← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to examples/USER/atc/cauchy_born/cb_unistrain_linear.screen

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2013-11-20 22:41:36 UTC
  • mfrom: (1.2.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131120224136-tzx7leh606fqnckm
Tags: 0~20131119.git7162cf0-1
* [e65b919] Imported Upstream version 0~20131119.git7162cf0
* [f7bddd4] Fix some problems, introduced by upstream recently.
* [3616dfc] Use wrap-and-sort script.
* [7e92030] Ignore quilt dir

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
examples/USER/atc/cauchy_born/cb_unistrain_linear.screen
 
1
LAMMPS (30 Aug 2013)
 
2
units           real
 
3
atom_style      atomic
 
4
# create domain
 
5
lattice         fcc 4.08 origin 0.25 0.25 0.25
 
6
Lattice spacing in x,y,z = 4.08 4.08 4.08
 
7
region          BOX block -8 8 -2 2 -2 2
 
8
boundary        f p p
 
9
create_box      1 BOX
 
10
Created orthogonal box = (-32.64 -8.16 -8.16) to (32.64 8.16 8.16)
 
11
  4 by 1 by 1 MPI processor grid
 
12
# create atoms
 
13
region          MD block -7 7 -2 2 -2 2
 
14
create_atoms    1 region MD
 
15
Created 896 atoms
 
16
#pair_style  eam
 
17
#pair_coeff  * * Au_u3.eam
 
18
#pair_style      lj/cut/smooth 5.456108274435118
 
19
pair_style      lj/smooth/linear 5.456108274435118
 
20
pair_coeff      * * 0.7242785984051078 2.598146797350056
 
21
mass          *  196.97
 
22
# specify interal/ghost atoms
 
23
region    FREE block -6 6 -2 2 -2 2
 
24
group   internal region FREE
 
25
768 atoms in group internal
 
26
# specify inter-atomic potential
 
27
# specify neighbor/re-neighboring parameters
 
28
neighbor        0.3 bin
 
29
neigh_modify    every 10 delay 0 check no
 
30
# setup thermal output
 
31
thermo          10
 
32
thermo_style custom step pe ke press lx ly lz
 
33
#           ID  group atc PhysicsType ParameterFile
 
34
fix         PP1 internal   atc field Au_CauchyBorn_linear.mat
 
35
ATC: constructing shape function field estimate with parameter file Au_CauchyBorn_linear.mat
 
36
 ATC: version 2.0
 
37
 ATC: peratom PE compute created with ID: 3
 
38
fix_modify  PP1 mesh create 8 1 1 BOX f p p
 
39
 ATC: created uniform mesh with 36 nodes, 9 unique nodes, and 8 elements
 
40
fix_modify  PP1  fields add displacement
 
41
fix_modify  PP1  fields add internal_energy stress cauchy_born_energy cauchy_born_stress
 
42
fix_modify  PP1  gradients add displacement
 
43
fix_modify  PP1  set reference_potential_energy 0 # correct cb and messes pe
 
44
#           ID  group atc PhysicsType ParameterFile
 
45
fix         PP2 internal   atc field Au_CauchyBorn.mat
 
46
ATC: constructing shape function field estimate with parameter file Au_CauchyBorn.mat
 
47
 ATC: version 2.0
 
48
 ATC: peratom PE compute created with ID: 3
 
49
fix_modify  PP2 mesh create 8 1 1 BOX f p p
 
50
 ATC: created uniform mesh with 36 nodes, 9 unique nodes, and 8 elements
 
51
fix_modify  PP2  fields add cauchy_born_energy cauchy_born_stress internal_energy
 
52
fix_modify  PP2  set reference_potential_energy
 
53
timestep 0.0
 
54
fix_modify  PP1  output cb_unistrain_linearFE 1 text tensor_components binary
 
55
 ATC: Warning : text output can create _LARGE_ files
 
56
 ATC: output custom names:
 
57
 
 
58
fix_modify  PP2  output cb_unistrain_refFE    1 text tensor_components
 
59
 ATC: Warning : text output can create _LARGE_ files
 
60
 ATC: output custom names:
 
61
 
 
62
log       cb_unistrain_linear.log
 
63
variable step  equal 0
 
64
thermo_style  custom step v_step pe ke press lx ly lz
 
65
run     1
 
66
Setting up run ...
 
67
 ATC: created cubic stress function:
 
68
   lammps         ATC units
 
69
   c11=3.10501 0.00129914
 
70
   c12=1.75749 0.000735332
 
71
   c44=1.75749 0.000735332
 
72
 ATC: CB stiffness: 28.7742 Einstein freq: 1.53992
 
73
 ATC: computing bond matrix ...........done
 
74
 ATC: CB stiffness: 28.7742 Einstein freq: 1.53992
 
75
Memory usage per processor = 43.9024 Mbytes
 
76
Step step PotEng KinEng Press Lx Ly Lz 
 
77
       0            0   -3435.8868            0    50.003991        65.28        16.32        16.32 
 
78
       1            0   -3435.8868            0    50.003991        65.28        16.32        16.32 
 
79
Loop time of 0.00921357 on 4 procs for 1 steps with 896 atoms
 
80
 
 
81
Pair  time (%) = 0.000425279 (4.61579)
 
82
Neigh time (%) = 0 (0)
 
83
Comm  time (%) = 0.000171542 (1.86184)
 
84
Outpt time (%) = 0.000129223 (1.40253)
 
85
Other time (%) = 0.00848752 (92.1198)
 
86
 
 
87
Nlocal:    224 ave 256 max 192 min
 
88
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2
 
89
Nghost:    903 ave 1116 max 690 min
 
90
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2
 
91
Neighs:    4528 ave 5376 max 3648 min
 
92
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2
 
93
FullNghs:  9056 ave 10752 max 7360 min
 
94
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2
 
95
 
 
96
Total # of neighbors = 36224
 
97
Ave neighs/atom = 40.4286
 
98
Neighbor list builds = 0
 
99
Dangerous builds = 0
 
100
variable step equal ${step}+1
 
101
variable step equal 0+1
 
102
displace_atoms  all ramp x -0.1 0.1 x -100 100
 
103
Displacing atoms ...
 
104
run             1
 
105
Setting up run ...
 
106
 ATC: computing bond matrix ...........done
 
107
Memory usage per processor = 43.9024 Mbytes
 
108
Step step PotEng KinEng Press Lx Ly Lz 
 
109
       1            1    -3435.904            0   -77.521908        65.28        16.32        16.32 
 
110
       2            1    -3435.904            0   -77.521908        65.28        16.32        16.32 
 
111
Loop time of 0.0131642 on 4 procs for 1 steps with 896 atoms
 
112
 
 
113
Pair  time (%) = 0.000412822 (3.13595)
 
114
Neigh time (%) = 0 (0)
 
115
Comm  time (%) = 0.000241101 (1.83149)
 
116
Outpt time (%) = 0.000350773 (2.66461)
 
117
Other time (%) = 0.0121595 (92.3679)
 
118
 
 
119
Nlocal:    224 ave 256 max 192 min
 
120
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2
 
121
Nghost:    903 ave 1116 max 690 min
 
122
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2
 
123
Neighs:    4528 ave 5376 max 3648 min
 
124
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2
 
125
FullNghs:  9056 ave 10752 max 7360 min
 
126
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2
 
127
 
 
128
Total # of neighbors = 36224
 
129
Ave neighs/atom = 40.4286
 
130
Neighbor list builds = 0
 
131
Dangerous builds = 0
 
132
variable step equal ${step}+1
 
133
variable step equal 1+1
 
134
displace_atoms  all ramp x -0.1 0.1 x -100 100
 
135
Displacing atoms ...
 
136
run             1
 
137
Setting up run ...
 
138
 ATC: computing bond matrix ...........done
 
139
Memory usage per processor = 43.9024 Mbytes
 
140
Step step PotEng KinEng Press Lx Ly Lz 
 
141
       2            2   -3435.8757            0   -203.99195        65.28        16.32        16.32 
 
142
       3            2   -3435.8757            0   -203.99195        65.28        16.32        16.32 
 
143
Loop time of 0.0132811 on 4 procs for 1 steps with 896 atoms
 
144
 
 
145
Pair  time (%) = 0.000422537 (3.18149)
 
146
Neigh time (%) = 0 (0)
 
147
Comm  time (%) = 0.000141799 (1.06768)
 
148
Outpt time (%) = 0.000341833 (2.57383)
 
149
Other time (%) = 0.0123749 (93.177)
 
150
 
 
151
Nlocal:    224 ave 256 max 192 min
 
152
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2
 
153
Nghost:    903 ave 1116 max 690 min
 
154
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2
 
155
Neighs:    4528 ave 5376 max 3648 min
 
156
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2
 
157
FullNghs:  9056 ave 10752 max 7360 min
 
158
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2
 
159
 
 
160
Total # of neighbors = 36224
 
161
Ave neighs/atom = 40.4286
 
162
Neighbor list builds = 0
 
163
Dangerous builds = 0