← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to examples/USER/atc/elastic/in.bar1d_flux

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2013-11-20 22:41:36 UTC
  • mfrom: (1.2.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131120224136-tzx7leh606fqnckm
Tags: 0~20131119.git7162cf0-1
* [e65b919] Imported Upstream version 0~20131119.git7162cf0
* [f7bddd4] Fix some problems, introduced by upstream recently.
* [3616dfc] Use wrap-and-sort script.
* [7e92030] Ignore quilt dir

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
examples/USER/atc/elastic/in.bar1d_flux
 
1
# needs description
 
2
#AtC Thermal Coupling
 
3
echo both
 
4
 
 
5
units           real
 
6
atom_style      atomic
 
7
 
 
8
# create domain
 
9
#lattice        type reduced density rho* = 4*(sigma/a)^3, where N=4 for fcc, s = 3.405 A (Wagner) and a = 5.25 A (Ashcroft & Mermin, p. 70)
 
10
lattice         fcc 5.2582305 origin 0.25 0.25 0.25
 
11
 
 
12
# create atoms
 
13
region          simRegion block -12 12 -3 3 -3 3
 
14
region          atomRegion block -9 9 -3 3 -3 3
 
15
region          mdRegion block -8 8 -3 3 -3 3
 
16
boundary        f p p
 
17
create_box      1 simRegion
 
18
create_atoms    1 region mdRegion
 
19
mass            1 39.95
 
20
 
 
21
# specify interal/ghost atoms
 
22
region          mdInternal block -6 6 -3 3 -3 3
 
23
region          leftghost block -8 -6 -3 3 -3 3
 
24
region          rightghost block 6 8 -3 3 -3 3
 
25
group           internal region mdInternal
 
26
group           Lghost region leftghost
 
27
group           Rghost region rightghost
 
28
group           ghosts union Lghost Rghost
 
29
 
 
30
# velocities have Vcm = 0
 
31
#velocity       internal create 40. 87287 mom yes loop geom
 
32
 
 
33
pair_style      lj/cut 13.
 
34
#pair_coeff     1 1 0.010323166 3.405 13.
 
35
pair_coeff      1 1 .2381 3.405 13.
 
36
 
 
37
neighbor        5. bin
 
38
neigh_modify    every 10 delay 0 check no
 
39
 
 
40
# define  layer
 
41
#               ID  group atc PhysicsType ParameterFile
 
42
fix             AtC internal   atc elastic     Ar_elastic.mat
 
43
#fix_modify     AtC boundary Lghost
 
44
#fix_modify     AtC boundary Rghost
 
45
fix_modify      AtC boundary ghosts
 
46
 
 
47
#               ID  part keywords    nx ny nz region
 
48
fix_modify      AtC mesh create 12  1  1  simRegion f p p
 
49
fix_modify      AtC mesh create_faceset obndy box -6.0 6.0 -INF INF -INF  INF outward
 
50
 
 
51
# initial conditions 
 
52
fix_modify  AtC  initial displacement x all 0.0
 
53
fix_modify  AtC  initial displacement y all 0.0
 
54
fix_modify  AtC  initial displacement z all 0.0
 
55
fix_modify  AtC  initial velocity x all 0.0
 
56
fix_modify  AtC  initial velocity y all 0.0
 
57
fix_modify  AtC  initial velocity z all 0.0
 
58
 
 
59
# set node sets and bcs
 
60
#           ID  mesh create_nodeset tag xmin xmax ymin ymax zmin zmax
 
61
fix_modify  AtC mesh create_nodeset lbc -12.1  -11.9   -INF INF  -INF INF
 
62
fix_modify  AtC mesh create_nodeset rbc  11.9   12.1   -INF INF  -INF INF
 
63
fix_modify  AtC  fix velocity x rbc 0.00000004
 
64
#fix_modify  AtC  fix velocity x rbc 0.
 
65
#fix_modify  AtC  fix displacement x rbc 0.
 
66
fix_modify  AtC  fix displacement x lbc 0.
 
67
fix_modify  AtC  fix velocity x lbc 0.
 
68
 
 
69
 
 
70
#fix_modify      AtC  output follow_ex.fe 50
 
71
fix_modify     AtC  internal_quadrature off
 
72
#fix_modify     AtC  control lumped_lambda_solve on
 
73
#fix_modify     AtC  momentum control glc_velocity
 
74
#fix_modify     AtC  momentum control flux faceset obndy
 
75
fix_modify     AtC control momentum flux interpolate
 
76
#fix_modify      AtC  filter scale 1000.0
 
77
 
 
78
# run to extension
 
79
compute         myTemp internal temp
 
80
compute         atomStress internal stress/atom
 
81
compute         avgStress internal reduce sum c_atomStress[1] c_atomStress[2] c_atomStress[3]
 
82
variable        myPres equal -(c_avgStress[1]+c_avgStress[2]+c_avgStress[3])/(3*vol)
 
83
thermo_style    custom step c_myTemp v_myPres pe
 
84
fix_modify      AtC  output bar1d_fluxFE 10 text
 
85
timestep        5
 
86
thermo          100
 
87
run             1000
 
88
 
 
89
# change nodes to fixed
 
90
fix_modify      AtC  fix velocity x rbc 0.
 
91
fix_modify      AtC  fix displacement x rbc 0.0002
 
92
 
 
93
fix_modify      AtC  output bar1d_fluxFE 500 text
 
94
 
 
95
# run to equilibrium
 
96
timestep        5
 
97
thermo          100
 
98
run             10000