← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to doc/fix_srd.html

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2013-11-20 22:41:36 UTC
  • mfrom: (1.2.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131120224136-tzx7leh606fqnckm
Tags: 0~20131119.git7162cf0-1
* [e65b919] Imported Upstream version 0~20131119.git7162cf0
* [f7bddd4] Fix some problems, introduced by upstream recently.
* [3616dfc] Use wrap-and-sort script.
* [7e92030] Ignore quilt dir

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
doc/fix_srd.html
38
38
  <I>cubic</I> values = style tolerance
39
39
    style = <I>error</I> or <I>warn</I>
40
40
    tolerance = fractional difference allowed (0 <= tol <= 1)
41
 
  <I>shift</I> = <I>yes</I> or <I>no</I> or <I>possible</I> = SRD bin shifting for better statistics
42
 
    <I>yes</I> = perform bin shifting each time SRD velocities are rescaled
43
 
    <I>no</I> = no shifting
44
 
    <I>possible</I> = shift depending on mean free path and bin size
 
41
  <I>shift</I> values = flag shiftseed
 
42
    flag = <I>yes</I> or <I>no</I> or <I>possible</I> = SRD bin shifting for better statistics
 
43
      <I>yes</I> = perform bin shifting each time SRD velocities are rescaled
 
44
      <I>no</I> = no shifting
 
45
      <I>possible</I> = shift depending on mean free path and bin size
 
46
    shiftseed = random # seed (positive integer)
45
47
  <I>tstat</I> value = <I>yes</I> or <I>no</I> = thermostat SRD particles or not
46
48
  <I>rescale</I> value = <I>yes</I> or <I>no</I> or <I>rotate</I> or <I>collide</I> = rescaling of SRD velocities
47
49
    <I>yes</I> = rescale during velocity rotation and collisions
260
262
is required.  A shift means that all of the SRD particles are shifted
261
263
by a vector whose coordinates are chosen randomly in the range [-1/2
262
264
bin size, 1/2 bin size].  Note that all particles are shifted by the
263
 
same vector.  The specified random number seed is used to generate
264
 
these vectors.  This operation sufficiently randomizes which SRD
265
 
particles are in the same bin, even if lamda is small.
266
 
</P>
267
 
<P>If the <I>shift</I> style is set to <I>no</I>, then no shifting is performed,
268
 
but bin data will be communicated if bins overlap processor
269
 
boundaries.  An error will be generated if lamda < 0.6 of the SRD bin
270
 
size.  If the <I>shift</I> style is set to <I>possible</I>, then shifting is
271
 
performed only if lamda < 0.6 of the SRD bin size.  A warning is
272
 
generated to let you know this is occurring.  If the <I>shift</I> style is
273
 
set to <I>yes</I> then shifting is performed regardless of the magnitude of
274
 
lamda.
275
 
</P>
276
 
<P>The shift seed is not used if the <I>shift</I> style is set to <I>no</I>, but
 
265
same vector.  The specified random number <I>shiftseed</I> is used to
 
266
generate these vectors.  This operation sufficiently randomizes which
 
267
SRD particles are in the same bin, even if lamda is small.
 
268
</P>
 
269
<P>If the <I>shift</I> flag is set to <I>no</I>, then no shifting is performed, but
 
270
bin data will be communicated if bins overlap processor boundaries.
 
271
An error will be generated if lamda < 0.6 of the SRD bin size.  If the
 
272
<I>shift</I> flag is set to <I>possible</I>, then shifting is performed only if
 
273
lamda < 0.6 of the SRD bin size.  A warning is generated to let you
 
274
know this is occurring.  If the <I>shift</I> flag is set to <I>yes</I> then
 
275
shifting is performed regardless of the magnitude of lamda.  Note that
 
276
the <I>shiftseed</I> is not used if the <I>shift</I> flag is set to <I>no</I>, but
277
277
must still be specified.
278
278
</P>
279
279
<P>Note that shifting of SRD coordinates requires extra communication,