013
  ! SP2 aromatic carbon
 
1014
  template:(>C(~*)(~*)(~*))
 
1015
  atom_test:1
 
1016
    hybridization: SP2
 
1017
    aromaticity:AROMATIC
 
1018
  end_test
 
1019
end_type
 
1020
 
 
1021
type:c3a
 
1022
  ! Transferred from pcff - may not be required.
 
1023
  ! This is used for aromatic carbons that fail the aromaticity test because
 
1024
  ! the current ring checker is too lame to figure on a ring with more than
 
1025
  ! seven or eight sides. The NON_AROMATIC test is to eliminate the conflict
 
1026
  ! with the above 'c3a' definition. This can be removed when the ring checker
 
1027
  ! is made more robust.
 
1028
  template: [>C(-*)(:*)(:*)]
 
1029
  atom_test:1
 
1030
    hybridization:SP2
 
1031
    aromaticity:NON_AROMATIC
 
1032
  end_test
 
1033
end_type
 
1034
 
 
1035
type:c4
 
1036
  ! generic SP3 carbon
 
1037
  template: (>C(-*)(-*)(-*)(-*))
 
1038
  atom_test:1
 
1039
        hybridization:SP3
 
1040
  end_test
 
1041
end_type
 
1042
 
 
1043
type:c41o
 
1044
  ! Carbon, sp3, in methanol (and dimethyl ether?)
 
1045
  template: [>C(-O(-*))(-H)(-H)(-H)]
 
1046
  atom_test:1
 
1047
        hybridization:SP3
 
1048
  end_test
 
1049
  atom_test:3
 
1050
    allowed_elements:C,H
 
1051
end_type
 
1052
 
 
1053
type: c43
 
1054
  ! sp3 carbon with 1 h and 3 heavy atoms
 
1055
  template: (>C(-H)(-*)(-*)(-*))
 
1056
  atom_test:1
 
1057
        hybridization:SP3
 
1058
  atom_test:3
 
1059
    disallowed_elements:H
 
1060
  atom_test:4
 
1061
    disallowed_elements:H
 
1062
  atom_test:5
 
1063
    disallowed_elements:H
 
1064
  end_test
 
1065
end_type
 
1066
 
 
1067
type:c43o
 
1068
  ! Carbon, sp3, in secondary alcohols
 
1069
  template: [>C(-O(-H))(-H)(-C)(-C)]
 
1070
  atom_test:1
 
1071
        hybridization:SP3
 
1072
  end_test
 
1073
end_type
 
1074
 
 
1075
type: c44
 
1076
  ! sp3 carbon with four heavy atoms attached
 
1077
  template: (>C(-*)(-*)(-*)(-*))
 
1078
  atom_test:1
 
1079
        hybridization:SP3
 
1080
  atom_test:2
 
1081
    disallowed_elements:H
 
1082
  atom_test:3
 
1083
    disallowed_elements:H
 
1084
  atom_test:4
 
1085
    disallowed_elements:H
 
1086
  atom_test:5
 
1087
    disallowed_elements:H
 
1088
  end_test
 
1089
end_type
 
1090
 
 
1091
type: c4o
 
1092
  ! alpha carbon (e.g. alpha to oxygen in ethers and alcohols)
 
1093
  template: (>C(-O)(-*)(-*)(-*))
 
1094
  atom_test:1
 
1095
        hybridization:SP3
 
1096
  end_test
 
1097
end_type
 
1098
 
 
1099
type: c4z
 
1100
  ! Carbon, sp3, bonded to -N3 (azides)
 
1101
  template: (>C(-N(~N(~N)))(-*)(-*)(-*))
 
1102
  atom_test:1
 
1103
        hybridization:SP3
 
1104
  end_test
 
1105
end_type
 
1106
 
 
1107
type:h1
 
1108
  ! nonpolar hydrogen 
 
1109
  template: (>H (-*) )
 
1110
  atom_test:2
 
1111
    allowed_elements:C,Si
 
1112
  end_test
 
1113
end_type
 
1114
 
 
1115
type:h1h
 
1116
  ! Hydrogen in H2
 
1117
  template: [>H[-H]]
 
1118
end_type
 
1119
 
 
1120
type:h1o
 
1121
  ! strongly polar hydrogen (bonded to fluorine, nitrogen, Oxygen - h* in pcff)
 
1122
  template: (>H(-*))
 
1123
  atom_test:2
 
1124
    allowed_elements:O,N,F
 
1125
  end_test
 
1126
end_type
 
1127
 
 
1128
type: he
 
1129
  ! Helium atom
 
1130
  template: (>He)
 
1131
end_type
 
1132
 
 
1133
type: kr
 
1134
  ! Krypton atom
 
1135
  template: (>Kr)
 
1136
end_type
 
1137
 
 
1138
type:n1n
 
1139
  ! Nitrogen in N2
 
1140
  template: [>N[~N]]
 
1141
end_type
 
1142
 
 
1143
type:n1o
 
1144
  ! Nitrogen in NO
 
1145
  template: [>N[~O]]
 
1146
end_type
 
1147
 
 
1148
type:n1z
 
1149
  ! Nitrogen, terminal atom in -N3
 
1150
  template: [>N[~N[~N(~*)]]]
 
1151
end_type
 
1152
 
 
1153
type:n2=
 
1154
  ! Nitrogen (in phosphazenes, or generic???)
 
1155
  template: [>N(~*)(~*)]
 
1156
end_type
 
1157
 
 
1158
type:n2o
 
1159
  ! Nitrogen in NO2
 
1160
  template: [>N[~O][~O]]
 
1161
end_type
 
1162
 
 
1163
type:n2t
 
1164
  ! Nitrogen, central atom in -N3
 
1165
  template: [>N[~N][~N(~*)]]
 
1166
end_type
 
1167
 
 
1168
type:n2z
 
1169
  ! Nitrogen, first atom in -N3
 
1170
  template: (>N[~N[~N]](~*))
 
1171
end_type
 
1172
 
 
1173
type: n3m
 
1174
  ! sp3 nitrogen in amides without hydrogen
 
1175
  template: (>N(-C[=O])(-C)(-C))
 
1176
  atom_test:1
 
1177
        hybridization:SP3
 
1178
  end_test
 
1179
end_type
 
1180
 
 
1181
type: n3o
 
1182
  ! Nitrogen in nitro group
 
1183
  template: (>N[~O][~O](~O(~C)))
 
1184
end_type
 
1185
 
 
1186
type: ne
 
1187
  ! Neon atom
 
1188
  template: (>Ne)
 
1189
end_type
 
1190
 
 
1191
type:o1=
 
1192
  ! Oxygen in NO2 and SO2 [and carbonyl]
 
1193
  template: (>O(~*))
 
1194
  atom_test:2
 
1195
    allowed_elements:N,S,C
 
1196
  end_test
 
1197
end_type
 
1198
 
 
1199
type:o1=*
 
1200
  ! Oxygen in CO2
 
1201
  template: [>O[~C[~O]]]
 
1202
end_type
 
1203
 
 
1204
type:o12
 
1205
  ! Oxygen in nitro group -NO2
 
1206
  template: [>O[~N[~O](~*)]]
 
1207
end_type
 
1208
 
 
1209
type:o1c
 
1210
  ! Oxygen in CO
 
1211
  template: [>O[~C]]
 
1212
end_type
 
1213
 
 
1214
type:o1n
 
1215
  ! Oxygen in NO
 
1216
  template: [>O[~N]]
 
1217
end_type
 
1218
 
 
1219
type:o1o
 
1220
  ! Oxygen in O2
 
1221
  template: [>O[~O]]
 
1222
end_type
 
1223
 
 
1224
type:o2
 
1225
  ! Generic oxygen with two bonds attached
 
1226
  template: [>O(~*)(~*)]
 
1227
end_type
 
1228
 
 
1229
type:o2e
 
1230
  ! Ether oxygen
 
1231
  template: [>O(-C)(-C)]
 
1232
   atom_test: 1
 
1233
       aromaticity:NON_AROMATIC
 
1234
   end_test
 
1235
end_type
 
1236
 
 
1237
type:o2h
 
1238
  ! Hydroxyl oxygen
 
1239
  template: (>O[-H](~*))
 
1240
end_type
 
1241
 
 
1242
type:o2n
 
1243
  ! Oxygen in nitrates
 
1244
  template: (>O[~N[~O][~O]](~C))
 
1245
end_type
 
1246
 
 
1247
type:o2s
 
1248
  ! Ester oxygen
 
1249
  template: (>O[~C[~O](~*)](~C))
 
1250
end_type
 
1251
 
 
1252
type: o2z
 
1253
   ! Oxygen in siloxanes and zeolites
 
1254
   template: (>O(-Si)(-*) )
 
1255
   atom_test: 3
 
1256
       allowed_elements: Si, H 
 
1257
   end_test
 
1258
end_type
 
1259
 
 
1260
type: p4=
 
1261
   ! Phosphorous [in phosphazenes]
 
1262
   template: (>P(~*)(~*)(~*)(~*))
 
1263
end_type
 
1264
 
 
1265
type:s1=
 
1266
  ! Sulfur in CS2
 
1267
  template: [>S[~C[~S]]]
 
1268
end_type
 
1269
 
 
1270
type:s2=
 
1271
  ! Sulfur in SO2
 
1272
  template: [>S[~O][~O]]
 
1273
end_type
 
1274
 
 
1275
type: si4
 
1276
   ! Generic silicon with four bonds attached
 
1277
   template: (>Si(-*)(-*)(-*)(-*))
 
1278
end_type
 
1279
 
 
1280
type: si4c
 
1281
   ! A subset of si4, non-hydrogen atom attached [siloxanes??]
 
1282
   template: (>Si(-O)(-*)(-*)(-*))
 
1283
   atom_test: 3
 
1284
       allowed_elements: O, C
 
1285
   end_test
 
1286
   atom_test: 4
 
1287
       allowed_elements: O, C
 
1288
   end_test
 
1289
   atom_test: 5
 
1290
       allowed_elements: O, C
 
1291
   end_test
 
1292
end_type
 
1293
 
 
1294
type: xe
 
1295
  ! Xenon atom
 
1296
  template: (>Xe)
 
1297
end_type
 
1298
 
 
1299
precedence:
 
1300
(?
 
1301
  (ar)
 
1302
  (c1o)
 
1303
  (c2=)
 
1304
  (c3a) (c3')
 
1305
  (c4 (c43 (c43o)) (c44) (c4o(c41o)) (c4z) )
 
1306
  (h1) (h1h) (h1o)
 
1307
  (he)
 
1308
  (kr)
 
1309
  (n1n) (n1o) (n1z)
 
1310
  (n2= (n2o) (n2t) (n2z) )
 
1311
  (n3m) (n3o)
 
1312
  (ne)
 
1313
  (o1= (o1=*) (o12) (o1c) (o1n) ) (o1o)
 
1314
  (o2 (o2e(o2s)) (o2h) (o2n) (o2z) )
 
1315
  (p4=)
 
1316
  (s1=)
 
1317
  (s2=)
 
1318
  (si4 (si4c) )
 
1319
  (xe)
 
1320
)
 
1321
end_precedence
 
1322
 
 
1323
 
 
1324
 
 
1325
#reference 1
 
1326
@Author tester
 
1327
@Date 01-Jun-09
 
1328
Barebones compass for aromatic & aliphatic hydrocarbons from H. Sun JCP B102, 7361-2 (1998)
 
1329
 
 
1330
This file created by Materials Design, Inc. (www.materialsdesign.com) Please realize that
 
1331
we neither support this version, nor make any warranty as to the correctness of the parameters.
 
1332
We have checked the numbers against the literature, but of course there may still be errors,
 
1333
including errors of interpretation. Also, the current version of COMPASS may well be different 
 
1334
that that originally published.
 
1335
 
 
1336
If you have comments or suggestions, feel free to email Paul Saxe at psaxe (at) materialsdesign.com
 
1337
 
 
1338
#reference 2
 
1339
@Author tester
 
1340
@Date 27-Jun-09
 
1341
Parameters for siloxanes from Sun/Rigby Spectrochim. Acta A53, 1301-23 (1997) (o2 later renamed to o2z)
 
1342
 
 
1343
#reference 3
 
1344
@Author tester
 
1345
@Date 27-Jun-09
 
1346
Parameters for ethers and alcohols from Rigby/Sun/Eichinger Polym. Int. 44, 311-330 (1997)
 
1347
 
 
1348
#reference 4
 
1349
@Author tester
 
1350
@Date 30-Jun-09
 
1351
Parameters for phosphazenes from Comput. Theor. Polym. Sci. 8, 229-246 (1998)
 
1352
 
 
1353
#reference 5
 
1354
@Author tester
 
1355
@Date 28-Jun-09
 
1356
Parameters for He,Ne,Ar,Kr,Xe,H2,O2,N2,NO,CO,CO2,NO2,CS2,SO2 from JPC B104, 4951-7 (2000)
 
1357
 
 
1358
#reference 6
 
1359
@Author tester
 
1360
@Date 29-Jun-09
 
1361
Parameters for nitrate esters from JPC B104, 2477-89 (2000)
 
1362
 
 
1363
#reference 7
 
1364
@Author tester
 
1365
@Date 30-Jun-09
 
1366
Parameters for Ultem (imides) from Polymer 43, 599-607 (2002)
 
1367
 
 
1368
#reference 8
 
1369
@Author tester
 
1370
@Date 30-Jun-09
 
1371
Parameters for 2y and 3y alcohols from Fluid Phase Equilibria 217, 77-87 (2004)
 
1372
 
 
1373
#reference 9
 
1374
@Author tester
 
1375
@Date 30-Jun-09
 
1376
Parameters for aliphatic azides from J. Comput. Chem. 25, 61-71 (2004)
 
1377
 
 
1378
#reference 10
 
1379
@Author tester
 
1380
@Date 02-Jul-09
 
1381
Ref 2 missing -C-Si- params; assume values from Macromols 28, 701-712 (1995) (see pcff)