← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to tools/msi2lmp/frc_files/pcff_templates.dat

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2013-11-20 22:41:36 UTC
  • mfrom: (1.2.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131120224136-tzx7leh606fqnckm
Tags: 0~20131119.git7162cf0-1
* [e65b919] Imported Upstream version 0~20131119.git7162cf0
* [f7bddd4] Fix some problems, introduced by upstream recently.
* [3616dfc] Use wrap-and-sort script.
* [7e92030] Ignore quilt dir

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
tools/msi2lmp/frc_files/pcff_templates.dat
 
1
! mcff_templates
 
2
!       Template file of potential type assignment templates for the mcff 
 
3
!       forcefield (March-1995)
 
4
!
 
5
 
 
6
type: ?
 
7
  ! anything    
 
8
  template: (>*)
 
9
end_type
 
10
 
 
11
type: lp
 
12
  !lone pair
 
13
  template: (>L (-*))
 
14
end_type
 
15
 
 
16
type:c
 
17
  ! generic SP3 carbon
 
18
  template: (>C)
 
19
  atom_test:1
 
20
        hybridization:SP3
 
21
  end_test
 
22
end_type
 
23
 
 
24
type: c3
 
25
  ! sp3 carbon with 3 h's 1 heavy
 
26
  template: (>C(-H)(-H)(-H)(-*))
 
27
  atom_test:5
 
28
    disallowed_elements:H
 
29
  end_test
 
30
end_type
 
31
 
 
32
type:c2
 
33
  ! sp3 carbon with 2 H's, 2 Heavy's
 
34
  template:(>C(-H)(-H)(-*)(-*))
 
35
  atom_test:4
 
36
    disallowed_elements:H
 
37
  end_test
 
38
  atom_test:5
 
39
    disallowed_elements:H
 
40
  end_test
 
41
end_type
 
42
 
 
43
type:co
 
44
  ! sp3 carbon in acetals
 
45
  template:(>C(-O)(-O)(-*)(-*))
 
46
end_type
 
47
 
 
48
type:coh
 
49
  ! sp3 carbon in acetals with hydrogen
 
50
  template:(>C(-O)(-O)(-H)(-*))
 
51
end_type
 
52
 
 
53
type: c1
 
54
  ! sp3 carbon with 1 H 3 heavies
 
55
  template: (>C(-H)(-*)(-*)(-*))
 
56
  atom_test:3
 
57
    disallowed_elements:H
 
58
  end_test
 
59
  atom_test:4
 
60
     disallowed_elements:H
 
61
  end_test
 
62
  atom_test:5
 
63
     disallowed_elements:H
 
64
  end_test
 
65
end_type
 
66
 
 
67
type: c3m
 
68
  ! sp3 carbon in 3-membered ring
 
69
  template: (>C)
 
70
  atom_test:1
 
71
    hybridization:SP3
 
72
    ring:PLANAR(3)
 
73
    aromaticity:NON_AROMATIC
 
74
  end_test
 
75
end_type
 
76
 
 
77
type: c4m
 
78
  ! sp3 carbon in 4-membered ring
 
79
  template: (>C)
 
80
  atom_test:1
 
81
    hybridization:SP3
 
82
    ring:NON_PLANAR(4)
 
83
    aromaticity:NON_AROMATIC
 
84
  end_test
 
85
end_type
 
86
 
 
87
type: c4m
 
88
  ! sp3 carbon in 4-membered ring
 
89
  template: (>C)
 
90
  atom_test:1
 
91
    hybridization:SP3
 
92
    ring:PLANAR(4)
 
93
    aromaticity:NON_AROMATIC
 
94
  end_test
 
95
end_type
 
96
 
 
97
type: c3h
 
98
  ! sp3 carbon in 3-membered ring with hydrogens
 
99
  template: (>C(-H))
 
100
  atom_test:1
 
101
    hybridization:SP3
 
102
    ring:PLANAR(3)
 
103
    aromaticity:NON_AROMATIC
 
104
  end_test
 
105
end_type
 
106
 
 
107
type: c4h
 
108
  ! sp3 carbon in 4-membered ring with hydrogens
 
109
  template: (>C(-H))
 
110
  atom_test:1
 
111
    hybridization:SP3
 
112
    ring:NON_PLANAR(4)
 
113
    aromaticity:NON_AROMATIC
 
114
  end_test
 
115
end_type
 
116
 
 
117
type: c4h
 
118
  ! sp3 carbon in 4-membered ring
 
119
  template: (>C(-H))
 
120
  atom_test:1
 
121
    hybridization:SP3
 
122
    ring:PLANAR(4)
 
123
    aromaticity:NON_AROMATIC
 
124
  end_test
 
125
end_type
 
126
 
 
127
type:c_a
 
128
  !general amino acid alpha carbon (sp3)
 
129
  template: (>C(-N(-*))(-C[~O])(~*)(~*))
 
130
end_type
 
131
 
 
132
type: cg
 
133
  ! sp3 alpha carbon in glycine
 
134
  template: (>C(-H)(-H)(-C[~O])(-N(-H)))
 
135
end_type
 
136
        
 
137
type: c=2
 
138
    ! non aromatic doubly bonded carbon
 
139
    template: (>C(=*))
 
140
    atom_test:1
 
141
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
142
    end_test
 
143
end_type
 
144
 
 
145
type: c=
 
146
    ! non aromatic end doubly bonded carbon
 
147
    template: (>C(=*)(-*)(-N(-*)(-*)))
 
148
    atom_test:1
 
149
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
150
    end_test
 
151
    atom_test:2
 
152
      disallowed_elements:O,S
 
153
    end_test
 
154
    atom_test:3
 
155
      disallowed_elements:N,C
 
156
    end_test
 
157
end_type
 
158
 
 
159
type: c=
 
160
    ! non aromatic end doubly bonded carbon
 
161
    template: (>C(=*)(-N(-*)(-*))(-N(-*)(-*)))
 
162
    atom_test:1
 
163
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
164
    end_test
 
165
    atom_test:2
 
166
      disallowed_elements:O,S
 
167
    end_test
 
168
end_type
 
169
 
 
170
type: c=
 
171
    ! non aromatic end doubly bonded carbon
 
172
    template: (>C(=*)(-N(-*)(-*))(-C(-*)(-*)(-*)))
 
173
    atom_test:1
 
174
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
175
    end_test
 
176
    atom_test:2
 
177
      disallowed_elements:O,S
 
178
    end_test
 
179
end_type
 
180
 
 
181
type: c=
 
182
    ! non aromatic end doubly bonded carbon
 
183
    template: (>C(=*)(-*)(-*))
 
184
    atom_test:1
 
185
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
186
    end_test
 
187
    atom_test:2
 
188
      disallowed_elements:O,S
 
189
    end_test
 
190
    atom_test:3
 
191
      disallowed_elements:N,C
 
192
    end_test
 
193
    atom_test:4
 
194
      disallowed_elements:N,C
 
195
    end_test
 
196
end_type
 
197
 
 
198
type: c=
 
199
    ! non aromatic end doubly bonded carbon
 
200
    template: (>C(=*)(-*)(-C))
 
201
    atom_test:1
 
202
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
203
    end_test
 
204
    atom_test:2
 
205
      disallowed_elements:O,S
 
206
    end_test
 
207
    atom_test:3
 
208
      disallowed_elements:N,C
 
209
    end_test
 
210
    atom_test:4
 
211
      hybridization:SP3
 
212
    end_test
 
213
end_type
 
214
        
 
215
type: c=
 
216
    ! non aromatic end doubly bonded carbon
 
217
    template: (>C(=*)(-C)(-C))
 
218
    atom_test:1
 
219
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
220
    end_test
 
221
    atom_test:2
 
222
      disallowed_elements:O,S
 
223
    end_test
 
224
    atom_test:3
 
225
      hybridization:SP3
 
226
    end_test
 
227
    atom_test:4
 
228
      hybridization:SP3
 
229
    end_test
 
230
end_type
 
231
 
 
232
type: c=1
 
233
    ! non aromatic, next to end doubly bonded carbon
 
234
    template: (>C(=C(-*)(-N(-*)(-*)))(-*))
 
235
    atom_test:1
 
236
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
237
    end_test
 
238
    atom_test:3
 
239
      disallowed_elements:N,C
 
240
    end_test
 
241
end_type
 
242
 
 
243
type: c=1
 
244
    ! non aromatic, next to end doubly bonded carbon
 
245
    template:(>C(=C(-N(-*)(-*))(-N(-*)(-*)))(-*))
 
246
    atom_test:1
 
247
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
248
    end_test
 
249
end_type
 
250
 
 
251
type: c=1
 
252
    ! non aromatic, next to end doubly bonded carbon
 
253
    template:(>C(=C(-N(-*)(-*))(-C(-*)(-*)(-*)))(-*))
 
254
    atom_test:1
 
255
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
256
    end_test
 
257
end_type
 
258
 
 
259
type: c=1
 
260
    ! non aromatic, next to end doubly bonded carbon
 
261
    template:(>C(=C(-*)(-*))(-*))
 
262
    atom_test:1
 
263
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
264
    end_test
 
265
    atom_test:3
 
266
      disallowed_elements:N,C
 
267
    end_test
 
268
    atom_test:4
 
269
      disallowed_elements:N,C
 
270
    end_test
 
271
end_type
 
272
 
 
273
type: c=1
 
274
    ! non aromatic, next to end doubly bonded carbon
 
275
    template:(>C(=C(-C)(-*))(-*))
 
276
    atom_test:1
 
277
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
278
    end_test
 
279
    atom_test:3
 
280
      hybridization:SP3
 
281
    end_test
 
282
    atom_test:4
 
283
      disallowed_elements:N,C
 
284
    end_test
 
285
end_type
 
286
        
 
287
type: c=1
 
288
    ! non aromatic, next to  end doubly bonded carbon
 
289
    template:(>C(=C(-C)(-C))(-*))
 
290
    atom_test:1
 
291
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
292
    end_test
 
293
    atom_test:3
 
294
      hybridization:SP3
 
295
    end_test
 
296
    atom_test:4
 
297
      hybridization:SP3
 
298
    end_test
 
299
end_type
 
300
 
 
301
 
 
302
type: c=1
 
303
    ! non aromatic carbon doubly bonded to an end nitrogen
 
304
    template: (>C[=N(-N(-*)(-*))](-*))
 
305
    atom_test:1
 
306
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
307
    end_test
 
308
end_type
 
309
 
 
310
type: c=1
 
311
    ! non aromatic carbon doubly bonded to an end nitrogen
 
312
    template: (>C[=N(-C(-*)(-*)(-*))](-*))
 
313
    atom_test:1
 
314
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
315
    end_test
 
316
end_type
 
317
 
 
318
type: c=1
 
319
    ! non aromatic carbon doubly bonded to an end nitrogen
 
320
    template: (>C[=N(-*)](-*))
 
321
    atom_test:1
 
322
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
323
    end_test
 
324
    atom_test:3
 
325
      disallowed_elements:N,C
 
326
    end_test
 
327
end_type
 
328
 
 
329
type: c=1
 
330
    ! non aromatic carbon doubly bonded to an end nitrogen
 
331
    template: (>C(=N(-N(-*)(-*))(-N(-*)(-*)))(-*))
 
332
    atom_test:1
 
333
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
334
    end_test
 
335
end_type
 
336
 
 
337
type: c=1
 
338
    ! non aromatic carbon doubly bonded to an end nitrogen
 
339
    template: (>C(=N(-C(-*)(-*)(-*))(-C(-*)(-*)(-*)))(-*))
 
340
    atom_test:1
 
341
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
342
    end_test
 
343
end_type
 
344
 
 
345
type: c=1
 
346
    ! non aromatic carbon doubly bonded to an end nitrogen
 
347
    template: (>C(=N(-C(-*)(-*)(-*))(-N(-*)(-*)))(-*))
 
348
    atom_test:1
 
349
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
350
    end_test
 
351
end_type
 
352
 
 
353
type: c=1
 
354
    ! non aromatic carbon doubly bonded to an end nitrogen
 
355
    template: (>C(=N(-*)(-*))(-*))
 
356
    atom_test:1
 
357
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
358
    end_test
 
359
    atom_test:3
 
360
      disallowed_elements:N,C
 
361
    end_test
 
362
    atom_test:4
 
363
      disallowed_elements:N,C
 
364
    end_test
 
365
end_type
 
366
 
 
367
type: c=1
 
368
    ! non aromatic carbon doubly bonded to an end nitrogen
 
369
    template: (>C(=N(-*)(-N(-*)(-*)))(-*))
 
370
    atom_test:1
 
371
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
372
    end_test
 
373
    atom_test:3
 
374
      disallowed_elements:N,C
 
375
    end_test
 
376
end_type
 
377
 
 
378
type: c=1
 
379
    ! non aromatic carbon doubly bonded to an end nitrogen
 
380
    template: (>C(=N(-*)(-C(-*)(-*)(-*)))(-*))
 
381
    atom_test:1
 
382
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
383
    end_test
 
384
    atom_test:3
 
385
      disallowed_elements:N,C
 
386
    end_test
 
387
end_type
 
388
 
 
389
type:cp
 
390
  ! SP2 aromatic carbon with partial double bond
 
391
  template:(>C)
 
392
  atom_test:1
 
393
    hybridization: SP2
 
394
    aromaticity:AROMATIC
 
395
  end_test
 
396
end_type
 
397
 
 
398
type:cp
 
399
  ! This is used for aromatic carbons that fail the aromaticity test because
 
400
  ! the current ring checker is to lame to figure on a ring with more than
 
401
  ! seven or eight sides. The NON_AROMATIC test is to eliminate the conflict
 
402
  ! with the above 'cp' definition. This can be removed when the ring checker
 
403
  ! is made more robust.
 
404
  template: [>C(-*)(:*)(:*)]
 
405
  atom_test:1
 
406
    hybridization:SP2
 
407
    aromaticity:NON_AROMATIC
 
408
  end_test
 
409
end_type
 
410
 
 
411
type: c5
 
412
  ! Sp2 aromatic carbon in 5-membered ring
 
413
  template:(>C)
 
414
  atom_test:1
 
415
    hybridization:SP2
 
416
    aromaticity:AROMATIC
 
417
    ring:PLANAR(5)
 
418
  end_test
 
419
end_type
 
420
 
 
421
 
 
422
type:ci
 
423
  ! sp2 aromatic carbon in charged imidazole ring (His+)
 
424
  template: (>C(:N(-H)(:C))(:N(-H)(:C)))
 
425
  atom_test:1
 
426
     hybridization:SP2
 
427
     aromaticity:AROMATIC
 
428
     ring:PLANAR(5)
 
429
  end_test
 
430
  atom_test:2
 
431
    hybridization:SP2
 
432
    aromaticity:AROMATIC
 
433
    ring:PLANAR(5)
 
434
  end_test      
 
435
  atom_test:4
 
436
    hybridization: SP2
 
437
      aromaticity:AROMATIC
 
438
      ring:PLANAR(5)
 
439
   end_test
 
440
   atom_test:5
 
441
     hybridization:SP2
 
442
     aromaticity:AROMATIC
 
443
     ring:PLANAR(5)
 
444
   end_test
 
445
   atom_test:6
 
446
     hybridization: SP2
 
447
     aromaticity:AROMATIC
 
448
     ring:PLANAR(5)
 
449
   end_test
 
450
 
 
451
   atom_test:7
 
452
     hybridization: SP2
 
453
     aromaticity:AROMATIC
 
454
     ring:PLANAR(5)
 
455
   end_test
 
456
end_type
 
457
 
 
458
type: ci
 
459
   ! Carbon in charged imidazole ring
 
460
   template:(>C(=N(-C(=C(-N)))(-H)))
 
461
   atom_test:1
 
462
      ring:PLANAR(5)
 
463
   end_test
 
464
   atom_test:2
 
465
      ring:PLANAR(5)
 
466
   end_test
 
467
   atom_test:3
 
468
      ring:PLANAR(5)
 
469
   end_test
 
470
   atom_test:4
 
471
      ring:PLANAR(5)
 
472
   end_test
 
473
   atom_test:5
 
474
      ring:PLANAR(5)
 
475
   end_test
 
476
end_type
 
477
 
 
478
type: ci
 
479
   ! Carbon in charged imidazole ring
 
480
   template:(>C(-N(-C(=N(-H)(-C)))))
 
481
   atom_test:1
 
482
      ring:PLANAR(5)
 
483
   end_test
 
484
   atom_test:2
 
485
      ring:PLANAR(5)
 
486
   end_test
 
487
   atom_test:3
 
488
      ring:PLANAR(5)
 
489
   end_test
 
490
   atom_test:4
 
491
      ring:PLANAR(5)
 
492
   end_test
 
493
   atom_test:6
 
494
      ring:PLANAR(5)
 
495
   end_test
 
496
end_type
 
497
 
 
498
type: ci
 
499
   ! Carbon in charged imidazole ring
 
500
   template:(>C(=C(-N(-C(=N(-C)(-H))))))
 
501
   atom_test:1
 
502
      ring:PLANAR(5)
 
503
   end_test
 
504
   atom_test:2
 
505
      ring:PLANAR(5)
 
506
   end_test
 
507
   atom_test:3
 
508
      ring:PLANAR(5)
 
509
   end_test
 
510
   atom_test:4
 
511
      ring:PLANAR(5)
 
512
   end_test
 
513
   atom_test:5
 
514
      ring:PLANAR(5)
 
515
   end_test
 
516
   atom_test:6
 
517
      ring:PLANAR(5)
 
518
   end_test
 
519
end_type
 
520
 
 
521
 
 
522
 
 
523
 
 
524
type: cs
 
525
  ! SP2 aromatic carbon in 5 membered ring next to S
 
526
  template:(>C(~S))
 
527
  atom_test:1
 
528
    hybridization:SP2
 
529
    aromaticity:AROMATIC
 
530
    ring:PLANAR(5)
 
531
  end_test
 
532
  atom_test:2
 
533
    hybridization:SP2
 
534
    aromaticity:AROMATIC
 
535
    ring:PLANAR(5)
 
536
  end_test      
 
537
end_type
 
538
 
 
539
type: cr
 
540
   ! c in neutral arginine 
 
541
   template: (>C (=N(-*)) (-N(-H)(-H)) (-N(-H)(-H)) )
 
542
end_type
 
543
 
 
544
type: c+
 
545
   ! c in guanidinium group
 
546
   template: (>C (=N(-*)(-*)) (-N(-H)(-H)) (-N(-H)(-H)) )
 
547
end_type
 
548
 
 
549
type: c+
 
550
   ! c in guanidinium group
 
551
   template: (>C (:N(-*)(-*)) (:N(-H)(-H)) (:N(-H)(-H)) )
 
552
end_type
 
553
 
 
554
type: c-
 
555
   ! c in charged carboxylate
 
556
   template: [>C[:O][:O](-*)]
 
557
end_type
 
558
 
 
559
type: c-
 
560
   ! c in charged carboxylate
 
561
   ! How do we indicate that the second O has nothing bonded to it ?
 
562
   ! what makes it not match COOH ?
 
563
   template: [>C[=O][-O](-*)]
 
564
end_type
 
565
 
 
566
type: ct
 
567
   ! sp carbon   involved in a triple bond
 
568
   template: (>C(#*))
 
569
end_type
 
570
 
 
571
type: na
 
572
    ! sp3 nitrogen in amines
 
573
    template: (>N (-*)(-*)(-*))
 
574
    atom_test:1
 
575
      hybridization:SP3
 
576
    end_test
 
577
end_type
 
578
 
 
579
 
 
580
type: n+
 
581
  ! sp3 nitrogen in protonated amines
 
582
  template: (>N(-H)(-*)(-*)(-*))
 
583
  atom_test:1
 
584
    hybridization:SP3
 
585
  end_test
 
586
end_type
 
587
 
 
588
type: n4
 
589
  ! sp3 nitrogen with 4 substituents
 
590
  template: (>N(-*)(-*)(-*)(-*))
 
591
  atom_test:1
 
592
    hybridization:SP3
 
593
  end_test
 
594
  atom_test:2
 
595
    disallowed_elements:H
 
596
  end_test
 
597
  atom_test:3
 
598
    disallowed_elements:H
 
599
  end_test
 
600
  atom_test:4
 
601
    disallowed_elements:H
 
602
  end_test
 
603
  atom_test:5
 
604
    disallowed_elements:H
 
605
  end_test
 
606
end_type
 
607
 
 
608
type: nb
 
609
    ! sp2 nitrogen in aromatic amines
 
610
    template: (>N(~C)(-*)(-*))
 
611
    atom_test: 1
 
612
      hybridization: SP2
 
613
      Aromaticity:NON_AROMATIC
 
614
    end_test
 
615
    atom_test: 2
 
616
      hybridization: SP2
 
617
      Aromaticity: AROMATIC
 
618
    end_test
 
619
end_type
 
620
 
 
621
type: nb
 
622
    ! sp2 nitrogen in aromatic amines
 
623
    template: (>N(~C(:*)(:*))(-*)(-*))
 
624
    atom_test: 1
 
625
      hybridization: SP2
 
626
      Aromaticity:NON_AROMATIC
 
627
    end_test
 
628
    atom_test:2
 
629
      hybridization: SP2
 
630
      Aromaticity:NON_AROMATIC
 
631
    end_test
 
632
end_type
 
633
 
 
634
type: n
 
635
    ! generic sp2 nitrogen (in amids))
 
636
    template: (>N(-*))
 
637
    atom_test: 1
 
638
      hybridization: SP2
 
639
      aromaticity: NON_AROMATIC
 
640
    end_test
 
641
end_type
 
642
 
 
643
type: n3m
 
644
    ! sp3 nitrogen in 3- membered ring
 
645
    template: (>N(-*)(-*)(-*))
 
646
    atom_test: 1
 
647
      hybridization: SP3
 
648
      aromaticity: NON_AROMATIC
 
649
      ring:PLANAR(3)
 
650
    end_test
 
651
end_type
 
652
 
 
653
type: n4m
 
654
    ! sp3 nitrogen in 4- membered ring
 
655
    template: (>N(-*)(-*)(-*))
 
656
    atom_test: 1
 
657
      hybridization: SP3
 
658
      aromaticity: NON_AROMATIC
 
659
      ring:PLANAR(4)
 
660
    end_test
 
661
end_type
 
662
 
 
663
type: n4m
 
664
    ! sp3 nitrogen in 4- membered ring
 
665
    template: (>N(-*)(-*)(-*))
 
666
    atom_test: 1
 
667
      hybridization: SP3
 
668
      aromaticity: NON_AROMATIC
 
669
      ring:NON_PLANAR(4)
 
670
    end_test
 
671
end_type
 
672
 
 
673
type: n3n
 
674
    ! sp2 nitrogen in 3- membered ring
 
675
    template: (>N(~*)(-*)(-*))
 
676
    atom_test: 1
 
677
      hybridization: SP2
 
678
      aromaticity: NON_AROMATIC
 
679
      ring:PLANAR(3)
 
680
    end_test
 
681
end_type
 
682
 
 
683
type: n4n
 
684
    ! sp2 nitrogen in 3- membered ring
 
685
    template: (>N(~*)(-*)(-*))
 
686
    atom_test: 1
 
687
      hybridization: SP2
 
688
      aromaticity: NON_AROMATIC
 
689
      ring:PLANAR(4)
 
690
    end_test
 
691
end_type
 
692
 
 
693
type: n4n
 
694
    ! sp2 itrogen in 4- membered ring
 
695
    template: (>N(~*)(-*)(-*))
 
696
    atom_test: 1
 
697
      hybridization: SP2
 
698
      aromaticity: NON_AROMATIC
 
699
      ring:NON_PLANAR(4)
 
700
    end_test
 
701
end_type
 
702
 
 
703
type: np
 
704
  ! sp2 nitrogen in 5- or 6- membered ring 
 
705
  ! not bonded to hydrogen
 
706
  template: [>N(~*)(~*)]
 
707
  atom_test:1
 
708
    hybridization:SP2
 
709
    aromaticity:AROMATIC
 
710
  end_test
 
711
atom_test:2
 
712
    disallowed_elements:P H
 
713
  end_test
 
714
atom_test:3
 
715
    disallowed_elements:P H
 
716
  end_test
 
717
end_type
 
718
 
 
719
type: np
 
720
  ! sp2 nitrogen in 5- or 6- membered ring 
 
721
  ! not bonded to hydrogen
 
722
  template: [>N(:*)(:*)]
 
723
  atom_test:1
 
724
    hybridization: SP2
 
725
    aromaticity:NON_AROMATIC
 
726
  end_test
 
727
atom_test:2
 
728
    hybridization: SP2
 
729
    aromaticity:NON_AROMATIC
 
730
    disallowed_elements:P H
 
731
  end_test
 
732
atom_test:3
 
733
    hybridization: SP2
 
734
    aromaticity:NON_AROMATIC
 
735
    disallowed_elements:P H
 
736
  end_test
 
737
end_type
 
738
 
 
739
type: npc
 
740
  ! sp2 nitrogen in 5- or 6- membered ring 
 
741
  ! bonded to a heavy atom
 
742
  template: [>N(~*)(~*)(~*)]
 
743
  atom_test:1
 
744
    hybridization:SP2
 
745
    aromaticity:AROMATIC
 
746
  end_test
 
747
atom_test:2
 
748
    disallowed_elements:H
 
749
  end_test
 
750
atom_test:3
 
751
    disallowed_elements:H
 
752
  end_test
 
753
atom_test:4
 
754
    disallowed_elements:H
 
755
  end_test
 
756
end_type
 
757
 
 
758
type: npc
 
759
  ! sp2 nitrogen in 5- or 6- membered ring 
 
760
  ! bonded to a heavy atom
 
761
  template: [>N(:*)(:*)(~*)]
 
762
  atom_test:1
 
763
    hybridization: SP2
 
764
    aromaticity:NON_AROMATIC
 
765
  end_test
 
766
atom_test:2
 
767
    hybridization: SP2
 
768
    aromaticity:NON_AROMATIC
 
769
    disallowed_elements:H
 
770
  end_test
 
771
atom_test:3
 
772
    hybridization: SP2
 
773
    aromaticity:NON_AROMATIC
 
774
    disallowed_elements:H
 
775
  end_test
 
776
atom_test:4
 
777
    disallowed_elements:H
 
778
  end_test
 
779
end_type
 
780
 
 
781
type: nh
 
782
  ! sp2 nitrogen in 5-or 6-  membered ring
 
783
  ! with  hydrogen attached
 
784
  template: (>N(-H))
 
785
  atom_test: 1
 
786
    hybridization: SP2
 
787
    aromaticity: AROMATIC
 
788
   end_test
 
789
end_type
 
790
 
 
791
type: nh+
 
792
  ! protonated  nitrogen in 6- membered ring 
 
793
  ! with  hydrogen attached
 
794
  template: (>N(-H))
 
795
  atom_test: 1
 
796
    hybridization: SP2
 
797
    aromaticity: AROMATIC
 
798
      ring:PLANAR(6)
 
799
   end_test
 
800
end_type
 
801
 
 
802
type: nho
 
803
  ! sp2 nitrogen in 6-  membered ring
 
804
  ! next to a carbonyl group and with a hydrogen
 
805
  ! attached
 
806
  template: (>N(~C[=O])(-H))
 
807
  atom_test: 1
 
808
    hybridization: SP2
 
809
    aromaticity: AROMATIC
 
810
      ring:PLANAR(6)
 
811
   end_test
 
812
end_type
 
813
 
 
814
type: nho
 
815
  ! sp2 nitrogen in 6-  membered ring
 
816
  ! next to a carbonyl group and with a hydrogen
 
817
  ! attached
 
818
  template: (>N(~C[:O])(-H))
 
819
  atom_test: 1
 
820
    hybridization: SP2
 
821
    aromaticity: AROMATIC
 
822
      ring:PLANAR(6)
 
823
   end_test
 
824
end_type
 
825
 
 
826
 
 
827
type: n2
 
828
    !sp2 nitrogen (NH2) in guanidinium group (HN=C(NH2)2)
 
829
    template: (>N(-H)(-H)(-C(=N(-*))(-N(-H)(-H))))
 
830
    atom_test: 1
 
831
        aromaticity: NON_AROMATIC
 
832
        hybridization:SP2
 
833
    end_test
 
834
end_type
 
835
 
 
836
type: n=2
 
837
  ! sp2 nitrogen in neutral arginine (double bond)
 
838
  template: (>N(=*))
 
839
  atom_test: 1
 
840
    hybridization:SP2
 
841
    aromaticity:NON_AROMATIC
 
842
  end_test
 
843
end_type
 
844
 
 
845
type: n=
 
846
    ! non aromatic end double bonded nitrogen
 
847
    template: [>N(=*)(-N(-*)(-*))]
 
848
    atom_test:1
 
849
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
850
    end_test
 
851
    atom_test:2
 
852
      disallowed_elements:O,S
 
853
    end_test
 
854
end_type
 
855
 
 
856
type: n=
 
857
    ! non aromatic end double bonded nitrogen
 
858
    template: [>N(=*)(-C(-*)(-*)(-*))]
 
859
    atom_test:1
 
860
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
861
    end_test
 
862
    atom_test:2
 
863
      disallowed_elements:O,S
 
864
    end_test
 
865
end_type
 
866
 
 
867
type: n=
 
868
    ! non aromatic end double bonded nitrogen
 
869
    template: [>N(=*)(-*)]
 
870
    atom_test:1
 
871
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
872
    end_test
 
873
    atom_test:2
 
874
      disallowed_elements:O,S
 
875
    end_test
 
876
    atom_test:3
 
877
      disallowed_elements:N,C
 
878
    end_test
 
879
end_type
 
880
 
 
881
type: n=
 
882
    ! non aromatic end double bonded nitrogen
 
883
    template: (>N(=*)(-N(-*)(-*))(-N(-*)(-*)))
 
884
    atom_test:1
 
885
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
886
    end_test
 
887
    atom_test:2
 
888
      disallowed_elements:O,S
 
889
    end_test
 
890
end_type
 
891
 
 
892
type: n=
 
893
    ! non aromatic end double bonded nitrogen
 
894
    template: (>N(=*)(-C(-*)(-*)(-*))(-C(-*)(-*)(-*)))
 
895
    atom_test:1
 
896
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
897
    end_test
 
898
    atom_test:2
 
899
      disallowed_elements:O,S
 
900
    end_test
 
901
end_type
 
902
 
 
903
type: n=
 
904
    ! non aromatic end double bonded nitrogen
 
905
    template: (>N(=*)(-C(-*)(-*)(-*))(-N(-*)(-*)))
 
906
    atom_test:1
 
907
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
908
    end_test
 
909
    atom_test:2
 
910
      disallowed_elements:O,S
 
911
    end_test
 
912
end_type
 
913
 
 
914
type: n=
 
915
    ! non aromatic end double bonded nitrogen
 
916
    template: (>N(=*)(-*)(-*))
 
917
    atom_test:1
 
918
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
919
    end_test
 
920
    atom_test:2
 
921
      disallowed_elements:O,S
 
922
    end_test
 
923
    atom_test:3
 
924
      disallowed_elements:N,C
 
925
    end_test
 
926
    atom_test:4
 
927
      disallowed_elements:N,C
 
928
    end_test
 
929
end_type
 
930
 
 
931
type: n=
 
932
    ! non aromatic end double bonded nitrogen
 
933
    template: (>N(=*)(-*)(-N(-*)(-*)))
 
934
    atom_test:1
 
935
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
936
    end_test
 
937
    atom_test:2
 
938
      disallowed_elements:O,S
 
939
    end_test
 
940
    atom_test:3
 
941
      disallowed_elements:N,C
 
942
    end_test
 
943
end_type
 
944
 
 
945
type: n=
 
946
    ! non aromatic end double bonded nitrogen
 
947
    template: (>N(=*)(-*)(-C(-*)(-*)(-*)))
 
948
    atom_test:1
 
949
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
950
    end_test
 
951
    atom_test:2
 
952
      disallowed_elements:O,S
 
953
    end_test
 
954
    atom_test:3
 
955
      disallowed_elements:N,C
 
956
    end_test
 
957
end_type
 
958
 
 
959
type: n=
 
960
    ! phosphazene nitrogen
 
961
    template: [>N(:P)(:P)]
 
962
end_type
 
963
 
 
964
type: n=1
 
965
    ! non aromatic, next to end doubly bonded carbon
 
966
    template: (>N(=C(-*)(-N(-*)(-*))))
 
967
    atom_test:1
 
968
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
969
    end_test
 
970
    atom_test:3
 
971
      disallowed_elements:N,C
 
972
    end_test
 
973
end_type
 
974
 
 
975
type: n=1
 
976
    ! non aromatic, next to end doubly bonded carbon
 
977
    template:(>N(=C(-N(-*)(-*))(-N(-*)(-*))))
 
978
    atom_test:1
 
979
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
980
    end_test
 
981
end_type
 
982
 
 
983
type: n=1
 
984
    ! non aromatic, next to end doubly bonded carbon
 
985
    template:(>N(=C(-N(-*)(-*))(-C(-*)(-*)(-*)))(-*))
 
986
    atom_test:1
 
987
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
988
    end_test
 
989
end_type
 
990
 
 
991
type: n=1
 
992
    ! non aromatic, next to end doubly bonded carbon
 
993
    template:(>N(=C(-*)(-*))(-*))
 
994
    atom_test:1
 
995
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
996
    end_test
 
997
    atom_test:3
 
998
      disallowed_elements:N,C
 
999
    end_test
 
1000
    atom_test:4
 
1001
      disallowed_elements:N,C
 
1002
    end_test
 
1003
end_type
 
1004
 
 
1005
type: n=1
 
1006
    ! non aromatic, next to end doubly bonded carbon
 
1007
    template:(>N(=C(-C)(-*))(-*))
 
1008
    atom_test:1
 
1009
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
1010
    end_test
 
1011
    atom_test:3
 
1012
      hybridization:SP3
 
1013
    end_test
 
1014
    atom_test:4
 
1015
      disallowed_elements:N,C
 
1016
    end_test
 
1017
end_type
 
1018
        
 
1019
type: n=1
 
1020
    ! non aromatic, next to  end doubly bonded carbon
 
1021
    template:(>N(=C(-C)(-C))(-*))
 
1022
    atom_test:1
 
1023
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
1024
    end_test
 
1025
    atom_test:3
 
1026
      hybridization:SP3
 
1027
    end_test
 
1028
    atom_test:4
 
1029
      hybridization:SP3
 
1030
    end_test
 
1031
end_type
 
1032
 
 
1033
 
 
1034
type: n=1
 
1035
    ! non aromatic nitrogen doubly bonded to an end nitrogen
 
1036
    template: (>N(=N(-N(-*)(-*)))(-*))
 
1037
    atom_test:1
 
1038
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
1039
    end_test
 
1040
end_type
 
1041
 
 
1042
type: n=1
 
1043
    ! non aromatic nitrogen doubly bonded to an end nitrogen
 
1044
    template: (>N(=N(-C(-*)(-*)(-*)))(-*))
 
1045
    atom_test:1
 
1046
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
1047
    end_test
 
1048
end_type
 
1049
 
 
1050
type: n=1
 
1051
    ! non aromatic nitrogen doubly bonded to an end nitrogen
 
1052
    template: (>N(=N(-*))(-*))
 
1053
    atom_test:1
 
1054
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
1055
    end_test
 
1056
    atom_test:3
 
1057
      disallowed_elements:N,C
 
1058
    end_test
 
1059
end_type
 
1060
 
 
1061
type: n1
 
1062
    !sp2 nitrogen in charged arginine
 
1063
    template: (>N(-*)(-*)(=C(-N(-H)(-H))(-N(-H)(-H))))
 
1064
    atom_test:1
 
1065
        hybridization:SP2
 
1066
        aromaticity:NON_AROMATIC
 
1067
    end_test
 
1068
end_type
 
1069
 
 
1070
 
 
1071
type: ni
 
1072
   ! Nitrogen in charged imidazole ring
 
1073
   template:(>N(-H)(:C)(:C(:N(-H))))
 
1074
   atom_test:1
 
1075
      ring:PLANAR(5)
 
1076
   end_test
 
1077
   atom_test:3
 
1078
      ring:PLANAR(5)
 
1079
   end_test
 
1080
   atom_test:4
 
1081
      ring:PLANAR(5)
 
1082
   end_test
 
1083
   atom_test:5
 
1084
      ring:PLANAR(5)
 
1085
   end_test
 
1086
end_type
 
1087
 
 
1088
type: ni
 
1089
   ! Nitrogen in charged imidazole ring
 
1090
   template:[>N(=C(-N(-C(=C))))(-H)(-C)]
 
1091
   atom_test:1
 
1092
      ring:PLANAR(5)
 
1093
   end_test
 
1094
   atom_test:2
 
1095
      ring:PLANAR(5)
 
1096
   end_test
 
1097
   atom_test:3
 
1098
      ring:PLANAR(5)
 
1099
   end_test
 
1100
   atom_test:4
 
1101
      ring:PLANAR(5)
 
1102
   end_test
 
1103
   atom_test:5
 
1104
      ring:PLANAR(5)
 
1105
   end_test
 
1106
   atom_test:7
 
1107
      ring:PLANAR(5)
 
1108
   end_test
 
1109
end_type
 
1110
 
 
1111
 
 
1112
type: ni
 
1113
   ! Nitrogen in charged imidazole ring
 
1114
   template:(>N(-C(=C(-N(=C)(-H))))(-C)(-*))
 
1115
   atom_test:1
 
1116
      ring:PLANAR(5)
 
1117
   end_test
 
1118
   atom_test:2
 
1119
      ring:PLANAR(5)
 
1120
   end_test
 
1121
   atom_test:3
 
1122
      ring:PLANAR(5)
 
1123
   end_test
 
1124
   atom_test:4
 
1125
      ring:PLANAR(5)
 
1126
   end_test
 
1127
   atom_test:5
 
1128
      ring:PLANAR(5)
 
1129
   end_test
 
1130
   atom_test:7
 
1131
      ring:PLANAR(5)
 
1132
   end_test
 
1133
end_type
 
1134
 
 
1135
type:nt
 
1136
  ! sp nitrogen involved in a triple bond
 
1137
   template:(>N(#*))
 
1138
end_type
 
1139
 
 
1140
type:nz
 
1141
  ! sp nitrogen in N2
 
1142
   template:[>N[#N]]
 
1143
end_type
 
1144
 
 
1145
type:o
 
1146
   ! generic SP3 oxygen  in alcohol, ether,or  acid group
 
1147
   template (>O)
 
1148
   atom_test:1
 
1149
   end_test
 
1150
end_type
 
1151
 
 
1152
type oh
 
1153
   ! oxygen bonded to hydrogen
 
1154
   template: (>O(-H)(-*))
 
1155
end_type
 
1156
 
 
1157
type:oc
 
1158
   !  SP3 oxygen  in ether or acetals
 
1159
   template (>O(-C)(-C))
 
1160
   atom_test:1
 
1161
    aromaticity:NON_AROMATIC
 
1162
   end_test
 
1163
end_type
 
1164
 
 
1165
type:oe
 
1166
   !  SP3 oxygen  in ester 
 
1167
   template (>O(-C(=O))(-C))
 
1168
   atom_test:1
 
1169
    aromaticity:NON_AROMATIC
 
1170
   end_test
 
1171
end_type
 
1172
 
 
1173
type:oe
 
1174
   !  SP3 oxygen  in ester 
 
1175
   template (>O(:C[:O])(-C))
 
1176
   atom_test:1
 
1177
    aromaticity:NON_AROMATIC
 
1178
   end_test
 
1179
end_type
 
1180
 
 
1181
type:o3e
 
1182
   !  SP3 oxygen  in three membered ring
 
1183
   template (>O(-C)(-C))
 
1184
   atom_test:1
 
1185
     ring:PLANAR(3)
 
1186
     aromaticity:NON_AROMATIC
 
1187
   end_test
 
1188
end_type
 
1189
 
 
1190
type:o4e
 
1191
   ! SP3 oxygen  in non-planar four  membered ring
 
1192
   template (>O(-C)(-C))
 
1193
   atom_test:1
 
1194
     ring:NON_PLANAR(4)
 
1195
     aromaticity:NON_AROMATIC
 
1196
   end_test
 
1197
end_type
 
1198
 
 
1199
type:o4e
 
1200
   ! SP3 oxygen  in planar four memberedd ring
 
1201
   template (>O(-C)(-C))
 
1202
   atom_test:1
 
1203
     ring:PLANAR(4)
 
1204
     aromaticity:NON_AROMATIC
 
1205
   end_test
 
1206
end_type
 
1207
 
 
1208
type: o=
 
1209
   ! oxygen double bonded to O, N,C,S,P 
 
1210
   template: (>O(=*))
 
1211
   atom_test:2
 
1212
      allowed_elements: O,N,C,S,P
 
1213
   end_test
 
1214
end_type
 
1215
 
 
1216
type: o-
 
1217
   ! partial double oxygen bonded to something then bonded to 
 
1218
   ! another  partial double oxygen
 
1219
   template: [>O(:*[:O])]
 
1220
   atom_test:2
 
1221
      allowed_elements: C,P
 
1222
   end_test
 
1223
end_type
 
1224
 
 
1225
type: o-
 
1226
   ! double bonded oxygen in charged carboxylate COO-
 
1227
   ! or charged phosphate POO-
 
1228
   template: [>O(=*[-O])]
 
1229
   atom_test:2
 
1230
      allowed_elements: C,P
 
1231
   end_test
 
1232
end_type
 
1233
 
 
1234
type: o-
 
1235
   ! single bonded oxygen in charged carboxylate COO-
 
1236
   ! or charged phosphate POO-
 
1237
   template: [>O[-*[=O]]]
 
1238
   atom_test:2
 
1239
      allowed_elements: C,P
 
1240
   end_test
 
1241
end_type
 
1242
 
 
1243
type: op
 
1244
   ! SP2 aromatic in 5 membered ring
 
1245
   template:(>O)
 
1246
   atom_test:1
 
1247
    hybridization: SP2
 
1248
    aromaticity:AROMATIC
 
1249
    ring:PLANAR(5)
 
1250
  end_test
 
1251
end_type
 
1252
 
 
1253
type: op
 
1254
   ! SP2 aromatic in 5 membered ring
 
1255
   template:(>O(:*)(:*))
 
1256
   atom_test:1
 
1257
    hybridization:SP2
 
1258
    aromaticity:NON_AROMATIC
 
1259
    ring:PLANAR(5)
 
1260
  end_test
 
1261
end_type
 
1262
 
 
1263
type: o*
 
1264
    !oxygen in water
 
1265
    template (>O(-H)(-H))
 
1266
end_type
 
1267
 
 
1268
type:h
 
1269
  ! generic hydrogen 
 
1270
  template: (>H (-*) )
 
1271
  atom_test:2
 
1272
    allowed_elements:C,Si,H
 
1273
  end_test
 
1274
end_type
 
1275
 
 
1276
type:hc
 
1277
  ! hydrogen bonded to carbon
 
1278
  template: (>H (-C) )
 
1279
end_type
 
1280
 
 
1281
type:hs
 
1282
  ! hydrogen bonded to sulfur
 
1283
  template: (>H (-S) )
 
1284
end_type
 
1285
 
 
1286
type:hsi
 
1287
  ! hydrogen bonded to silicon
 
1288
  template: (>H (-Si) )
 
1289
end_type
 
1290
 
 
1291
type:hp
 
1292
  ! hydrogen bonded to phosphorus
 
1293
  template: (>H (-P) )
 
1294
end_type
 
1295
 
 
1296
type:h*
 
1297
  ! hydrogen bonded to fluorine, nitrogen, Oxygen
 
1298
  template: (>H(-*))
 
1299
  atom_test:2
 
1300
    allowed_elements:O,N,F
 
1301
  end_test
 
1302
end_type
 
1303
 
 
1304
type:ho
 
1305
  ! hydrogen bonded to oxygen
 
1306
  template: (>H(-O))
 
1307
end_type
 
1308
 
 
1309
type: hi
 
1310
   ! Hydrogen in charged imidazole ring
 
1311
   template:(>H(-N(:C)(:C(:N(-*)))))
 
1312
   atom_test:2
 
1313
      ring:PLANAR(5)
 
1314
   end_test
 
1315
   atom_test:3
 
1316
      ring:PLANAR(5)
 
1317
   end_test
 
1318
   atom_test:4
 
1319
      ring:PLANAR(5)
 
1320
   end_test
 
1321
   atom_test:5
 
1322
      ring:PLANAR(5)
 
1323
   end_test
 
1324
end_type
 
1325
 
 
1326
type: hi
 
1327
   ! Hydrogen in charged imidazole ring
 
1328
   template:(>H(-N(=C(-N(-H)(-C(=C))))(-C)))
 
1329
   atom_test:2
 
1330
      ring:PLANAR(5)
 
1331
   end_test
 
1332
   atom_test:3
 
1333
      ring:PLANAR(5)
 
1334
   end_test
 
1335
   atom_test:4
 
1336
      ring:PLANAR(5)
 
1337
   end_test
 
1338
   atom_test:6
 
1339
      ring:PLANAR(5)
 
1340
   end_test
 
1341
   atom_test:7
 
1342
      ring:PLANAR(5)
 
1343
   end_test
 
1344
   atom_test:8
 
1345
      ring:PLANAR(5)
 
1346
   end_test
 
1347
end_type
 
1348
 
 
1349
type: hi
 
1350
   ! Hydrogen in charged imidazole ring
 
1351
   template:(>H(-N(-C(=C(-N(=C)(-H))))(-C)))
 
1352
   atom_test:2
 
1353
      ring:PLANAR(5)
 
1354
   end_test
 
1355
   atom_test:3
 
1356
      ring:PLANAR(5)
 
1357
   end_test
 
1358
   atom_test:4
 
1359
      ring:PLANAR(5)
 
1360
   end_test
 
1361
   atom_test:5
 
1362
      ring:PLANAR(5)
 
1363
   end_test
 
1364
   atom_test:6
 
1365
      ring:PLANAR(5)
 
1366
   end_test
 
1367
   atom_test:8
 
1368
      ring:PLANAR(5)
 
1369
   end_test
 
1370
end_type
 
1371
 
 
1372
type:hw
 
1373
  ! hydrogen in water
 
1374
  template: (>H(-O(-H)))
 
1375
end_type
 
1376
 
 
1377
 
 
1378
type:hn
 
1379
  ! hydrogen bonded to nitrogen
 
1380
  template: (>H (-N) )
 
1381
end_type
 
1382
 
 
1383
type:h+
 
1384
  ! charged hydrogen in cations
 
1385
  template: (>H (-N(-*)(-*)(-*)) )
 
1386
end_type
 
1387
 
 
1388
type:dw
 
1389
  ! deuterium in heivy water
 
1390
  template: (>D(-O(-D)))
 
1391
end_type
 
1392
 
 
1393
 
 
1394
type:s
 
1395
    ! sp3 sulfur
 
1396
    template: (>S)
 
1397
end_type
 
1398
 
 
1399
type:sc
 
1400
  ! sp3 sulfur in methionines (C-S-C) group
 
1401
  template: (>S(-C)(-C))
 
1402
end_type
 
1403
 
 
1404
type:s3e
 
1405
   ! sulfur  in three membered ring
 
1406
   template (>S(-C)(-C))
 
1407
   atom_test:1
 
1408
     ring:PLANAR(3)
 
1409
     aromaticity:NON_AROMATIC
 
1410
   end_test
 
1411
end_type
 
1412
 
 
1413
type:s4e
 
1414
   ! sulfur  in four  membered ring
 
1415
   template (>S(-C)(-C))
 
1416
   atom_test:1
 
1417
     ring:PLANAR(4)
 
1418
     aromaticity:NON_AROMATIC
 
1419
   end_test
 
1420
end_type
 
1421
 
 
1422
type:s4e
 
1423
   ! sulfur  in three membered ring
 
1424
   template (>S(-C)(-C))
 
1425
   atom_test:1
 
1426
     ring:NON_PLANAR(4)
 
1427
     aromaticity:NON_AROMATIC
 
1428
   end_test
 
1429
end_type
 
1430
 
 
1431
type:s1
 
1432
  ! sp3 sulfur involved in (S-S) group of disulfides
 
1433
  template: (>S(-S))
 
1434
end_type
 
1435
 
 
1436
type:sh
 
1437
  ! sp3 sulfur in sulfhydryl (-SH) group (e.g. cysteine)
 
1438
  template: (>S(-H)(-*))
 
1439
  atom_test:3
 
1440
    disallowed_elements:S
 
1441
  end_test
 
1442
end_type
 
1443
   
 
1444
type: sp
 
1445
    ! sulfur in an aromatic ring (e.g. thiophene)
 
1446
    template: (>S)
 
1447
    atom_test:1
 
1448
      aromaticity: AROMATIC
 
1449
      hybridization:SP2
 
1450
      ring: PLANAR(5)
 
1451
    end_test
 
1452
end_type
 
1453
 
 
1454
type: sp
 
1455
    ! sulfur in an aromatic ring (e.g. thiophene)
 
1456
    template: (>S(:*)(:*))
 
1457
    atom_test:1
 
1458
      hybridization:SP2
 
1459
      aromaticity:NON_AROMATIC
 
1460
      ring: PLANAR(5)
 
1461
    end_test
 
1462
end_type
 
1463
 
 
1464
type: s'
 
1465
   ! S in thioketone group
 
1466
   template: (>S(=*))
 
1467
   atom_test:2
 
1468
      allowed_elements: C,P,N,O
 
1469
   end_test
 
1470
end_type
 
1471
 
 
1472
type: sf
 
1473
   ! S in sulfonate group
 
1474
   template: (>S(=O)(=O)(-*)(-*))
 
1475
    atom_test:1
 
1476
      hybridization:SP3
 
1477
      aromaticity:NON_AROMATIC
 
1478
    end_test
 
1479
  atom_test:4
 
1480
    disallowed_elements:S
 
1481
  end_test
 
1482
  atom_test:5
 
1483
    disallowed_elements:S
 
1484
  end_test
 
1485
end_type
 
1486
 
 
1487
type: s-
 
1488
   ! partial double sulfur bonded to something then bonded to 
 
1489
   ! another  partial double oxygen or sulfur
 
1490
   template: [>S(:*[:*])]
 
1491
   atom_test:2
 
1492
      allowed_elements: C,P
 
1493
   end_test
 
1494
   atom_test:3
 
1495
     allowed_elements: O,S
 
1496
   end_test
 
1497
end_type
 
1498
 
 
1499
type: s-
 
1500
   ! double bonded sulfur in charged phosphate PSS- or PSO-
 
1501
   template: [>S(=*[-*])]
 
1502
   atom_test:2
 
1503
      allowed_elements: C,P
 
1504
   end_test
 
1505
   atom_test:3
 
1506
     allowed_elements: O,S
 
1507
   end_test
 
1508
end_type
 
1509
 
 
1510
type: s-
 
1511
   ! single bonded sulfur in charged phosfur  PSS- or PSO-
 
1512
   template: [>S[-*[=*]]]
 
1513
   atom_test:2
 
1514
      allowed_elements: C,P
 
1515
   end_test
 
1516
   atom_test:3
 
1517
     allowed_elements: O,S
 
1518
   end_test
 
1519
end_type
 
1520
 
 
1521
 
 
1522
type: ca+
 
1523
  ! calcium ion
 
1524
  template: [>Ca]
 
1525
end_type
 
1526
 
 
1527
type: f
 
1528
  !fluorine  atom
 
1529
  template: (>F (-*))
 
1530
end_type
 
1531
 
 
1532
type: cl
 
1533
  !chlorine atom 
 
1534
  template: (>Cl (-*))
 
1535
end_type
 
1536
 
 
1537
type: Cl
 
1538
  !chlorine ion
 
1539
  template: [>Cl]
 
1540
end_type
 
1541
 
 
1542
type: br
 
1543
  !bromine atom 
 
1544
  template: (>Br (-*))
 
1545
end_type
 
1546
 
 
1547
type: Br
 
1548
  !bromine ion
 
1549
  template: [>Br]
 
1550
end_type
 
1551
 
 
1552
type: i
 
1553
  !iodine atom
 
1554
  template: (>I (-*))
 
1555
end_type
 
1556
 
 
1557
type: p
 
1558
   ! General phosphorous atom
 
1559
   template: (>P)
 
1560
end_type
 
1561
 
 
1562
type: p=
 
1563
   ! phopsphorous with double bond
 
1564
   template: [>P (=*) (-*) (-*) (-*)]
 
1565
   atom_test: 2
 
1566
     allowed_elements: O,S,N
 
1567
   end_test
 
1568
end_type
 
1569
 
 
1570
type: p=
 
1571
   ! phopsphorous with double bond
 
1572
   template: [>P (:N) (:N) (-*) (-*)]
 
1573
end_type
 
1574
 
 
1575
type: si
 
1576
  !silicon atom
 
1577
  template: (>Si)
 
1578
end_type
 
1579
 
 
1580
!
 
1581
! THE FOLLOWING DEFINITIONS ARE TAKEN FROM PFF
 
1582
!
 
1583
 
 
1584
type: o_1
 
1585
   ! carbonyl oxygen
 
1586
   template: (>O (=C(~*)(~*)) )
 
1587
end_type
 
1588
 
 
1589
type: oo 
 
1590
   ! carbonyl oxygen of carbonates
 
1591
   template: (>O (=C(-O)(-O)) )
 
1592
end_type
 
1593
 
 
1594
type: o_2 
 
1595
   ! ester oxygen 
 
1596
   template: (>O (-C (=O)) (-*))
 
1597
   atom_test: 4
 
1598
       allowed_elements: C, H
 
1599
   end_test
 
1600
end_type
 
1601
 
 
1602
type: oz 
 
1603
   ! ester oxygen in carbonate
 
1604
   template: (>O (-C (=O)(-O)) (-*))
 
1605
   atom_test: 5
 
1606
       allowed_elements: C, H
 
1607
   end_test
 
1608
end_type
 
1609
 
 
1610
type:c_0
 
1611
    ! aldehydes and ketones carbonyl carbon
 
1612
    template: (>C (=O) (-*) (-*))
 
1613
    atom_test:1
 
1614
        hybridization:sp2
 
1615
    end_test
 
1616
    atom_test:2
 
1617
      allowed_elements: O,S
 
1618
    end_test
 
1619
    atom_test:3
 
1620
        allowed_elements: C, H 
 
1621
    end_test
 
1622
    atom_test:4
 
1623
        allowed_elements: C, H
 
1624
    end_test
 
1625
end_type
 
1626
 
 
1627
type:c_1
 
1628
    ! amide, acid and ester carbonyl carbon
 
1629
    template: (>C (=O) (~*) (~*))
 
1630
    atom_test:1
 
1631
        hybridization:sp2
 
1632
    end_test
 
1633
    atom_test:2
 
1634
      allowed_elements: O,S
 
1635
    end_test
 
1636
    atom_test:3
 
1637
        allowed_elements: C, H
 
1638
    end_test
 
1639
    atom_test:4
 
1640
        allowed_elements: O, N
 
1641
    end_test
 
1642
end_type
 
1643
 
 
1644
type:c_2
 
1645
    ! carbamate, urea carbonyl carbon
 
1646
    template: (>C (=O) (~*) (~*))
 
1647
    atom_test:1
 
1648
        hybridization:sp2
 
1649
    end_test
 
1650
    atom_test:3
 
1651
        allowed_elements: N
 
1652
    end_test
 
1653
    atom_test:4
 
1654
        allowed_elements: O, N
 
1655
    end_test
 
1656
end_type
 
1657
 
 
1658
type:cz 
 
1659
    ! carbonate carbonyl carbon
 
1660
    template: (>C (=O) (-O) (-O))
 
1661
    atom_test:1
 
1662
        hybridization:sp2
 
1663
    end_test
 
1664
end_type
 
1665
 
 
1666
type: n_2
 
1667
   ! nitrogen in carbamate
 
1668
   template: (>N (~C(=O)) (-H) (~*))
 
1669
   atom_test: 1
 
1670
     aromaticity:NON_AROMATIC
 
1671
   end_test
 
1672
   atom_test: 5
 
1673
       allowed_elements: C, H
 
1674
   end_test
 
1675
end_type
 
1676
 
 
1677
type:hn2
 
1678
  ! hydrogen bonded to nitrogen
 
1679
  template: (>H (-N (~C(=O)(-*)) (~*)))
 
1680
  atom_test: 2
 
1681
     aromaticity:NON_AROMATIC
 
1682
  end_test
 
1683
  atom_test: 5
 
1684
      allowed_elements: O, N, C, H
 
1685
  end_test
 
1686
  atom_test: 6
 
1687
      allowed_elements: C, H
 
1688
  end_test
 
1689
end_type
 
1690
 
 
1691
type:ho2
 
1692
  ! hydroxyl hydrogen
 
1693
  template: (>H (-O (-C(=O)) ) )
 
1694
end_type
 
1695
 
 
1696
type: osi
 
1697
   ! oxygen in siloxane
 
1698
   template: (>O (-Si) (-*) )
 
1699
   atom_test: 3
 
1700
       allowed_elements: Si, H 
 
1701
   end_test
 
1702
end_type
 
1703
 
 
1704
type: sio
 
1705
   ! siloxane silicon
 
1706
   template: (>SI (-O) (-*) (-*) (-*) )
 
1707
   atom_test: 3
 
1708
       allowed_elements: O, C, H
 
1709
   end_test
 
1710
   atom_test: 4
 
1711
       allowed_elements: O, C, H
 
1712
   end_test
 
1713
   atom_test: 5
 
1714
       allowed_elements: O, C, H
 
1715
   end_test
 
1716
end_type
 
1717
 
 
1718
type: he
 
1719
  ! Helium    
 
1720
  template: (>He)
 
1721
end_type
 
1722
 
 
1723
type: ne
 
1724
  ! Neon atom
 
1725
  template: (>Ne)
 
1726
end_type
 
1727
 
 
1728
type: ar
 
1729
  ! Argon atom
 
1730
  template: (>Ar)
 
1731
end_type
 
1732
 
 
1733
type: kr
 
1734
  ! Krypton atom
 
1735
  template: (>Kr)
 
1736
end_type
 
1737
 
 
1738
type: xe
 
1739
  ! Xenon atom
 
1740
  template: (>Xe)
 
1741
end_type
 
1742
 
 
1743
type: sz
 
1744
  ! silicon atom in zeolites (SiO4 tetrahedron)
 
1745
  template: (>Si(-O)(-O)(-O)(-O))
 
1746
end_type
 
1747
 
 
1748
type: az
 
1749
  ! aluminium atom in zeolites (AlO4 tetrahedron)
 
1750
  template: (>Al(-O)(-O)(-O)(-O))
 
1751
end_type
 
1752
 
 
1753
type:ob
 
1754
  ! oxygen in a Al-(OH)-Si bridge
 
1755
  template: [>O(-Al)(-Si)(-H)]
 
1756
end_type
 
1757
 
 
1758
type:oas
 
1759
  ! oxygen in an Al-O-Si bridge
 
1760
  template: [>O(-Al)(-Si)]
 
1761
end_type
 
1762
 
 
1763
type:oss
 
1764
  ! oxygen in a Si-O-Si bridge
 
1765
  template: [>O(-Si(-O)(-O)(-O))(-Si(-O)(-O)(-O))]
 
1766
end_type
 
1767
 
 
1768
type:osh
 
1769
  ! oxygen in silanol groups
 
1770
  template: [>O(-Si(-O)(-O)(-O))(-H)]
 
1771
end_type
 
1772
 
 
1773
type:oah
 
1774
  ! oxygen in AlOH groups
 
1775
  template: [>O(-Al)(-H)]
 
1776
end_type
 
1777
 
 
1778
type:hos
 
1779
  ! hydrogen in silanol groups
 
1780
  template: (>H [-O(-Si(-O)(-O)(-O))] )
 
1781
end_type
 
1782
 
 
1783
type:hoa
 
1784
  ! hydrogen in AlOH groups
 
1785
  template: (>H [-O(-Al)] )
 
1786
end_type
 
1787
 
 
1788
type:hb
 
1789
  ! hydrogen in bridging OH groups
 
1790
  template: (>H [-O(-Al)(-Si)] )
 
1791
end_type
 
1792
 
 
1793
type: Al
 
1794
  ! Aluminium Metal
 
1795
  template: (>Al)
 
1796
end_type
 
1797
 
 
1798
type: Na
 
1799
  ! Sodium Metal
 
1800
  template: (>Na)
 
1801
end_type
 
1802
 
 
1803
type: Pt
 
1804
  ! Platinum Metal
 
1805
  template: (>Pt)
 
1806
end_type
 
1807
 
 
1808
type: Pd
 
1809
  ! Palladium Metal
 
1810
  template: (>Pd)
 
1811
end_type
 
1812
 
 
1813
type: Au
 
1814
  ! Gold Metal
 
1815
  template: (>Au)
 
1816
end_type
 
1817
 
 
1818
type: Ag
 
1819
  ! Silver Metal
 
1820
  template: (>Ag)
 
1821
end_type
 
1822
 
 
1823
type: Sn
 
1824
  ! Tin Metal
 
1825
  template: (>Sn)
 
1826
end_type
 
1827
 
 
1828
type: K 
 
1829
  ! Potassium Metal
 
1830
  template: (>K)
 
1831
end_type
 
1832
 
 
1833
type: Li
 
1834
  ! Lithium Metal
 
1835
  template: (>Li)
 
1836
end_type
 
1837
 
 
1838
type: Mo
 
1839
  ! Molybdenum Metal
 
1840
  template: (>Mo)
 
1841
end_type
 
1842
 
 
1843
type: Fe
 
1844
  ! Iron Metal
 
1845
  template: (>Fe)
 
1846
end_type
 
1847
 
 
1848
type: W
 
1849
  ! Tungsten Metal
 
1850
  template: (>W)
 
1851
end_type
 
1852
 
 
1853
type: Ni
 
1854
  ! Nickel Metal
 
1855
  template: (>Ni)
 
1856
end_type
 
1857
 
 
1858
type: Cr
 
1859
  ! Chromium Metal
 
1860
  template: (>Cr)
 
1861
end_type
 
1862
 
 
1863
type: Cu
 
1864
  ! Copper Metal
 
1865
  template: (>Cu)
 
1866
end_type
 
1867
 
 
1868
type: Pb
 
1869
  ! Lead Metal
 
1870
  template: (>Pb)
 
1871
end_type
 
1872
 
 
1873
 
 
1874
precedence:
 
1875
(?
 
1876
  (h(hsi)(hc)) 
 
1877
  (hs)
 
1878
  (hp)
 
1879
  (h*(ho(hw)(ho2)(hos)(hoa)(hb))(hn(hn2)(h+(hi))(hi))) 
 
1880
  (cp(c5(ci(c_0)(c_1)(c_2)(cz))(c_0)(c_1)(c_2)(cz)(cs(c_0)(c_1)(c_2)(cz)))(c_0)(c_1)(c_2)(cz)(c-))
 
1881
  (c=2(ci(c_0)(c_1)(c_2)(cz))(c_0)(c_1)(c_2)(cz)(c-) (cr(c+))) (cr(c+)) (c+)
 
1882
  (c=2(c=1(c=(cr(c+))))(c=(cr(c+)))(cr(c+)))
 
1883
  (c_0)(c_1)(c_2)(cz)(c-)(ct)(ci)
 
1884
  (c(c1(c_a(c3m(c3h))(c4m(c3m)(c4h(c3h))))(co(coh))(c3m(c3h))(c4m(c3m)(c4h(c3h)))))
 
1885
  (c(c2(c_a(cg(c3m(c3h))(c4m(c3m)(c4h(c3h)))))(co(coh))(c3m(c3h))(c4m(c3m)(c4h(c3h)))))
 
1886
  (c(c3)(c_a(c3m(c3h))(c4m(c3m)(c4h(c3h))))(co(coh))(c3m(c3h))(c4m(c3m)(c4h(c3h)))) 
 
1887
  (o(osi(oss)(osi(osh)))(oas)(oh(o_2(oz))(o*)(osi(ob))(osi(oss)(osh(osi)))(oas)(oah))(oc(oe(o_2(oz)))(o3e)(o4e))(oe(o_2(oz)))(o3e)(o4e)(op)(o=(o-)(o_1(oo)))(o-))(o3e)(o4e)(op)(o=(o-))(o-)(oh(o_2(oz))) 
 
1888
  (na(n+)(n4)(n3m)(n4m)) (n(n3n)(n4n)(nb(n_2)(n3n)(n4n))) (nb(n_2)(n3n)(n4n))
 
1889
  (np) (nh(ni)(nh+(nho))) (n2) (ni) (nt(nz)) (na(npc)) (npc) (n(npc))
 
1890
  (n(np(ni))(nh(ni)(nh+(nho)))(ni)(n2)(nb(n_2)(np(ni))(nh(ni)(nh+(nho)))(ni)))
 
1891
  (n=2(n=1(n=(n1)))(n=(n1))(n1))(n1)
 
1892
  (n(n_2)(n=2(n=1(n=(n1)))(n=(n1)))(n1))(n1)
 
1893
  (n=)
 
1894
  (s(sc(s'(sf))(sp)(s3e)(s4e)(sh(s'(sf))(s3e)(s4e))(s1(s3e)(s4e)))(sh(s'(sf))(s3e)(s4e))(s1(s3e)(s4e))(s'(sf))(sp))
 
1895
  (p(p=))
 
1896
  (si(sio(sz)))
 
1897
  (ca+)
 
1898
  (f)
 
1899
  (cl)(Cl)
 
1900
  (br)(Br)
 
1901
  (i)
 
1902
  (he)
 
1903
  (ne)
 
1904
  (ar)
 
1905
  (kr)
 
1906
  (xe)
 
1907
  (lp)
 
1908
  (dw)
 
1909
  (Al(az))
 
1910
  (Na)
 
1911
  (Pt)
 
1912
  (Pd)
 
1913
  (Au)
 
1914
  (Ag)
 
1915
  (Sn)
 
1916
  (K)
 
1917
  (Li)
 
1918
  (Mo)
 
1919
  (Fe)
 
1920
  (W)
 
1921
  (Ni)
 
1922
  (Cr)
 
1923
  (Cu)
 
1924
  (Pb)
 
1925
)
 
1926
end_precedence
 
1927