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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/silly/pyramids_vs_gravity/moltemplate_files/system.lt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2013-11-20 22:41:36 UTC
  • mfrom: (1.2.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131120224136-tzx7leh606fqnckm
Tags: 0~20131119.git7162cf0-1
* [e65b919] Imported Upstream version 0~20131119.git7162cf0
* [f7bddd4] Fix some problems, introduced by upstream recently.
* [3616dfc] Use wrap-and-sort script.
* [7e92030] Ignore quilt dir

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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/silly/pyramids_vs_gravity/moltemplate_files/system.lt
 
1
# Description.
 
2
# This is a simulation of pyramid-like objects made of particles stacked 
 
3
# and arranged like cannon-balls, or fruit-stands.  Ordinarilly, the stack 
 
4
# does not collapse because the particles at the ground layer are immobilized.
 
5
# However given an initial perterbation the pyramids collapse in an avalanche.
 
6
# (This can happen, for example when you do not minimize the system beforehand.)
 
7
# The particles roll down the pyramid and bounce off the "ground". The bouncing
 
8
# is due to a repulsive external force which is added artificially.
 
9
# (See the "run.in" file.)  The simulation looks weird without something 
 
10
# to bounce off of.  So I added a graphene surface at the bottom as scenery. 
 
11
# The ground does not serve any purpose except to look pretty.
 
12
#
 
13
# (Because there is no damping, I suspect that the distribution of heights of 
 
14
#  the particles in a small area should approach the Boltzmann distribution, 
 
15
#  if you run the simulation long enough.)
 
16
 
 
17
 
 
18
# ----------------- Pyramids: -----------------
 
19
 
 
20
import "pyramids.lt"
 
21
 
 
22
# Move the pyramids into their locations in Giza (approximate)
 
23
 
 
24
pyramidKhufu    = new    PyramidKhufu.move(210, 215, 1)
 
25
pyramidKhafre   = new   PyramidKhafre.move(150, 150, 1)
 
26
pyramidMenkaure = new PyramidMenkaure.move(105, 082, 1)
 
27
PyramidQueens1  = new  PyramidQueens1.move(089, 059, 1)
 
28
PyramidQueens2  = new  PyramidQueens2.move(100, 059, 1)
 
29
PyramidQueens3  = new  PyramidQueens3.move(111, 059, 1)
 
30
 
 
31
 
 
32
# --------------- Scenery: --------------------
 
33
 
 
34
import "graphene_wall.lt"
 
35
 
 
36
graphene_wall = new GrapheneWall
 
37
 
 
38
write_once("In Settings") {
 
39
  # Turn off all interactions with the graphene atoms by setting epsilon to 0.
 
40
  # (We will use a different repulsive barrier to represent the ground instead.)
 
41
  #  These atoms are just "for show".                     epsilon     sigma
 
42
  pair_coeff  @atom:Graphene/C @atom:Graphene/C  lj/cut   0.00000     3.407
 
43
 
 
44
  # Optional: Add the graphene atoms to the "gImmobile" group. Later freeze them
 
45
  group gImmobile type @atom:Graphene/C
 
46
}
 
47
 
 
48
# Unfortunately, the ground still looks kind of ugly because moltemplate does
 
49
# not yet know how to automatically connect nearby carbon atoms with C-C bonds 
 
50
# (based on distance).  (As of 2013-4-29, moltemplate is not good at 
 
51
# generating crystalline objects containing explicit bonds.)  
 
52
# If you want bonds between atoms, use VMD's "carbon-nanotube-builder plugin"
 
53
# (which creates data files with bonds) and then merge the two data files 
 
54
# manually later.  (This is not done here.)
 
55
 
 
56
 
 
57
# -------- override earlier settings ----------
 
58
 
 
59
write_once("In Init") {
 
60
  # Override any earlier style settings
 
61
  atom_style      full
 
62
  units           lj
 
63
  pair_style      hybrid lj/cut 1.0
 
64
  bond_style      none
 
65
  angle_style     none
 
66
  dihedral_style  none
 
67
  improper_style  none
 
68
  pair_modify     mix arithmetic
 
69
  special_bonds   lj 0.0 0.0 0.0
 
70
}
 
71
 
 
72
# ------------ boundary conditions ------------
 
73
 
 
74
write_once("Data Boundary") {
 
75
  -1.842033 398.493813              xlo xhi
 
76
  -0.708994 399.167013              ylo yhi
 
77
   0.0             400.0            zlo zhi
 
78
}
 
79
# ---------------------------------------------
 
80