← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bioperl/trusty-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/data/test.locuslink

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/data/test.locuslink
 
1
>>26
 
2
LOCUSID: 26
 
3
LOCUS_CONFIRMED: yes
 
4
LOCUS_TYPE: gene with protein product, function known or inferred
 
5
ORGANISM: Homo sapiens
 
6
STATUS: REVIEWED
 
7
NM: NM_001091|4501850|na
 
8
NP: NP_001082|4501851
 
9
CDD: Copper amine oxidase|pfam01179|1775|na|6.883370e+02
 
10
PRODUCT: amiloride binding protein 1 precursor
 
11
ASSEMBLY: X78212
 
12
CONTIG: NT_007914.10|22047859|na|11083771|11092582|+|7|reference
 
13
EVID: supported by alignment with mRNA
 
14
XM: XM_032220|14745402|na
 
15
XP: XP_032220|14745403|na
 
16
ACCNUM: X78212|463242|na|na|na
 
17
TYPE: g
 
18
PROT: CAA55046|463243
 
19
ACCNUM: BC014093|15559450|na|na|na
 
20
TYPE: m
 
21
PROT: AAH14093|15559451
 
22
ACCNUM: M55602|387655|na|na|na
 
23
TYPE: m
 
24
PROT: AAA58358|177960
 
25
ACCNUM: U11862|533535|na|na|na
 
26
TYPE: m
 
27
PROT: AAC50270|533536
 
28
ACCNUM: U11863|533537|na|na|na
 
29
TYPE: m
 
30
PROT: AAB60381|533538
 
31
OFFICIAL_SYMBOL: ABP1
 
32
OFFICIAL_GENE_NAME: amiloride binding protein 1 (amine oxidase (copper-containing))
 
33
ALIAS_SYMBOL: DAO
 
34
ALIAS_SYMBOL: AOC1
 
35
PREFERRED_PRODUCT: amiloride binding protein 1 precursor
 
36
SUMMARY: Summary: This gene encodes a membrane glycoprotein that binds amiloride, a diuretic that acts by closing epithelial sodium ion channels. Experimental evidence indicates, however, that the formation of an amiloride sensitive, sodium channel requires complex formation with additional proteins. Although an association was proposed between this gene and cystic fibrosis, a disorder involving sodium and water imbalance in the lungs, genetic evidence showed that it was not involved in producing that disorder.
 
37
CHR: 7
 
38
STS: RH71199|7|8014|na|seq_map|epcr
 
39
STS: ABP1|7|32801|ABP1|seq_map|epcr
 
40
COMP: 10090|Abp1|6|6  cM|76507|7|ABP1|ncbi_mgd
 
41
COMP: 10090|1600012D06Rik|6|6  cM|76507|7|ABP1|ucsc_mgd
 
42
ALIAS_PROT: diamine oxidase
 
43
ALIAS_PROT: Amiloride-binding protein-1
 
44
UNIGENE: Hs.75741
 
45
BUTTON: unigene.gif
 
46
LINK: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/clust.cgi?ORG=Hs&CID=75741
 
47
OMIM: 104610
 
48
ECNUM: 1.4.3.6
 
49
MAP: 7q34-q36|RefSeq|C|
 
50
MAPLINK: default_human_gene|ABP1
 
51
BUTTON: snp.gif
 
52
LINK: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp_ref.cgi?locusId=26
 
53
BUTTON: homol.gif
 
54
LINK: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/HomoloGene/homolquery.cgi?TEXT=26[loc]&TAXID=9606
 
55
BUTTON: gdb.gif
 
56
LINK: http://gdbwww.gdb.org/gdb-bin/genera/accno?GDB:127105
 
57
BUTTON: ensembl.gif
 
58
LINK: http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/contigview?geneid=NM_001091
 
59
BUTTON: ucsc.gif
 
60
LINK: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?db=hg12&position=NM_001091
 
61
DB_DESCR: GeneCards
 
62
DB_LINK: http://bioinformatics.weizmann.ac.il/cards-bin/carddisp?ABP1
 
63
DB_DESCR: KEGG pathway: Tyrosine metabolism
 
64
DB_LINK: http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/get_pathway?org_name=hsa&mapno=00350
 
65
DB_DESCR: KEGG pathway: Histidine metabolism
 
66
DB_LINK: http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/get_pathway?org_name=hsa&mapno=00340
 
67
DB_DESCR: KEGG pathway: Tryptophan metabolism
 
68
DB_LINK: http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/get_pathway?org_name=hsa&mapno=00380
 
69
DB_DESCR: KEGG pathway: beta-Alanine metabolism
 
70
DB_LINK: http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/get_pathway?org_name=hsa&mapno=00410
 
71
DB_DESCR: KEGG pathway: Alkaloid biosynthesis II
 
72
DB_LINK: http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/get_pathway?org_name=hsa&mapno=00960
 
73
DB_DESCR: KEGG pathway: Phenylalanine metabolism
 
74
DB_LINK: http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/get_pathway?org_name=hsa&mapno=00360
 
75
DB_DESCR: KEGG pathway: Arginine and proline metabolism
 
76
DB_LINK: http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/get_pathway?org_name=hsa&mapno=00330
 
77
DB_DESCR: KEGG pathway: Glycine, serine and threonine metabolism
 
78
DB_LINK: http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/get_pathway?org_name=hsa&mapno=00260
 
79
PMID: 11603849,8595053,8182053,8144586,2217167,1356107
 
80
GRIF: 11603849|could be detected at the feto-maternal interface of human
 
81
SUMFUNC: Diamine oxidase (D-amino-acid oxidase histaminase, amiloride-binding protein); deaminates putrescine and histamine|Proteome
 
82
GO: biological process|metabolism|NR|GO:0008152|Proteome|na
 
83
GO: cellular component|peroxisome|NR|GO:0005777|Proteome|na
 
84
GO: molecular function|amine oxidase|E|GO:0008131|Proteome|8144586
 
85
GO: molecular function|drug binding|NR|GO:0008144|Proteome|na
 
86
EXTANNOT: cellular role|Other metabolism|E|Proteome|1356107
 
87
EXTANNOT: biochemical function|Oxidoreductase|E|Proteome|1356107
 
88
EXTANNOT: biochemical function|Small molecule-binding protein|E|Proteome|8182053
 
89
>>27
 
90
LOCUSID: 27
 
91
LOCUS_CONFIRMED: yes
 
92
LOCUS_TYPE: gene with protein product, function known or inferred
 
93
ORGANISM: Homo sapiens
 
94
STATUS: REVIEWED
 
95
NM: NM_005158|6382059|na
 
96
NP: NP_005149|6382060
 
97
PRODUCT: v-abl Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 2 isoform a
 
98
TRANSVAR: Transcript Variant:  Transcript variant a includes the alternate exon IA, but not exon IB and encodes a distinct N-terminus.
 
99
ASSEMBLY: M35296
 
100
NM: NM_007314|6382061|na
 
101
NP: NP_009298|6382062
 
102
CDD: SH3 domain|pfam00018|180|na|7.394420e+01
 
103
CDD: Src homology 2 domains|SH2|229|na|9.281890e+01
 
104
CDD: Src homology 3 domains|SH3|128|na|5.391380e+01
 
105
CDD: Src homology domain 2|pfam00017|212|na|8.627050e+01
 
106
CDD: Tyrosine kinase, catalytic domain|TyrKc|869|na|3.393470e+02
 
107
CDD: Eukaryotic protein kinase domain|pfam00069|510|na|2.010600e+02
 
108
CDD: Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain|S_TKc|417|na|1.652360e+02
 
109
PRODUCT: v-abl Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 2 isoform b
 
110
TRANSVAR: Transcript Variant:  Transcript variant a includes the alternate exon IB, but not exon IA and encodes a distinct N-terminus.
 
111
ASSEMBLY: M35296
 
112
CONTIG: NT_004487.12|22045208|na|4192865|4314849|-|1|reference
 
113
EVID: supported by alignment with mRNA
 
114
XM: NM_005158|6382059|na
 
115
XP: NP_005149|6382060|na
 
116
EVID: supported by alignment with both mRNA and ESTs (5)
 
117
XM: NM_007314|6382061|na
 
118
XP: NP_009298|6382062|na
 
119
ACCNUM: M35296|178992|na|na|na
 
120
TYPE: m
 
121
PROT: AAA35553|178993
 
122
OFFICIAL_SYMBOL: ABL2
 
123
OFFICIAL_GENE_NAME: v-abl Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 2 (arg, Abelson-related gene)
 
124
ALIAS_SYMBOL: ARG
 
125
ALIAS_SYMBOL: ABLL
 
126
PREFERRED_PRODUCT: v-abl Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 2 isoform a
 
127
PREFERRED_PRODUCT: v-abl Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 2 isoform b
 
128
SUMMARY: Summary:  ABL2 is a cytoplasmic tyrosine kinase which is closely related to but distinct from ABL1.  The similarity of the proteins includes the tyrosine kinase domains and extends amino-terminal to include the SH2 and SH3 domains.  ABL2 is expressed in both normal and tumor cells.  The ABL2 gene product is expressed as two variants bearing different amino termini, both approximately 12-kb in length.
 
129
CHR: 1
 
130
STS: RH69130|1|3401|na|seq_map|epcr
 
131
STS: RH66836|1|44261|na|seq_map|epcr
 
132
COMP: 10090|Abl2|1|1 82.10 cM|11352|1|ABL2|ncbi_mgd
 
133
COMP: 10090|Abl2|1|1 82.10 cM|11352|1|ABL2|ucsc_mgd
 
134
ALIAS_PROT: arg
 
135
ALIAS_PROT: Abelson murine leukemia viral (v-abl) oncogene homolog 2 (arg,
 
136
UNIGENE: Hs.121521
 
137
BUTTON: unigene.gif
 
138
LINK: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/clust.cgi?ORG=Hs&CID=121521
 
139
OMIM: 164690
 
140
ECNUM: 2.7.1.112
 
141
MAP: 1q24-q25|<a href="http://gdbwww.gdb.org/gdb-bin/genera/accno?GDB:119641">HUGO</a>|C|
 
142
MAPLINK: default_human_gene|ABL2
 
143
PHENOTYPE: Leukemia, acute myeloid, with eosinophilia
 
144
PHENOTYPE_ID: 164690
 
145
BUTTON: snp.gif
 
146
LINK: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp_ref.cgi?locusId=27
 
147
BUTTON: homol.gif
 
148
LINK: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/HomoloGene/homolquery.cgi?TEXT=27[loc]&TAXID=9606
 
149
BUTTON: gdb.gif
 
150
LINK: http://gdbwww.gdb.org/gdb-bin/genera/accno?GDB:119641
 
151
BUTTON: ensembl.gif
 
152
LINK: http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/contigview?geneid=NM_007314
 
153
BUTTON: ucsc.gif
 
154
LINK: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?db=hg12&position=NM_007314
 
155
DB_DESCR: GeneCards
 
156
DB_LINK: http://bioinformatics.weizmann.ac.il/cards-bin/carddisp?ABL2
 
157
PMID: 3787260,2198571
 
158
SUMFUNC: Cytoplasmic tyrosine kinase of the Abelson subfamily; contains SH2 and SH3 domains and has similarity to ABL1|Proteome
 
159
GO: cellular component|cytoplasm|NR|GO:0005737|Proteome|na
 
160
GO: molecular function|protein kinase|P|GO:0004672|Proteome|2198571
 
161
GO: biological process|signal transduction|P|GO:0007165|Proteome|2198571
 
162
GO: biological process|protein modification|P|GO:0006464|Proteome|2198571
 
163
EXTANNOT: biochemical function|Transferase|P|Proteome|2198571
 
164
EXTANNOT: subcellular localization|Cytoplasmic|NR|Proteome|2198571