← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to examples/USER/atc/two_temperature/gaussianIC_ttm.screen

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2013-11-20 22:41:36 UTC
  • mfrom: (1.2.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131120224136-tzx7leh606fqnckm
Tags: 0~20131119.git7162cf0-1
* [e65b919] Imported Upstream version 0~20131119.git7162cf0
* [f7bddd4] Fix some problems, introduced by upstream recently.
* [3616dfc] Use wrap-and-sort script.
* [7e92030] Ignore quilt dir

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
examples/USER/atc/two_temperature/gaussianIC_ttm.screen
 
1
LAMMPS (30 Aug 2013)
 
2
units    real
 
3
atom_style  atomic
 
4
 
 
5
# create domain
 
6
#lattice  type reduced density rho* = 4*(sigma/a)^3,
 
7
#   where N = 4 for fcc,
 
8
#         s = 3.405 A (Wagner)
 
9
#         a = 5.25 A (Ashcroft & Mermin, p. 70)
 
10
# to create restart :
 
11
# write_restart temp.bin
 
12
# then : restart2data temp.bin temp.init
 
13
#if {restart}
 
14
boundary        f p p
 
15
pair_style      lj/cut 13.5
 
16
read_data       temp.init
 
17
Reading data file ...
 
18
  orthogonal box = (-64.86 -16.215 -16.215) to (64.86 16.215 16.215)
 
19
  4 by 1 by 1 MPI processor grid
 
20
  3456 atoms
 
21
  3456 velocities
 
22
#endif
 
23
 
 
24
lattice         fcc 5.405 origin 0.25 0.25 0.25
 
25
Lattice spacing in x,y,z = 5.405 5.405 5.405
 
26
region     feRegion   block -10 10 -3 3 -3 3
 
27
region     mdRegion   block -12 12 -3 3 -3 3
 
28
region     mdInternal block -10 10 -3 3 -3 3
 
29
 
 
30
 
 
31
# create atoms, NOTE commented out for restart
 
32
#if !{restart}
 
33
#boundary  f p p
 
34
#create_box  1 mdRegion
 
35
#create_atoms  1 region mdRegion
 
36
#mass    1 39.95
 
37
#pair_style  lj/cut 13.5
 
38
#pair_coeff    1 1 .238 3.405 13.5
 
39
#velocity  internal create 40 87287 mom yes loop geom
 
40
#endif
 
41
 
 
42
# specify interal/ghost atoms
 
43
group    internal region mdInternal
 
44
2880 atoms in group internal
 
45
# do not define ghosts if outside fe region
 
46
#group    ghost subtract all internal
 
47
 
 
48
neighbor  5. bin
 
49
neigh_modify  every 10 delay 0 check no
 
50
 
 
51
#               ID  group atc PhysicsType ParameterFile
 
52
fix             AtC internal   atc two_temperature  Ar_ttm.mat
 
53
ATC: constructing two_temperature coupling with parameter file Ar_ttm.mat
 
54
 ATC: version 2.0
 
55
 ATC: peratom PE compute created with ID: 3
 
56
 ATC: 2 materials defined from Ar_ttm.mat
 
57
 ATC: creating two_temperature extrinsic model
 
58
 ATC: 2 materials defined from Ar_ttm.mat
 
59
 
 
60
#               ID  part keywords    nx ny nz region
 
61
fix_modify      AtC mesh create 10 1  1  feRegion f p p
 
62
 ATC: created uniform mesh with 44 nodes, 11 unique nodes, and 10 elements
 
63
 
 
64
# fix a temperature
 
65
fix_modify AtC  fix temperature          all 20.0
 
66
fix_modify AtC  initial temperature      all 20.0
 
67
fix_modify AtC  initial electron_temperature all gaussian 0 0 0 1 0 0 5 20 20
 
68
fix_modify AtC  fix electron_temperature     all gaussian 0 0 0 1 0 0 5 20 20
 
69
 
 
70
 
 
71
# turn on thermostat
 
72
fix_modify AtC extrinsic exchange off
 
73
fix_modify AtC  control thermal rescale 10
 
74
 
 
75
# equilibrate MD field
 
76
timestep  5.0
 
77
#timestep  0.1
 
78
thermo    10
 
79
#if !{restart}
 
80
#run     1000
 
81
#endif
 
82
 
 
83
# write restart file (for atoms)
 
84
#if !{restart}
 
85
#write_restart  gaussianT0.dat
 
86
#endif
 
87
 
 
88
#output
 
89
fix_modify      AtC  output        gaussianIC_ttmFE 10 text
 
90
 ATC: Warning : text output can create _LARGE_ files
 
91
 ATC: output custom names:
 
92
 
 
93
 
 
94
# change thermostat
 
95
fix_modify AtC  unfix          temperature all
 
96
fix_modify AtC  unfix electron_temperature all
 
97
fix_modify AtC  control thermal flux
 
98
fix_modify AtC extrinsic exchange on
 
99
fix_modify AtC extrinsic electron_integration explicit 10
 
100
 
 
101
# run with FE
 
102
thermo_style custom step temp pe f_AtC[2] f_AtC[4]
 
103
reset_timestep 0
 
104
run     400
 
105
Setting up run ...
 
106
Memory usage per processor = 57.2223 Mbytes
 
107
Step Temp PotEng AtC[2] AtC[4] 
 
108
       0    16.671491   -6505.7593           20    21.852118 
 
109
      10    16.677473   -6505.5427    20.002889    21.837729 
 
110
      20    16.576343   -6504.1927    19.867968    21.822852 
 
111
      30    16.542988   -6503.5347    19.830499    21.807341 
 
112
      40    16.606289   -6503.9099    19.949187    21.792289 
 
113
      50    16.657212   -6504.1497    20.064794    21.778216 
 
114
      60    16.632306   -6503.6285     20.04415    21.764548 
 
115
      70    16.575792   -6502.7759    19.922657    21.750393 
 
116
      80    16.582942   -6502.5564     19.85354    21.735697 
 
117
      90    16.619478   -6502.6712    19.841821    21.721009 
 
118
     100     16.61417   -6502.3556    19.821932    21.706419 
 
119
     110    16.630014   -6502.2516    19.867656    21.692093 
 
120
     120    16.693128   -6502.6546    19.982069    21.678641 
 
121
     130    16.690728   -6502.3949    19.998086    21.665838 
 
122
     140    16.614054   -6501.3545    19.912572    21.652659 
 
123
     150    16.610384   -6501.0503     19.92245     21.63913 
 
124
     160    16.722801   -6501.9756    20.080186    21.626412 
 
125
     170    16.770605   -6502.2507    20.171452    21.614843 
 
126
     180    16.650901   -6500.7763    20.054669    21.603093 
 
127
     190    16.541463   -6499.3809    19.906639    21.590191 
 
128
     200    16.645253   -6500.2037    19.963942    21.577114 
 
129
     210    16.869564      -6502.3     20.16097    21.565481 
 
130
     220    16.964432   -6503.0598    20.255544     21.55519 
 
131
     230    16.911666   -6502.3323    20.237187    21.545107 
 
132
     240    16.817088    -6501.156    20.182306    21.534699 
 
133
     250    16.768753   -6500.4538    20.137553    21.523975 
 
134
     260    16.815333   -6500.7346    20.155564     21.51332 
 
135
     270    16.910106   -6501.5013    20.223111    21.503193 
 
136
     280    16.977575   -6502.0376    20.291942     21.49369 
 
137
     290    16.956748    -6501.627    20.290033    21.484478 
 
138
     300    16.835354   -6500.2122    20.163353    21.474677 
 
139
     310    16.719943   -6498.8256    20.003858    21.463706 
 
140
     320    16.691075   -6498.3204    19.931873    21.451971 
 
141
     330    16.761802   -6498.8518    20.011315    21.440557 
 
142
     340    16.869104   -6499.7468    20.168181    21.430357 
 
143
     350    16.984625   -6500.7698    20.339225    21.421572 
 
144
     360    17.123663   -6502.0535    20.526715    21.414273 
 
145
     370     17.19682   -6502.6982    20.622354    21.408133 
 
146
     380    17.078663   -6501.3555    20.478377    21.401648 
 
147
     390    16.828211   -6498.6205    20.179895    21.393129 
 
148
     400    16.644766   -6496.5243    19.968603      21.3825 
 
149
Loop time of 9.69796 on 4 procs for 400 steps with 3456 atoms
 
150
 
 
151
Pair  time (%) = 3.59732 (37.0936)
 
152
Neigh time (%) = 1.52819 (15.7578)
 
153
Comm  time (%) = 0.470156 (4.84799)
 
154
Outpt time (%) = 0.0142953 (0.147405)
 
155
Other time (%) = 4.08799 (42.1531)
 
156
 
 
157
Nlocal:    864 ave 864 max 864 min
 
158
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
 
159
Nghost:    6741 ave 7924 max 5558 min
 
160
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2
 
161
Neighs:    272943 ave 288483 max 257454 min
 
162
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2
 
163
FullNghs:  545886 ave 575873 max 515774 min
 
164
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2
 
165
 
 
166
Total # of neighbors = 2183544
 
167
Ave neighs/atom = 631.812
 
168
Neighbor list builds = 40
 
169
Dangerous builds = 0