← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bioperl/trusty-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/data/AF305198.gb

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/data/AF305198.gb
 
1
LOCUS       AF305198                1744 bp    DNA     linear   BCT 18-DEC-2000
 
2
DEFINITION  Virginia creeper phytoplasma 16S ribosomal RNA gene, partial
 
3
            sequence; and tRNA-Ile gene, complete sequence.
 
4
ACCESSION   AF305198
 
5
VERSION     AF305198.1  GI:11878216
 
6
KEYWORDS    .
 
7
SOURCE      Virginia creeper phytoplasma
 
8
  ORGANISM  Virginia creeper phytoplasma
 
9
            Bacteria; Firmicutes; Mollicutes; Acholeplasmatales;
 
10
            Acholeplasmataceae; Candidatus Phytoplasma; 16SrV (Elm yellows
 
11
            group).
 
12
REFERENCE   1  (bases 1 to 1744)
 
13
  AUTHORS   Harrison,N.A., Griffiths,H.M., Carpio,M.L. and Richardson,P.A.
 
14
  TITLE     Detection of an Elm yellows group (16SrV) phytoplasma associated
 
15
            with Virginia creeper plants in southern Florida
 
16
  JOURNAL   Unpublished
 
17
REFERENCE   2  (bases 1 to 1744)
 
18
  AUTHORS   Griffiths,H.M., Harrison,N.A., Carpio,M.L. and Richardson,P.A.
 
19
  TITLE     Direct Submission
 
20
  JOURNAL   Submitted (13-SEP-2000) Research and Education Center, University
 
21
            of Florida, 3205 College Avenue, Fort Lauderdale, FL 33314-7799,
 
22
            USA
 
23
FEATURES             Location/Qualifiers
 
24
     source          1..1744
 
25
                     /organism="Virginia creeper phytoplasma"
 
26
                     /mol_type="genomic DNA"
 
27
                     /strain="VC-Fl"
 
28
                     /db_xref="taxon:145578"
 
29
     rRNA            <1..1491
 
30
                     /product="16S ribosomal RNA"
 
31
     tRNA            1599..1675
 
32
                     /product="tRNA-Ile"
 
33
ORIGIN      
 
34
        1 gcctaataca tgcaagtcga acggagaccc ttcaaaaggt cttagtggcg aacgggtgag
 
35
       61 taacacgtaa gtaacctacc tttaagacga ggataacaat cggaaacggt tgctaagact
 
36
      121 ggataggaaa cagaaaggca tctttttgtt tttaaaagac cttcttcgga gggtatgctt
 
37
      181 aaagaggggc ttgcgccaca ttagttagtt ggtgaggtaa aggcttacca agattatgat
 
38
      241 gtgtagctgg actgagaggt tgaacagcca cattgggact gagacacggc ccaaactcct
 
39
      301 acgggaggca gcagtaggga attttcggca atggaggaaa ctctgaccga gcgacgccgc
 
40
      361 gtgaacgatg aagtatttcg gtatgtaaag ttcttttatt gaagaagaaa aaatagtgga
 
41
      421 aaaactatct tgacgttatt caatgaataa gccccggcta actatgtgcc agcagccgcg
 
42
      481 gtaagacata gggggcgagc gttatccgga attattgggc gtaaagggtg cgtaggcggt
 
43
      541 tagataagtc tataatttaa tttcagtgct taacgctgtc ttgttataga aactgtcttg
 
44
      601 actagagtga gatagaggca agcggaattc catgtgtagc ggtaaaatgt gtaaatatat
 
45
      661 ggaggaacac cagaagcgta ggcggcttgc tgggtcttta ctgacgctga ggcacgaaag
 
46
      721 cgtggggagc aaacaggatt agataccctg gtagtccacg ctgtaaacga tgagtactaa
 
47
      781 gtgtcggggg taactcggta ctgaagttaa cacattaagt actccgcctg agtagtacgt
 
48
      841 acgcaagtat gaaacttaaa ggaattgacg ggactccgca caagcggtgg atcatgttgt
 
49
      901 ttaattcgaa gatacacgaa aaaccttacc aggtcttgac atactctgca aagctataga
 
50
      961 aatatagtgg aggttatcag ggatacaggt ggtgcatggt tgtcgtcagt tcgtgtcgtg
 
51
     1021 agatgttagg ttaagtccta aaacgaacgc aacccctgtc gctagttgcc agcacgtaat
 
52
     1081 ggtggggact ttagcgagac tgccaattaa acattggagg aaggtgggga taacgtcaaa
 
53
     1141 tcatcatgcc ccttatgatc tgggctacaa acgtgataca atggctatta caaagagtag
 
54
     1201 ctgaaacgcg agtttttagc caatctcaaa aaggtagtct cagtacggat tgaagtctgc
 
55
     1261 aactcgactt tatgaagctg gaatcgctag taatcgcgaa tcagcatgtc gcggtgaata
 
56
     1321 cgttctcggg gtttgtacac accgcccgtc aaaccacgaa agttagcaat acccgaaagc
 
57
     1381 agtggcttaa cttcgcaaga agagggagct gtctaaggta gggttgatga ttggggttaa
 
58
     1441 gtcgtaacaa ggtatcctta ccggaaggtg aggatggatc acctcctttc taaggacata
 
59
     1501 catataaaaa tcatcatctt cagttttgaa agacttaggt taaaatataa gtttttcttt
 
60
     1561 ttataaaaaa aagtgtttct cttatataaa agaccaaagg gcctatagct cagttggtta
 
61
     1621 gagcacacgc ctgataagcg tgaggtcggt ggttcgagtc cacttaggcc caccaatttt
 
62
     1681 atatcaggaa aatatttact tcgaagaaag ttctttgaaa agtagataaa catgatttgc
 
63
     1741 ttaa
 
64
//
 
65