← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to tools/moltemplate/examples/CG_biomolecules/membrane_BranniganPRE2005/README_setup.sh

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2013-11-20 22:41:36 UTC
  • mfrom: (1.2.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131120224136-tzx7leh606fqnckm
Tags: 0~20131119.git7162cf0-1
* [e65b919] Imported Upstream version 0~20131119.git7162cf0
* [f7bddd4] Fix some problems, introduced by upstream recently.
* [3616dfc] Use wrap-and-sort script.
* [7e92030] Ignore quilt dir

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/CG_biomolecules/membrane_BranniganPRE2005/README_setup.sh
 
1
# Use these commands to generate the LAMMPS input script and data file
 
2
# (and other auxilliary files):
 
3
 
 
4
 
 
5
# Create LAMMPS input files this way:
 
6
cd moltemplate_files
 
7
 
 
8
  # run moltemplate
 
9
 
 
10
  moltemplate.sh system.lt
 
11
 
 
12
  # This will generate various files with names ending in *.in* and *.data. 
 
13
  # These files are the input files directly read by LAMMPS.  Move them to 
 
14
  # the parent directory (or wherever you plan to run the simulation).
 
15
 
 
16
  mv -f system.in* system.data ../
 
17
 
 
18
  # The "table_int.dat" file contains tabular data for the lipid INT-INT atom 
 
19
  # 1/r^2 interaction.  We need it too. (This slows down the simulation by x2,
 
20
  # so I might look for a way to get rid of it later.)
 
21
  cp -f table_int.dat ../
 
22
 
 
23
  # Optional:
 
24
  # The "./output_ttree/" directory is full of temporary files generated by 
 
25
  # moltemplate.  They can be useful for debugging, but are usually thrown away.
 
26
  rm -rf output_ttree/
 
27
 
 
28
cd ../