← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/sid/lammps/sid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to examples/USER/atc/cauchy_born/cb_unistrain_eam.screen

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2013-11-20 22:41:36 UTC
  • mfrom: (1.2.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131120224136-tzx7leh606fqnckm
Tags: 0~20131119.git7162cf0-1
* [e65b919] Imported Upstream version 0~20131119.git7162cf0
* [f7bddd4] Fix some problems, introduced by upstream recently.
* [3616dfc] Use wrap-and-sort script.
* [7e92030] Ignore quilt dir

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
examples/USER/atc/cauchy_born/cb_unistrain_eam.screen
 
1
LAMMPS (30 Aug 2013)
 
2
units           metal
 
3
atom_style      atomic
 
4
# create domain
 
5
#lattice         fcc 3.615 origin 0.25 0.25 0.25
 
6
lattice         fcc 3.615 origin 0.01 0.01 0.01
 
7
Lattice spacing in x,y,z = 3.615 3.615 3.615
 
8
region          BOX block -8 8 -2 2 -2 2
 
9
boundary        f p p
 
10
create_box      1 BOX
 
11
Created orthogonal box = (-28.92 -7.23 -7.23) to (28.92 7.23 7.23)
 
12
  4 by 1 by 1 MPI processor grid
 
13
# create atoms
 
14
region          MD block -7 7 -2 2 -2 2
 
15
create_atoms    1 region MD
 
16
Created 896 atoms
 
17
mass            1 63.55
 
18
# specify interal/ghost atoms
 
19
region    FREE block -6 6 -2 2 -2 2
 
20
group   internal region FREE
 
21
768 atoms in group internal
 
22
# specify inter-atomic potential
 
23
pair_style      eam
 
24
pair_coeff      * * ../../../../potentials/Cu_u3.eam
 
25
# specify neighbor/re-neighboring parameters
 
26
neighbor        0.3 bin
 
27
neigh_modify    every 10 delay 0 check no
 
28
# setup thermal output
 
29
thermo          10
 
30
thermo_style custom step pe ke press lx ly lz
 
31
#           ID  group atc PhysicsType ParameterFile
 
32
fix         AtC internal   atc field Cu_CauchyBorn.mat
 
33
ATC: constructing shape function field estimate with parameter file Cu_CauchyBorn.mat
 
34
 ATC: version 2.0
 
35
 ATC: peratom PE compute created with ID: 3
 
36
fix_modify  AtC mesh create 8 1 1 BOX f p p
 
37
 ATC: created uniform mesh with 36 nodes, 9 unique nodes, and 8 elements
 
38
#fix_modify  AtC kernel quartic_cylinder 10.0
 
39
fix_modify  AtC  fields none
 
40
fix_modify  AtC  fields add displacement
 
41
fix_modify  AtC  fields add internal_energy stress
 
42
fix_modify  AtC  fields add cauchy_born_energy
 
43
fix_modify  AtC  fields add cauchy_born_stress
 
44
fix_modify  AtC  gradients add displacement
 
45
#fix_modify  AtC  fields add elastic_deformation_gradient
 
46
timestep 0.0
 
47
fix_modify      AtC  output cb_unistrain_eamFE 1 text tensor_components binary
 
48
 ATC: Warning : text output can create _LARGE_ files
 
49
 ATC: output custom names:
 
50
 
 
51
log       cb_unistrain_eam.log
 
52
variable step  equal 0
 
53
thermo_style  custom step v_step pe ke press lx ly lz
 
54
run     1
 
55
Setting up run ...
 
56
 ATC: CB stiffness: 12.0537 Einstein freq: 2718.63
 
57
 ATC: computing bond matrix ...........done
 
58
Memory usage per processor = 22.7644 Mbytes
 
59
Step step PotEng KinEng Press Lx Ly Lz 
 
60
       0            0    -3138.143            0   -4765.0913        57.84        14.46        14.46 
 
61
       1            0    -3138.143            0   -4765.0913        57.84        14.46        14.46 
 
62
Loop time of 0.0115637 on 4 procs for 1 steps with 896 atoms
 
63
 
 
64
Pair  time (%) = 0.00100994 (8.73371)
 
65
Neigh time (%) = 0 (0)
 
66
Comm  time (%) = 0.000119567 (1.03398)
 
67
Outpt time (%) = 0.000117242 (1.01388)
 
68
Other time (%) = 0.010317 (89.2184)
 
69
 
 
70
Nlocal:    224 ave 256 max 192 min
 
71
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2
 
72
Nghost:    684.75 ave 843 max 484 min
 
73
Histogram: 1 0 1 0 0 0 0 0 0 2
 
74
Neighs:    5808 ave 6912 max 4672 min
 
75
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2
 
76
FullNghs:  11616 ave 13824 max 9408 min
 
77
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2
 
78
 
 
79
Total # of neighbors = 46464
 
80
Ave neighs/atom = 51.8571
 
81
Neighbor list builds = 0
 
82
Dangerous builds = 0
 
83
variable step equal ${step}+1
 
84
variable step equal 0+1
 
85
displace_atoms  all ramp x -0.1 0.1 x -100 100
 
86
Displacing atoms ...
 
87
run             1
 
88
Setting up run ...
 
89
 ATC: computing bond matrix ...........done
 
90
Memory usage per processor = 22.7644 Mbytes
 
91
Step step PotEng KinEng Press Lx Ly Lz 
 
92
       1            1   -3138.1235            0   -5936.0512        57.84        14.46        14.46 
 
93
       2            1   -3138.1235            0   -5936.0512        57.84        14.46        14.46 
 
94
Loop time of 0.0144299 on 4 procs for 1 steps with 896 atoms
 
95
 
 
96
Pair  time (%) = 0.000923634 (6.40082)
 
97
Neigh time (%) = 0 (0)
 
98
Comm  time (%) = 0.000142097 (0.984741)
 
99
Outpt time (%) = 0.00132281 (9.1671)
 
100
Other time (%) = 0.0120414 (83.4473)
 
101
 
 
102
Nlocal:    224 ave 256 max 192 min
 
103
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2
 
104
Nghost:    684.75 ave 843 max 484 min
 
105
Histogram: 1 0 1 0 0 0 0 0 0 2
 
106
Neighs:    5808 ave 6912 max 4672 min
 
107
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2
 
108
FullNghs:  11616 ave 13824 max 9408 min
 
109
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2
 
110
 
 
111
Total # of neighbors = 46464
 
112
Ave neighs/atom = 51.8571
 
113
Neighbor list builds = 0
 
114
Dangerous builds = 0
 
115
variable step equal ${step}+1
 
116
variable step equal 1+1
 
117
displace_atoms  all ramp x -0.1 0.1 x -100 100
 
118
Displacing atoms ...
 
119
run             1
 
120
Setting up run ...
 
121
 ATC: computing bond matrix ...........done
 
122
Memory usage per processor = 22.7644 Mbytes
 
123
Step step PotEng KinEng Press Lx Ly Lz 
 
124
       2            2   -3138.0934            0   -7103.7691        57.84        14.46        14.46 
 
125
       3            2   -3138.0934            0   -7103.7691        57.84        14.46        14.46 
 
126
Loop time of 0.0138727 on 4 procs for 1 steps with 896 atoms
 
127
 
 
128
Pair  time (%) = 0.000919759 (6.62997)
 
129
Neigh time (%) = 0 (0)
 
130
Comm  time (%) = 0.000141084 (1.01699)
 
131
Outpt time (%) = 0.00130945 (9.43905)
 
132
Other time (%) = 0.0115024 (82.914)
 
133
 
 
134
Nlocal:    224 ave 256 max 192 min
 
135
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2
 
136
Nghost:    684.75 ave 843 max 484 min
 
137
Histogram: 1 0 1 0 0 0 0 0 0 2
 
138
Neighs:    5808 ave 6912 max 4672 min
 
139
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2
 
140
FullNghs:  11616 ave 13824 max 9408 min
 
141
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2
 
142
 
 
143
Total # of neighbors = 46464
 
144
Ave neighs/atom = 51.8571
 
145
Neighbor list builds = 0
 
146
Dangerous builds = 0