← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bioperl/trusty-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/data/map_hem/HEM12-HEM14.meme.txt

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/data/map_hem/HEM12-HEM14.meme.txt
 
1
********************************************************************************
 
2
MEME - Motif discovery tool
 
3
********************************************************************************
 
4
MEME version 3.5.4 (Release date:    )
 
5
 
 
6
For further information on how to interpret these results or to get
 
7
a copy of the MEME software please access http://meme.nbcr.net.
 
8
 
 
9
This file may be used as input to the MAST algorithm for searching
 
10
sequence databases for matches to groups of motifs.  MAST is available
 
11
for interactive use and downloading at http://meme.nbcr.net.
 
12
********************************************************************************
 
13
 
 
14
 
 
15
********************************************************************************
 
16
REFERENCE
 
17
********************************************************************************
 
18
If you use this program in your research, please cite:
 
19
 
 
20
Timothy L. Bailey and Charles Elkan,
 
21
"Fitting a mixture model by expectation maximization to discover
 
22
motifs in biopolymers", Proceedings of the Second International
 
23
Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, pp. 28-36,
 
24
AAAI Press, Menlo Park, California, 1994.
 
25
********************************************************************************
 
26
 
 
27
 
 
28
********************************************************************************
 
29
TRAINING SET
 
30
********************************************************************************
 
31
DATAFILE= HEM12-HEM14.fa
 
32
ALPHABET= ACGT
 
33
Sequence name            Weight Length  Sequence name            Weight Length  
 
34
-------------            ------ ------  -------------            ------ ------  
 
35
SGD_Scer_YDR047W         1.0000   1000  MIT_Spar_c130_3923       1.0000   1000  
 
36
MIT_Sbay_c896_21277      1.0000   1000  WashU_Skud_Contig1362.1  1.0000    761  
 
37
SGD_Scer_YER014W         1.0000    322  MIT_Spar_c425_6072       1.0000    322  
 
38
MIT_Smik_c283_5928       1.0000    322  MIT_Sbay_c84_6418        1.0000    322  
 
39
********************************************************************************
 
40
 
 
41
********************************************************************************
 
42
COMMAND LINE SUMMARY
 
43
********************************************************************************
 
44
This information can also be useful in the event you wish to report a
 
45
problem with the MEME software.
 
46
 
 
47
command: meme HEM12-HEM14.fa -nostatus -dna -revcomp -nmotifs 5 -bfile yeast.nc.1.freq -maxw 20 -mod oops -dir /Volumes/DATA/Home/ajr/sw/powerpc/meme-3.5.4 
 
48
 
 
49
model:  mod=          oops    nmotifs=         5    evt=           inf
 
50
object function=  E-value of product of p-values
 
51
width:  minw=            6    maxw=           20    minic=        0.00
 
52
width:  wg=             11    ws=              1    endgaps=       yes
 
53
nsites: minsites=        8    maxsites=        8    wnsites=       0.8
 
54
theta:  prob=            1    spmap=         uni    spfuzz=        0.5
 
55
em:     prior=   dirichlet    b=            0.01    maxiter=        50
 
56
        distance=    1e-05
 
57
data:   n=            5049    N=               8
 
58
strands: + -
 
59
sample: seed=            0    seqfrac=         1
 
60
Letter frequencies in dataset:
 
61
A 0.296 C 0.204 G 0.204 T 0.296 
 
62
Background letter frequencies (from yeast.nc.1.freq):
 
63
A 0.324 C 0.176 G 0.176 T 0.324 
 
64
********************************************************************************
 
65
 
 
66
 
 
67
********************************************************************************
 
68
MOTIF  1        width =   15   sites =   8   llr = 132   E-value = 1.4e-008
 
69
********************************************************************************
 
70
--------------------------------------------------------------------------------
 
71
        Motif 1 Description
 
72
--------------------------------------------------------------------------------
 
73
Simplified        A  a:::::aa1:65:58
 
74
pos.-specific     C  :a5aa:::4a4:5:3
 
75
probability       G  :::::a::4:::5::
 
76
matrix            T  ::5:::::1::5:5:
 
77
 
 
78
         bits    2.5  * ***   *     
 
79
                 2.3  * ***   *     
 
80
                 2.0  * ***   *     
 
81
                 1.8  * ***   *     
 
82
Information      1.5 ** ***** *  *  
 
83
content          1.3 ** ***** *  *  
 
84
(23.8 bits)      1.0 ******** ** * *
 
85
                 0.8 ******** ** * *
 
86
                 0.5 ***************
 
87
                 0.3 ***************
 
88
                 0.0 ---------------
 
89
 
 
90
Multilevel           ACCCCGAACCAACAA
 
91
consensus              T     G CTGTC
 
92
sequence                            
 
93
                                    
 
94
--------------------------------------------------------------------------------
 
95
 
 
96
--------------------------------------------------------------------------------
 
97
        Motif 1 sites sorted by position p-value
 
98
--------------------------------------------------------------------------------
 
99
Sequence name            Strand  Start   P-value                 Site    
 
100
-------------            ------  ----- ---------            ---------------
 
101
MIT_Sbay_c896_21277          +    213  2.96e-09 GCGTCAAAAA ACCCCGAACCCTGTA TAAACGAGGA
 
102
MIT_Spar_c130_3923           +    242  1.00e-08 TGCCACCAAA ACCCCGAACCCTGTC CCGTATATAC
 
103
SGD_Scer_YDR047W             +    245  1.00e-08 GCCGCCAAAA ACCCCGAACCCTGTC CTGTATATAC
 
104
MIT_Smik_c283_5928           +    117  2.85e-08 TTAAATACGG ACTCCGAAGCAACAA GGTCGAAGGC
 
105
MIT_Spar_c425_6072           +    120  2.85e-08 ATACTCCGCG ACTCCGAAGCAACAA AATGTCGAAG
 
106
SGD_Scer_YER014W             +    121  2.85e-08 ATACTCCGCG ACTCCGAAGCAACAA AGTGTCGAAG
 
107
WashU_Skud_Contig1362.1      +    208  5.25e-08 CTGCCAAAAA ACCCCGAATCATGTA GAAGCGAGAA
 
108
MIT_Sbay_c84_6418            +    113  8.97e-08 ATACTCTGCG ACTCCGAAACAACAA AATCTCGAAG
 
109
--------------------------------------------------------------------------------
 
110
 
 
111
--------------------------------------------------------------------------------
 
112
        Motif 1 block diagrams
 
113
--------------------------------------------------------------------------------
 
114
SEQUENCE NAME            POSITION P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
115
-------------            ----------------  -------------
 
116
MIT_Sbay_c896_21277                 3e-09  212_[+1]_773
 
117
MIT_Spar_c130_3923                  1e-08  241_[+1]_744
 
118
SGD_Scer_YDR047W                    1e-08  244_[+1]_741
 
119
MIT_Smik_c283_5928                2.9e-08  116_[+1]_191
 
120
MIT_Spar_c425_6072                2.9e-08  119_[+1]_188
 
121
SGD_Scer_YER014W                  2.9e-08  120_[+1]_187
 
122
WashU_Skud_Contig1362.1           5.3e-08  207_[+1]_539
 
123
MIT_Sbay_c84_6418                   9e-08  112_[+1]_195
 
124
--------------------------------------------------------------------------------
 
125
 
 
126
--------------------------------------------------------------------------------
 
127
        Motif 1 in BLOCKS format
 
128
--------------------------------------------------------------------------------
 
129
BL   MOTIF 1 width=15 seqs=8
 
130
MIT_Sbay_c896_21277      (  213) ACCCCGAACCCTGTA  1 
 
131
MIT_Spar_c130_3923       (  242) ACCCCGAACCCTGTC  1 
 
132
SGD_Scer_YDR047W         (  245) ACCCCGAACCCTGTC  1 
 
133
MIT_Smik_c283_5928       (  117) ACTCCGAAGCAACAA  1 
 
134
MIT_Spar_c425_6072       (  120) ACTCCGAAGCAACAA  1 
 
135
SGD_Scer_YER014W         (  121) ACTCCGAAGCAACAA  1 
 
136
WashU_Skud_Contig1362.1  (  208) ACCCCGAATCATGTA  1 
 
137
MIT_Sbay_c84_6418        (  113) ACTCCGAAACAACAA  1 
 
138
//
 
139
 
 
140
--------------------------------------------------------------------------------
 
141
 
 
142
--------------------------------------------------------------------------------
 
143
        Motif 1 position-specific scoring matrix
 
144
--------------------------------------------------------------------------------
 
145
log-odds matrix: alength= 4 w= 15 n= 4937 bayes= 9.26708 E= 1.4e-008 
 
146
   162   -965   -965   -965 
 
147
  -965    251   -965   -965 
 
148
  -965    151   -965     62 
 
149
  -965    251   -965   -965 
 
150
  -965    251   -965   -965 
 
151
  -965   -965    251   -965 
 
152
   162   -965   -965   -965 
 
153
   162   -965   -965   -965 
 
154
  -137    109    109   -137 
 
155
  -965    251   -965   -965 
 
156
    95    109   -965   -965 
 
157
    62   -965   -965     62 
 
158
  -965    151    151   -965 
 
159
    62   -965   -965     62 
 
160
   121     51   -965   -965 
 
161
--------------------------------------------------------------------------------
 
162
 
 
163
--------------------------------------------------------------------------------
 
164
        Motif 1 position-specific probability matrix
 
165
--------------------------------------------------------------------------------
 
166
letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 8 E= 1.4e-008 
 
167
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
168
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
169
 0.000000  0.500000  0.000000  0.500000 
 
170
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
171
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
172
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
173
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
174
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
175
 0.125000  0.375000  0.375000  0.125000 
 
176
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
177
 0.625000  0.375000  0.000000  0.000000 
 
178
 0.500000  0.000000  0.000000  0.500000 
 
179
 0.000000  0.500000  0.500000  0.000000 
 
180
 0.500000  0.000000  0.000000  0.500000 
 
181
 0.750000  0.250000  0.000000  0.000000 
 
182
--------------------------------------------------------------------------------
 
183
 
 
184
--------------------------------------------------------------------------------
 
185
        Motif 1 regular expression
 
186
--------------------------------------------------------------------------------
 
187
AC[CT]CCGAA[CG]C[AC][AT][CG][AT][AC]
 
188
--------------------------------------------------------------------------------
 
189
 
 
190
 
 
191
 
 
192
 
 
193
Time  2.78 secs.
 
194
 
 
195
********************************************************************************
 
196
 
 
197
 
 
198
********************************************************************************
 
199
MOTIF  2        width =   20   sites =   8   llr = 144   E-value = 2.6e-007
 
200
********************************************************************************
 
201
--------------------------------------------------------------------------------
 
202
        Motif 2 Description
 
203
--------------------------------------------------------------------------------
 
204
Simplified        A  61:888::9:166::138::
 
205
pos.-specific     C  48131:a1::813:1:5::8
 
206
probability       G  :11::3:91a::::88:3a:
 
207
matrix            T  ::8:1:::::131a113::3
 
208
 
 
209
         bits    2.5       *  *        * 
 
210
                 2.3       *  *        * 
 
211
                 2.0       ** *        * 
 
212
                 1.8       ** *        * 
 
213
Information      1.5       ** *   *    **
 
214
content          1.3  *    *****  ***  **
 
215
(26.0 bits)      1.0 ** * ******  *** ***
 
216
                 0.8 ***********  *** ***
 
217
                 0.5 ********************
 
218
                 0.3 ********************
 
219
                 0.0 --------------------
 
220
 
 
221
Multilevel           ACTAAACGAGCAATGGCAGC
 
222
consensus            C  C G     TC   AG T
 
223
sequence                             T   
 
224
                                         
 
225
--------------------------------------------------------------------------------
 
226
 
 
227
--------------------------------------------------------------------------------
 
228
        Motif 2 sites sorted by position p-value
 
229
--------------------------------------------------------------------------------
 
230
Sequence name            Strand  Start   P-value                    Site      
 
231
-------------            ------  ----- ---------            --------------------
 
232
SGD_Scer_YER014W             +    168  5.54e-13 GCGTTTTGTA ACTAAACGAGCAATGGCAGC TTTCAATTAA
 
233
MIT_Smik_c283_5928           +    162  8.88e-12 GCATTTTACA ACTAAACGAGCAATGGTAGC TTTTGATTGA
 
234
MIT_Spar_c425_6072           +    167  5.42e-11 GCGTTTTGCA ACTAAACGAGTAATGGCAGC TTTTAATTAA
 
235
MIT_Sbay_c84_6418            +    163  5.99e-10 AATATTCACC ACTAAACGAGCAATGACAGT TATATTCAAA
 
236
MIT_Sbay_c896_21277          -    914  4.51e-09 TTTTCCCGAG CAGAAACGAGCCCTGGAAGC TGCCTTCATT
 
237
MIT_Spar_c130_3923           -    836  3.57e-08 TGTCTTTCCA ACTCAGCGAGATTTGTCGGC CGGAAAAAAA
 
238
WashU_Skud_Contig1362.1      +    659  6.59e-08 AACATGCCGT CCCCTACCAGCTCTCGAAGC GGGCCTAGCA
 
239
SGD_Scer_YDR047W             -    382  1.24e-07 TTGTAGTATA CGTACGCGGGCAATTGTGGT GACAGTATCT
 
240
--------------------------------------------------------------------------------
 
241
 
 
242
--------------------------------------------------------------------------------
 
243
        Motif 2 block diagrams
 
244
--------------------------------------------------------------------------------
 
245
SEQUENCE NAME            POSITION P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
246
-------------            ----------------  -------------
 
247
SGD_Scer_YER014W                  5.5e-13  167_[+2]_135
 
248
MIT_Smik_c283_5928                8.9e-12  161_[+2]_141
 
249
MIT_Spar_c425_6072                5.4e-11  166_[+2]_136
 
250
MIT_Sbay_c84_6418                   6e-10  162_[+2]_140
 
251
MIT_Sbay_c896_21277               4.5e-09  913_[-2]_67
 
252
MIT_Spar_c130_3923                3.6e-08  835_[-2]_145
 
253
WashU_Skud_Contig1362.1           6.6e-08  658_[+2]_83
 
254
SGD_Scer_YDR047W                  1.2e-07  381_[-2]_599
 
255
--------------------------------------------------------------------------------
 
256
 
 
257
--------------------------------------------------------------------------------
 
258
        Motif 2 in BLOCKS format
 
259
--------------------------------------------------------------------------------
 
260
BL   MOTIF 2 width=20 seqs=8
 
261
SGD_Scer_YER014W         (  168) ACTAAACGAGCAATGGCAGC  1 
 
262
MIT_Smik_c283_5928       (  162) ACTAAACGAGCAATGGTAGC  1 
 
263
MIT_Spar_c425_6072       (  167) ACTAAACGAGTAATGGCAGC  1 
 
264
MIT_Sbay_c84_6418        (  163) ACTAAACGAGCAATGACAGT  1 
 
265
MIT_Sbay_c896_21277      (  914) CAGAAACGAGCCCTGGAAGC  1 
 
266
MIT_Spar_c130_3923       (  836) ACTCAGCGAGATTTGTCGGC  1 
 
267
WashU_Skud_Contig1362.1  (  659) CCCCTACCAGCTCTCGAAGC  1 
 
268
SGD_Scer_YDR047W         (  382) CGTACGCGGGCAATTGTGGT  1 
 
269
//
 
270
 
 
271
--------------------------------------------------------------------------------
 
272
 
 
273
--------------------------------------------------------------------------------
 
274
        Motif 2 position-specific scoring matrix
 
275
--------------------------------------------------------------------------------
 
276
log-odds matrix: alength= 4 w= 20 n= 4897 bayes= 9.25532 E= 2.6e-007 
 
277
    95    109   -965   -965 
 
278
  -137    209    -49   -965 
 
279
  -965    -49    -49    121 
 
280
   121     51   -965   -965 
 
281
   121    -49   -965   -137 
 
282
   121   -965     51   -965 
 
283
  -965    251   -965   -965 
 
284
  -965    -49    232   -965 
 
285
   143   -965    -49   -965 
 
286
  -965   -965    251   -965 
 
287
  -137    209   -965   -137 
 
288
    95    -49   -965    -38 
 
289
    95     51   -965   -137 
 
290
  -965   -965   -965    162 
 
291
  -965    -49    209   -137 
 
292
  -137   -965    209   -137 
 
293
   -38    151   -965    -38 
 
294
   121   -965     51   -965 
 
295
  -965   -965    251   -965 
 
296
  -965    209   -965    -38 
 
297
--------------------------------------------------------------------------------
 
298
 
 
299
--------------------------------------------------------------------------------
 
300
        Motif 2 position-specific probability matrix
 
301
--------------------------------------------------------------------------------
 
302
letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 8 E= 2.6e-007 
 
303
 0.625000  0.375000  0.000000  0.000000 
 
304
 0.125000  0.750000  0.125000  0.000000 
 
305
 0.000000  0.125000  0.125000  0.750000 
 
306
 0.750000  0.250000  0.000000  0.000000 
 
307
 0.750000  0.125000  0.000000  0.125000 
 
308
 0.750000  0.000000  0.250000  0.000000 
 
309
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
310
 0.000000  0.125000  0.875000  0.000000 
 
311
 0.875000  0.000000  0.125000  0.000000 
 
312
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
313
 0.125000  0.750000  0.000000  0.125000 
 
314
 0.625000  0.125000  0.000000  0.250000 
 
315
 0.625000  0.250000  0.000000  0.125000 
 
316
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
317
 0.000000  0.125000  0.750000  0.125000 
 
318
 0.125000  0.000000  0.750000  0.125000 
 
319
 0.250000  0.500000  0.000000  0.250000 
 
320
 0.750000  0.000000  0.250000  0.000000 
 
321
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
322
 0.000000  0.750000  0.000000  0.250000 
 
323
--------------------------------------------------------------------------------
 
324
 
 
325
--------------------------------------------------------------------------------
 
326
        Motif 2 regular expression
 
327
--------------------------------------------------------------------------------
 
328
[AC]CT[AC]A[AG]CGAGC[AT][AC]TGG[CAT][AG]G[CT]
 
329
--------------------------------------------------------------------------------
 
330
 
 
331
 
 
332
 
 
333
 
 
334
Time  5.72 secs.
 
335
 
 
336
********************************************************************************
 
337
 
 
338
 
 
339
********************************************************************************
 
340
MOTIF  3        width =   18   sites =   8   llr = 139   E-value = 1.4e-007
 
341
********************************************************************************
 
342
--------------------------------------------------------------------------------
 
343
        Motif 3 Description
 
344
--------------------------------------------------------------------------------
 
345
Simplified        A  ::::aa:::a63614a86
 
346
pos.-specific     C  14a3::::a:::311:::
 
347
probability       G  9::5::6a::48:15:34
 
348
matrix            T  :6:3::4:::::16::::
 
349
 
 
350
         bits    2.5   *    **         
 
351
                 2.3   *    **         
 
352
                 2.0 * *    **         
 
353
                 1.8 * *    **         
 
354
Information      1.5 * * ** *** *   *  
 
355
content          1.3 * * ****** *   *  
 
356
(25.1 bits)      1.0 *** ********   ***
 
357
                 0.8 ************  ****
 
358
                 0.5 ************* ****
 
359
                 0.3 ******************
 
360
                 0.0 ------------------
 
361
 
 
362
Multilevel           GTCGAAGGCAAGATGAAA
 
363
consensus             C C  T   GAC A GG
 
364
sequence                T              
 
365
                                       
 
366
--------------------------------------------------------------------------------
 
367
 
 
368
--------------------------------------------------------------------------------
 
369
        Motif 3 sites sorted by position p-value
 
370
--------------------------------------------------------------------------------
 
371
Sequence name            Strand  Start   P-value                   Site     
 
372
-------------            ------  ----- ---------            ------------------
 
373
MIT_Spar_c425_6072           +    138  4.37e-11 GCAACAAAAT GTCGAAGGCAAGATGAAA GGCGTTTTGC
 
374
MIT_Smik_c283_5928           +    133  7.23e-11 AAGCAACAAG GTCGAAGGCAAGCTGAAA GGCATTTTAC
 
375
SGD_Scer_YDR047W             -    769  2.84e-09 ACACTAGTAA GTCTAATGCAGGATGAAG AAACGAAGAA
 
376
SGD_Scer_YER014W             +    139  7.28e-09 GCAACAAAGT GTCGAAGGCAAGTTCAAA GGCGTTTTGT
 
377
MIT_Sbay_c896_21277          -    742  9.47e-09 ACGCTGCTAG GCCCAAGGCAGAACGAAA TAAGAAATGA
 
378
MIT_Sbay_c84_6418            +    131  1.10e-08 ACAACAAAAT CTCGAAGGCAAGCTAAGG TAAAAATATT
 
379
WashU_Skud_Contig1362.1      -    743  2.13e-08          A GCCCAATGCAAGAAAAAA GCAGCGCAGC
 
380
MIT_Spar_c130_3923           -    774  6.83e-08 ACGCTAGTAA GCCTAATGCAGAAGAAGG AAAGGACACG
 
381
--------------------------------------------------------------------------------
 
382
 
 
383
--------------------------------------------------------------------------------
 
384
        Motif 3 block diagrams
 
385
--------------------------------------------------------------------------------
 
386
SEQUENCE NAME            POSITION P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
387
-------------            ----------------  -------------
 
388
MIT_Spar_c425_6072                4.4e-11  137_[+3]_167
 
389
MIT_Smik_c283_5928                7.2e-11  132_[+3]_172
 
390
SGD_Scer_YDR047W                  2.8e-09  768_[-3]_214
 
391
SGD_Scer_YER014W                  7.3e-09  138_[+3]_166
 
392
MIT_Sbay_c896_21277               9.5e-09  741_[-3]_241
 
393
MIT_Sbay_c84_6418                 1.1e-08  130_[+3]_174
 
394
WashU_Skud_Contig1362.1           2.1e-08  742_[-3]_1
 
395
MIT_Spar_c130_3923                6.8e-08  773_[-3]_209
 
396
--------------------------------------------------------------------------------
 
397
 
 
398
--------------------------------------------------------------------------------
 
399
        Motif 3 in BLOCKS format
 
400
--------------------------------------------------------------------------------
 
401
BL   MOTIF 3 width=18 seqs=8
 
402
MIT_Spar_c425_6072       (  138) GTCGAAGGCAAGATGAAA  1 
 
403
MIT_Smik_c283_5928       (  133) GTCGAAGGCAAGCTGAAA  1 
 
404
SGD_Scer_YDR047W         (  769) GTCTAATGCAGGATGAAG  1 
 
405
SGD_Scer_YER014W         (  139) GTCGAAGGCAAGTTCAAA  1 
 
406
MIT_Sbay_c896_21277      (  742) GCCCAAGGCAGAACGAAA  1 
 
407
MIT_Sbay_c84_6418        (  131) CTCGAAGGCAAGCTAAGG  1 
 
408
WashU_Skud_Contig1362.1  (  743) GCCCAATGCAAGAAAAAA  1 
 
409
MIT_Spar_c130_3923       (  774) GCCTAATGCAGAAGAAGG  1 
 
410
//
 
411
 
 
412
--------------------------------------------------------------------------------
 
413
 
 
414
--------------------------------------------------------------------------------
 
415
        Motif 3 position-specific scoring matrix
 
416
--------------------------------------------------------------------------------
 
417
log-odds matrix: alength= 4 w= 18 n= 4913 bayes= 9.26004 E= 1.4e-007 
 
418
  -965    -49    232   -965 
 
419
  -965    109   -965     95 
 
420
  -965    251   -965   -965 
 
421
  -965     51    151    -38 
 
422
   162   -965   -965   -965 
 
423
   162   -965   -965   -965 
 
424
  -965   -965    183     21 
 
425
  -965   -965    251   -965 
 
426
  -965    251   -965   -965 
 
427
   162   -965   -965   -965 
 
428
    95   -965    109   -965 
 
429
   -38   -965    209   -965 
 
430
    95     51   -965   -137 
 
431
  -137    -49    -49     95 
 
432
    21    -49    151   -965 
 
433
   162   -965   -965   -965 
 
434
   121   -965     51   -965 
 
435
    95   -965    109   -965 
 
436
--------------------------------------------------------------------------------
 
437
 
 
438
--------------------------------------------------------------------------------
 
439
        Motif 3 position-specific probability matrix
 
440
--------------------------------------------------------------------------------
 
441
letter-probability matrix: alength= 4 w= 18 nsites= 8 E= 1.4e-007 
 
442
 0.000000  0.125000  0.875000  0.000000 
 
443
 0.000000  0.375000  0.000000  0.625000 
 
444
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
445
 0.000000  0.250000  0.500000  0.250000 
 
446
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
447
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
448
 0.000000  0.000000  0.625000  0.375000 
 
449
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
450
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
451
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
452
 0.625000  0.000000  0.375000  0.000000 
 
453
 0.250000  0.000000  0.750000  0.000000 
 
454
 0.625000  0.250000  0.000000  0.125000 
 
455
 0.125000  0.125000  0.125000  0.625000 
 
456
 0.375000  0.125000  0.500000  0.000000 
 
457
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
458
 0.750000  0.000000  0.250000  0.000000 
 
459
 0.625000  0.000000  0.375000  0.000000 
 
460
--------------------------------------------------------------------------------
 
461
 
 
462
--------------------------------------------------------------------------------
 
463
        Motif 3 regular expression
 
464
--------------------------------------------------------------------------------
 
465
G[TC]C[GCT]AA[GT]GCA[AG][GA][AC]T[GA]A[AG][AG]
 
466
--------------------------------------------------------------------------------
 
467
 
 
468
 
 
469
 
 
470
 
 
471
Time  8.67 secs.
 
472
 
 
473
********************************************************************************
 
474
 
 
475
 
 
476
********************************************************************************
 
477
MOTIF  4        width =   20   sites =   8   llr = 132   E-value = 6.8e-002
 
478
********************************************************************************
 
479
--------------------------------------------------------------------------------
 
480
        Motif 4 Description
 
481
--------------------------------------------------------------------------------
 
482
Simplified        A  6::5:93:::1955985431
 
483
pos.-specific     C  ::::::1a:96:::::1:36
 
484
probability       G  :3953:6:a:31441:4653
 
485
matrix            T  481:81:::1::11:3::::
 
486
 
 
487
         bits    2.5        **           
 
488
                 2.3        **           
 
489
                 2.0        **           
 
490
                 1.8   *    ***          
 
491
Information      1.5   *    ***          
 
492
content          1.3   *    *** *  *  *  
 
493
(23.8 bits)      1.0  ***********  *  * *
 
494
                 0.8 ************  ******
 
495
                 0.5 ********************
 
496
                 0.3 ********************
 
497
                 0.0 --------------------
 
498
 
 
499
Multilevel           ATGATAGCGCCAAAAAAGGC
 
500
consensus            TG GG A   G GG TGAAG
 
501
sequence                               C 
 
502
                                         
 
503
--------------------------------------------------------------------------------
 
504
 
 
505
--------------------------------------------------------------------------------
 
506
        Motif 4 sites sorted by position p-value
 
507
--------------------------------------------------------------------------------
 
508
Sequence name            Strand  Start   P-value                    Site      
 
509
-------------            ------  ----- ---------            --------------------
 
510
MIT_Sbay_c896_21277          +    244  1.24e-12 AGGAAGCTGC ATGGTAGCGCCAGAAAAGGC AGATAACCTT
 
511
MIT_Spar_c130_3923           +    292  4.51e-10 AAAATCGTGT ATGGTAGCGCCAAGATAGCG AATAAACTAT
 
512
SGD_Scer_YDR047W             +    294  7.62e-10 AAGATCGTGT ATGATAGCGCCAAGATGGCG GATAAACTAA
 
513
WashU_Skud_Contig1362.1      +    251  2.49e-09 GAGGAAGTGT ATGGTAGCGCCAAGGAAAAC GGGCAATACT
 
514
SGD_Scer_YER014W             -      8  4.22e-09 TAAAGTGCAA TTGAGAACGCCAAAAAGAGC TTGTATA   
 
515
MIT_Spar_c425_6072           -      8  4.66e-09 GAAGGTACAA TTGGGAACGCGGGAAAGGGC TCGAATA   
 
516
MIT_Smik_c283_5928           -     22  7.67e-07 AACCATATCT AGTATAGCGCGATTAAAGAA ATAGTGGAGA
 
517
MIT_Sbay_c84_6418            -     23  1.04e-06 ACAGTCTCGC TGGATTCCGTAAGAAACAGC GGAATAAAGG
 
518
--------------------------------------------------------------------------------
 
519
 
 
520
--------------------------------------------------------------------------------
 
521
        Motif 4 block diagrams
 
522
--------------------------------------------------------------------------------
 
523
SEQUENCE NAME            POSITION P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
524
-------------            ----------------  -------------
 
525
MIT_Sbay_c896_21277               1.2e-12  243_[+4]_737
 
526
MIT_Spar_c130_3923                4.5e-10  291_[+4]_689
 
527
SGD_Scer_YDR047W                  7.6e-10  293_[+4]_687
 
528
WashU_Skud_Contig1362.1           2.5e-09  250_[+4]_491
 
529
SGD_Scer_YER014W                  4.2e-09  7_[-4]_295
 
530
MIT_Spar_c425_6072                4.7e-09  7_[-4]_295
 
531
MIT_Smik_c283_5928                7.7e-07  21_[-4]_281
 
532
MIT_Sbay_c84_6418                   1e-06  22_[-4]_280
 
533
--------------------------------------------------------------------------------
 
534
 
 
535
--------------------------------------------------------------------------------
 
536
        Motif 4 in BLOCKS format
 
537
--------------------------------------------------------------------------------
 
538
BL   MOTIF 4 width=20 seqs=8
 
539
MIT_Sbay_c896_21277      (  244) ATGGTAGCGCCAGAAAAGGC  1 
 
540
MIT_Spar_c130_3923       (  292) ATGGTAGCGCCAAGATAGCG  1 
 
541
SGD_Scer_YDR047W         (  294) ATGATAGCGCCAAGATGGCG  1 
 
542
WashU_Skud_Contig1362.1  (  251) ATGGTAGCGCCAAGGAAAAC  1 
 
543
SGD_Scer_YER014W         (    8) TTGAGAACGCCAAAAAGAGC  1 
 
544
MIT_Spar_c425_6072       (    8) TTGGGAACGCGGGAAAGGGC  1 
 
545
MIT_Smik_c283_5928       (   22) AGTATAGCGCGATTAAAGAA  1 
 
546
MIT_Sbay_c84_6418        (   23) TGGATTCCGTAAGAAACAGC  1 
 
547
//
 
548
 
 
549
--------------------------------------------------------------------------------
 
550
 
 
551
--------------------------------------------------------------------------------
 
552
        Motif 4 position-specific scoring matrix
 
553
--------------------------------------------------------------------------------
 
554
log-odds matrix: alength= 4 w= 20 n= 4897 bayes= 9.25532 E= 6.8e-002 
 
555
    95   -965   -965     21 
 
556
  -965   -965     51    121 
 
557
  -965   -965    232   -137 
 
558
    62   -965    151   -965 
 
559
  -965   -965     51    121 
 
560
   143   -965   -965   -137 
 
561
   -38    -49    183   -965 
 
562
  -965    251   -965   -965 
 
563
  -965   -965    251   -965 
 
564
  -965    232   -965   -137 
 
565
  -137    183     51   -965 
 
566
   143   -965    -49   -965 
 
567
    62   -965    109   -137 
 
568
    62   -965    109   -137 
 
569
   143   -965    -49   -965 
 
570
   121   -965   -965    -38 
 
571
    62    -49    109   -965 
 
572
    21   -965    183   -965 
 
573
   -38     51    151   -965 
 
574
  -137    183     51   -965 
 
575
--------------------------------------------------------------------------------
 
576
 
 
577
--------------------------------------------------------------------------------
 
578
        Motif 4 position-specific probability matrix
 
579
--------------------------------------------------------------------------------
 
580
letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 8 E= 6.8e-002 
 
581
 0.625000  0.000000  0.000000  0.375000 
 
582
 0.000000  0.000000  0.250000  0.750000 
 
583
 0.000000  0.000000  0.875000  0.125000 
 
584
 0.500000  0.000000  0.500000  0.000000 
 
585
 0.000000  0.000000  0.250000  0.750000 
 
586
 0.875000  0.000000  0.000000  0.125000 
 
587
 0.250000  0.125000  0.625000  0.000000 
 
588
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
589
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
590
 0.000000  0.875000  0.000000  0.125000 
 
591
 0.125000  0.625000  0.250000  0.000000 
 
592
 0.875000  0.000000  0.125000  0.000000 
 
593
 0.500000  0.000000  0.375000  0.125000 
 
594
 0.500000  0.000000  0.375000  0.125000 
 
595
 0.875000  0.000000  0.125000  0.000000 
 
596
 0.750000  0.000000  0.000000  0.250000 
 
597
 0.500000  0.125000  0.375000  0.000000 
 
598
 0.375000  0.000000  0.625000  0.000000 
 
599
 0.250000  0.250000  0.500000  0.000000 
 
600
 0.125000  0.625000  0.250000  0.000000 
 
601
--------------------------------------------------------------------------------
 
602
 
 
603
--------------------------------------------------------------------------------
 
604
        Motif 4 regular expression
 
605
--------------------------------------------------------------------------------
 
606
[AT][TG]G[AG][TG]A[GA]CGC[CG]A[AG][AG]A[AT][AG][GA][GAC][CG]
 
607
--------------------------------------------------------------------------------
 
608
 
 
609
 
 
610
 
 
611
 
 
612
Time 11.28 secs.
 
613
 
 
614
********************************************************************************
 
615
 
 
616
 
 
617
********************************************************************************
 
618
MOTIF  5        width =   14   sites =   8   llr = 115   E-value = 4.7e-003
 
619
********************************************************************************
 
620
--------------------------------------------------------------------------------
 
621
        Motif 5 Description
 
622
--------------------------------------------------------------------------------
 
623
Simplified        A  ::5::1::::::::
 
624
pos.-specific     C  a::35:::a433a5
 
625
probability       G  ::51:9::::4:::
 
626
matrix            T  :a:65:aa:648:5
 
627
 
 
628
         bits    2.5 *       *   * 
 
629
                 2.3 *       *   * 
 
630
                 2.0 *       *   * 
 
631
                 1.8 *    *  *   * 
 
632
Information      1.5 **   ****   * 
 
633
content          1.3 **   ****   * 
 
634
(20.8 bits)      1.0 *** ****** ***
 
635
                 0.8 ********** ***
 
636
                 0.5 **************
 
637
                 0.3 **************
 
638
                 0.0 --------------
 
639
 
 
640
Multilevel           CTATCGTTCTGTCC
 
641
consensus              GCT    CTC T
 
642
sequence                       C   
 
643
                                   
 
644
--------------------------------------------------------------------------------
 
645
 
 
646
--------------------------------------------------------------------------------
 
647
        Motif 5 sites sorted by position p-value
 
648
--------------------------------------------------------------------------------
 
649
Sequence name            Strand  Start   P-value                 Site   
 
650
-------------            ------  ----- ---------            --------------
 
651
MIT_Spar_c130_3923           +    714  1.93e-09 CTCTAAAATG CTGCCGTTCCGTCC CATTGAGTTT
 
652
SGD_Scer_YDR047W             +    714  1.93e-09 TTAAAAAATG CTGCCGTTCCGTCC CATTGAGTTT
 
653
MIT_Sbay_c896_21277          +    705  8.69e-08 CAGCCAAACA CTGGCGTTCCGCCC GTCCCATCCA
 
654
MIT_Smik_c283_5928           +     77  2.04e-07 GCAAATCCCT CTATTGTTCTTTCC ATTACTCTTT
 
655
MIT_Spar_c425_6072           +     75  3.04e-07 GCGGATCTCT CTATTGTTCTCTCT ATTATTCTTT
 
656
SGD_Scer_YER014W             +     75  3.04e-07 GCGAATATCT CTATTGTTCTCTCT ATTATACTAT
 
657
MIT_Sbay_c84_6418            +     70  4.30e-07 TCGCATCCTT CTATTGTTCTTCCT TATTGTTCTC
 
658
WashU_Skud_Contig1362.1      -    282  5.90e-07 TGGCTGAGCT CTGTCATTCTTTCT AAGTATTGCC
 
659
--------------------------------------------------------------------------------
 
660
 
 
661
--------------------------------------------------------------------------------
 
662
        Motif 5 block diagrams
 
663
--------------------------------------------------------------------------------
 
664
SEQUENCE NAME            POSITION P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
665
-------------            ----------------  -------------
 
666
MIT_Spar_c130_3923                1.9e-09  713_[+5]_273
 
667
SGD_Scer_YDR047W                  1.9e-09  713_[+5]_273
 
668
MIT_Sbay_c896_21277               8.7e-08  704_[+5]_282
 
669
MIT_Smik_c283_5928                  2e-07  76_[+5]_232
 
670
MIT_Spar_c425_6072                  3e-07  74_[+5]_234
 
671
SGD_Scer_YER014W                    3e-07  74_[+5]_234
 
672
MIT_Sbay_c84_6418                 4.3e-07  69_[+5]_239
 
673
WashU_Skud_Contig1362.1           5.9e-07  281_[-5]_466
 
674
--------------------------------------------------------------------------------
 
675
 
 
676
--------------------------------------------------------------------------------
 
677
        Motif 5 in BLOCKS format
 
678
--------------------------------------------------------------------------------
 
679
BL   MOTIF 5 width=14 seqs=8
 
680
MIT_Spar_c130_3923       (  714) CTGCCGTTCCGTCC  1 
 
681
SGD_Scer_YDR047W         (  714) CTGCCGTTCCGTCC  1 
 
682
MIT_Sbay_c896_21277      (  705) CTGGCGTTCCGCCC  1 
 
683
MIT_Smik_c283_5928       (   77) CTATTGTTCTTTCC  1 
 
684
MIT_Spar_c425_6072       (   75) CTATTGTTCTCTCT  1 
 
685
SGD_Scer_YER014W         (   75) CTATTGTTCTCTCT  1 
 
686
MIT_Sbay_c84_6418        (   70) CTATTGTTCTTCCT  1 
 
687
WashU_Skud_Contig1362.1  (  282) CTGTCATTCTTTCT  1 
 
688
//
 
689
 
 
690
--------------------------------------------------------------------------------
 
691
 
 
692
--------------------------------------------------------------------------------
 
693
        Motif 5 position-specific scoring matrix
 
694
--------------------------------------------------------------------------------
 
695
log-odds matrix: alength= 4 w= 14 n= 4945 bayes= 9.26942 E= 4.7e-003 
 
696
  -965    251   -965   -965 
 
697
  -965   -965   -965    162 
 
698
    62   -965    151   -965 
 
699
  -965     51    -49     95 
 
700
  -965    151   -965     62 
 
701
  -137   -965    232   -965 
 
702
  -965   -965   -965    162 
 
703
  -965   -965   -965    162 
 
704
  -965    251   -965   -965 
 
705
  -965    109   -965     95 
 
706
  -965     51    109     21 
 
707
  -965     51   -965    121 
 
708
  -965    251   -965   -965 
 
709
  -965    151   -965     62 
 
710
--------------------------------------------------------------------------------
 
711
 
 
712
--------------------------------------------------------------------------------
 
713
        Motif 5 position-specific probability matrix
 
714
--------------------------------------------------------------------------------
 
715
letter-probability matrix: alength= 4 w= 14 nsites= 8 E= 4.7e-003 
 
716
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
717
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
718
 0.500000  0.000000  0.500000  0.000000 
 
719
 0.000000  0.250000  0.125000  0.625000 
 
720
 0.000000  0.500000  0.000000  0.500000 
 
721
 0.125000  0.000000  0.875000  0.000000 
 
722
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
723
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
724
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
725
 0.000000  0.375000  0.000000  0.625000 
 
726
 0.000000  0.250000  0.375000  0.375000 
 
727
 0.000000  0.250000  0.000000  0.750000 
 
728
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
729
 0.000000  0.500000  0.000000  0.500000 
 
730
--------------------------------------------------------------------------------
 
731
 
 
732
--------------------------------------------------------------------------------
 
733
        Motif 5 regular expression
 
734
--------------------------------------------------------------------------------
 
735
CT[AG][TC][CT]GTTC[TC][GTC][TC]C[CT]
 
736
--------------------------------------------------------------------------------
 
737
 
 
738
 
 
739
 
 
740
 
 
741
Time 13.87 secs.
 
742
 
 
743
********************************************************************************
 
744
 
 
745
 
 
746
********************************************************************************
 
747
SUMMARY OF MOTIFS
 
748
********************************************************************************
 
749
 
 
750
--------------------------------------------------------------------------------
 
751
        Combined block diagrams: non-overlapping sites with p-value < 0.0001
 
752
--------------------------------------------------------------------------------
 
753
SEQUENCE NAME            COMBINED P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
754
-------------            ----------------  -------------
 
755
SGD_Scer_YDR047W                 7.31e-20  108_[+5(5.48e-05)]_122_[+1(1.00e-08)]_34_[+4(7.62e-10)]_68_[-2(1.24e-07)]_312_[+5(1.93e-09)]_41_[-3(2.84e-09)]_214
 
756
MIT_Spar_c130_3923               2.71e-19  241_[+1(1.00e-08)]_35_[+4(4.51e-10)]_5_[-2(1.77e-05)]_377_[+5(1.93e-09)]_46_[-3(6.83e-08)]_3_[+5(7.96e-06)]_27_[-2(3.57e-08)]_145
 
757
MIT_Sbay_c896_21277              2.82e-22  212_[+1(2.96e-09)]_16_[+4(1.24e-12)]_398_[+3(9.45e-05)]_25_[+5(8.69e-08)]_23_[-3(9.47e-09)]_154_[-2(4.51e-09)]_67
 
758
WashU_Skud_Contig1362.1          2.00e-16  207_[+1(5.25e-08)]_28_[+4(2.49e-09)]_11_[-5(5.90e-07)]_363_[+2(6.59e-08)]_64_[-3(2.13e-08)]_1
 
759
SGD_Scer_YER014W                 1.10e-23  7_[-4(4.22e-09)]_47_[+5(3.04e-07)]_32_[+1(2.85e-08)]_3_[+3(7.28e-09)]_11_[+2(5.54e-13)]_135
 
760
MIT_Spar_c425_6072               7.28e-24  7_[-4(4.66e-09)]_47_[+5(3.04e-07)]_31_[+1(2.85e-08)]_3_[+3(4.37e-11)]_11_[+2(5.42e-11)]_136
 
761
MIT_Smik_c283_5928               1.78e-22  21_[-4(7.67e-07)]_35_[+5(2.04e-07)]_26_[+1(2.85e-08)]_1_[+3(7.23e-11)]_11_[+2(8.88e-12)]_141
 
762
MIT_Sbay_c84_6418                7.50e-18  22_[-4(1.04e-06)]_6_[+5(5.48e-05)]_7_[+5(4.30e-07)]_29_[+1(8.97e-08)]_3_[+3(1.10e-08)]_14_[+2(5.99e-10)]_140
 
763
--------------------------------------------------------------------------------
 
764
 
 
765
********************************************************************************
 
766
 
 
767
 
 
768
********************************************************************************
 
769
Stopped because nmotifs = 5 reached.
 
770
********************************************************************************
 
771
 
 
772
CPU: dhn02990.mrc-dunn.cam.ac.uk
 
773
 
 
774
********************************************************************************