← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bioperl/trusty-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/SearchIO/sim4.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/SearchIO/sim4.pm
1
 
# $Id: sim4.pm,v 1.13.4.1 2006/10/02 23:10:26 sendu Exp $
 
1
# $Id: sim4.pm 11480 2007-06-14 14:16:21Z sendu $
2
2
#
3
3
# BioPerl module for Bio::SearchIO::sim4
4
4
#
18
18
 
19
19
  # do not use this module directly, it is a driver for SearchIO
20
20
  use Bio::SearchIO;
21
 
  my $searchio = new Bio::SearchIO(-file => 'results.sim4',
 
21
  my $searchio = Bio::SearchIO->new(-file => 'results.sim4',
22
22
                                   -format => 'sim4');
23
23
 
24
24
  while ( my $result = $searchio->next_result ) {
132
132
=head2 new
133
133
 
134
134
 Title   : new
135
 
 Usage   : my $obj = new Bio::SearchIO::sim4();
 
135
 Usage   : my $obj = Bio::SearchIO::sim4->new();
136
136
 Function: Builds a new Bio::SearchIO::sim4 object
137
137
 Returns : an instance of Bio::SearchIO::sim4
138
138
 Args    :