← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bioperl/trusty-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/Restriction/Analysis.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/Restriction/Analysis.pm
1
 
# $Id: Analysis.pm,v 1.19.4.1 2006/10/02 23:10:23 sendu Exp $
 
1
# $Id: Analysis.pm 11480 2007-06-14 14:16:21Z sendu $
2
2
#
3
3
# BioPerl module Bio::Restriction::Analysis
4
4
#
21
21
  use Data::Dumper;
22
22
 
23
23
  # get a DNA sequence from somewhere
24
 
  my $seq = new Bio::PrimarySeq
 
24
  my $seq = Bio::PrimarySeq->new
25
25
      (-seq =>'AGCTTAATTCATTAGCTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTC',
26
26
       -primary_id => 'synopsis',
27
27
       -molecule => 'dna');
477
477
  use Bio::Restriction::EnzymeCollection;
478
478
  use Bio::PrimarySeq;
479
479
 
480
 
  my $seq = new Bio::PrimarySeq
 
480
  my $seq = Bio::PrimarySeq->new
481
481
      (-seq =>'AGCTTAATTCATTAGCTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATCCAAAAAAGAGTGAGCTTCTGAT',
482
482
       -primary_id => 'synopsis',
483
483
       -molecule => 'dna');
701
701
        $end = $self->{'maximum_cuts'};
702
702
    }
703
703
    $end = $self->{'maximum_cuts'} if $end > $self->{'maximum_cuts'};
704
 
    my $set = new Bio::Restriction::EnzymeCollection(-empty => 1);
 
704
    my $set = Bio::Restriction::EnzymeCollection->new(-empty => 1);
705
705
 
706
706
    #return an empty set if nothing cuts
707
707
    return $set unless $self->{'maximum_cuts'};