← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/heteropolymer_melt_attempt1/moltemplate_files/monomers.lt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2013-11-20 22:41:36 UTC
  • mfrom: (1.2.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131120224136-tzx7leh606fqnckm
Tags: 0~20131119.git7162cf0-1
* [e65b919] Imported Upstream version 0~20131119.git7162cf0
* [f7bddd4] Fix some problems, introduced by upstream recently.
* [3616dfc] Use wrap-and-sort script.
* [7e92030] Ignore quilt dir

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/all_atom_examples/heteropolymer_melt_attempt1/moltemplate_files/monomers.lt
1
 
  # ----------------------------------------------------------------------
2
 
  # --   General comment:                                               --
3
 
  # -- The write() and write_once() commands create and append text to  --
4
 
  # -- files (replacing variables beginning with @ or $ with counters.) --
5
 
  # -- File names beginning with "In " or "Data " are special.          --
6
 
  # -- They will be pasted into the LAMMPS input script and             --
7
 
  # -- data files which are generated by moltemplate.  The syntax       --
8
 
  # -- of these files is exactly the same as the syntax from the        --
9
 
  # -- corresponding sections of a LAMMPS input script or data file.    --
10
 
  # ----------------------------------------------------------------------
11
 
 
12
 
 
13
 
MonomerTypes {
14
 
 
15
 
 
16
 
  PVDF {
17
 
    # atom-id  mol-id   atom-type  charge  x      y        z
18
 
 
19
 
    write("Data Atoms") {
20
 
      $atom:C1  $mol:...  @atom:../C    0.0  -1.000  0.4000  0.00000
21
 
      $atom:H1  $mol:...  @atom:../RH   0.0  -1.000  1.000   1.000
22
 
      $atom:H2  $mol:...  @atom:../RH   0.0  -1.000  1.000  -1.000
23
 
      $atom:C2  $mol:...  @atom:../C    0.0   1.000 -0.4000  0.00000
24
 
      $atom:F1  $mol:...  @atom:../RF   0.0   1.000 -1.000   1.000
25
 
      $atom:F2  $mol:...  @atom:../RF   0.0   1.000 -1.000  -1.000
26
 
    }
27
 
 
28
 
    # bond-id   bond-type        atom-id1  atom-id2
29
 
 
30
 
    write("Data Bonds") {
31
 
      $bond:C1R1  @bond:../sidechain  $atom:C1  $atom:H1
32
 
      $bond:C1R2  @bond:../sidechain  $atom:C1  $atom:H2
33
 
      $bond:C2R1  @bond:../sidechain  $atom:C2  $atom:F1
34
 
      $bond:C2R2  @bond:../sidechain  $atom:C2  $atom:F2
35
 
      $bond:C12   @bond:../bb         $atom:C1  $atom:C2
36
 
    }
37
 
  } # PVDF
38
 
 
39
 
 
40
 
  PCTFE {
41
 
    # atom-id  mol-id   atom-type  charge  x      y        z
42
 
 
43
 
    write("Data Atoms") {
44
 
      $atom:C1  $mol:...  @atom:../C    0.0  -1.000  0.4000  0.00000
45
 
      $atom:F1  $mol:...  @atom:../RF   0.0  -1.000  1.000   1.000
46
 
      $atom:F2  $mol:...  @atom:../RF   0.0  -1.000  1.000  -1.000
47
 
      $atom:C2  $mol:...  @atom:../C    0.0   1.000 -0.4000  0.00000
48
 
      $atom:F3  $mol:...  @atom:../RF   0.0   1.000 -1.000   1.000
49
 
      $atom:CL  $mol:...  @atom:../RCl  0.0   1.000 -1.000  -1.000
50
 
    }
51
 
 
52
 
    # bond-id   bond-type        atom-id1  atom-id2
53
 
 
54
 
    write("Data Bonds") {
55
 
      $bond:C1R1  @bond:../sidechain  $atom:C1  $atom:F1
56
 
      $bond:C1R2  @bond:../sidechain  $atom:C1  $atom:F2
57
 
      $bond:C2R1  @bond:../sidechain  $atom:C2  $atom:F3
58
 
      $bond:C2R2  @bond:../sidechain  $atom:C2  $atom:CL
59
 
      $bond:C12   @bond:../bb         $atom:C1  $atom:C2
60
 
    }
61
 
  } # PCTFE
62
 
 
63
 
 
64
 
  # atom-type  mass
65
 
 
66
 
  write_once("Data Masses") {
67
 
    @atom:C    12.0
68
 
    @atom:RH    1.0
69
 
    @atom:RF   19.0
70
 
    @atom:RCl  35.453
71
 
  }
72
 
 
73
 
 
74
 
  #        atom-type   atom-type   epsilon sigma
75
 
 
76
 
  write_once("In Settings") {
77
 
    pair_coeff @atom:C   @atom:C     0.20   2.0
78
 
    pair_coeff @atom:RH  @atom:RH    0.20   1.0
79
 
    pair_coeff @atom:RF  @atom:RF    0.40   2.0
80
 
    pair_coeff @atom:RCl @atom:RCl   0.40   2.0
81
 
  }
82
 
 
83
 
 
84
 
  # bond-type          k     r0
85
 
 
86
 
  write_once("Data Bond Coeffs") {
87
 
    @bond:sidechain   30.0   1.2
88
 
    @bond:bb          30.0   2.0    # "bb" shorthand for "backbone"
89
 
  }
90
 
 
91
 
  # Although there's no need to define angular interactions (because this 
92
 
  # "molecule" only contains two atoms), we define the settings for angles
93
 
  # or dihedrals which might be present later when we build a polymer.
94
 
 
95
 
  # angle-type         k    theta0
96
 
 
97
 
  write_once("Data Angle Coeffs") {
98
 
    @angle:backbone   50.00  160
99
 
    @angle:sidechain  50.00  120
100
 
    @angle:RCR        50.00  120
101
 
  }
102
 
 
103
 
  # dihedral-type      K1      K2      K3      K4
104
 
 
105
 
  write_once("Data Dihedral Coeffs") {
106
 
    @dihedral:backbn  1.411036 -0.271016 3.145034 0.0
107
 
  }
108
 
 
109
 
  #  Rules for determining 3 and 4-body bonded interactions by type
110
 
 
111
 
  # angle-type       atomType1 atomType2 atomType3  bondType1 bondType2
112
 
 
113
 
  write_once("Data Angles By Type") {
114
 
    @angle:backbone  @atom:C   @atom:C  @atom:C    @bond:*   @bond:*
115
 
    @angle:sidechain @atom:C   @atom:C  @atom:R*   @bond:*   @bond:*
116
 
    @angle:RCR       @atom:R*  @atom:C  @atom:R*   @bond:*   @bond:*
117
 
  }
118
 
 
119
 
  # dihedral-type AtomType1 AtomType2 AtomType3 AtomType4 bondType1 btyp2 btyp3
120
 
 
121
 
  write_once("Data Dihedrals By Type") {
122
 
    @dihedral:backbn @atom:C @atom:C @atom:C @atom:C @bond:* @bond:* @bond:*
123
 
  }
124
 
 
125
 
} # MonomerTypes