← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bioperl/trusty-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/Tools/Fgenesh.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/Tools/Fgenesh.pm
1
 
# $Id: Fgenesh.pm,v 1.10.4.2 2006/10/02 23:10:32 sendu Exp $
 
1
# $Id: Fgenesh.pm 14646 2008-04-02 16:24:49Z cjfields $
2
2
#
3
3
# BioPerl module for Bio::Tools::Fgenesh
4
4
#
275
275
            }
276
276
            # split into fields
277
277
            chomp();
278
 
            my @flds = split(/\s+/, $line);
 
278
            my @flds = split(/\s+/, ' ' . $line);
 
279
            ## NB - the above adds leading whitespace before the gene
 
280
            ## number in case there was none (as quick patch to code
 
281
            ## below which expects it but it is not present after 999
 
282
            ## predictions!) This allows >999 predictions to be parsed.
279
283
 
280
284
            # create the feature object depending on the type of signal
281
285
            my $predobj;
316
320
            # are set, in order to allow for proper expansion of the range)
317
321
            if($is_exon) {
318
322
                # first, set fields unique to exons
319
 
                $predobj->primary_tag($ExonTags{$flds[3]} . 'Exon');
 
323
                $predobj->primary_tag($ExonTags{$flds[4]} . 'Exon');
320
324
                $predobj->is_coding(1);
321
325
                my $cod_offset;
322
326
                if($predobj->strand() == 1) {
388
392
            last;
389
393
        };
390
394
    }
 
395
 
391
396
    $self->_predictions_parsed(1);
392
397
}
393
398