← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/bioperl/trusty-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/Tree/Compatible.t

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-03-10 07:19:11 UTC
  • mfrom: (1.2.3 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20090310071911-fukqzw54pyb1f0bd
Tags: 1.6.0-2
https://launchpad.net/bugs/324001
* Removed patch system (not used):
  - removed instuctions in debian/rules;
  - removed quilt from Build-Depends in debian/control.
* Re-enabled tests:
  - uncommented test command in debian/rules;
  - uncommented previously missing build-dependencies in debian/control.
  - Re-enabled tests and uncommented build-dependencies accordingly.
* Removed libmodule-build-perl and libtest-harness-perl from
  Build-Depends-Indep (provided by perl-modules).
* Better cleaning of empty directories using find -type d -empty -delete
  instead of rmdir in debian/rules (LP: #324001).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/Tree/Compatible.t
 
1
# -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
 
2
# $Id: Compatible.t 15112 2008-12-08 18:12:38Z sendu $
 
3
 
 
4
use strict;
 
5
 
 
6
BEGIN { 
 
7
  use lib '.';
 
8
  use Bio::Root::Test;
 
9
  
 
10
  test_begin(-tests => 5,
 
11
                         -requires_module => 'Set::Scalar');
 
12
  
 
13
  use_ok('Bio::Tree::Compatible');
 
14
  use_ok('Bio::TreeIO');
 
15
}
 
16
 
 
17
# these tests are done with direct access to Bio::Tree::Compatible methods,
 
18
# instead of via creating a Bio::Tree::Compatible->new() object or similar...
 
19
# the docs seem to indicate that is normally possible? TODO?
 
20
 
 
21
my $in = Bio::TreeIO->new(-format => 'newick',
 
22
                                                  -fh     => \*DATA);
 
23
 
 
24
# the common labels of (((A,B)C,D),(E,F,G)); and ((A,B)H,E,(J,(K)G)I);
 
25
# are [A,B,E,G]
 
26
 
 
27
my $t1 = $in->next_tree;
 
28
my $t2 = $in->next_tree;
 
29
my $common = Bio::Tree::Compatible::common_labels($t1,$t2);
 
30
my $labels = Set::Scalar->new(qw(A B E G));
 
31
ok($common->is_equal($labels));
 
32
 
 
33
# the topological restrictions of (((A,B)C,D),(E,F,G)); and
 
34
# ((A,B)H,E,(J,(K)G)I); to their common labels, [A,B,E,G], are,
 
35
# respectively, ((A,B),(E,G)); and ((A,B),E,(G));
 
36
 
 
37
Bio::Tree::Compatible::topological_restriction($t1,$common);
 
38
Bio::Tree::Compatible::topological_restriction($t2,$common);
 
39
my $t3 = $in->next_tree;
 
40
my $t4 = $in->next_tree;
 
41
# ok($t1->is_equal($t3)); # is_equal method missing in Bio::Tree::Tree
 
42
# ok($t2->is_equal($t4)); # is_equal method missing in Bio::Tree::Tree
 
43
 
 
44
# the topological restrictions of (((A,B)C,D),(E,F,G)); and
 
45
# ((A,B)H,E,(J,(K)G)I); to their common labels, [A,B,E,G], are
 
46
# compatible
 
47
 
 
48
my ($incompat, $ilabels, $inodes) = Bio::Tree::Compatible::is_compatible($t3,$t4);
 
49
ok(!$incompat);
 
50
 
 
51
# (((B,A),C),D); and ((A,(D,B)),C); are incompatible
 
52
 
 
53
my $t5 = $in->next_tree;
 
54
my $t6 = $in->next_tree;
 
55
($incompat, $ilabels, $inodes) = Bio::Tree::Compatible::is_compatible($t5,$t6);
 
56
ok($incompat);
 
57
 
 
58
__DATA__
 
59
(((A,B)C,D),(E,F,G));
 
60
((A,B)H,E,(J,(K)G)I);
 
61
((A,B),(E,G));
 
62
((A,B),E,(G));
 
63
(((B,A),C),D);
 
64
((A,(D,B)),C);