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Viewing changes to tools/moltemplate/examples/CG_protein_folding_examples/1bead+chaperone/frustrated+chaperonin/moltemplate_files/system.lt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Anton Gladky
  • Date: 2013-11-20 22:41:36 UTC
  • mfrom: (1.2.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131120224136-tzx7leh606fqnckm
Tags: 0~20131119.git7162cf0-1
* [e65b919] Imported Upstream version 0~20131119.git7162cf0
* [f7bddd4] Fix some problems, introduced by upstream recently.
* [3616dfc] Use wrap-and-sort script.
* [7e92030] Ignore quilt dir

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Lines of Context:
tools/moltemplate/examples/CG_protein_folding_examples/1bead+chaperone/frustrated+chaperonin/moltemplate_files/system.lt
1
 
write_once("Data Boundary") {
2
 
  0.0  20.0  xlo xhi
3
 
  0.0  20.0  ylo yhi
4
 
  0.0  20.0  zlo zhi
5
 
}
6
 
 
7
 
 
8
 
import "1beadFrustrated_variants.lt"
9
 
import "chaperonin.lt"
10
 
 
11
 
 
12
 
protein    = new 1beadMisfolded # (frustrated protein, misfolded conformation)
13
 
chaperinin = new Chaperonin     # (hollow chaperonin cavity. usually immobile)
14
 
 
15
 
 
16
 
 
17
 
# ---- Now define interactions between the atoms in the protein ----
18
 
# ---- (named "B", "L", "N") and the atom which represents the  ----
19
 
# ---- chaperone ("C").  These interactions are tabulated.      ----
20
 
 
21
 
write_once("In Settings") {
22
 
  pair_coeff @atom:Chaperonin/C @atom:1beadFrustrated/B  table  table_chaperonin_h=0.475.dat CH_H0.475
23
 
  pair_coeff @atom:Chaperonin/C @atom:1beadFrustrated/L  table  table_chaperonin_h=0.dat CH_H0
24
 
  pair_coeff @atom:Chaperonin/C @atom:1beadFrustrated/N  table  table_chaperonin_h=0.dat CH_H0
25
 
}
26
 
 
27
 
# Note: If you want to use a "hydrophilic" chaperone (with h=0, not h=0.475)
28
 
#       then replace "table_chaperonin_h=0_475.dat CH_H0.475"
29
 
#       with "table_chaperonin_h=0.dat CH_H0"
30
 
 
31
 
# LAMMPS has many available force field styles (and atom styles).  Here we
32
 
# select the ones which work well for the full combine system.  (This should 
33
 
# override any settings made in "1beadFrustrated.lt" or "chaperonin.lt")
34
 
 
35
 
 
36
 
write_once("In Init") {
37
 
  units           lj
38
 
  atom_style      full
39
 
  bond_style      hybrid harmonic
40
 
  angle_style     hybrid harmonic
41
 
  dihedral_style  hybrid table spline 360
42
 
  pair_style      hybrid lj/charmm/coul/charmm/inter es4k4l maxmax 3.5 4.0 table spline 1181
43
 
  pair_modify     mix arithmetic
44
 
  special_bonds   lj 0.0 0.0 1.0   #(turn on "1-4" interactions)
45
 
}