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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/CG_protein_folding_examples/1beadProtSci2010/run.in.nvt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2013-11-20 22:41:36 UTC
  • mfrom: (1.2.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131120224136-tzx7leh606fqnckm
Tags: 0~20131119.git7162cf0-1
* [e65b919] Imported Upstream version 0~20131119.git7162cf0
* [f7bddd4] Fix some problems, introduced by upstream recently.
* [3616dfc] Use wrap-and-sort script.
* [7e92030] Ignore quilt dir

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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/CG_protein_folding_examples/1beadProtSci2010/run.in.nvt
1
 
# -- Init Section --
2
 
 
3
 
include system.in.init
4
 
 
5
 
# -- Atom Definition Section --
6
 
 
7
 
# I you want to be careful, you can minimize the system first.  (Try using 
8
 
# "run.in.min" and uncomment the read_restart command in this file below.)
9
 
# read_restart system_after_min.rst
10
 
 
11
 
read_data system.data
12
 
 
13
 
# -- Settings Section --
14
 
 
15
 
include system.in.settings
16
 
 
17
 
# -- Run Section --
18
 
 
19
 
 
20
 
timestep        0.008
21
 
dump            1 all custom 250 traj_nvt.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz
22
 
 
23
 
# To use Langevin dynamics in LAMMPS you need both "fix langevin" and "fix nve".
24
 
# (See http://lammps.sandia.gov/doc/fix_langevin.html for details.)
25
 
 
26
 
fix fxlan all langevin 0.4 0.4 1.0 48279
27
 
fix fxnve all nve
28
 
 
29
 
# Notes:
30
 
# The temperature is in reduced units and is set to 0.4.
31
 
# The inverse-damping-rate "damp" (which has units of time) is set to 1.0.
32
 
# (See http://lammps.sandia.gov/doc/fix_langevin.html)
33
 
 
34
 
 
35
 
thermo_style    custom step temp pe etotal press vol epair ebond eangle edihed
36
 
thermo_modify   norm no  #(report total energy not energy / num_atoms)
37
 
thermo          250     #(time interval for printing out "thermo" data)
38
 
 
39
 
restart         10000000  restart_nvt
40
 
 
41
 
run             1000000
42
 
 
43
 
write_restart  system_after_nvt.rst
44