← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bioperl/trusty-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/data/map_hem/HEM1-HEM13.meme.txt

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/data/map_hem/HEM1-HEM13.meme.txt
 
1
********************************************************************************
 
2
MEME - Motif discovery tool
 
3
********************************************************************************
 
4
MEME version 3.5.4 (Release date:    )
 
5
 
 
6
For further information on how to interpret these results or to get
 
7
a copy of the MEME software please access http://meme.nbcr.net.
 
8
 
 
9
This file may be used as input to the MAST algorithm for searching
 
10
sequence databases for matches to groups of motifs.  MAST is available
 
11
for interactive use and downloading at http://meme.nbcr.net.
 
12
********************************************************************************
 
13
 
 
14
 
 
15
********************************************************************************
 
16
REFERENCE
 
17
********************************************************************************
 
18
If you use this program in your research, please cite:
 
19
 
 
20
Timothy L. Bailey and Charles Elkan,
 
21
"Fitting a mixture model by expectation maximization to discover
 
22
motifs in biopolymers", Proceedings of the Second International
 
23
Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, pp. 28-36,
 
24
AAAI Press, Menlo Park, California, 1994.
 
25
********************************************************************************
 
26
 
 
27
 
 
28
********************************************************************************
 
29
TRAINING SET
 
30
********************************************************************************
 
31
DATAFILE= HEM1-HEM13.fa
 
32
ALPHABET= ACGT
 
33
Sequence name            Weight Length  Sequence name            Weight Length  
 
34
-------------            ------ ------  -------------            ------ ------  
 
35
SGD_Scer_YDR232W         1.0000    498  MIT_Spar_c117_4603       1.0000    498  
 
36
MIT_Smik_c228_4055       1.0000    498  WashU_Skud_Contig2069.5  1.0000    498  
 
37
WashU_Sbay_Contig461.5   1.0000    498  SGD_Scer_YDR044W         1.0000   1000  
 
38
MIT_Spar_c130_3912       1.0000   1000  MIT_Sbay_c896_21290      1.0000   1000  
 
39
WashU_Smik_Contig2283.3  1.0000   1000  
 
40
********************************************************************************
 
41
 
 
42
********************************************************************************
 
43
COMMAND LINE SUMMARY
 
44
********************************************************************************
 
45
This information can also be useful in the event you wish to report a
 
46
problem with the MEME software.
 
47
 
 
48
command: meme HEM1-HEM13.fa -nostatus -dna -revcomp -nmotifs 5 -bfile yeast.nc.1.freq -maxw 20 -mod oops -dir /Volumes/DATA/Home/ajr/sw/powerpc/meme-3.5.4 
 
49
 
 
50
model:  mod=          oops    nmotifs=         5    evt=           inf
 
51
object function=  E-value of product of p-values
 
52
width:  minw=            6    maxw=           20    minic=        0.00
 
53
width:  wg=             11    ws=              1    endgaps=       yes
 
54
nsites: minsites=        9    maxsites=        9    wnsites=       0.8
 
55
theta:  prob=            1    spmap=         uni    spfuzz=        0.5
 
56
em:     prior=   dirichlet    b=            0.01    maxiter=        50
 
57
        distance=    1e-05
 
58
data:   n=            6490    N=               9
 
59
strands: + -
 
60
sample: seed=            0    seqfrac=         1
 
61
Letter frequencies in dataset:
 
62
A 0.288 C 0.212 G 0.212 T 0.288 
 
63
Background letter frequencies (from yeast.nc.1.freq):
 
64
A 0.324 C 0.176 G 0.176 T 0.324 
 
65
********************************************************************************
 
66
 
 
67
 
 
68
********************************************************************************
 
69
MOTIF  1        width =   20   sites =   9   llr = 215   E-value = 3.2e-031
 
70
********************************************************************************
 
71
--------------------------------------------------------------------------------
 
72
        Motif 1 Description
 
73
--------------------------------------------------------------------------------
 
74
Simplified        A  9:aa:aa:::2:aa4:1aa1
 
75
pos.-specific     C  ::::a::::::9::::9:::
 
76
probability       G  1a::::::aa7:::67:::8
 
77
matrix            T  :::::::a::11:::3:::1
 
78
 
 
79
         bits    2.5  *  *   **          
 
80
                 2.3  *  *   **          
 
81
                 2.0  *  *   ** *    *   
 
82
                 1.8  *  *   ** *    *   
 
83
Information      1.5  ********* ***  *** 
 
84
content          1.3 ********** *** *****
 
85
(34.4 bits)      1.0 ********************
 
86
                 0.8 ********************
 
87
                 0.5 ********************
 
88
                 0.3 ********************
 
89
                 0.0 --------------------
 
90
 
 
91
Multilevel           AGAACAATGGGCAAGGCAAG
 
92
consensus                      A   AT    
 
93
sequence                                 
 
94
                                         
 
95
--------------------------------------------------------------------------------
 
96
 
 
97
--------------------------------------------------------------------------------
 
98
        Motif 1 sites sorted by position p-value
 
99
--------------------------------------------------------------------------------
 
100
Sequence name            Strand  Start   P-value                    Site      
 
101
-------------            ------  ----- ---------            --------------------
 
102
WashU_Sbay_Contig461.5       +    277  3.60e-13 GCACCGGGAC AGAACAATGGGCAAGGCAAG ATGAAAAATC
 
103
MIT_Smik_c228_4055           +    282  3.60e-13 ACATTGAATT AGAACAATGGGCAAGGCAAG ATGAAAATTT
 
104
MIT_Spar_c117_4603           +    279  3.60e-13 CGCATGGGTC AGAACAATGGGCAAGGCAAG ATGAAAAATT
 
105
SGD_Scer_YDR232W             +    284  3.60e-13 CGCATGGATC AGAACAATGGGCAAGGCAAG ATGAAAAATT
 
106
SGD_Scer_YDR044W             +    175  1.02e-12 TTTCGAAACG AGAACAATGGGCAAAGCAAG CTTTATCTTC
 
107
MIT_Spar_c130_3912           +    171  2.37e-11 TTTCGAAACG AGAACAATGGACAAATCAAG CTTTATCTAT
 
108
WashU_Skud_Contig2069.5      +    282  2.76e-11 ACACTGGATC GGAACAATGGGCAAGGCAAT GTGAAAAATT
 
109
WashU_Smik_Contig2283.3      +    167  1.95e-10 TTTCAAAAAG AGAACAATGGTCAAATAAAG GTTTATCTAC
 
110
MIT_Sbay_c896_21290          +    177  4.52e-10 TCTCGAAGGG AGAACAATGGATAAATCAAA GCTTATCTAC
 
111
--------------------------------------------------------------------------------
 
112
 
 
113
--------------------------------------------------------------------------------
 
114
        Motif 1 block diagrams
 
115
--------------------------------------------------------------------------------
 
116
SEQUENCE NAME            POSITION P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
117
-------------            ----------------  -------------
 
118
WashU_Sbay_Contig461.5            3.6e-13  276_[+1]_202
 
119
MIT_Smik_c228_4055                3.6e-13  281_[+1]_197
 
120
MIT_Spar_c117_4603                3.6e-13  278_[+1]_200
 
121
SGD_Scer_YDR232W                  3.6e-13  283_[+1]_195
 
122
SGD_Scer_YDR044W                    1e-12  174_[+1]_806
 
123
MIT_Spar_c130_3912                2.4e-11  170_[+1]_810
 
124
WashU_Skud_Contig2069.5           2.8e-11  281_[+1]_197
 
125
WashU_Smik_Contig2283.3             2e-10  166_[+1]_814
 
126
MIT_Sbay_c896_21290               4.5e-10  176_[+1]_804
 
127
--------------------------------------------------------------------------------
 
128
 
 
129
--------------------------------------------------------------------------------
 
130
        Motif 1 in BLOCKS format
 
131
--------------------------------------------------------------------------------
 
132
BL   MOTIF 1 width=20 seqs=9
 
133
WashU_Sbay_Contig461.5   (  277) AGAACAATGGGCAAGGCAAG  1 
 
134
MIT_Smik_c228_4055       (  282) AGAACAATGGGCAAGGCAAG  1 
 
135
MIT_Spar_c117_4603       (  279) AGAACAATGGGCAAGGCAAG  1 
 
136
SGD_Scer_YDR232W         (  284) AGAACAATGGGCAAGGCAAG  1 
 
137
SGD_Scer_YDR044W         (  175) AGAACAATGGGCAAAGCAAG  1 
 
138
MIT_Spar_c130_3912       (  171) AGAACAATGGACAAATCAAG  1 
 
139
WashU_Skud_Contig2069.5  (  282) GGAACAATGGGCAAGGCAAT  1 
 
140
WashU_Smik_Contig2283.3  (  167) AGAACAATGGTCAAATAAAG  1 
 
141
MIT_Sbay_c896_21290      (  177) AGAACAATGGATAAATCAAA  1 
 
142
//
 
143
 
 
144
--------------------------------------------------------------------------------
 
145
 
 
146
--------------------------------------------------------------------------------
 
147
        Motif 1 position-specific scoring matrix
 
148
--------------------------------------------------------------------------------
 
149
log-odds matrix: alength= 4 w= 20 n= 6319 bayes= 9.4535 E= 3.2e-031 
 
150
   145   -982    -66   -982 
 
151
  -982   -982    251   -982 
 
152
   162   -982   -982   -982 
 
153
   162   -982   -982   -982 
 
154
  -982    251   -982   -982 
 
155
   162   -982   -982   -982 
 
156
   162   -982   -982   -982 
 
157
  -982   -982   -982    162 
 
158
  -982   -982    251   -982 
 
159
  -982   -982    251   -982 
 
160
   -55   -982    192   -154 
 
161
  -982    234   -982   -154 
 
162
   162   -982   -982   -982 
 
163
   162   -982   -982   -982 
 
164
    45   -982    166   -982 
 
165
  -982   -982    192      4 
 
166
  -154    234   -982   -982 
 
167
   162   -982   -982   -982 
 
168
   162   -982   -982   -982 
 
169
  -154   -982    215   -154 
 
170
--------------------------------------------------------------------------------
 
171
 
 
172
--------------------------------------------------------------------------------
 
173
        Motif 1 position-specific probability matrix
 
174
--------------------------------------------------------------------------------
 
175
letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 9 E= 3.2e-031 
 
176
 0.888889  0.000000  0.111111  0.000000 
 
177
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
178
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
179
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
180
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
181
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
182
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
183
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
184
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
185
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
186
 0.222222  0.000000  0.666667  0.111111 
 
187
 0.000000  0.888889  0.000000  0.111111 
 
188
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
189
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
190
 0.444444  0.000000  0.555556  0.000000 
 
191
 0.000000  0.000000  0.666667  0.333333 
 
192
 0.111111  0.888889  0.000000  0.000000 
 
193
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
194
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
195
 0.111111  0.000000  0.777778  0.111111 
 
196
--------------------------------------------------------------------------------
 
197
 
 
198
--------------------------------------------------------------------------------
 
199
        Motif 1 regular expression
 
200
--------------------------------------------------------------------------------
 
201
AGAACAATGG[GA]CAA[GA][GT]CAAG
 
202
--------------------------------------------------------------------------------
 
203
 
 
204
 
 
205
 
 
206
 
 
207
Time  4.41 secs.
 
208
 
 
209
********************************************************************************
 
210
 
 
211
 
 
212
********************************************************************************
 
213
MOTIF  2        width =   20   sites =   9   llr = 209   E-value = 1.2e-028
 
214
********************************************************************************
 
215
--------------------------------------------------------------------------------
 
216
        Motif 2 Description
 
217
--------------------------------------------------------------------------------
 
218
Simplified        A  a99a2:::::::113:::7:
 
219
pos.-specific     C  :::::6:8a8:a:1474a:3
 
220
probability       G  :11:84a1:1a:98236:27
 
221
matrix            T  :::::::1:1::::::::1:
 
222
 
 
223
         bits    2.5       * * **     *  
 
224
                 2.3       * * **     *  
 
225
                 2.0       * * ***    *  
 
226
                 1.8       * * ***    *  
 
227
Information      1.5 *  *********** *** *
 
228
content          1.3 ************** *** *
 
229
(33.5 bits)      1.0 ************** *** *
 
230
                 0.8 ****************** *
 
231
                 0.5 ********************
 
232
                 0.3 ********************
 
233
                 0.0 --------------------
 
234
 
 
235
Multilevel           AAAAGCGCCCGCGGCCGCAG
 
236
consensus                AG        AGC GC
 
237
sequence                           G     
 
238
                                         
 
239
--------------------------------------------------------------------------------
 
240
 
 
241
--------------------------------------------------------------------------------
 
242
        Motif 2 sites sorted by position p-value
 
243
--------------------------------------------------------------------------------
 
244
Sequence name            Strand  Start   P-value                    Site      
 
245
-------------            ------  ----- ---------            --------------------
 
246
MIT_Spar_c117_4603           +    347  1.67e-14 ACAATGACCA AAAAGCGCCCGCGGCCGCAG ACCAATGAGC
 
247
SGD_Scer_YDR232W             +    352  1.67e-14 ACAATGACCA AAAAGCGCCCGCGGCCGCAG ACCAATGAGC
 
248
WashU_Smik_Contig2283.3      +    337  6.44e-13 TTTAAAAAAG AAAAGGGCCCGCGGCCCCGC CGTGAAACAC
 
249
WashU_Skud_Contig2069.5      +    349  2.55e-12 ACAATGACCA AAAAGCGTCCGCGGCCGCAG ACCAATGAGC
 
250
SGD_Scer_YDR044W             +    340  2.62e-11 GTTTAAAAGT AGAAGGGCCCGCGGAGCCGC TGTGAAAGAT
 
251
WashU_Sbay_Contig461.5       +    346  2.62e-11 CAATGACCAA AAAAACGCCGGCGGGCGCAG ACCAATGAGC
 
252
MIT_Sbay_c896_21290          +    339  6.92e-11 GTTTAAAAAG AAAAGGGCCCGCGCAGCCTG TGTGAAATGT
 
253
MIT_Smik_c228_4055           +    349  9.01e-11 ACAATGACCA AAAAGCGCCCGCAAGCGCAG ACCAATGAGC
 
254
MIT_Spar_c130_3912           +    332  1.10e-09 CGTTTAAAAG AAGAAGGGCTGCGGAGCCAC TGTGAAAGAC
 
255
--------------------------------------------------------------------------------
 
256
 
 
257
--------------------------------------------------------------------------------
 
258
        Motif 2 block diagrams
 
259
--------------------------------------------------------------------------------
 
260
SEQUENCE NAME            POSITION P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
261
-------------            ----------------  -------------
 
262
MIT_Spar_c117_4603                1.7e-14  346_[+2]_132
 
263
SGD_Scer_YDR232W                  1.7e-14  351_[+2]_127
 
264
WashU_Smik_Contig2283.3           6.4e-13  336_[+2]_644
 
265
WashU_Skud_Contig2069.5           2.5e-12  348_[+2]_130
 
266
SGD_Scer_YDR044W                  2.6e-11  339_[+2]_641
 
267
WashU_Sbay_Contig461.5            2.6e-11  345_[+2]_133
 
268
MIT_Sbay_c896_21290               6.9e-11  338_[+2]_642
 
269
MIT_Smik_c228_4055                  9e-11  348_[+2]_130
 
270
MIT_Spar_c130_3912                1.1e-09  331_[+2]_649
 
271
--------------------------------------------------------------------------------
 
272
 
 
273
--------------------------------------------------------------------------------
 
274
        Motif 2 in BLOCKS format
 
275
--------------------------------------------------------------------------------
 
276
BL   MOTIF 2 width=20 seqs=9
 
277
MIT_Spar_c117_4603       (  347) AAAAGCGCCCGCGGCCGCAG  1 
 
278
SGD_Scer_YDR232W         (  352) AAAAGCGCCCGCGGCCGCAG  1 
 
279
WashU_Smik_Contig2283.3  (  337) AAAAGGGCCCGCGGCCCCGC  1 
 
280
WashU_Skud_Contig2069.5  (  349) AAAAGCGTCCGCGGCCGCAG  1 
 
281
SGD_Scer_YDR044W         (  340) AGAAGGGCCCGCGGAGCCGC  1 
 
282
WashU_Sbay_Contig461.5   (  346) AAAAACGCCGGCGGGCGCAG  1 
 
283
MIT_Sbay_c896_21290      (  339) AAAAGGGCCCGCGCAGCCTG  1 
 
284
MIT_Smik_c228_4055       (  349) AAAAGCGCCCGCAAGCGCAG  1 
 
285
MIT_Spar_c130_3912       (  332) AAGAAGGGCTGCGGAGCCAC  1 
 
286
//
 
287
 
 
288
--------------------------------------------------------------------------------
 
289
 
 
290
--------------------------------------------------------------------------------
 
291
        Motif 2 position-specific scoring matrix
 
292
--------------------------------------------------------------------------------
 
293
log-odds matrix: alength= 4 w= 20 n= 6319 bayes= 9.4535 E= 1.2e-028 
 
294
   162   -982   -982   -982 
 
295
   145   -982    -66   -982 
 
296
   145   -982    -66   -982 
 
297
   162   -982   -982   -982 
 
298
   -55   -982    215   -982 
 
299
  -982    166    134   -982 
 
300
  -982   -982    251   -982 
 
301
  -982    215    -66   -154 
 
302
  -982    251   -982   -982 
 
303
  -982    215    -66   -154 
 
304
  -982   -982    251   -982 
 
305
  -982    251   -982   -982 
 
306
  -154   -982    234   -982 
 
307
  -154    -66    215   -982 
 
308
     4    134     34   -982 
 
309
  -982    192     92   -982 
 
310
  -982    134    166   -982 
 
311
  -982    251   -982   -982 
 
312
   104   -982     34   -154 
 
313
  -982     92    192   -982 
 
314
--------------------------------------------------------------------------------
 
315
 
 
316
--------------------------------------------------------------------------------
 
317
        Motif 2 position-specific probability matrix
 
318
--------------------------------------------------------------------------------
 
319
letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 9 E= 1.2e-028 
 
320
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
321
 0.888889  0.000000  0.111111  0.000000 
 
322
 0.888889  0.000000  0.111111  0.000000 
 
323
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
324
 0.222222  0.000000  0.777778  0.000000 
 
325
 0.000000  0.555556  0.444444  0.000000 
 
326
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
327
 0.000000  0.777778  0.111111  0.111111 
 
328
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
329
 0.000000  0.777778  0.111111  0.111111 
 
330
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
331
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
332
 0.111111  0.000000  0.888889  0.000000 
 
333
 0.111111  0.111111  0.777778  0.000000 
 
334
 0.333333  0.444444  0.222222  0.000000 
 
335
 0.000000  0.666667  0.333333  0.000000 
 
336
 0.000000  0.444444  0.555556  0.000000 
 
337
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
338
 0.666667  0.000000  0.222222  0.111111 
 
339
 0.000000  0.333333  0.666667  0.000000 
 
340
--------------------------------------------------------------------------------
 
341
 
 
342
--------------------------------------------------------------------------------
 
343
        Motif 2 regular expression
 
344
--------------------------------------------------------------------------------
 
345
AAAA[GA][CG]GCCCGCGG[CAG][CG][GC]C[AG][GC]
 
346
--------------------------------------------------------------------------------
 
347
 
 
348
 
 
349
 
 
350
 
 
351
Time  8.84 secs.
 
352
 
 
353
********************************************************************************
 
354
 
 
355
 
 
356
********************************************************************************
 
357
MOTIF  3        width =   20   sites =   9   llr = 205   E-value = 8.3e-027
 
358
********************************************************************************
 
359
--------------------------------------------------------------------------------
 
360
        Motif 3 Description
 
361
--------------------------------------------------------------------------------
 
362
Simplified        A  :::::::::::::4::::::
 
363
pos.-specific     C  1194:::aa::a:64:46::
 
364
probability       G  ::12a:::::a:4:::24::
 
365
matrix            T  99:3:aa::a::6:6a3:aa
 
366
 
 
367
         bits    2.5     *  ** **        
 
368
                 2.3     *  ** **        
 
369
                 2.0   * *  ** **        
 
370
                 1.8   * *  ** **        
 
371
Information      1.5   * ********   * ***
 
372
content          1.3 *** ********   * ***
 
373
(32.8 bits)      1.0 *** ************ ***
 
374
                 0.8 ********************
 
375
                 0.5 ********************
 
376
                 0.3 ********************
 
377
                 0.0 --------------------
 
378
 
 
379
Multilevel           TTCCGTTCCTGCTCTTCCTT
 
380
consensus               T        GAC TG  
 
381
sequence                G            G   
 
382
                                         
 
383
--------------------------------------------------------------------------------
 
384
 
 
385
--------------------------------------------------------------------------------
 
386
        Motif 3 sites sorted by position p-value
 
387
--------------------------------------------------------------------------------
 
388
Sequence name            Strand  Start   P-value                    Site      
 
389
-------------            ------  ----- ---------            --------------------
 
390
WashU_Skud_Contig2069.5      +    311  1.06e-11 TGTGAAAAAT TTCCGTTCCTGCTCTTGCTT CATATATGAC
 
391
MIT_Sbay_c896_21290          +    312  1.49e-11 GAAAAATGGC TTCGGTTCCTGCGACTCGTT TAAAAAGAAA
 
392
MIT_Smik_c228_4055           +    310  1.49e-11 AGATGAAAAT TTCCGTTCCTGCTCTTTCTT CATATATGAA
 
393
SGD_Scer_YDR232W             +    313  1.49e-11 GATGAAAAAT TTCCGTTCCTGCTCTTTCTT CATATATGAA
 
394
MIT_Spar_c130_3912           +    306  1.92e-11 GAAATTTGGA TTCTGTTCCTGCGACTCGTT TAAAAGAAGA
 
395
SGD_Scer_YDR044W             +    313  1.92e-11 GAAATTTGGC TTCTGTTCCTGCGACTCGTT TAAAAGTAGA
 
396
MIT_Spar_c117_4603           +    308  5.14e-11 GATGAAAAAT TTCTGTTCCTGCTCTTTCTT CATATATGAA
 
397
WashU_Sbay_Contig461.5       +    306  6.73e-11 GATGAAAAAT CTCCGTTCCTGCTCTTGCTT GATATATTAA
 
398
WashU_Smik_Contig2283.3      +    309  2.36e-10 AATTTTGGTT TCGGGTTCCTGCGACTCGTT TAAAAAAGAA
 
399
--------------------------------------------------------------------------------
 
400
 
 
401
--------------------------------------------------------------------------------
 
402
        Motif 3 block diagrams
 
403
--------------------------------------------------------------------------------
 
404
SEQUENCE NAME            POSITION P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
405
-------------            ----------------  -------------
 
406
WashU_Skud_Contig2069.5           1.1e-11  310_[+3]_168
 
407
MIT_Sbay_c896_21290               1.5e-11  311_[+3]_669
 
408
MIT_Smik_c228_4055                1.5e-11  309_[+3]_169
 
409
SGD_Scer_YDR232W                  1.5e-11  312_[+3]_166
 
410
MIT_Spar_c130_3912                1.9e-11  305_[+3]_675
 
411
SGD_Scer_YDR044W                  1.9e-11  312_[+3]_668
 
412
MIT_Spar_c117_4603                5.1e-11  307_[+3]_171
 
413
WashU_Sbay_Contig461.5            6.7e-11  305_[+3]_173
 
414
WashU_Smik_Contig2283.3           2.4e-10  308_[+3]_672
 
415
--------------------------------------------------------------------------------
 
416
 
 
417
--------------------------------------------------------------------------------
 
418
        Motif 3 in BLOCKS format
 
419
--------------------------------------------------------------------------------
 
420
BL   MOTIF 3 width=20 seqs=9
 
421
WashU_Skud_Contig2069.5  (  311) TTCCGTTCCTGCTCTTGCTT  1 
 
422
MIT_Sbay_c896_21290      (  312) TTCGGTTCCTGCGACTCGTT  1 
 
423
MIT_Smik_c228_4055       (  310) TTCCGTTCCTGCTCTTTCTT  1 
 
424
SGD_Scer_YDR232W         (  313) TTCCGTTCCTGCTCTTTCTT  1 
 
425
MIT_Spar_c130_3912       (  306) TTCTGTTCCTGCGACTCGTT  1 
 
426
SGD_Scer_YDR044W         (  313) TTCTGTTCCTGCGACTCGTT  1 
 
427
MIT_Spar_c117_4603       (  308) TTCTGTTCCTGCTCTTTCTT  1 
 
428
WashU_Sbay_Contig461.5   (  306) CTCCGTTCCTGCTCTTGCTT  1 
 
429
WashU_Smik_Contig2283.3  (  309) TCGGGTTCCTGCGACTCGTT  1 
 
430
//
 
431
 
 
432
--------------------------------------------------------------------------------
 
433
 
 
434
--------------------------------------------------------------------------------
 
435
        Motif 3 position-specific scoring matrix
 
436
--------------------------------------------------------------------------------
 
437
log-odds matrix: alength= 4 w= 20 n= 6319 bayes= 9.4535 E= 8.3e-027 
 
438
  -982    -66   -982    145 
 
439
  -982    -66   -982    145 
 
440
  -982    234    -66   -982 
 
441
  -982    134     34      4 
 
442
  -982   -982    251   -982 
 
443
  -982   -982   -982    162 
 
444
  -982   -982   -982    162 
 
445
  -982    251   -982   -982 
 
446
  -982    251   -982   -982 
 
447
  -982   -982   -982    162 
 
448
  -982   -982    251   -982 
 
449
  -982    251   -982   -982 
 
450
  -982   -982    134     78 
 
451
    45    166   -982   -982 
 
452
  -982    134   -982     78 
 
453
  -982   -982   -982    162 
 
454
  -982    134     34      4 
 
455
  -982    166    134   -982 
 
456
  -982   -982   -982    162 
 
457
  -982   -982   -982    162 
 
458
--------------------------------------------------------------------------------
 
459
 
 
460
--------------------------------------------------------------------------------
 
461
        Motif 3 position-specific probability matrix
 
462
--------------------------------------------------------------------------------
 
463
letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 9 E= 8.3e-027 
 
464
 0.000000  0.111111  0.000000  0.888889 
 
465
 0.000000  0.111111  0.000000  0.888889 
 
466
 0.000000  0.888889  0.111111  0.000000 
 
467
 0.000000  0.444444  0.222222  0.333333 
 
468
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
469
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
470
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
471
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
472
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
473
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
474
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
475
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
476
 0.000000  0.000000  0.444444  0.555556 
 
477
 0.444444  0.555556  0.000000  0.000000 
 
478
 0.000000  0.444444  0.000000  0.555556 
 
479
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
480
 0.000000  0.444444  0.222222  0.333333 
 
481
 0.000000  0.555556  0.444444  0.000000 
 
482
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
483
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 
484
--------------------------------------------------------------------------------
 
485
 
 
486
--------------------------------------------------------------------------------
 
487
        Motif 3 regular expression
 
488
--------------------------------------------------------------------------------
 
489
TTC[CTG]GTTCCTGC[TG][CA][TC]T[CTG][CG]TT
 
490
--------------------------------------------------------------------------------
 
491
 
 
492
 
 
493
 
 
494
 
 
495
Time 13.06 secs.
 
496
 
 
497
********************************************************************************
 
498
 
 
499
 
 
500
********************************************************************************
 
501
MOTIF  4        width =   20   sites =   9   llr = 202   E-value = 5.2e-025
 
502
********************************************************************************
 
503
--------------------------------------------------------------------------------
 
504
        Motif 4 Description
 
505
--------------------------------------------------------------------------------
 
506
Simplified        A  a1:6a:4a44:7::aa611:
 
507
pos.-specific     C  :6a4:::::6::a:::::9:
 
508
probability       G  :3:::46:6:93:a::49:a
 
509
matrix            T  :::::6::::1:::::::::
 
510
 
 
511
         bits    2.5   *         **     *
 
512
                 2.3   *         **     *
 
513
                 2.0   *       * **   ***
 
514
                 1.8   *       * **   ***
 
515
Information      1.5 * * *  *  * **** ***
 
516
content          1.3 * * *  *  * **** ***
 
517
(32.4 bits)      1.0 ********************
 
518
                 0.8 ********************
 
519
                 0.5 ********************
 
520
                 0.3 ********************
 
521
                 0.0 --------------------
 
522
 
 
523
Multilevel           ACCAATGAGCGACGAAAGCG
 
524
consensus             G C GA AA G    G   
 
525
sequence                                 
 
526
                                         
 
527
--------------------------------------------------------------------------------
 
528
 
 
529
--------------------------------------------------------------------------------
 
530
        Motif 4 sites sorted by position p-value
 
531
--------------------------------------------------------------------------------
 
532
Sequence name            Strand  Start   P-value                    Site      
 
533
-------------            ------  ----- ---------            --------------------
 
534
WashU_Skud_Contig2069.5      +    369  8.45e-13 GCGGCCGCAG ACCAATGAGCGACGAAGGCG GCCTTTCGTA
 
535
MIT_Spar_c117_4603           +    367  8.45e-13 GCGGCCGCAG ACCAATGAGCGACGAAGGCG GCCTTTCCGA
 
536
SGD_Scer_YDR232W             +    372  8.45e-13 GCGGCCGCAG ACCAATGAGCGACGAAGGCG GCCTTTCCGA
 
537
MIT_Smik_c228_4055           +    369  2.51e-12 GCAAGCGCAG ACCAATGAGCGACGAAAGCG GCCTTTTGAA
 
538
MIT_Spar_c130_3912           +    265  5.38e-11 TGGTGGGAGA AGCCAGAAAAGGCGAAAGCG TAGCGTTCTT
 
539
WashU_Sbay_Contig461.5       +    366  5.38e-11 GCGGGCGCAG ACCAATGAGCGACGAAGACG GCTTTTGGGC
 
540
SGD_Scer_YDR044W             +    272  1.99e-10 TTGGTGGGAG AACCAGAAAAGGCGAAAGCG TAGCGTTCTT
 
541
WashU_Smik_Contig2283.3      +    261  3.58e-10 TGGTGGAAGA AGCCAGAAAAGACGAAAGAG TAGCGTAGCG
 
542
MIT_Sbay_c896_21290          +    271  3.78e-10 TGGTGGGAGA AGCCAGAAAATGCGAAAGCG TACCGTTCTG
 
543
--------------------------------------------------------------------------------
 
544
 
 
545
--------------------------------------------------------------------------------
 
546
        Motif 4 block diagrams
 
547
--------------------------------------------------------------------------------
 
548
SEQUENCE NAME            POSITION P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
549
-------------            ----------------  -------------
 
550
WashU_Skud_Contig2069.5           8.5e-13  368_[+4]_110
 
551
MIT_Spar_c117_4603                8.5e-13  366_[+4]_112
 
552
SGD_Scer_YDR232W                  8.5e-13  371_[+4]_107
 
553
MIT_Smik_c228_4055                2.5e-12  368_[+4]_110
 
554
MIT_Spar_c130_3912                5.4e-11  264_[+4]_716
 
555
WashU_Sbay_Contig461.5            5.4e-11  365_[+4]_113
 
556
SGD_Scer_YDR044W                    2e-10  271_[+4]_709
 
557
WashU_Smik_Contig2283.3           3.6e-10  260_[+4]_720
 
558
MIT_Sbay_c896_21290               3.8e-10  270_[+4]_710
 
559
--------------------------------------------------------------------------------
 
560
 
 
561
--------------------------------------------------------------------------------
 
562
        Motif 4 in BLOCKS format
 
563
--------------------------------------------------------------------------------
 
564
BL   MOTIF 4 width=20 seqs=9
 
565
WashU_Skud_Contig2069.5  (  369) ACCAATGAGCGACGAAGGCG  1 
 
566
MIT_Spar_c117_4603       (  367) ACCAATGAGCGACGAAGGCG  1 
 
567
SGD_Scer_YDR232W         (  372) ACCAATGAGCGACGAAGGCG  1 
 
568
MIT_Smik_c228_4055       (  369) ACCAATGAGCGACGAAAGCG  1 
 
569
MIT_Spar_c130_3912       (  265) AGCCAGAAAAGGCGAAAGCG  1 
 
570
WashU_Sbay_Contig461.5   (  366) ACCAATGAGCGACGAAGACG  1 
 
571
SGD_Scer_YDR044W         (  272) AACCAGAAAAGGCGAAAGCG  1 
 
572
WashU_Smik_Contig2283.3  (  261) AGCCAGAAAAGACGAAAGAG  1 
 
573
MIT_Sbay_c896_21290      (  271) AGCCAGAAAATGCGAAAGCG  1 
 
574
//
 
575
 
 
576
--------------------------------------------------------------------------------
 
577
 
 
578
--------------------------------------------------------------------------------
 
579
        Motif 4 position-specific scoring matrix
 
580
--------------------------------------------------------------------------------
 
581
log-odds matrix: alength= 4 w= 20 n= 6319 bayes= 9.4535 E= 5.2e-025 
 
582
   162   -982   -982   -982 
 
583
  -154    166     92   -982 
 
584
  -982    251   -982   -982 
 
585
    78    134   -982   -982 
 
586
   162   -982   -982   -982 
 
587
  -982   -982    134     78 
 
588
    45   -982    166   -982 
 
589
   162   -982   -982   -982 
 
590
    45   -982    166   -982 
 
591
    45    166   -982   -982 
 
592
  -982   -982    234   -154 
 
593
   104   -982     92   -982 
 
594
  -982    251   -982   -982 
 
595
  -982   -982    251   -982 
 
596
   162   -982   -982   -982 
 
597
   162   -982   -982   -982 
 
598
    78   -982    134   -982 
 
599
  -154   -982    234   -982 
 
600
  -154    234   -982   -982 
 
601
  -982   -982    251   -982 
 
602
--------------------------------------------------------------------------------
 
603
 
 
604
--------------------------------------------------------------------------------
 
605
        Motif 4 position-specific probability matrix
 
606
--------------------------------------------------------------------------------
 
607
letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 9 E= 5.2e-025 
 
608
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
609
 0.111111  0.555556  0.333333  0.000000 
 
610
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
611
 0.555556  0.444444  0.000000  0.000000 
 
612
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
613
 0.000000  0.000000  0.444444  0.555556 
 
614
 0.444444  0.000000  0.555556  0.000000 
 
615
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
616
 0.444444  0.000000  0.555556  0.000000 
 
617
 0.444444  0.555556  0.000000  0.000000 
 
618
 0.000000  0.000000  0.888889  0.111111 
 
619
 0.666667  0.000000  0.333333  0.000000 
 
620
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 
 
621
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
622
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
623
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
624
 0.555556  0.000000  0.444444  0.000000 
 
625
 0.111111  0.000000  0.888889  0.000000 
 
626
 0.111111  0.888889  0.000000  0.000000 
 
627
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
628
--------------------------------------------------------------------------------
 
629
 
 
630
--------------------------------------------------------------------------------
 
631
        Motif 4 regular expression
 
632
--------------------------------------------------------------------------------
 
633
A[CG]C[AC]A[TG][GA]A[GA][CA]G[AG]CGAA[AG]GCG
 
634
--------------------------------------------------------------------------------
 
635
 
 
636
 
 
637
 
 
638
 
 
639
Time 17.20 secs.
 
640
 
 
641
********************************************************************************
 
642
 
 
643
 
 
644
********************************************************************************
 
645
MOTIF  5        width =   20   sites =   9   llr = 183   E-value = 5.4e-018
 
646
********************************************************************************
 
647
--------------------------------------------------------------------------------
 
648
        Motif 5 Description
 
649
--------------------------------------------------------------------------------
 
650
Simplified        A  ::96:a26:2a::a:12:a1
 
651
pos.-specific     C  94::2::::::86::9:::8
 
652
probability       G  :6:32:82a:::4:a:4a::
 
653
matrix            T  1:116::2:8:2::::3::1
 
654
 
 
655
         bits    2.5         *     *  *  
 
656
                 2.3         *     *  *  
 
657
                 2.0 *       *     ** *  
 
658
                 1.8 *       *     ** *  
 
659
Information      1.5 **   ** * ****** ** 
 
660
content          1.3 **   ** * ****** ***
 
661
(29.3 bits)      1.0 ***  ** * ****** ***
 
662
                 0.8 ***  ** ******** ***
 
663
                 0.5 ********************
 
664
                 0.3 ********************
 
665
                 0.0 --------------------
 
666
 
 
667
Multilevel           CGAATAGAGTACCAGCGGAC
 
668
consensus             C GC AG A TG   T   
 
669
sequence                 G  T        A   
 
670
                                         
 
671
--------------------------------------------------------------------------------
 
672
 
 
673
--------------------------------------------------------------------------------
 
674
        Motif 5 sites sorted by position p-value
 
675
--------------------------------------------------------------------------------
 
676
Sequence name            Strand  Start   P-value                    Site      
 
677
-------------            ------  ----- ---------            --------------------
 
678
MIT_Smik_c228_4055           +    203  3.97e-12 GCAACACAAC CGAGTAGAGTACCAGCTGAC GGAATGGAGG
 
679
WashU_Skud_Contig2069.5      +    204  8.98e-12 GCAACACAAC CGAGTAGAGTACCAGCAGAC GGAGTGGGTA
 
680
MIT_Spar_c130_3912           +    589  1.65e-11 ATTGTTTCTC CCAACAGTGTACGAGCGGAC GAAACTCTAG
 
681
MIT_Spar_c117_4603           +    204  7.31e-11 AACACACAAC CGAATAGAGTATCAGCTGAC GGGATGGAGG
 
682
SGD_Scer_YDR232W             +    209  7.31e-11 AACACACAAC CGAATAGAGTATCAGCTGAC GGAATGGAGA
 
683
WashU_Sbay_Contig461.5       +    199  9.18e-11 GGGTGCAAAC CGATTAGAGTACCAGCAGAC GAGATGGGCG
 
684
SGD_Scer_YDR044W             +    595  1.19e-09 ATTGTTTTTC CCAACAGTGAACGAGAGGAC AAACTCCAGA
 
685
WashU_Smik_Contig2283.3      +    595  6.61e-09 GTATTGTCTT TCAAGAAGGTACGAGCGGAT GAACTTCTTG
 
686
MIT_Sbay_c896_21290          +    597  8.76e-09 ATTGTTTTTT CCTGGAAGGAACGAGCGGAA CTCTTGGGGA
 
687
--------------------------------------------------------------------------------
 
688
 
 
689
--------------------------------------------------------------------------------
 
690
        Motif 5 block diagrams
 
691
--------------------------------------------------------------------------------
 
692
SEQUENCE NAME            POSITION P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
693
-------------            ----------------  -------------
 
694
MIT_Smik_c228_4055                  4e-12  202_[+5]_276
 
695
WashU_Skud_Contig2069.5             9e-12  203_[+5]_275
 
696
MIT_Spar_c130_3912                1.7e-11  588_[+5]_392
 
697
MIT_Spar_c117_4603                7.3e-11  203_[+5]_275
 
698
SGD_Scer_YDR232W                  7.3e-11  208_[+5]_270
 
699
WashU_Sbay_Contig461.5            9.2e-11  198_[+5]_280
 
700
SGD_Scer_YDR044W                  1.2e-09  594_[+5]_386
 
701
WashU_Smik_Contig2283.3           6.6e-09  594_[+5]_386
 
702
MIT_Sbay_c896_21290               8.8e-09  596_[+5]_384
 
703
--------------------------------------------------------------------------------
 
704
 
 
705
--------------------------------------------------------------------------------
 
706
        Motif 5 in BLOCKS format
 
707
--------------------------------------------------------------------------------
 
708
BL   MOTIF 5 width=20 seqs=9
 
709
MIT_Smik_c228_4055       (  203) CGAGTAGAGTACCAGCTGAC  1 
 
710
WashU_Skud_Contig2069.5  (  204) CGAGTAGAGTACCAGCAGAC  1 
 
711
MIT_Spar_c130_3912       (  589) CCAACAGTGTACGAGCGGAC  1 
 
712
MIT_Spar_c117_4603       (  204) CGAATAGAGTATCAGCTGAC  1 
 
713
SGD_Scer_YDR232W         (  209) CGAATAGAGTATCAGCTGAC  1 
 
714
WashU_Sbay_Contig461.5   (  199) CGATTAGAGTACCAGCAGAC  1 
 
715
SGD_Scer_YDR044W         (  595) CCAACAGTGAACGAGAGGAC  1 
 
716
WashU_Smik_Contig2283.3  (  595) TCAAGAAGGTACGAGCGGAT  1 
 
717
MIT_Sbay_c896_21290      (  597) CCTGGAAGGAACGAGCGGAA  1 
 
718
//
 
719
 
 
720
--------------------------------------------------------------------------------
 
721
 
 
722
--------------------------------------------------------------------------------
 
723
        Motif 5 position-specific scoring matrix
 
724
--------------------------------------------------------------------------------
 
725
log-odds matrix: alength= 4 w= 20 n= 6319 bayes= 9.4535 E= 5.4e-018 
 
726
  -982    234   -982   -154 
 
727
  -982    134    166   -982 
 
728
   145   -982   -982   -154 
 
729
    78   -982     92   -154 
 
730
  -982     34     34     78 
 
731
   162   -982   -982   -982 
 
732
   -55   -982    215   -982 
 
733
    78   -982     34    -55 
 
734
  -982   -982    251   -982 
 
735
   -55   -982   -982    126 
 
736
   162   -982   -982   -982 
 
737
  -982    215   -982    -55 
 
738
  -982    166    134   -982 
 
739
   162   -982   -982   -982 
 
740
  -982   -982    251   -982 
 
741
  -154    234   -982   -982 
 
742
   -55   -982    134      4 
 
743
  -982   -982    251   -982 
 
744
   162   -982   -982   -982 
 
745
  -154    215   -982   -154 
 
746
--------------------------------------------------------------------------------
 
747
 
 
748
--------------------------------------------------------------------------------
 
749
        Motif 5 position-specific probability matrix
 
750
--------------------------------------------------------------------------------
 
751
letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 9 E= 5.4e-018 
 
752
 0.000000  0.888889  0.000000  0.111111 
 
753
 0.000000  0.444444  0.555556  0.000000 
 
754
 0.888889  0.000000  0.000000  0.111111 
 
755
 0.555556  0.000000  0.333333  0.111111 
 
756
 0.000000  0.222222  0.222222  0.555556 
 
757
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
758
 0.222222  0.000000  0.777778  0.000000 
 
759
 0.555556  0.000000  0.222222  0.222222 
 
760
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
761
 0.222222  0.000000  0.000000  0.777778 
 
762
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
763
 0.000000  0.777778  0.000000  0.222222 
 
764
 0.000000  0.555556  0.444444  0.000000 
 
765
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
766
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
767
 0.111111  0.888889  0.000000  0.000000 
 
768
 0.222222  0.000000  0.444444  0.333333 
 
769
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 
770
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 
771
 0.111111  0.777778  0.000000  0.111111 
 
772
--------------------------------------------------------------------------------
 
773
 
 
774
--------------------------------------------------------------------------------
 
775
        Motif 5 regular expression
 
776
--------------------------------------------------------------------------------
 
777
C[GC]A[AG][TCG]A[GA][AGT]G[TA]A[CT][CG]AGC[GTA]GAC
 
778
--------------------------------------------------------------------------------
 
779
 
 
780
 
 
781
 
 
782
 
 
783
Time 21.26 secs.
 
784
 
 
785
********************************************************************************
 
786
 
 
787
 
 
788
********************************************************************************
 
789
SUMMARY OF MOTIFS
 
790
********************************************************************************
 
791
 
 
792
--------------------------------------------------------------------------------
 
793
        Combined block diagrams: non-overlapping sites with p-value < 0.0001
 
794
--------------------------------------------------------------------------------
 
795
SEQUENCE NAME            COMBINED P-VALUE  MOTIF DIAGRAM
 
796
-------------            ----------------  -------------
 
797
SGD_Scer_YDR232W                 2.11e-38  208_[+5(7.31e-11)]_55_[+1(3.60e-13)]_9_[+3(1.49e-11)]_19_[+2(1.67e-14)]_[+4(8.45e-13)]_107
 
798
MIT_Spar_c117_4603               6.91e-38  203_[+5(7.31e-11)]_55_[+1(3.60e-13)]_9_[+3(5.14e-11)]_19_[+2(1.67e-14)]_[+4(8.45e-13)]_44_[+2(5.31e-05)]_48
 
799
MIT_Smik_c228_4055               1.40e-35  202_[+5(3.97e-12)]_59_[+1(3.60e-13)]_8_[+3(1.49e-11)]_19_[+2(9.01e-11)]_[+4(2.51e-12)]_110
 
800
WashU_Skud_Contig2069.5          1.63e-35  203_[+5(8.98e-12)]_58_[+1(2.76e-11)]_9_[+3(1.06e-11)]_18_[+2(2.55e-12)]_[+4(8.45e-13)]_110
 
801
WashU_Sbay_Contig461.5           6.88e-33  46_[-1(4.97e-05)]_100_[+4(2.76e-05)]_12_[+5(9.18e-11)]_58_[+1(3.60e-13)]_9_[+3(6.73e-11)]_20_[+2(2.62e-11)]_[+4(5.38e-11)]_17_[+1(5.86e-05)]_76
 
802
SGD_Scer_YDR044W                 6.91e-30  174_[+1(1.02e-12)]_11_[-2(3.63e-05)]_46_[+4(1.99e-10)]_21_[+3(1.92e-11)]_7_[+2(2.62e-11)]_235_[+5(1.19e-09)]_386
 
803
MIT_Spar_c130_3912               2.36e-29  170_[+1(2.37e-11)]_28_[+3(2.57e-05)]_26_[+4(5.38e-11)]_21_[+3(1.92e-11)]_6_[+2(1.10e-09)]_237_[+5(1.65e-11)]_77_[+1(7.05e-05)]_23_[+3(9.81e-05)]_252
 
804
MIT_Sbay_c896_21290              5.38e-26  117_[+1(4.54e-05)]_39_[+1(4.52e-10)]_74_[+4(3.78e-10)]_21_[+3(1.49e-11)]_7_[+2(6.92e-11)]_238_[+5(8.76e-09)]_172_[+3(3.90e-05)]_192
 
805
WashU_Smik_Contig2283.3          2.87e-27  166_[+1(1.95e-10)]_74_[+4(3.58e-10)]_28_[+3(2.36e-10)]_8_[+2(6.44e-13)]_27_[+4(3.86e-05)]_191_[+5(6.61e-09)]_111_[+5(3.65e-05)]_255
 
806
--------------------------------------------------------------------------------
 
807
 
 
808
********************************************************************************
 
809
 
 
810
 
 
811
********************************************************************************
 
812
Stopped because nmotifs = 5 reached.
 
813
********************************************************************************
 
814
 
 
815
CPU: dhn02990.mrc-dunn.cam.ac.uk
 
816
 
 
817
********************************************************************************