← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to examples/USER/atc/bar1d_two_temperature/in.bar1d_ttm

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2013-11-20 22:41:36 UTC
  • mfrom: (1.2.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131120224136-tzx7leh606fqnckm
Tags: 0~20131119.git7162cf0-1
* [e65b919] Imported Upstream version 0~20131119.git7162cf0
* [f7bddd4] Fix some problems, introduced by upstream recently.
* [3616dfc] Use wrap-and-sort script.
* [7e92030] Ignore quilt dir

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
examples/USER/atc/bar1d_two_temperature/in.bar1d_ttm
1
 
# in this example the electron temperature on the left is ramped up in time 
2
 
# and held fixed on the right. the phonon temperature is free on the left 
3
 
# and fixed and consistent with the electron temperature on the right. 
4
 
# this mimics some simplified pumped system
5
 
# also a volume source is added to mimic Joule heating
6
 
 
7
 
#echo both
8
 
 
9
 
# units
10
 
units           real
11
 
atom_style      atomic
12
 
 
13
 
# create domain
14
 
#lattice        type reduced density rho* = 4*(sigma/a)^3, 
15
 
#   where N = 4 for fcc, 
16
 
#         s = 3.405 A (Wagner) 
17
 
#         a = 5.25 A (Ashcroft & Mermin, p. 70)
18
 
#if {restart}
19
 
boundary        f p p
20
 
pair_style      lj/cut 13.5
21
 
read_data       temp.init
22
 
#endif
23
 
 
24
 
lattice         fcc 5.405 origin 0.25 0.25 0.25
25
 
region feRegion   block -14 14 -3 3 -3 3
26
 
region mdRegion   block -12 12 -3 3 -3 3
27
 
region mdInternal block -10 10 -3 3 -3 3
28
 
 
29
 
# NOTE: don't define ghosts if they are outside the feRegion
30
 
group           internal region mdInternal
31
 
group           ghost subtract all internal
32
 
 
33
 
# create atoms
34
 
#if !{restart}
35
 
#boundary       f p p
36
 
#create_box     1 mdRegion
37
 
#create_atoms   1 region mdRegion
38
 
#mass           1 39.95
39
 
#pair_style     lj/cut 13.5
40
 
#pair_coeff     1 1 .238 3.405 13.5
41
 
#velocity  internal create 40 87287 mom yes loop geom
42
 
#endif
43
 
 
44
 
# timestep & neighboring
45
 
timestep        5.0
46
 
thermo          10
47
 
neighbor        5. bin
48
 
neigh_modify    every 10 delay 0 check no
49
 
 
50
 
#               ID  group atc PhysicsType ParameterFile
51
 
fix             AtC internal   atc two_temperature  Ar_ttm.mat
52
 
 
53
 
#               ID  part keywords    nx ny nz region
54
 
fix_modify      AtC fem  create mesh 14 1  1  feRegion f p p
55
 
 
56
 
# specify atom types for the atc fix
57
 
#fix_modify      AtC transfer internal type internal
58
 
fix_modify      AtC transfer boundary type ghost
59
 
 
60
 
# fix initial temperatures
61
 
#if !{restart}
62
 
#velocity       internal create 40 87287 mom yes loop geom
63
 
#endif
64
 
fix_modify AtC transfer initial temperature      all 20
65
 
fix_modify AtC transfer fix temperature          all 20
66
 
fix_modify AtC transfer initial electron_temperature all 20
67
 
fix_modify AtC transfer fix electron_temperature     all 20
68
 
 
69
 
# equilibrate MD field with rescale
70
 
fix_modify AtC extrinsic exchange off
71
 
fix_modify      AtC transfer thermal control rescale 10
72
 
#if !{restart}
73
 
#run            1000
74
 
#endif
75
 
 
76
 
# change thermostat 
77
 
fix_modify AtC extrinsic exchange on
78
 
fix_modify      AtC transfer unfix          temperature all
79
 
fix_modify      AtC transfer unfix electron_temperature all
80
 
# note does not handle "inf"s
81
 
#fix_modify  AtC mesh create_faceset bndy -8 8 inf inf inf inf
82
 
fix_modify  AtC mesh create_faceset bndy box -10 10 -10 10 -10 10
83
 
fix_modify  AtC transfer thermal control flux faceset bndy 
84
 
# .. this controls the time filtering ....
85
 
#fix_modify     AtC transfer filter scale 500.0
86
 
 
87
 
# add nodesets & boundary temperature controls
88
 
#               ID  mesh create_nodeset tag xmin xmax ymin ymax zmin zmax
89
 
# NOTE create_nodeset doesn't handle "inf"
90
 
fix_modify      AtC mesh create_nodeset lbc -14.1 -13.9  -6 6 -6 6
91
 
fix_modify      AtC mesh create_nodeset rbc  13.9  14.1  -6 6 -6 6
92
 
fix_modify      AtC transfer fix electron_temperature lbc 40.
93
 
fix_modify      AtC transfer fix electron_temperature rbc 20.
94
 
fix_modify      AtC transfer fix          temperature rbc 20. 
95
 
#fix_modify      AtC transfer source electron_temperature all 0.0015
96
 
fix_modify      AtC transfer source electron_temperature all 9.50445e-11
97
 
 
98
 
 
99
 
# output                                   filename frequency [text output]
100
 
fix_modify      AtC transfer output        bar1d_ttmFE 100 text
101
 
 
102
 
# run transient to steady state
103
 
thermo          10
104
 
reset_timestep 0
105
 
run             4000