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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/CG_protein_folding_examples/1bead+chaperone/frustrated+minichaperone/README_visualise.txt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2013-11-20 22:41:36 UTC
  • mfrom: (1.2.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131120224136-tzx7leh606fqnckm
Tags: 0~20131119.git7162cf0-1
* [e65b919] Imported Upstream version 0~20131119.git7162cf0
* [f7bddd4] Fix some problems, introduced by upstream recently.
* [3616dfc] Use wrap-and-sort script.
* [7e92030] Ignore quilt dir

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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/CG_protein_folding_examples/1bead+chaperone/frustrated+minichaperone/README_visualise.txt
1
 
 
2
 
 ------- To view a lammps trajectory in VMD --------
3
 
 
4
 
 
5
 
1) Build a PSF file for use in viewing with VMD.
6
 
 
7
 
This step works with VMD 1.9 and topotools 1.2.  
8
 
(Older versions, like VMD 1.8.6, don't support this.)
9
 
 
10
 
 
11
 
a) Start VMD
12
 
b) Menu  Extensions->Tk Console
13
 
c) Enter:
14
 
 
15
 
(I assume that the the DATA file is called "system.data")
16
 
 
17
 
   topo readlammpsdata system.data full
18
 
   animate write psf system.psf
19
 
 
20
 
2) 
21
 
 
22
 
Later, to Load a trajectory in VMD:
23
 
 
24
 
  Start VMD
25
 
  Select menu: File->New Molecule
26
 
 -Browse to select the PSF file you created above, and load it.
27
 
  (Don't close the window yet.)
28
 
 -Browse to select the trajectory file.
29
 
  If necessary, for "file type" select: "LAMMPS Trajectory"
30
 
  Load it.
31
 
 
32
 
   ----  A note on trajectory format: -----
33
 
If the trajectory is a DUMP file, then make sure the it contains the
34
 
information you need for pbctools (see below.  I've been using this 
35
 
command in my LAMMPS scripts to create the trajectories:
36
 
 
37
 
  dump 1 all custom 5000 DUMP_FILE.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz
38
 
 
39
 
It's a good idea to use an atom_style which supports molecule-ID numbers 
40
 
so that you can assign a molecule-ID number to each atom.  (I think this 
41
 
is needed to wrap atom coordinates without breaking molecules in half.)
42
 
 
43
 
Of course, you don't have to save your trajectories in DUMP format, 
44
 
(other formats like DCD work fine)  I just mention dump files 
45
 
because these are the files I'm familiar with.
46
 
 
47
 
3) -----  Wrap the coordinates to the unit cell
48
 
          (without cutting the molecules in half)
49
 
 
50
 
a) Start VMD
51
 
b) Load the trajectory in VMD (see above)
52
 
c) Menu  Extensions->Tk Console
53
 
d) Try entering these commands:
54
 
 
55
 
    pbc wrap -compound res -all
56
 
    pbc box
57
 
 
58
 
    ----- Optional ----
59
 
    Sometimes the solvent or membrane obscures the view of the solute.
60
 
    It can help to shift the location of the periodic boundary box 
61
 
    To shift the box in the y direction (for example) do this:
62
 
 
63
 
    pbc wrap -compound res -all -shiftcenterrel {0.0 0.15 0.0}
64
 
    pbc box -shiftcenterrel {0.0 0.15 0.0}
65
 
 
66
 
    Distances are measured in units of box-length fractions, not Angstroms.
67
 
 
68
 
    Alternately if you have a solute whose atoms are all of type 1, 
69
 
    then you can also try this to center the box around it:
70
 
 
71
 
    pbc wrap -sel type=1 -all -centersel type=2 -center com
72
 
 
73
 
4) 
74
 
    You should check if your periodic boundary conditions are too small.
75
 
    To do that:
76
 
       select Graphics->Representations menu option
77
 
       click on the "Periodic" tab, and 
78
 
       click on the "+x", "-x", "+y", "-y", "+z", "-z" checkboxes.
79
 
 
80
 
5) Optional: If you like, change the atom types in the PSF file so 
81
 
   that VMD recognizes the atom types, use something like:
82
 
 
83
 
sed -e 's/   1    1      /   C    C      /g' < system.psf > temp1.psf
84
 
sed -e 's/   2    2      /   H    H      /g' < temp1.psf  > temp2.psf
85
 
sed -e 's/   3    3      /   P    P      /g' < temp2.psf  > system.psf
86
 
 
87
 
(If you do this, it might effect step 2 above.)